• Biotechnology and Bioprocess Engineering:BBE
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• 제8권3호
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• pp.199-204
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• 2003

Among 59 Korean isolated, 20 were confirmed as members of the genus Bifidobaferium species based on gram staining, microscopic examination of cell morphology and the TLC method, The oxygen tolerance and antioxidative activities of these 20 Bifidobacterium strains and 5 standard Bifidobaferium strains were tested. All the strains demonstrated antioxidative activities as regards inhibiting linoleic acid peroxidation. The antioxidative activities of isolated and standard strains were found to range from 10.7-46.4% and from 10.7-22.2%, respectively. In addition, all tested strains exhibited a Scavenging ability on DPPH free radicals, range from 15-41% for the isolated strains and 8.3-22% for the standard strain. Accordingly. the isolated Bifidobarterium strains demonstrated higher antioxidative artivities than the 5 standa rd Bifidobarterium strains. On the base of grades for each test, HJL 7511 was identified 35 the best strain, followed by HJL 7501. 2 strains were identified with Polymerase Chain Reaction (PCR) assay using group-specific primers designed from the nucleotide Sequences of the 16S rRNA and internal transcribed spacer (ITS) regions of the Bifidobacteria. Based on the Sequencing results, HJL 7511 and HJL 7501 were identified as Bifidobacterium infantis.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제29권4호
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• pp.234-239
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• 2001

천연풍미소재로 정미성 nucleotide 함량이 높은 효모추출물을 만들기 위해서 세포내 RNA 함량이 높은 효모균주 S , cerevisat MTY 62를 선별하여TRh, 당밀과 CSL배지로 발효조 회분배양과 유가배양을 수행하였다. 여러가지 단양한 간헐적 유가배양 중에서 40% 당밀과 20% CSL의농축기질액을 50ml 다섯번 공급하는 간헐적 유가배양 (IFB-IV) 에서 최대 세포농도는 33.8g-DCW/1 RNA 농도는 5221 mg/l RNA 함량은 153 mg-RNA/g DCW 값을 나타내었다. 일정속도의 유가배양에서는 기질 요액(40% molasses, 20% CSL)을 배양 9~13시간에서는 49 ml/h 13~21 이시간에서는 24 ml/h 그 이후로는 18 ml/h 로 기질공급속도를 단계적으로 감소시키는 유가배양 (CFB-III) 에서 42.7g-DCW-1 최대 세포농도를 5545 mg RNA/1의 RNA농도를 보여, 간헐적 및 일정 속도 유가배양 중에서 가장 높은 세포농도와 RNA 농도 값을 나타내었다. 그러나 RNA 함량 면에서는 가장 낮은 130 mg-RNA/g-DCW 값을 보여다. 즉 세포농도가 높을수록 RNA 함량은 감소하는 경향을 나타내었다. 이 상의 두 가지 유가배양에 대해 비증식속도 ($\mu$)에 따른 RNA 함량을 조사한 결과, $\mu$값이 증가할수록 RNA 함량도 증가하였다. 그러나 일정한 $\mu$에서는 일정속도의 기질공급 방식보다 간헐적 기질공급 방식이 더 높은 RNA 함량을 나타내었다.

• 미생물학회지
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• 제44권3호
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• pp.237-243
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• 2008

충남 계룡산 북사면 지역의 대표군락인 상수리림과 소나무림 부식토의 화학적 및 미생물학적 특성을 비교검토한 결과, 상수리림 부식토의 pH는 $5.3\pm0.4$, 소나무림의 pH는 $4.1\pm0.9$이었으며, 소나무림 부식토 내 탄질율은 $21.76\pm8%$로 상수리림보다 높게 나타났다. 상수리림과 소나무림 부식토 내 총 유기산은 각각 69.57 mM/g dry soil, 153.72 mM/g dry soil로 나타났으며 소나무림 부식토 내 glutamine, pyruvate, succinate, lactic acid 및 acetic acid의 함량이 상수리림 부식토에 비해 약 $1.5\sim4.5$배 높게 나타났다. 상수리림 부식토 내 전세균수는 소나무림 보다 약 16배, 생균수는 약 2배 높게 검출되었다. 각 부식토로부터 직접 DNA를 추출하여 16S rRNA-ARDRA법에 의한 세균군집의 계통학적 특성을 평가한 결과, 상수리림 부식토로부터 분리된 대표 clone은 ${\alpha}-$, ${\beta}-$, ${\gamma}-$, ${\delta}$-Proteobacteria, Firmicutes, Acidobacteria 및 Actinobacteria의 7개 계통군이 확인되었고, 소나무림 부식토외 대표 clone은 ${\alpha}-$, ${\beta}-$, ${\gamma}$-Proteobacteria, Actinobacteria, Acidobacteria, Planctomycetes, Verrucomicrobia 그리고 Bacteroidetes의 8개의 계통군이 확인되었다. Shannon-Wiener법에 의해 다양성 지수를 산출한 결과, 소나무림 부식토 내 세균군집의 다양도는 3.63으로 상수리림보다 높게 나타났으며 PCA 분석을 실시한 결과, Clusters I에 속하는 모든 clone은 상수리림 부식토에서 유래된 clone이었으며, Clusters II에 속하는 clone의 67%, Clusters III에 속하는 clone의 63%가 소나무림 부식층 토양으로부터 유래된 clone으로 확인되어 상수리림과 소나무림 부식토내 세균 군집구조는 매우 특징적인 계통학적 특성을 나타내었다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제15권20호
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• pp.8893-8900
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• 2014

Dysregulated expression of microRNAs (miRNAs) has been shown to be closely associated with tumor development, progression, and carcinogenesis. However, their clinical implications for gastric cancer remain elusive. To investigate the hypothesis that genome-wide alternations of miRNAs differentiate gastric cancer tissues from those matched adjacent non-tumor tissues (ANTTs), miRNA arrays were employed to examine miRNA expression profiles for the 5-pair discovery stage, and the quantitative real-time polymerase chain reaction (qRTPCR) was applied to validate candidate miRNAs for 48-pair validation stage. Furthermore, the relationship between altered miRNA and clinicopathological features and prognosis of gastric cancer was explored. Among a total of 1,146 miRNAs analyzed, 16 miRNAs were found to be significantly different expressed in tissues from gastric cancer compared to ANTTs (p<0.05). qRT-PCR further confirmed the variation in expression of miR-193b and miR-196a in the validation stage. Down-expression of miR-193b was significantly correlated with Lauren type, differentiation, UICC stage, invasion, and metastasis of gastric cancer (p<0.05), while over-expression of miR-196a was significantly associated with poor differentiation (p=0.022). Moreover, binary logistic regression analysis demonstrated that the UICC stage was a significant risk factor for down-expression of miR-193b (adjusted OR=8.69; 95%CI=1.06-56.91; p=0.043). Additionally, Kaplan-Meier survival curves indicated that patients with a high fold-change of down-regulated miR-193b had a significantly shorter survival time (n=19; median survival=29 months) compared to patients with a low fold-change of down-regulated miR-193b (n=29; median survival=54 months) (p=0.001). Overall survival time of patients with a low fold-change of up-regulated miR-196a (n=27; median survival=52 months) was significantly longer than that of patients with a high fold-change of up-regulated miR-196a (n=21; median survival=46 months) (p=0.003). Hence, miR-193b and miR-196a may be applied as novel and promising prognostic markers in gastric cancer.

• 생명과학회지
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• 제27권1호
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• pp.89-94
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• 2017

포도과(Vitaceae) 포도속(Vitis) 식물들 19종의 intergenic spacer 1 및 intergenic spacer 2의 염기서열을 Genbank에서 수집하였다. 그러나 국내에서 흔하게 발견되는 포도과 포도속 식물인 까마귀머루(Vitis thunbergii var. sinuata)와 포도과 개머루속 식물인 개머루(Ampelopsis brevipedunculata var. heterophylla)의 염기서열은 Genbank에서 발견할 수 없었다. 따라서 개머루와 까마귀머루를 채집하고 genomic DNA를 분리하여서 18S rDNA, ITS1, 5.8S rDNA, ITS2 및 28S rDNA의 일부를 증폭하고, 그 염기서열을 분석하였다. 이렇게 얻어진 염기서열을 다른 포도속 식물들의 염기서열과 MUSCLE (Multiple sequence comparison by log-expectation) algorithm으로 서로 비교하여 neighbor-joining tree 및 pairwise distance (p-distance)를 계산해 보았다. 그 결과 국내 자생종인 개머루와 까마귀 머루는 서로 간에는 높은 상동성을 보이지만 외국의 포도속 식물들과는 유전적 상관관계가 상당히 멀다는 것을 발견할 수 있었다. 이것은 아마도 우리나라 자생종들의 경우에 오랜 시간 동안 외국의 포도속 식물들과 지리적으로 격리된 상태에서 독립적으로 진화한 결과가 아닌가 생각된다. 또한 개머루와 까마귀머루의 염기서열의 상동성이 높은 데에도 불구하고, 형태를 기준으로 하는 기존의 분류체계에 따라서 개머루는 개머루속으로 까마귀머루는 포도속으로 분류가 되고 있다. 형태를 기준으로 하는 기존의 분류체계와 염기서열을 기준으로 하는 유전적 분류체계간의 괴리를 본 연구에서 다시 한 번 확인할 수 있었다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제32권2호
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• pp.241-248
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• 2019

Objective: To isolate and identify new methanogens from the rumen of Holstein steers in Korea. Methods: Representative rumen contents were obtained from three ruminally cannulated Holstein steers ($793{\pm}8kg$). Pre-reduced media were used for the growth and isolation of methanogens. Optimum growth temperature, pH, and sodium chloride (NaCl) concentration as well as substrate utilization and antibiotic tolerance were investigated to determine the physiological characteristics of the isolated strain. Furthermore, the isolate was microscopically studied for its morphology. Polymerase chain reaction of 16S rRNA and mcrA gene-based amplicons was used for identification. Results: One strain designated as KOR-2 was isolated and found to be a non-motile irregular coccus with a diameter of 0.2 to $0.5{\mu}m$. KOR-2 utilized $H_2+CO_2$ and formate but was unable to metabolize acetate, methanol, trimethylamine, 2-propanol, and isobutanol for growth and methane production. The optimum temperature and pH for the growth of KOR-2 were $38^{\circ}C$ and 6.8 to 7.0, respectively, while the optimum NaCl concentration essential for KOR-2 growth was 1.0% (w/v). KOR-2 tolerated ampicillin, penicillin G, kanamycin, spectromycin, and tetracycline. In contrast, the cell growth was inhibited by chloramphenicol. Phylogenetic analysis of 16S rRNA and mcrA genes revealed the relatedness between KOR-2 and Methanoculleus bourgensis. Conclusion: Based on the physiological and phylogenetic characteristics, KOR-2 was thought to be a new strain within the genus Methanoculleus and named Methanoculleus bourgensis KOR-2.

• 미생물학회지
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• 제54권4호
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• pp.428-435
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• 2018

본 연구는 담수환경에서 항균활성을 보유한 미생물을 발굴하고, 활성 증진을 위해 배양조건을 최적화하는 것이다. 상주시 중동면 오상저수지에서 시료를 채취하여 38종의 미생물을 순수분리하였다. 16S rRNA 염기서열 분석에 근거하여 Proteobacteria강(22종), Actinobacteria강(7종), Bacteroidetes강(6종), Firmicutes강(3종)으로 구성되어있는 것을 확인하였다. 메티실린내성 황색포도상구군 등 10종의 유해미생물에 대한 항균활성을 보유한 Burkholderia sp. OS17 균주를 선발하였다. 항균활성 증진을 위한 상용배지, 온도, 초기 pH별 생육 및 항균활성 비교실험을 수행하였다. OS17 균주는 YPD 배지, $35^{\circ}C$, pH 6.5로 배양했을 때 가장 활성이 높았다. LB, NB, TSB, R2A 배지와 $20^{\circ}C$, $25^{\circ}C$ 배양했을 때는 생장은 가능하나 항균활성이 전혀 없었다. 이전결과를 바탕으로 YPD 배지, $35^{\circ}C$에서 배양하면서 5 L fermenter를 이용하여 생육, 항균활성, pH 확인을 통해 배양 48시간을 최적 배양시간으로 선정하였다. 항균활성을 보유한 미생물의 배양 최적화는 항균물질 생산에 영향을 미치고, 이는 상업적 응용에 이점으로 작용할 수 있다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제52권5호
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• pp.471-478
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• 2014

Trichomonad species inhabit a variety of vertebrate hosts; however, their potential zoonotic transmission has not been clearly addressed, especially with regard to human infection. Twenty-one strains of trichomonads isolated from humans (5 isolates), pigs (6 isolates), rodents (6 isolates), a water buffalo (1 isolate), a cow (1 isolate), a goat (1 isolate), and a dog (1 isolate) were collected in Indonesia and molecularly characterized. The DNA sequences of the partial 18S small subunit ribosomal RNA (rRNA) gene or 5.8S rRNA gene locus with its flanking regions (internal transcribed spacer region, ITS1 and ITS2) were identified in various trichomonads; Simplicimonas sp., Hexamastix mitis, and Hypotrichomonas sp. from rodents, and Tetratrichomonas sp. and Trichomonas sp. from pigs. All of these species were not detected in humans, whereas Pentatrichomonas hominis was identified in humans, pigs, the dog, the water buffalo, the cow, and the goat. Even when using the high-resolution gene locus of the ITS regions, all P. hominis strains were genetically identical; thus zoonotic transmission between humans and these closely related mammals may be occurring in the area investigated. The detection of Simplicimonas sp. in rodents (Rattus exulans) and P. hominis in water buffalo in this study revealed newly recognized host adaptations and suggested the existence of remaining unrevealed ranges of hosts in the trichomonad species.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제53권5호
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• pp.419-428
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• 2011

본 연구는 구멍갈파래 급여가 육계 혈액 내 항산화, 면역조절 효과에 미치는 영향을 구명하기 위해 실시 하였으며, 이를 위해 LPS로 염증반응이 유도된 육계에서 혈액 SOD 유사 활성, immunoglobulin 농도 및 비장 조직 내 cytokine mRNA 발현을 조사하였다. 공시계로는 1일령 Ross종 육계수컷 96수를 선별하여, 육계전기(0~3주), 육계후기(3~5주)의 5주 동안 사양시험을 실시하였다. 처리당 24수(3수${\times}$8반복)씩 4처리구에 총 96수를 임의배치 하여 실시하였다. 시험구 배치는 무첨가구(Negative Control ; NC), 시판 면역증강제 첨가구(Positive Control ; PC, ${\beta}$-glucan 25 ppm), 구멍갈파래 분말 3% 첨가구(Ulva pertusa kjellman Powder ; Ulva P) 및 구멍갈파래 추출물 0.3% 첨가구(Ulva pertusa kjellman Extract ; Ulva E)로 배치하였다. 혈액 내 SOD 유사 활성을 분석한 결과 구멍갈파래 첨가구 (Ulva P, Ulva E)는 무첨가구와 면역제제 첨가구보다 높은 항산화 활성을 가지는 것으로 나타났다(P<0.05). immunoglobulin 농도에서 IgA와 IgG 농도는 처리구간의 차이가 나타나지 않았지만 IgM농도에서 구멍갈파래 추출물 처리구가 무첨가구에 비해 유의적으로 낮은 수준을 나타냈다(P<0.05). 이는 구멍갈파래 추출물이 LPS에 대한 면역자극을 조절하여 과잉면역반응을 억제한 것으로 사료된다. 비장 조직 내 cytokine mRNA 발현량을 조사한 결과 IL-1, IL-2 및 IL-6에서 처리구별 공통적인 차이를 나타내었는데 구멍갈파래 처리구(Ulva P, Ulva E)의 mRNA 발현 비율이 무첨가구와 면역제제 처리구에 비해 낮았으며, 구멍갈파래 처리 간 비교에서 구멍갈파래 추출물이 분말보다 더 낮았다(P<0.05). iNOS의 경우 구멍갈파래 분말 첨가구는 무첨가구와 유의적인 차이가 없었지만 구멍갈파래 추출물 첨가구는 모든 처리구보다 iNOS의 발현이 낮았다(P<0.05). 구멍갈파래 분말과 추출물은 LPS 주입에 의한 염증 관련 사이토카인 mRNA 발현을 억제하는 경향을 나타내며, 특히 구멍갈파래 추출물이 발현억제 효과가 더 높은 것으로 확인되었다(P<0.05). 본 연구 결과 육계에서 구멍갈파래 급여는 염증, 질병의 원인인 활성산소 제거에 효과가 있다고 사료된다. 특히 구멍갈파래 추출물은 혈액 내 IgM의 농도를 조절하여 외부항원에 대한 과잉면역반응을 억제하고 염증 관련 cytokine mRNA 발현을 억제하여 육계 면역조절에 긍적적인 영향을 미치는 것으로 사료된다.

• 한국환경보건학회지
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• 제39권6호
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• pp.513-521
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• 2013

Objectives: This study was performed in order to detect indicator bacteria in drinking spring water (DSW) samples in Seoul Metropolitan City, and to identify their genus through 16S rRNA sequencing and then assessing the genetic relation of their strains. Methods: For indicator bacteria detection and identification of total coliforms, we analyzed DSW between the spring and summer seasons. In particular, DSW samples were chosen from sites repeatedly found unsatisfactory in recent years. Results: Heterotrophic plate counts of DSW in the spring and summer season were investigated in the range of 0-550 and 0-800 CFU/mL, respectively. Total coliforms of these were 0-1,900 and 0-2,100 CFU/100mL, fecal coliforms were 0-600 and 0-550 CFU/100mL, and Escherichia coli were 0-7 and 0-326 MPN/100mL. The detection ratio of fecal pollution indicators and that of fecal coliforms increased to 58.6% in the summer from 12.5% in the spring and Escherichia coli increased to 51.4% from 4.7%. As a result of genetic analysis on the isolated bacteria, the genus of total coliforms was classified in the order of Enterobacter spp. 12.7%, Serratia spp. 7.3%, E. hermanii 6.4%, Rahnella spp. 5.5%, Hafnia spp. 4.5%, Escherichia coli 3.6%, Klebsiella spp. 3.6% in the spring season. In the summer season, it was classified in order of Klebsiella spp. 16.6%, Enterobacter spp. 13.0%, Escherichia coli 11.0%, Serratia spp. 8.6%, Raoultella spp. 7.0%, Kluyvera spp. 5.6% and Citrobacter spp. 3.0%. Conclusions: The increase of fecal pollution in summer indicates that special attention to drinking DSW is required.