• Title/Summary/Keyword: Assembly Model

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RNA-RNA Interactions between RNA Elements at the 5' end and at the Upstream of sgRNA of RNA Genome are Required for Potato virus X RNA Replication

  • Park, Mi-Ri;Park, Sang-Ho;Cho, Sang-Yun;Hemenway, Cynthia L.;Choi, Hong-Soo;Sohn, Seong-Han;Kim, Kook-Hyung
    • The Plant Pathology Journal
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    • 제24권3호
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    • pp.289-295
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    • 2008
  • RNA-RNA interactions and the dynamic RNA conformations are important regulators in virus replication in several RNA virus systems and may also involved in the regulation of many important virus life cycle phases, including translation, replication, assembly, and switches in these important stages. The 5' non-translated region of Potato virus X(PVX) contains multiple cis-acting elements that facilitate various viral processes. It has previously been proposed that RNA-RNA interactions between various RNA elements present in PVX RNA genome are required for PVX RNA accumulation(Hu et al., 2007; Kim and Hemenway, 1999). This model was based on the potential base-pairing between conserved sequence elements at the upstream of subgenomic RNAs(sgRNAs) and at the 5' and 3' end of RNA genome. We now provide more evidence that RNA-RNA base-pairing between elements present at the 5' end and upstream of each sgRNA is required for efficient replication of genomic and subgenomic plus-strand RNA accumulation. Site-directed mutations introduced at the 5' end of plus-strand RNA replication defective mutant(${\Delta}12$) increasing base-pairing possibility with conserved sequence elements located upstream of each sgRNAs restored genomic and subgenomic plus-strand RNA accumulation and caused symptom development in inoculated Nicotiana benthamiana plants. Serial passage of a deletion mutant(${\Delta}8$) caused more severe symptoms and restored wild type sequences and thus retained possible RNA-RNA base-pairing. Altogether, these results indicate that the RNA element located at the 5' end of PVX genome involved in RNA-RNA interactions and play a key role in high-level accumulation of plus-strand RNA in vivo.

경수로 연료봉을 지지하는 5×5 지지격자체의 자유진동특성 (Free Vibration Characteristics of 5 × 5 Spacer Grid Assembly Supporting the PWR Fuel Rod)

  • 강흥석;윤경호;송기남;최명환
    • 한국소음진동공학회논문집
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    • 제14권6호
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    • pp.512-519
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    • 2004
  • This paper described the free vibration characteristics of Optimized H Type (OHT) spacer grids (SG) supporting the PWR fuel rod. The vibration test and the finite element (FE) analysis are performed under the free boundary condition and the clamped at two points (or three points) in the bottom which is the same one as the experimental condition for the dummy rod continuously supported by spacer grids. A modal test is conducted by the impulse excitation method using an impulse hammer and an accelerometer, and the TDAS module of the I-DEAS software is used to acquire and analyze the sensor signals. The softwares related to the FE analysis are the I-DEAS for the geometrical shape modeling and meshing, and the ABAQUS for solving. The fundamental frequency of the OHT SG by experiment under a clamped condition at two points is 175.18 Hz, and shows a bending mode. We think there is no resonance between the fuel rod and the SG because the SG's frequency is higher than that of the fuel rod existing in the range from 30 to 120 Hz. The fundamental frequency of the SG under the free boundary condition is 349.2 Hz showing a bending mode, and the results between the test and the analysis have a good agreement with maximum 7 % in error It is also found that the FE analysis model of the OHT SGs to analyze an impact, a buckling and vibration et al. has been generated with reliability.

Investigation of the observed solar coronal plasma in EUV and X-rays in non-equilibrium ionization state

  • Lee, Jin-Yi;Raymond, John C.;Reeves, Katharine K.;Shen, Chengcai;Moon, Yong-Jae
    • 천문학회보
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    • 제43권1호
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    • pp.53.1-53.1
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    • 2018
  • During a major solar eruption, the erupting plasma is possibly out of the equilibrium ionization state because of its rapid heating or cooling. The non-equilibrium ionization process is important in a rapidly evolving system where the thermodynamical time scale is shorter than the ionization or recombination time scales. We investigate the effects of non-equilibrium ionization on EUV and X-ray observations by the Atmospheric Imaging Assembly (AIA) on board Solar Dynamic Observatory and X-ray Telescope (XRT) on board Hinode. For the investigation, first, we find the emissivities for all the lines of ions of elements using CHIANTI 8.07, and then we find the temperature responses multiplying the emissivities by the effective area for each AIA and XRT passband. Second, we obtain the ion fractions using a time-dependent ionization model (Shen et al. 2015), which uses an eigenvalue method, for all the lines of ion, as a function of temperature, and a characteristic time scale, $n_et$, where $n_e$ and t are density and time, respectively. Lastly, the ion fractions are multiplied to the temperature response for each passband, which results in a 2D grid for each combination of temperature and the characteristic time scale. This is the set of passband responses for plasma that is rapidly ionized in a current sheet or a shock. We investigate an observed event which has a relatively large uncertainty in an analysis using a differential emission measure method assuming equilibrium ionization state. We verify whether the observed coronal plasmas are in non-equilibrium or equilibrium ionization state using the passband responses.

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실시간 MPEG-1 오디오 인코더의 설계 및 구현 (A Design and Implementation of the Real-Time MPEG-1 Audio Encoder)

  • 전기용;이동호;조성호
    • 방송공학회논문지
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    • 제2권1호
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    • pp.8-15
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    • 1997
  • 본 논문에서는 하나의 TMS320C31 Digital Signal Processor (DSP)를 사용하여 실시간으로 동작하는 Motion Picture Experts Group-1 (MPEG-1) 오디오 인코더 시스템을 구현하였다. 우선 MPEG-1 Audio Layer-2 및 심리음향모델-1 관련 기본 알고리듬을 C-언어로 구현하여 기본 동작을 확인하였다. 그리고 전체실행 시간을 줄이기 위하여, 이를 다시 Texas Instruments (Tl) 어셈블리어로 작성하였다. 마지막으로, MPEG-1 오디오 인코더 시스템을 위한 실제 DSP 하드웨어 회로 보드를 설계, 제작하였다. Analog-to-Digital Converter (ADC) 제어, 입출력 제어, 그리고 DSP 보드에서 PC로의 비트열 전송과 같은 주변 모듈들은 Very High Speed Hardware Description Language (VHDL)을 사용하여 Field Programmable Gate Array (FPGA)로 구현하였다. 제작된 시스템은 48 KHz로 샘플링 되는 스테레오 오디오 신호를 실시간으로 처리하여 192 kbps 비트율로 부호화된 비트열을 출력시킨다. 다양한 형태의 스테레오 오디오 신호를 통해, 제작된 오디오 인코더 시스템의 실시간 동작과 양질의 오디오 신호가 복원됨을 확인하였다.

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우리나라 오염총량관리제도의 적용 및 개선: 2. 안전율 산정 및 삭감부하량 할당 (Improvement and Application of Total Maximum Daily Load Management System of Korea: 2. Determination of Margin of Safety and Allocation of Pollutant Loads)

  • 김경태;정은성;김상욱;이길성
    • 한국물환경학회지
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    • 제26권1호
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    • pp.168-176
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    • 2010
  • This study proposes the improvement of the present Total Maximum Daily Load (TMDL) management system of MOE (Ministry of Environment). The margin of safety (MOS) is calculated by a method using standard error and a method using variability and uncertainty. The allocation of pollutant loads are calculated using three methods, equal load reduction method, equal percent removal method and method using equity standards. This study applied the improved TMDL management system to the Anyangcheon watershed. Since MOS varies from 12% to 44% due to the high variability of measured and simulated data, it must not be ignored in the TMDL. The method using equity standards is the most proper in this application since the others produced unrealistic allocations. Area, runoff, water use quantity, population and budget are considered for equity standards. This study shows that this allocation method can be also applicable for the administrative units as well as the sub-watersheds. Finally, Hydrologic Simulation Program-FORTRAN (HSPF) with the allocated pollutant load was used to confirm whether it satisfy the water quality standard or not. This study will be helpful to improve the MOS and allocation system TMDL in the future.

A Modeling Study of Co-transcriptional Metabolism of hnRNP Using FMR1 Gene

  • Ro-Choi, Tae Suk;Choi, Yong Chun
    • Molecules and Cells
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    • 제23권2호
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    • pp.228-238
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    • 2007
  • Since molecular structure of hnRNP is not available in foreseeable future, it is best to construct a working model for hnRNP structure. A geometric problem, assembly of $700{\pm}20$ nucleotides with 48 proteins, is visualized by a frame work in which all the proteins participate in primary binding, followed by secondary, tertiary and quaternary binding with neighboring proteins without additional import. Thus, 40S hnRNP contains crown-like secondary structure (48 stemloops) and appearance of 6 petal (octamers) rose-like architectures. The proteins are wrapped by RNA. Co-transcriptional folding for RNP fibril of FMR1 gene can produce 2,571 stem-loops with frequency of 1 stem-loop/15.3 nucleotides and 53 40S hnRNP beaded structure. By spliceosome driven reactions, there occurs removal of 16 separate lariated RNPs, joining 17 separate beaded exonic structures and anchoring EJC on each exon junction. Skipping exon 12 has 5'GU, 3'AG and very compact folding pattern with frequency of 1 stem-loop per 12 nucleotides in short exon length (63 nucleotides). 5' end of exon 12 contains SS (Splicing Silencer) element of UAGGU. In exons 10, 15 and 17 where both regular and alternative splice sites exist, SS (hnRNP A1 binding site) is observed at the regular splicing site. End products are mature FMR-1 mRNP, 4 species of Pri-microRNAs derived from introns 7,9,15 and 3'UTR of exon17, respectively. There may also be some other regulatory RNAs containing ALU/Line elements as well.

해양쓰레기의 전 지구적 관심과 실행 (World Interest and Activities on Marine Litter)

  • 정노택
    • 한국해양환경ㆍ에너지학회지
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    • 제12권3호
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    • pp.173-180
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    • 2009
  • 2006년 UN 총회 이후, 국제사회에서 해양쓰레기에 대한 문제 인식이 증대되고 있다. 이에 따라 UN 산하기관인 UN 환경연합/지역해 그리고 국제연합식량농업기구(FAO) 뿐만아니라 전세계 최대 해양보전민간단체인 해양보전(OC)에서도 해양쓰레기에 관한 자료를 모으기 시작했고, 보고서를 통하여 각국정책, 기술, 실천계획등을 발표하고 있다. 해양쓰레기의 국제적 관심이 증가됨에 따라 국내 해양쓰레기 정책이 국제사회에 롤 모델로서 위치를 인정받고 있다. 1999년도에 본격적으로 시작된 국내의 해양쓰레기 정책은 중앙정부, 공단 및 협회, 정부출연기관, 시민단체가 공동으로 만들어낸 작품이기도 하다. 최근 국내해양쓰레기 관리 기본계획상에 제시되어 있는 해양쓰레기 전문센터의 역할과 함께 국내 해양쓰레기 관리에 있어 향후 나아가야 할 방향에 대해서도 기술하였다. 중앙정부 주도형인 국내 해양쓰레기 정책이 민간주도 그리고 오염원인자 부담원칙이 정립되는 시기까지는 전기관 및 전국민이 해양환경에 애정어린 관심과 노력이 요구된다.

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PFC3D에서의 폭원모델링 기법의 개발 및 적용 (Development and Application of an Explosion Modeling Technique Using PFC)

  • 최병희;양형식;류창하
    • 화약ㆍ발파
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    • 제22권4호
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    • pp.7-15
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    • 2004
  • 본 연구에서는 PFC3D를 사용한 폭원모델링 기법을 제안하고, 제안된 기법을 시멘트 모르타르와 같은 연약재료의 발파에 적용하여 그 적용성을 시험해 보았다. PFC3D는 개별요소법(DEM)을 기반으로 하고 있어 응력파의 전파와 재료의 동적 파괴현상을 모사하는데 적합한 코드로 분류된다. 폭원모델링 과정에서는 공내입자들의 반경을 팽창/수축시키는 기법을 통해 공벽입자들에 접촉력의 형태로 폭발압력을 부여하는 방법을 사용하였으며, 입력하중에 따라 공벽에서 유발되는 접촉력을 계산단계마다 측정 및 보정함으로써 폭발압력의 크기를 제어할 수 있도록 하였다. 시멘트 모르타르 블록의 발파모델링 과정에서는 기존의 외력을 이용하는 방법과 본 연구에서 제안하고 있는 접촉력을 이용하는 기법을 각기 적용함으로써 연약재료의 파괴과정을 정성적으로 비교하여 보았다. 해석결과, 제안된 폭원모델링 기법을 적용한다면 암석이나 콘크리트와 같은 공학재료들이 발파과정에서 보이는 파괴거동을 수치적으로 보다 유사하게 모사 할 수 있을 것으로 판단된다.

공동주택 전용 갱폼 인양 자동화 기술 개발에 관한 연구 (A Study on the Development of Automated Gangform Climbing System for Apartment Housing Construction)

  • 양상훈;조재용;조지원;이정호;김영석
    • 한국건설관리학회논문집
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    • 제13권1호
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    • pp.53-66
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    • 2012
  • 갱폼은 기존 목재 및 철재 거푸집과 비교하여 매 사용 시 작은 부재의 조립/해체를 반복하지 않고 대형화, 단순화를 통해 한 번에 설치하고 해체할 수 있는 시스템화 된 거푸집이다. 그러나 ACS(Auto Climbing System)와 같은 첨단 거푸집에 비해 경제성을 제외한 다른 측면(생산성, 안전성, 품질 등)에 있어서는 1) 타워크레인 양중부하 증가, 2) 갱폼 인양 중 안전사고 증가, 3) 갱폼 박리 작업 생산성 저하, 4) 기후 영향으로 인한 작업 중지, 5) 생산성, 노무비, 품질 저하 등의 문제점을 지니고 있는 것으로 조사되었다. 따라서 본 연구에서는 타워크레인의 부하를 감소시킴과 동시에 인양 속도를 향상시킴으로써, 작업 생산성 향상 및 노무자 안전성 확보, 콘크리트 구조체의 품질 등을 향상시켜 공동주택 건설 현장에서 범용적으로 사용가능한 공동주택 전용 갱폼 인양 자동화 장비의 개념 모델을 제시하고자 한다. 이를 위해 본 연구에서는 기존 문헌 분석 및 건설 현장관리자와의 설문조사를 수행하여 공동주택 전용 갱폼 인양 자동화 기술 개발 시 요구되는 고려요소 도출 및 효용성 분석 등을 통해 '공동주택 전용 갱폼 인양 자동화 장비의 개념 모델'을 제시하였다.

3차원 입도분포를 고려한 락필재료의 대형삼축압축시험 수치모델링 (Numerical Modeling of Large Triaxial Compression Test with Rockfill Material Considering 3D Grain Size Distribution)

  • 노태길;전제성;이송
    • 한국지반환경공학회 논문집
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    • 제13권10호
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    • pp.55-62
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    • 2012
  • 본 연구에서는 개별요소해석 프로그램인 $PFC^{3D}$를 이용하여 대입경 조립재료의 특정 입도분포를 구현하는 알고리즘을 개발하였다. 기존의 입자 형상이나 입도를 구현하기 위해 사용되었던 clump logic 또는 cluster logic을 사용하지 않으며 요소의 경계면 이탈 현상과 경계면 파괴 등을 방지할 수 있는 초기 개별요소 모델링 기법을 고안하였다. 최종적으로 대입경 조립재료에 대한 대형 삼축압축시험을 수치 모델링하고 실내시험 결과와 비교하였다. 해석 결과, 실제 시료의 입도분포와 매우 흡사한 분포의 개별요소를 생성할 수 있었고, 적정 미시물성치 산정 과정(calibration)을 통해 다양한 구속응력 조건에 대한 대입경 조립재료의 특정 입도분포하에서의 전체적인 수치 모델링이 가능하였다.