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Genetic Characterization of Molecular Targets in Korean Patients with Gastrointestinal Stromal Tumors

  • Park, Joonhong;Yoo, Han Mo;Sul, Hae Jung;Shin, Soyoung;Lee, Seung Woo;Kim, Jeong Goo
    • Journal of Gastric Cancer
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    • 제20권1호
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    • pp.29-40
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    • 2020
  • Purpose: Gastrointestinal stromal tumors (GISTs) frequently harbor activating gene mutations in either KIT or platelet-derived growth factor receptor A (PDGFRA) and are highly responsive to several selective tyrosine kinase inhibitors. In this study, a targeted next-generation sequencing (NGS) assay with an Oncomine Focus Assay (OFA) panel was used for the genetic characterization of molecular targets in 30 Korean patients with GIST. Materials and Methods: Using the OFA that enables rapid and simultaneous detection of hotspots, single nucleotide variants (SNVs), insertion and deletions (Indels), copy number variants (CNVs), and gene fusions across 52 genes relevant to solid tumors, targeted NGS was performed using genomic DNA extracted from formalin-fixed and paraffin-embedded samples of 30 GISTs. Results: Forty-three hotspot/other likely pathogenic variants (33 SNVs, 8 Indels, and 2 amplifications) in 16 genes were identified in 26 of the 30 GISTs. KIT variants were most frequent (44%, 19/43), followed by 6 variants in PIK3CA, 3 in PDGFRA, 2 each in JAK1 and EGFR, and 1 each in AKT1, ALK, CCND1, CTNNB1, FGFR3, FGFR4, GNA11, GNAQ, JAK3, MET, and SMO. Based on the mutation types, majority of the variants carried missense mutations (60%, 26/43), followed by 8 frameshifts, 6 nonsense, 1 stop-loss, and 2 amplifications. Conclusions: Our study confirmed the advantage of using targeted NGS with a cancer gene panel to efficiently identify mutations associated with GISTs. These findings may provide a molecular genetic basis for developing new drugs targeting these gene mutations for GIST therapy.

양파 육질 및 껍질의 섭취가 고철분식이를 공급한 노령흰쥐의 항산화능에 미치는 영향 (Effect of Onion Flesh or Peel Feeding on Antioxidative Capacity in 16-Month-old Rats Fed High Iron Diet)

  • 박주연;김미경
    • 한국식생활문화학회지
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    • 제20권6호
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    • pp.721-730
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    • 2005
  • Recently, epidemiological evidence has raised concerns that moderate elevation in body iron stores may increase oxidative stress and the risk of cardiovascular disease and cancer. Onion flesh or peel contains antioxidant such as flavonoids and alk(en)ylcysteine sulphoxides. This study was conducted to examine the effect of onion flesh or peel feeding on antioxidative capacity in aged rats supplemented with high dietary iron. Thirty-two Sprague-Dawley male 16-month-old rats weighing $618{\pm}6g$ were acclimated for 10 days with medium-iron diet (35ppm in diet), and blocked into 4 groups according to their body weights and raised for 3 months on either control diets (adequate iron-35ppm or high iron-350ppm) or experimental diets containing onion flesh/peel (5% w/w in diet) with high iron (350ppm). Rats fed high iron-onion peel diet had significantly high quercetin and isorhamnetin levels in plasma whereas rats fed high iron-onion flesh diet did not show. Plasma TBARS level was lowered by onion flesh or peel diet with high iron supplementation. However, there was no significant difference in cellular DNA damage in brain and kidney tissue among all experimental groups. We concluded that high iron diet (10 times higher than requirement) tend to increase oxidative stress and it is plausible that onion flesh or peel feeding enhances antioxidative capacity in the elderly even with iron supplementation.

토양 휴믹물질의 화학적.분광학적 특성에 따른 페난트린 흡착상수와의 상관성 규명에 대한 연구 (Chemical and Spectroscopic Characterization of Soil Humic and Fulvic Acids and Sorption Coefficient of Phenanthrene: A Correlation Study)

  • 이두희;이승식;신현상
    • 대한환경공학회지
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    • 제30권11호
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    • pp.1067-1074
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    • 2008
  • 본 연구에서는 다양한 토양 휴믹산(HA) 및 풀빅산(FA)을 대상으로 형광소광법을 이용한 페난트린(PHE)과의 유기탄소 표준화 분배계수(Koc)를 도출하고, 각 휴믹물질의 화학적 및 분광학적 물질특성과 PHE에 대한 Koc와의 상관성을 조사하였다. 휴믹물질은 한라산 토양을 포함한 국내 5개 지역의 토양과 국제휴믹학회(IHSS) 표준토양 및 이탄에서 추출한 HA와 FA 그리고 Aldrich사에서 구입한 HA 등 총 16종을 사용하였다. HA와 FA의 물질특성은 원소성분비와 254 nm에서의 UV 흡광도 및 $^{13}$C NMR을 이용한 탄소형태별 분포 등을 조사하였다. 본 실험조건([PHE]/[HS] = 0.02$\sim$0.2(mg/L)/(mg-OC/L), pH 6)에서의 토양 휴믹물질의 Koc 값 ($\times$10$^4$, L/kg C)은 1.48$\sim$8.65의 범위이었으며, HA가 FA에 대하여 높게 나타났다(3.13$\sim$8.65 vs 1.48$\sim$2.48). log Koc 값과 물질특성과의 상관성 분석 결과, Koc값은 분자극성도((O+N)/C) 및 산소-포함 탄소 함량비(I$_{C-O}$/I$_{C-H,C}$) 등과는 강한 음(-)의 상관성을 보였으며, 254 nm에서의 UV 흡광도([ABS]$_{254}$)와 방향족탄소함량(C$_{Ar-H,C}$, $\sum$C$_{Ar}$/$\sum$C$_{Alk}$) 등과는 강한 양(+)의 상관성을 보였다. 이로부터 페난트린과 같은 소수성유기화합물과의 결합능력은 휴믹물질의 분자극성도가 낮을수록 그리고 분자의 불포화도와 방향족성이 높을수록 증가함을 확인하였다.

MLE 공정을 이용한 고농도 NH4+-N 함유 침출수의 생물학적 질산화/탈질 (Biological Nitrification and Denitrification for Landfill Leachate Containing High Concentration of Ammonium-Nitrogen by using MLE Process)

  • 원종철;남궁완;배영신;이경신;박기혁;송수성;윤조희
    • 대한환경공학회지
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    • 제22권6호
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    • pp.1027-1035
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    • 2000
  • 본 연구에서는 생활폐기물 매립지에서 발생되는 침출수에 함유된 고농도 $NH_4{^+}$-N 및 T-N의 적정처리를 위하여 pilot 규모의 MLE 공정을 이용하여 생물학적 질산화/탈질을 실시한 결과 $NH_4{^+}$-N온 99%이상, T-N은 88%정도의 처리효율을 얻을 수 있었으며, BOD/$NH_4{^+}$-N비를 약 3.5로 유지할 경우 T-N온 $0.09kgN{\cdot}m^{-3}{\cdot}day^{-l}$정도 제거되는 것으로 나타났다. 또한, 질산화/탈질과정에서 $NH_4{^+}$-N 산화량에 따른 알카리도 소비량은 평균 $3.4{\sim}3.5kgAlk{\cdot}kgNH_4{^+}-N^{-1}$정도로 나타났으며, 외부탄소원으로 투입된 메탄올에 대한 탈질균의 적용 기간은 약 20일 정도가 필요한 것으로 나타났다. 또한, 질산화조에 유동상 메디아를 투입한 결과 투입하지 않았을 때에 비하여 $SV_{30}$가 2배 정도 양호하게 나타났다.

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산수유의 염색성과 견뢰도에 관한 연구 (A Study on the Change of Dye-ability of Cornus officinalis with Mordanting Treatment and Colorfastness)

  • 배계인;최인려;박견순
    • 한국의상디자인학회지
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    • 제9권3호
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    • pp.47-57
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    • 2007
  • This study focused on the properties natural dyeing and natural material and on the development of functional material for well-being in apparel industry. Comus officinalis Siebold et Zuccarini is used as natural dyeing material which had been reported that have curable effect for unbalanced immunity, geriatric diseases like urinary tract system, diabetes, hypertension, arthritis, tinnitus, hyperhidrosis and women's diseases like hypermenorrhea. And this material also has anti-cancer effect so that can restraint cancer cells. 3 kinds tester of cotton, wool and silk are dyed by boiled with each dye (flower, fruits, bark of tree) as first dyeing and dried in the shade. These testers are done by post-mordanting method. Aluminium Potassium(Alk(SO4)2), Cuprie Sulfate($CuSO4{\cdot}5H2O$), Stannous Chloride($SnCl2{\cdot}2H2O$), Ferrous Sulfate($FeCl2{\cdot}4H2O$), Titanium Sulfate 24% aqueous solution(Ti(SO4)2) are used as mordants. Dyeing results of Comus officinalis Siebold et Zuccarini flower and bark are shown as yellow color series. And dyeing result of fruits is pink color series. Silk shows the best dyeing property. As the point of view for dyeing property, Ti, Sn, Fe would be the properchoice for mordant. Following results are extracted in this study. Yellow color is resulted in dyeing with Cornus officinalis flower as non-mordanting condition. Yellowish red color is come from dyeing with Comus officinalis fruit as non-mordanting condition. Grayish yellow tone is resulted in dyeing with bark as non-mordanting condition. Orange tone color with Ti-mordanting, green tone color with Sn-mordanting and gray tone color with Fe-mordanting is resulted respectively. However light-fastness of Comus officinalis(flower, fruit, bark) is very low as 1 or 2 level in non-mordanting condition, Comus officinalis flower dyeing is turned out 3 or 4 level and fruit dyeing is 4 or 5 level, bark dyeing is 2 or 3 level with Ti-mordanting respectively. Eventually Comus officinalis fruit has the best light-colorfastness property among all of dyes. dry cleaning colorfastness of Cornus officinalis(flower, fruit, bark) is good as 4 or 5 level in Ti-mordanting condition, perspiration-colorfastness of Cornus officinalis(flower, fruit, bark) is good as 4 or 5 level in Ti-mordanting condition, With these results, this study could conclude that dye-ability, colorfastness problem is getting better after mordanting process and practical usage would be possible.

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옥방(玉房) 중석광상(重石鑛床)의 성인(成因)에 관(關)한 연구(硏究) -특(特)히 남부광체(南部鑛體)에 대(對)하여- (On the Genesis of Okbang Tungsten Deposits)

  • 윤정수
    • 자원환경지질
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    • 제12권4호
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    • pp.181-195
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    • 1979
  • The Nambu orebodies of the Okbang tungsten mine are hosted in the Precambrian amphibolite and Weonnam formation. These orebodies can be classified into two types; The scheelite-bearing ore vein occurring in the amphibolite (the Nambu 1, 2 adits) and tungsten-bearing quartz vein along the contact between the amphibolite and the Weonnam formation (the Young-ho, -1, -2, -3 levels). The scheelite-bearing ore vein in the amphilbolite is discontinuous, narrow, and highly irregular in geometry, occurring only within the amphibolite with which of the vein is graduational. Based on these feature of the mode of occurrence, the origin of this ore type might be attributed to a potential segregation of tungsten ore fluid in situ from hornblenditic basic magma of the host rock. Tungsten-bearing quartz vein, however, is considered to have deposited along the N30-60E trending fractures as a later hypothermal vein after the hornblendite was emplaced. The principal ore mineral is scheelite with minor amount of wolframite, and the gangue minerals are quartz, and small amounts of fluorite, pyrrhotite, chalcopyrite and calcite. Fluid inclusion study of minerals from the Nambu orebody reveals that the fluids in fluorite of the scheelite-bearning ore vein attained a temperature range of $208{\sim}256^{\circ}C$ and those in quartz from the tungsten-bearing quartz vein a temperature range of $220{\sim}357^{\circ}C$. The real formation temperatures can be somewhat higher than filling temperatures, if pressure correction is made. Chemical analysis of 8 amphibolitc samples on major and some trace elements indicate that the amphibolite is igneous origin. On a Niggli diagram (al-alk)versus c, the analytical values are plotted on an igneous field, and on a Niggli diagram mg versus c they follow a karroo igneous trend line. According to the Ba, Cr, and Ni versus Niggli mg plots suggested by Leake (1964), Okbang amphibolite fall outside a pelitic field and compare favorably with his plots form ortho-amphibolites. Analitical values of $MoO_3$ of 8 samples of scheelite minerals from the Nambu orebody indicate that the tungsten-bearing quartz vein (type n) of Nambu orebody shows a range from 1. 69% to 4.38% which is higher than 0.94%~3.25% $MoO_3$ for the scheelite-bearing ore vein (type I). This fact indicates that the type II was deposited in a lower $fO_2/higher$ $fO_2$ environment and under lower temperature than the type I. Analysis of major components $WO_3$, MnO, and FeO of 6 samples of wolframite from the type II veins revealed that they contain 73.35~76.2% $WO_3$, 7.94~11.63% MnO, and 10.53~14.82% FeO. MnO/FeO ratios of wolframite shows the range of 0.85~1.17 which suggests a slightly higher temperature type of deposits than other major tungsten deposits in the country.

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금주환자(禁酒患者) 102명(名)에 대(對)한 임상적(臨床的) 고찰(考察) (강원도지역(江原道地域)을 중심으로) (Clinical Study of the effect of Ear Acupuncture on 102 Alcoholics)

  • 강재춘
    • 대한한의학회지
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    • 제17권2호
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    • pp.318-330
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    • 1996
  • We had been investigated the effect of ear acupuncture in alcoholics, but in Kang won do province never we have been investigated. so then in Sangji university oriental hospital from Mar. 1. 1995 to Feb. 28. 1996. we clinically analized 102 alcoholics treated The results were summarized as follow: 1. In Age distribution, 40s were the top as 28.4% and next 30s, 50s, 60s 70s, below 3Os. In Sex distribution, these were 92 person in male, 10 person in female. 2. Marrige Status revealed in descending order ; married, single, divorced Sibling order distribution in descending order; eldest son, middle son, youngest son, only son 3. Distribution of education in descending order ; high school, middle school, primary school, collage and graduate school, illiterate 4. Distribution of occupation in descending order; farmer, labor, merchent, salaried and inoccupation, service 5. Distribution of religion in descending order ; none, buddism, protestantism, catholicism 6. Distribution of family history of alcoholism; yes(24.5%), no(69.6%) 7. Distribution of onset of drinking in descending order ; 20s, below 20s, 30s and 40s, 50s 8. Distribution of duration of drinking in descending order ; 20-29 years, 10-19 and below years, 40-49 years, 30-39 years 9. Distribution of the reason of drinking in descending order ; habbit, business and reduce of stress, no reason, syndrome of stop drinking 10. Distribution of frequency of drinking in descending order ; daily, four or five times a week, irregularly, once a week, two or three times a week 11. Distribution of amount of drinking in descending order ; two bottles, one bottle, three bottles, half, bottle above four bottles 12. Distribution of Chief Complaint of Alcohol in descending order ; no appetite and anorexia, diarrhrea insomnia, fatigue, vomitting, tremor, drinking water, hallucination, abdominal pain, constipation 13. Distribution of total MAST score in descending order ; 26-48 score, 13-18 score, 19-25 score, 8-12 score, 0-7 score 14. In the treatment effects according to MAST score, these were complete stop drinking 18.0%, improved 53.0%, unchanged 29.0%. 15. Distribution of liver function test and treatment effects in descending order ; ALAT, ASAT, GGTP, Trigliceride, Alk-phosphatase and Total bilirubin The treatment effects in ear acupuncture were 70.5% effective ones ; stop drinking 17.6%, improved 52.9%. 17. These were headache, nausea, vomitting sense, weakness in revealing symtoms after treatment, but no severe side effect. 18. Distribution of the times of onset in the change of taste in descending order; 3-5 times, below 2 times and above 6 times.

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마늘즙 투여가 흰쥐의 수은 독성에 미치는 영향 (Effects of Garlic Juice on Toxicity of Mercury in Rat)

  • 서화중;김영수;김경수;정두례
    • 한국식품영양과학회지
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    • 제23권6호
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    • pp.908-915
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    • 1994
  • 수은($HgCl_2$) 중독 흰쥐에서 마늘즙의 antidotic effect를 검토하기 위한 4주간 실험에서 흰쥐 체중 kg당 주 1회 수은을 2.5mg 투여하고 아울러 마늘즙을 매일 식이의 2%를 투여한 흰주의 성장율이 수은만을 투여한 흰주 보다 약 30% 증가(개선)되었다. 마늘즙 단독 투여군은 오히려 대조군 보다 상장율이 15% 증가되어 마늘이 일반 tonic 효과를 나타냈다. 혈액검사에서 수은 투여군(M)은 GPT, GOT 상승과 cholesterol, triglyceride, Alk.p의 병적 감소를 보이고, 무기수은 중독 표기 기관인 신장에 대한 그의 기능검사 지표항목인 BUN과 uric산 creatinine의 측정값들이 수은 투여로 상승했으나 마늘즙을 투여(MG군)하여 이들 측정값이 유의적으로 감소하였다. 혈액과 신장의 수은 함량 조사에서 대조군(0.015, 0.02ppm)과 비교한 수은만 투여군이 각각 0.46, 0.51ppm로 높으나 수은과 함께 마늘즙 투여군은 각각 0.3, 0.33ppm으로 유의적인 감소를 보였다. 따라서 마늘즙의 non protein sulfur amino acid가 수은에 대하여 antidotic effect을 갖는 것으로 관찰되었다.

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성층화된 저수지에서 CO2 NAF 산정 및 영향 인자 분석 (CO2 net atmospheric flux estimation and influence factors analysis in a stratified reservoir)

  • 박형석;정세웅;이은주
    • 한국수자원학회:학술대회논문집
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    • 한국수자원학회 2019년도 학술발표회
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    • pp.73-73
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    • 2019
  • 지구 표면의 약 2%에 해당하는 담수에서 육상계 전체가 흡수하는 탄소의 50%가 배출되며, 이는 토양표면에서 배출되는 탄소량에 비해 더 큰 수치로 전 지구적 탄소순환 해석에 중요한 역할을 한다. 특히, 내륙수역과 대기의 경계면에서 $CO_2$ 이동은 전 지구적 탄소순환의 중요한 구성요소로 평가되고 있다. 호수와 저수지 같은 담수 저류시설은 육상에서 기인한 탄소의 운송 및 처리 역할을 한다. 하지만, 저수지에서 온실가스배출량을 평가할 수 있는 명확한 방법론이 부족하며, 전지구 규모 GHGs배출량에 대한 추정에 대한 불확실성이 상당히 큰 상황이다. 본 연구에서는 몬순기후대에 위치한 인공저수지를 대상으로 보다 신뢰도있는 온실가스 배출량 추정을 위해 $CO_2$ NAF 산정하고, 산정에 영향을 미치는 인자들을 분석 하였다. 분석을 위해 $CO_2$ NAF 산정에 필요한 수리 및 수질 인자들을 2017년부터 2018년까지 수집하고, 기초통계량 및 상관분석을 실시하였다. 또한, 주성분분석(PCA) 및 다중선형회귀모델(MLR)과 랜덤포레스트(RF) 기법을 사용해 변수 중요도를 평가하였으며, $CO_2$ NAF 산정 주요인자인 기체교환 계수를 경험적 모델 3종(Cole and Caraco, Crusius, Vachon), 표면갱신형 모델 4종(Heiskanen, Maclntyre, Read, Soloviev)을 비교, 검토하였다. 조사기간 동안 기체교환계수 산정 결과 Crusius 모델 예측값이 평균 $0.342(0.047{\sim}4.323)cm\;hr^{-1}$으로 검토한 모델중 가장 낮은 평균값을 보였으며, Heiskane 모델이 $2.135(0.337{\sim}5.152)cm\;hr^{-1}$으로 가장 큰 평균값을 보였다. 대상 수체는 연주기로 완전혼합되며 수온성층이 약화되는 시기에 저수지 표층 아래에 축적된 탄소가 표층으로 전달되어 높은 수준의 p$CO_2$를 보이며, 수표면에 큰 난류 강도가 작용하는 기간에 대기중으로 배출(pulse emission) 기작이 나타난다. NAF 산정결과 경험적 모델의 NAF값($-1246.0{\sim}6510.3mg-CO_2m^{-2}day^{-1}$)은 표면갱신형 모델 NAF값($-1436.1{\sim}8485.7mg-CO_2m^{-2}day^{-1}$)보다 낮은 수준을 보였으며, 풍속의 함수만을 이용하는 경험적 모델보다 부력 플럭스와 난류 혼합의 영향을 고려하는 Macintyre, Heiskanen모델이 성층 저수지의 $CO_2$ NAF 산정에 적합한 것으로 나타났다. $CO_2$ NAF 산정의 주요인자로 MLR모델은 Tw, EC, pH, Chla, TOC, Alk, RF모델은 EC, DO, TOC가 중요 변수로 평가되었다. PCA 분석결과, 수온이 낮고 성층이 약화되며 pH가 낮은 상태에서 NAF가 큰 것으로 나타났다.

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포유동물의 배아 및 기간세포의 분화와 세포사멸 기작: I. 생쥐 배아줄기세포의 확립과 분화유도에 미치는 생식호르몬의 영향 (Differentiation and Apoptosis of the Mammalian Embryo and Embryonic Stem Cells(ESC): I. Establishment of Mouse ESC and Induction of Differentiation by Reproductive Hormones)

  • 성지혜;윤현수;이종수;김철근;김문규;윤용달
    • 한국발생생물학회지:발생과생식
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    • 제6권1호
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    • pp.55-66
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    • 2002
  • 배아줄기세포(embryonic stem cell, ESC)는 미분화상태로 지속적인 계대가 가능하며, 정상 핵형과 전 분화능(pluripotency)을 가져 생체내-외에서 분화 유도시 삼배엽성의 모든 세포로 분화 가능하다. ESC를 feeder 세포 없이 부유배양하면 배아체(embryoid body, EB)를 형성하고, 초기 배아 발생과 유사한 분화 양상을 갖는다. ESC의 분화 유도가 초기배아 발생처럼 생식호르몬(GTH: FSH, LH; steroids)의 영향을 받는지는 불명하다. 본 연구는 ESC가 분화과정중 생식호르몬처리에 의해 그들 수용체가 발현되는가를 알아보고자 하였다. 순계혈통 생쥐인 C57BL/6J에서 과배란 유도후 포배를 수획하고, 유사분열적으로 불활성화된 feeder 세포와 공배양하여, 계대배양 하는 중 배아줄기세포주(JHYl)를 확립하였다. JHY1의 alkaline phosphatase 활성과 SSEA-1, 3, 4 발현을 통해 ESC임을 확인하였다. Feeder 세포 없이 ESC를 계대배양 후 호르몬처리(FSH LH E$_2$, P$_4$, T)하에서 5일 동안 부유배양하여 배아체를 형성시키고, 이후 7일 동안 부착배양하여 분화를 유도하였다. GTH와 스테로이드의 수용체 발현 실험에서 ESC에 E$_2$ 처리에 의한 LHR의 발현 증가를 제외한 나머지 호르몬 처리군에서 ESC보다 낮은 생식호르몬의 수용체 발현이 관찰되었다. 생식호르몬을 농도별 수용체 발현 정도는 증감되지 않았다. 미분화 ESC 표지유전자인 Oct-4는 호르몬 처리군에서도 발현되었다. 각 배엽의 표지유전자들(영양세포, handl; 외배엽성, keratin와fgf-5; 중배엽성, enolase와 $\alpha$ -globin; 내배엽성, gata-4와 $\alpha$ -fetoprotein) 등의 발현 양상을 조사한 결과 호르몬 처리후 내배엽성 표지유전자외에는 발현 증가가 관찰되지 않았다. 즉 생식호르몬에 의해 gata-4, $\alpha$-fetoprotein의 발현이 증가되는 것으로 보아 내배엽성 계열로의 분화 유도가 이루어진 것으로 사료된다.

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