• 미생물학회지
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• 제46권4호
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• pp.405-408
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• 2010

점액세균의 16S rDNA에 특이적으로 부착하는 프라이머를 사용한 중합효소연쇄반응(PCR)을 통해 아산시와 우포늪에서 채취한 다섯 토양시료 내 점액세균의 다양성을 조사하였다. 점액세균의 16S rDNA을 갖는 76개 PCR 조각의 서열분석 결과, 표준균주와 95% 미만의 상동성을 보이는 5개의 신속 추정 점액세균이 관찰되어 국내 토양에 아직까지 분리되지 않은 많은 새로운 점액세균들이 존재함을 보여주었다.

• 한국동물학회지
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• 제20권1호
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• pp.41-48
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• 1977

Bleomycin에 의해 유발된 DNA 회복합성은 저농도 처리군에서는 농도의 증가에 따라 증가하며 $5\\mu$g/ml 군에서 조사한 전세포의 15%가 회복합성을 하여 최고율을 보인다. 고농도 처리군에서 DNA 회복합성율이 감소하며 처리 시간을 연장해도 그율은 변화가 없다. BUdR이나 IUdR을 전처리한군에서는 DNA회복합성을 증가시키는 것으로 판명됐으며 또한 고동도 처리군에서는 정상적인 DNA 합성을 억제한다. 시간 변화에 따른 실험에서는 처리한 bleomycin을 제거한후 24시간까지 DNA 회복합성이 계속됐다. 이들 결과는 bleomycin이 excision repair를 유발하는 효과적인 화학물질이 아니며, bleomycin에 의해 유발되는 DNA의 손상은 DNA 나선 절단뿐만 아니라 다른 형태의 DNA 손상도 유발함을 추측할수 있다.

• 미생물학회지
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• 제39권1호
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• pp.36-39
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• 2003

본 연구에서는 16S rDNA복합중합효소연쇄반응을 이용하여 중이 삼출액에서 미생물병인원에 대한 특성을 알아보았다. 중이염환자의 중이 삼출액에서의 미생물 병인원은 주로 streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae와 Moraxella catarrhalis이다. 26명의 환자로부터 39개의 중이염의 삼출액을 얻었고, 중이 삼출액에서 DNA를 추출하였다. PCR은 16S rDNA의 C4 region에서 21 base pair의 common primer와 각각 bacterium specific primers [(i) Haemophilus-specific primer (ii) Moraxella-specific primer and (iii) Streptococcus-specific primer]를 이용하여 수행하였다. 39 개의 중이염의 삼출액 시료 중에서, H. influenzae가 24 개(61.5%) 검출되었고, M. catarrhalis는 10 개(25.6%), S.pneumoniae는 3개 (7.7%)가 검출되었다. 16s rDNA 복합중합효소연쇄 반응 진단 결과,11 개(28%)의 중이삼출액 시료에서 음성을 나타내었다. 중이염의 중복감염은 9개의 중이 삼출액시료에서 관찰되었고, 이들은 모두 H.influenzae 와 M. catarrhalis 에 의한 중복감염이었다. 본 연구에서 저자 등은 165 rDNA 복합중합효소연쇄반응이 병원성 미생물을 빠르게 진단하고, 중이삼출액의 미생물 병인론을 추적할 수 있는 좋은 방법으로 제시하는 바이다.

• 식물분류학회지
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• 제43권2호
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• pp.139-145
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• 2013

국내에 자생하는 황기속(Astragalus L.) 식물인 정선황기(A. koraiensis)의 핵형을 분석하고, 5S 및 45S rDNA 유전자를 이용한 FISH 실험에 기초하여 세포유전학적 연구를 수행하였다. 핵형 분석 결과, 정선황기의 체세포 염색체수는 2n = 16으로, 기본 염색체수는 x = 8임을 확인하였다. 염색체 조성은 6쌍의 중부염색체(염색체 1, 3, 4, 5, 6, 8)와 2쌍의 차중부염색체(염색체 2, 7)로 구성되었다. 정선황기의 염색체상에서의 FISH 결과, 1쌍의 45S rDNA signal이 5번 염색체의 동원체 부위에서 관찰되었고, 2쌍의 5S rDNA signal이 4번 염색체의 단완 말단부위와 7번 염색체의 동원체 부위에서 관찰되었다. 이는 기존의 황기 및 제주황기, 몽골황기(A. mongholicus) 와는 전혀 다른 FISH 패턴을 보이고 있어 정선황기가 고유종임을 암시하지만, 형태학적으로 유사한 갯황기(A. sikokianus) 및 A. bhotanensis 와의 비교연구를 수행하여 정확한 분류학적 처리가 이루어져야 할 것이다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제25권1호
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• pp.21-25
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• 2009

Jujube trees infected with phytoplasma exhibit symptoms of typical witches' broom, such as yellowing, abnormally small leaves, short internodes and proliferation of shoots. A 1.2 kb fragment of the 16S rDNA from jujube phytoplasma was generated by R16F2n/R16R2 primer pair from earlier amplified P1/P7 PCR products of cloned jujube witches' broom phytoplasmas. Enzymatic restriction fragment length polymorphism (RFLP) and sequence analysis of 16S rDNA revealed that the jujube tree was infected with 16S rDNA I and V groups of phytoplasmas. Extensive comparative analyses of restriction enzyme profiles from Alu I, Hha I, Msp I, and Rsa I clearly classified the two into different phytoplasma groups. The phylogenie analyses based on 16S rDNA showed that the similarity of the two different clones was 87.5%. This is the first report of a mixed phytoplasmal infection in a single jujube tree.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제32권2호
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• pp.195-198
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• 2004

Molec-ular analysis was performed on the microflora found In the necrotic pulpal tissue collected from 5 infected root canals that were diagnosed as a periapical abscess. 16S rRNA coding gene (rDNA) library construction and sequencing were performed in order to identify the microflora, The 16S rDNA sequences from 278 clones were identified by a comparison with the database sequence in GenBank. Three phylum and 31 species, which were related to the oral microflora, were identified from the 3 samples (No. 87, 105, and 115). Dialister invisus (5.6％), Peptostreptococcus micron (18.3％), and Veillonella sp. (3.3％) were the organism present in all tee samples. Lac-tobacillusfementum (2.8％),Eubacterumsp./E. infirmum (6.7％), Shuttleworthiasatelles (3.9％), Psudorarnihacfer alactoiyticus (13.3％), Bulleidia moorei (2.8％), and Prevotella denticola (1.1％) were found in two samples. Two phylum and low species of environmental microflora were identified from 2 samples (No.95 and 101). The reason for this might be contamination of the samples with dental water. These results showed that molecular analysis could reveal more diverse microflora that are associated with endodontic infections than that revealed by conventional cultural methods. In addition, these results may of for the basic data to epidemiological studies related with endodontic infection.

• International Journal of Oral Biology
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• 제38권1호
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• pp.21-27
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• 2013

Anginosus group streptococci (AGS) were classified based on the nucleotide sequences of the 16S rRNA gene (16S rDNA) and comprised Streptococcus anginosus, Streptococcus intermedius, and Streptococcus constellatus. It is known that AGS is a causative factor of oral and systematic diseases. The purpose of this study was to discriminate the 56 clinical strains of AGS isolated from Korean oral cavities using phylogenetic analysis of 16S rDNA and species-specific PCR at the species-level. The 16S rDNA of clinical strains of AGS was sequenced using the dideoxy chain termination method and analyzed using MEGA version 5 software. PCR was performed to identify the clinical strains using species-specific primers described in previous studies and S. intermedius-specific PCR primers developed in our laboratory. The resulting phylogenetic data showed that the 16S rDNA sequences can delineate the S. anginosus, S. intermedius, and S. constellatus strains even though the 16S rDNA sequence similarity between S. intermedius and S. constellatus is above 98%. The PCR data showed that each species-specific PCR primer pair could discriminate between clinical strains at the species-level through phylogenetic analysis of 16S rDNA nucleotide sequences. These results suggest that phylogenetic analysis of 16S rDNA and PCR are useful tools for discriminating between AGS strains at the species-level.

• 한국약용작물학회지
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• 제26권2호
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• pp.113-118
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• 2018

Background: Gastrodia elata Blume is a saprophytic perennial plant in the Orchidaceae family, because of its agricultural and medicinal effectiveness, researchers focus on its genome and chemical components. However, cytogenetic information based on the chromosome structure and composition to construct chromosomal backbone for genome sequencing research and for the development and breeding of plants is very limited. Methods and Results: We determined the metaphase chromosome composition of the G. elata genome by fluorescence in situ hybridization (FISH) using 5S and 45S rDNAs and telomeric repeat probes. The nuclear genome of G. elata was organized into 2 n = 36, with relatively small ($2.71-5.50{\mu}m$)chromosomes that showed gradual decrease in size. Conglutination phenomenon was observed among the metaphase chromosomes, and it was distinguished from that in other plant metaphase chromosome spreads. One pair of signal was detected for each 5S and 45S rDNA in the pericentromeric region and interstitial region on the short arm of chromosomes 10 and 4, respectively, and telomeric DNA signals were detected in the terminal region of most chromosomes. Conclusions: To our knowledge, this is the first FISH chromosome composition result in G. elata and could be useful in more comprehensive molecular cytogenetic and genomic analyses as well as breeding programs of the medicinal plant G. elata.

• 한국응용곤충학회지
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• 제45권3호
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• pp.301-307
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• 2006

고추좀잠자리의 장으로부터 리그닌 분해활성을 보이는 미생물을 분리하였으며 16s rDNA 서열분석 및 생리 생화학적 동정에 의해 Serratia marcescens에 속하는 새로운 균주로 밝혀졌다. 분리된 균주는 리그닌 화합물을 포함하는 배지에서 배양하였을 때 cell growth의 증가에 따라 리그닌 화합물에 대한 분해능이 증가하였으며 48시간의 배양에 의해 20-45%의 분해능을 나타내었고, 특히 monomer 화합물인 vanillin 및 guaiacol과 dimer 화합물인 dealkaline 리그닌에 대한 분해능이 높았다. 분리된 균주 S. marcescens HY-5는 PCR에 의한 16S rDNA의 증폭과 denaturing gradient gel electrophoresis에 의한 장내 세균의 분포를 조사하였을 때 높은 밀도의 분포를 나타내었으며 서로 다른 지역에서 채집된 고추좀잠자리에서 공통적으로 발견되는 특징을 보여주었다.

• Ocean Science Journal
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• 제40권3호
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• pp.155-166
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• 2005

New PCR primers (N=18) were designed for the isolation of complete SSU to LSU rDNA sequences from the dinoflagellate Alexandrium tamarense. Standard PCR, employing each primer set selected for amplifications of less than 1.5 kb, successfully amplified the expected rDNA regions of A. tamarense (Korean isolate, HY970328M). Complete SSU, LSU rDNAs and ITS sequences, including 5.8S rDNA, were recorded at 1,800 bp, 520 bp and 3,393 bp, respectively. The LSU rDNA sequence was the first report in Alexandrium genus. No intron was found in the LSU rRNA coding region. Twelve D-domains within the LSU rDNA were put together into 1,879 bp (44.4% G+C), and cores into 1514 bp (42.8% G+C). The core sequence was significantly different (0.0867 of genetic distance, 91% sequence similarity) in comparison with Prorocentrum micans (GenBank access. no. X16108). The D2 region was the longest in length (300 bp) and highly variable among the 12 D-domains. In a phylogenetic analysis using complete LSU rDNA sequences of a variety of phytoplankton, A. tamarense was clearly separated with high resolution against other species. The result suggests that the sequence may resolve the taxonomic ambiguities of Alexandrium genus, particularly of the tamarensis complex.