• Journal of Microbiology
• /
• 제35권2호
• /
• pp.79-86
• /
• 1997

For the phylogenetic study of the genus Trichaptum, nuclear ribosomal DNA sequences from eight strains of four Trichaptium species were examined. Phylogenetic trees were constructed using molecular data on 18 rDNA and 5.8S rDNA and thei ITSs. Parsimony analyses of the Trichaptum species showed that T. biforme and T. laricinum made a monophyletic group respectively, suggesting that each species is phylogenetically independent. However, T. abietum represented a polyphyletic group and T. fusco-violaceum formed a polytomous group, suggesting that these species could be in the process of evolutionary differentiation. Examination of base substitutions of the 18S rRNA gene reveals that the C-T transition is most predominant and that there is a stronger transition bias between closely related organisms rather than between distantly related ones.

• Applied Biological Chemistry
• /
• 제21권2호
• /
• pp.84-102
• /
• 1978

대맥(大麥) 무배아반편종자(無胚芽半片種子)에 $10{\mu}M$ GA를 처리(處理)하여 배양(培養) 10시간(時間)에 배지(培地)에서 ABA의 농도(濃度)가 각각(各各) $0.1{\mu}M,\;5{\mu}M$ 및 $10{\mu}M$이 되도록 ABA 용액(溶液)을 첨가하여 ${\alpha}-amylase$ 생성(生成)의 소장(消長)을 그리고 $10{\mu}M$ GA와 $10{\mu}M$ ABA 혼합액(混合液) 처리(處理)하여 10시간(時間) 배양(培養) 후(後) 핵산(核酸)의 거동을 $10{\mu}M$ GA처리구(處理區)의 그것과 비교(比較)하였다. 대맥(大麥) 초엽(？葉)에 $10{\mu}M$ GA와 $10{\mu}M$ ABA를 처리(處理)하여 초엽의 생육(生育), chlorophyll, RNase의 활성(活性), 단백질(蛋白質) 및 총(繼) RNA 함량(含量)의 소장(消長)을 처리구(處理區)의 그들과 비교(比較)하였고 이들 hormone 처리(處理) 20시간(時間) 배양후(培養後) 핵산(核酸)의 거동 및 polysome과 menosome의 상대적(相對的) 분포(分布)를 조사(調査)하여 몇 가지 결론(結論)을 얻었으며 그 결과(結果)를 요약(要約)하면 다음과 같다. 1) GA 처리(處理)에 의(依)한 총(總) ${\alpha}-amylase$의 생성(生成)은 시간(時間)의 경과(經過)에 따라 직선적(直線的)으로 증가(增加)하였으며 ${\alpha}-amylase$의 분비(分泌)는 배양(培養) 18시간(時間)부터 활발(活潑)하였다. 2) $0.1{\mu}M$ ABA 첨가는 ${\alpha}-amylase$의 생성(生成)을 부분적(部分的)으로 저해(沮害)시켰으나 $5{\mu}M$ 및 $10{\mu}M$ ABA 첨가는 다같이 첨가 4시간(時間) 후(後)에 완전(完全)히 ${\alpha}-amylase$의 생성(生成)을 저해(沮害)시켰으며, 배양과정중(培養過程中) $5{\mu}M$ ABA 첨가는 GA의 농도(濃度)에 관계(關係)없이 완전(完全)히 ${\alpha}-amylase$의 생성(生成)을 저해(沮害)시켰다. 3) ABA는 무배아반편종자(無胚芽半片種子)에서 ${\alpha}-amylase$의 분비(分泌)에 별(別) 영향(影響)을 주지 않았다. 4) 무배아반편종자(無胚芽半片種子)에서 GA 단독(單獨) 처리구(處理區)와 GA-ABA 처리구간(處理區間)에 핵산(核酸)의 분획(分劃)에서 별(別) 이(異)가 없었다. 5) 초엽에서 GA의 처리(處理)는 r-RNA 획분(劃分)을 증가(增加)시킨 반면(反面) ABA 처리(處理)는 r-RNA 획분(劃分)을 감소(減少)시킴과 동시(同時)에 s-RNA 획분(劃分)을 증가(增加)시켰는권(權) 이는 이들 hormone이 RNase의 활성(活性)에 상이(相異)한 영향(影響)을 준 것으로 보였다. 6) 초엽에서 ABA 처리(處理)는 RNA-DNA 획분(劃分)의 성분비(成分比)를 감소(減少)시켰다. 7) 초엽에서 GA 처리(處理)는 RNase의 활성(活性)을 감소(減少)시켰으나 ABA 처리(處理)는 이의 활성(活性)을 증대(增大)시켰다. 8) 초엽에서 GA 처리(處理)는 총(總) RNA에 큰 영향(影響)을 주지 않았으나 ABA 처리(處理)는 이를 현저히 감소(減少)시켰다. 9) 초엽에 있어서 GA 처리(處理)는 초엽의 생장(生長) 및 chlorophyll 함량(含量)을 증가(增加)시켰으나 ABA 처리(處理)는 이들을 감소(減少)시켰다. 10) 초엽에서 GA 처리(處理)는 단백질(蛋白質) 및 polysome의 형성(形成)을 촉진(促進)시켰으나 ABA 처리(處理)는 이들을 감소(減少)시켰다. 11) ABA 처리(處理)는 polysome의 형성(形成)이 저해(沮害)되는 까닭은 ABA가 r-RNA의 합성(合成)을 저해(沮害)하는 것으로 보였다.

• 미생물학회지
• /
• 제26권4호
• /
• pp.305-311
• /
• 1988

Slow growing R. japonicum R-l68 균주로부터 spectinomycin 내성 균주를 선발하고 이 Rhizobium내에 Tn-5를 도입시키기 위하여 Tn5가 함유된 E. coli WA 803/pGS9과의 conjugation을 통한 transposon mutagenesis를 실시하였다. 이때 C conjugation을 통한 Tn5 전이 빈도는 $1.0\times 10^{-5}-5.0\times 10^{-7}$ 범위 이였으며, 얻어진 transconjugant들은 spectinomycin (($100{\mu}$g/ml)과 kanamycin ($50{\mu}$g/ml)을 함유한 yeast extract-mannitol 배지에서 8-10일 배양후 colony를 형성하였다. 또한 transconjugant들은 genome상에 Tn-5를 함유하고 있음을 hybridization-을 통하여 확인하였다. 한편 nodule은 형성 하나 질소고정 활성이 없는 돌연변이주 R. japonicum RMa 75 $nod^{+}fix^{-}$ 균주를 선발하였는데 이 균주는 nodule내에 leghemoglobin이 결핍되어 있음이 확인되었다.

• 환경생물
• /
• 제25권4호
• /
• pp.349-355
• /
• 2007

지렁이과 (family Megascolecidae) 왕지렁이속 (genus Amynthas) 그룹을 rDNA ITS 유전자를 이용하여 계통 유연관계를 알아보고자 하였다. 2과 10속에서 26종의 DNA 염기서열을 이용하여 종간 계통적 유연관계를 MP (Maximum Parsimony), NJ (Neighbor Joining), QP (Quartet Puzzling)로 계통도를 작성하였다. 염기서열이 확보된 Megascolecidae (지렁이과)의 국내외 26종에 대한 계통 분석은 위 3개의 알고리즘 모두 동일한 5개의 그룹으로 나뉘는 것을 확인하였다. 또한 Amynthas 속은 크게 한국산 그룹과 필리핀산 그룹으로 구분되었다. 첫 번째 그룹, Amynthas jirensis, A. agrestis, A. gucheonensis, A. sopaikensis, A. bubonis, A. multimaculatus, A. koreanus, A. dageletensis, A. heteropodus, A. odaesanensis, Pontoscolex sp., Pheretima sp. 1와 다른 그룹, Dendropheretima banahawensis. Amynthas halconensis, A. isarogensis, A. mindrooensis, Pithemera sp. 2, Pithmera sp. 1, and Pleionogaster sp.이다. 이는 ITS 유전자가 속간의 차이를 보여주는 것보다 동일한 속이라 하더라도 지리적 차이에 따른 환경의 영향을 받았음을 알 수 있다. 즉 형태적 분화가 이루어졌다고 하더라도 유전적으로는 동질성을 나타내고 있음을 알 수 있다. 형태적 특징에 의한 명백한 차이는 구분되지 않았다.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
• /
• 제36권2호
• /
• pp.113-122
• /
• 2020

From a moss sample, we isolated and identified Notohymena gangwonensis Kim et al., 2019 based on morphological and molecular data. The moss and type population has completely identical 18S rRNA (nuclear small subunit ribosomal RNA) gene sequences and both are highly similar in morphological and morphometric attributes, except for the diameter and arrangement of the cortical granules. Thus, we reexamined the type materials(i.e., micrographs and gDNA) and resulted in finding mistakes made by the authors of the species. Based on these data and supporting materials newly obtained (i.e., internal transcribed spacer [ITS] 1, ITS2, 5.8S, and partial 28S rDNA sequences, and scanning electron micrographs), we provide improved diagnosis of the species to clarify its identity. In addition, a key for Notohymena species is provided.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제24권11호
• /
• pp.1464-1472
• /
• 2014

The microbial community structures of two continuous stirred tank reactors digesting turkey manure with pine wood shavings as well as chicken and swine manure were investigated. The reactor fed with chicken/swine wastes displayed the highest organic acids concentration (up to 15.2 g/l) and ammonia concentration (up to 3.7 g/l ammonium nitrogen) and generated a higher biogas yield (up to $366ml/g_{VS}$) compared with the reactor supplied with turkey wastes (1.5-1.8 g/l of organic acids and 1.6-1.7 g/l of ammonium levels; biogas yield was up to $195ml/g_{VS}$). The microbial community diversity was assessed using both sequencing and profiling terminal restriction fragment length polymorphisms of 16S rRNA genes. Additionally, methanogens were analyzed using methyl coenzyme M reductase alpha subunit (mcrA) genes. The bacterial community was dominated by members of unclassified Clostridiales with the prevalence of specific clostridial phylotypes in each reactor, indicating the effect of the substrate type on the community structure. Of the methanogenic archaea, methanogens of the genus Methanosarcina were found in high proportions in both reactors with specific methanosarcinas in each reactor, whereas the strict hydrogenotrophic methanogens of Methanoculleus sp. were found at significant levels only in the reactor fed with chicken/swine manure (based on the analyses of 16S rRNA gene). This suggests that among methanogenic archaea, Methanosarcina species which have different metabolic capabilities, including aceticlastic and hydrogenotrophic methanogenesis, were mainly involved in anaerobic digestion of turkey wastes.

• 원예과학기술지
• /
• 제31권6호
• /
• pp.657-665
• /
• 2013

본 연구의 목적은 한국잔디에 발생하는 병해 중 가장 큰 피해를 나타내는 갈색퍼짐병의 생물학적 방제를 위해 새로운 길항 미생물을 분리하고 그 방제효과를 기내 및 생물검정을 통해 확인하는 것이다. 갈색퍼짐병에 항균활성을 갖는 길항미생물을 선발하고자 토양으로부터 미생물을 분리하여 R. solani AG2-2 (IV)와의 대치배양을 통해 61균주를 1차로 선발하였으며, 선발 균주 중 R. solani AG2-2(IV)의 균사 생육 억제력이 가장 큰 3종의 균주 I-009, FRIN-001-1 및 YPIN-022를 최종 길항미생물로 선발하였다. 이들 세 분리균주의 16s rRNA 염기서열을 분석한 결과 I-009와 FRIN-001-1은 Bacillus 속에 속하였고, YPIN-022 균주는 Pseudomonas 속의 미생물로 확인되었다. 배양여액을 이용한 R. solani AG2-2 (IV)의 균체량 측정결과 선발 길항미생물 모두 51.7-63.5%의 균체 증식 억제력을 확인하였다. 장성에서 수확한 들잔디의 일종인 장성중지를 생육상에서 활착시킨 후 조사한 생물검정에서 잔디줄기 위에 균체 발생율은 I-009와 YPIN-022 균주 처리구에서 각각 60.3%와 65.0%로 갈색퍼짐병 병원균 단독처리구에 비하여 28.1%와 23.7%의 병 발생 억제효과를 나타냈으나, FRIN-001-1 균주 처리구는 47.8%의 균체발생율을 보여 비교적 높은 43.0%의 병 발생 억제율을 보였다. 본 연구결과 한국잔디 갈색퍼짐병에 대한 병 발생 억제율이 가장 우수한 선발 길항미생물 균주는 FRIN-001-1였고, 향후 추가적인 포장검증을 통해 한국잔디 이용지역을 위한 생물농약 개발에 활용될 수 있을 것으로 기대된다.

• 환경생물
• /
• 제29권3호
• /
• pp.154-161
• /
• 2011

제주도 숨은물벵뒤 습지에서 Betaproteobacteria의 종다양성을 조사하였고, 신분류군 후보 22균주를 확보하였다. 분리주의 16S rRNA 유전자 염기서열을 분석한 결과Burkholderiaceae (3균주), Comamonadaceae (8균주), Oxalobacteraceae (5균주) 및 Neisseriaceae (5균주) 등 4개 과에 속한 15속, 그리고 소속 미상의 Burkholderiales 소속1속(1균주)으로 동정되었다. Chromobacterium 속에 속한 3종의 신분류군 후보를 확보하였고, Burkholderia, Comamonas, Pelomonas 및 Herbaspirillum의 4속에는 각각 2종씩, 그리고 나머지 속은 각각 1종씩의 신분류군 후보를 확보할 수 있었다. 이들 신분류군 후보에 대해 형태 및 배양학적 특징의 분석과 더불어 막지방산 및 API 20NE 분석을 실시하여 22종의 신분류군 후보에 대한 특징을 기술하였다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제13권6호
• /
• pp.942-948
• /
• 2003

Soil samples were obtained from 5 sites contaminated with polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs). These soil samples were cultured in using phenanthrene as a sole carbon and energy source, and 36 strains of phenanthrene-degrading bacteria were isolated from 3 sites. Most of them degraded 500 ppm of phenanthrene within 8 to 10 days, and these isolates could degrade a few other PAHs other than phenanthrene. Their genotypes were determined by restriction digests of the l6S rRNA genes [amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA)]. It was found that all the phenanthrene degrading isolates were included in 4 ARDRA types, and they showed a strict site endemism. l6S rDNAs of 12 strains selected from different sites were sequenced, and they were all confirmed as Sphingomonas strains. Their l6S rDNA sequences were compared for phylogenetic analysis; their sequence showed a similar result to ARDRA typing, thus indicating that these heterotrophic soil bacteria are not regionally mixed. In addition, it was found that the microbial diversity among sampling sites could be monitored by l6S rDNA PCR-RFLP pattern alone, which is simpler and easier to perform, without l6S rDNA sequence analysis.

• 대한환경공학회지
• /
• 제29권4호
• /
• pp.452-459
• /
• 2007

부유 및 부착성장 미생물을 이용한 접촉안정형 영양염류처리 하이브리드공정은 질산화 반응조내에 EPS(Expanded Poly-Styrene) 여재를 충진하여 autotrophs와 heterotrophs의 분리성장과 질산화균의 우점화를 도모함으로써 수리학적체류시간 6시간 이내에서도 양호한 처리수질을 얻을 수 있는 공정이다. 본 공정의 운전결과 방류수의 $BOD_5,\;COD_{Mn}$, SS의 평균농도는 5.2 mg/L, 7.3 mg/L, 4.9 mg/L이었으며, T-N 및 T-P농도는 6.8 mg/L 및 0.6 mg/L로서 양호한 처리 결과를 얻을 수 있었다. 또한 본 공법의 평균 제거효율은 $BOD_5,\;COD_{Mn}$, SS의 경우 94.6%, 79.8%, 94.9%이었으며, T-N 및 T-P로서 70.8% 및 76.9%로 나타났다. EPS 여재에 부착된 부착미생물 군집의 16S-rRNA 분석결과 ammonia-oxidizing bacteria로 알려진 Nitrosomonas속, Nitrosoccus속, Gallionella속이 포함된 cluster가 EPS 여재에 부착된 biofilm의 6% 정도인 것으로 조사되었다. 결과적으로 질산화미생물의 우점화를 통해 질산화 반응시간을 단축시킴으로서 6시간 이내의 짧은 수리학적 체류시간에서도 T-N 및 T-P농도를 10 mg/L 및 1.0 mg/L 이하로 처리할 수 있었던 것으로 사료된다.