• 제목/요약/키워드: 26S rDNA

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Identification of Free-Living Amoebas in Tap Water of Buildings with Storage Tanks in Korea

  • Lee, Da-In;Park, Sung Hee;Baek, Jong Hwan;Yoon, Jee Won;Jin, Soo Im;Han, Kwang Eon;Yu, Hak Sun
    • Parasites, Hosts and Diseases
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    • 제58권2호
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    • pp.191-194
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    • 2020
  • Free-living amoebas (FLAs) can cause severe disease in humans and animals when they become infected. However, there are no accurate survey reports on the prevalence of FLAs in Korea. In this study, we collected 163 tap water samples from buildings, apartments, and restrooms of highway service areas in 7 Korean provinces with high population density. All these buildings and facilities have water storage tanks in common. The survey was separated into categories of buildings, apartments, and highway service areas. Five hundred milliliters of tap water from each building was collected and filtered with 0.2 ㎛ pore filter paper. The filters were incubated in agar plates with heated E. coli at 25℃. After axenization, genomic DNA was collected from each FLA, and species classification was performed using partial 18S-rDNA PCR-sequencing analysis. We found that 12.9% of tap water from buildings with storage tanks in Korea was contaminated with FLAs. The highway service areas had the highest contamination rate at 33.3%. All of the FLAs, except one, were genetically similar to Vermamoeba vermiformis (Hartmannella vermiformis). The remaining FLA (KFA21) was very similar to Acanthamoeba lugdunensis (KA/E26). Although cases of human infection by V. vermiformis are very rare, we must pay attention to the fact that one-third of tap water supplies in highway service areas have been contaminated.

Effect of Anionic Alkali Mineral Complex Barodon$^{(R)}$ on Body Growth and Testicular Development in Rats

  • Chung, Y.C;Kim, C.K.;Kim, I.;Kim, K.S.;J.W. Ryu;S.E. Yeon;Lee, E.S.;Park, S.I.;K.S. Jeon
    • 한국동물번식학회:학술대회논문집
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    • 한국동물번식학회 2001년도 춘계학술발표대회
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    • pp.39-39
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    • 2001
  • Effects of Barodon$^{(R)}$ on body growth, histological changes in seminiferous tubules of testes and serum level of testosterone and FSH were examined in juvenile rats from 5 to 38 wks of age. All rats supplied feed and Barodon-added water(0, 0.1, 0.15, 0.3 and 1.0%) available ad libitum. DNA distribution of testicular cells from control rats obtained by flow cytometry was characterized by 4 peaks representing I : elongated, II round spermatids(1N), III: a variety of 2N cells and IV: 4N cells. Frequencies of 4 testicular cell types were calculated using cumulative DNA frequency distributions. Body growth from 18wk of age was significantly accelerated in rats supplied water with 0.15% Barodon compared to other groups. Testes weights tended to be greater in 0.15% Barodon-treated rats than in control, without significant difference. Diameter of seminiferous tubules advanced in 0.15-0.3% Barodon till 26 wk of age, but there was not significant different. Proportion of spermatids in seminiferous tubules was 48.4% at 6wk of age(round: 81.2% and elongated: 18.8% as proportion of total spermatids) and frequency of spermatids was higher in 0.3% Barodon group(57.1%) than in control(44.0%), but there was no significant difference. Serum testosterone of all groups significantly elevated at 18wk of age and level in 0.15% Barodon group was greatly higher than in others. Serum FSH at 10wks was greatly higher in 0.1-0.3% Barodon groups compared to control, but there were no significant differences. It is concluded that 0.15-0.3% Barodon treatment tended to induce precocious puberty in rats.

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흰목이버섯 대량생산을 위한 용기내 재배 최적화 연구 (Optimization of artificial cultivation of Tremella fuciformis in closed culture bottle)

  • 최성우;장현유;윤정원;이찬
    • 한국버섯학회지
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    • 제6권1호
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    • pp.20-26
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    • 2008
  • 흰목이버섯 균주와 공생균을 수집하고 ITS 5.8S rDNA sequencing을 하여 유전자 서열을 분석하였다. Gene Bank Data homology search 결과 분리된 균의 rDNA 서열이 이 Tremella fuciformis AF042409의 rDNA 서열과 99% 일치하는 것으로 확인되었다. 그리고 함께 분리된 공생균은 같은 방법으로 Annulohhypoxylon stygium 으로 확인하였다. 분리된 T. fuciformis KG 103과 A. stygium KG 201 균주는 PD배지에서 각각 14 mm/14 days과 85 mm/14 days의 균사생육을 나타내었다. T. fuciformis KG 103 균주의 생육최적온도는 $25^{\circ}C$ (14mm/14days) 이었으며, $35^{\circ}C$ 고온과 $15^{\circ}C$이하 저온에서 균사 생장이 억제되었다. A. stygium KG 201은 흰목이버섯균과 유사한 최적온도를 나타내었다. T. fuciformis KG 103 균의 생육 최적 pH는 5.0이었으며, A. stygium KG 201도 pH 5.0에서 생육이 가장 왕성하였다. 흰목이버섯 종균용 최적 배지로 참나무톱밥 77.5%, 미강 20%, 석고 1.5%, 황백당 1%가 선정되었다. T. fuciformis KG 103과 A. stygium KG 201혼합 종균을 제조하고 흰목이버섯 자실체생산을 위한 병속재배 방법을 확립하였다. 콘코브(Corn cob) (77%와 52%)가 사용한 재료 중 최적의 자실체 성장률을 나타냈으며, 콘코브 함량을 줄일수록 생육이 저조하였다. 면실박과 참나무톱밥은 단독 사용시 생육이 저조하였고, 콘코브를 첨가시 수율이 증대되었다. 최적수분농도는 55%로 결정되었다.

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전통 발효식품으로부터 Protease 활성을 보유한 유산균의 분리 및 동정 (Protease Activity of Lactic Acid Bacteria Isolated from Korean Traditional Fermented Food)

  • 국무창;조석철;박훈;김승섭;변유량;최운용;이현용
    • 산업식품공학
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    • 제15권2호
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    • pp.182-187
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    • 2011
  • 김치 및 젓갈 등의 150여 전통 발효 식품을 시료로 하여 protease 활성을 갖는 유산균을 분리한 결과, 24 U/mgcrude protein의 높은 활성을 갖는 젖산균 BV-26 균주을 분리하였다. API 50CHL kit를 이용하여 BV-26 균주의 당 이용성을 분석하고 16S rRNA 염기서열(99.9% 상동성)을 비교한 결과, 분리된 균주를 L. plantarum BV-26으로 표기 하였다. L. plantarum BV-26의 생장과 protease 활성 변화를 MRS 배지를 이용하여 측정한 결과, L. plantarum BV-26의 생장은 배양 6시간 이후 활발하게 진행되어 18시간에 최고의 균체 농도를 보였으며, protease 활성은 배양 후 12시간부터 생성되기 시작하여 16시간에서 최고의 활성을 나타내는 것으로 확인되었다. 따라서 본 연구에서 분리된 L. plantarum BV-26을 동물사료의 발효용 스타터로 이용할 경우 유산균이 갖는 유익한 장점 및 안전성을 확보할 수 있을 뿐만 아니라, 특히 대두박의 발효시 사료의 영양적 가치를 높일 수 있을 것으로 기대된다.

주요 장미 7품종의 FISH 핵형분석 (FISH Karyotype Analysis of Seven Rose Cultivars)

  • 황윤정;한태호;;임기병
    • 원예과학기술지
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    • 제30권5호
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    • pp.568-572
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    • 2012
  • 효율적인 교배를 위해서는 모본 또는 부본으로 사용하게 될 개체의 배수성 검정이 선행되어야 한다. 이에 본 연구에서는 국내 장미 신품종 육성 프로그램에 이용되고 있는 장미 7품종의 FISH 핵형분석을 통하여 배수성을 확인하고 이를 육종에 있어서 기초 자료로 이용하고자 수행되었다. 배수성 검경 결과, 7품종 모두 4배체(2n = 4x = 28)인 것으로 관찰되었다. FISH 핵형분석 결과, 45S rDNA는 4개의 signal이 7번 염색체 단완의 말단부위에서 관찰되었다. 염색체의 길이 관찰 결과, '알렉산드라'는 $1.67-2.67{\mu}m$, '프로이트'는 $1.40-2.04{\mu}m$, '리틀실버'는 $1.64-2.24{\mu}m$, '테레사'는 $1.69-2.26{\mu}m$, '티네케'는 $1.70-2.65{\mu}m$, '비탈'은 $1.35-2.08{\mu}m$, '옐로우미미'는 $1.39-2.04{\mu}m$로 관찰되었다. 염색체 전체 길이의 합은 프로이트 품종이 $11.23{\mu}m$ 로 가장 작았으며 알렉산드라 품종이 $15.05{\mu}m$로 가장 크게 관찰되었다. 염색체의 조성은 중부동원체형, 차중부동원체형, 차단부동원체형으로 구성되었으나 차단부염색체는 관찰되지 않았다.

들잔디 갈색퍼짐병의 생물학적 방제를 위한 길항 세균의 분리와 동정 (Isolation and Identification of Antagonistic Bacteria for Biological Control of Large Patch Disease of Zoysiagrass Caused by Rhizoctonia solani AG2-2 (IV))

  • 송치헌;;장태현;이용세
    • 아시안잔디학회지
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    • 제26권1호
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    • pp.8-16
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    • 2012
  • 한국 들잔디에 발생하는 Rhizoctonia solani에 의한 라지패치를 생물학적으로 방제하기위해 일반토양에서 길항미생물을 분리하여 in vitro와 in vivo에서 길항효과 및 병 발생억제효과를 검정하였다. 토양에서 분리한 216개 균주 중 15개 균주가 R. solani AG2-2 (IV)의 균사생장을 70%이상 억제하였으며, 온실실험 결과 11개 균주는 잔디의 생장을 촉진시켰으며, 병 발생 억제효과가 있었다. 분리한 길항미생물 중 H33 균주는 in vitro 및 in vivo에서 R. solani AG2-2 (IV)에 대한 길항효과가 다른 균주에 비해 높았으며, 공시한 17개 식물병원성 진균에 대해 길항효과가 높아 생물방제균으로 선발하였다. H33 균주를 ISP 배지에 배양한 후 배양적 특성 및 형태를 관찰한 결과 Streptomyces sp.로 동정되었으며, 16S rDNA를 분석한 결과 Streptomyces arenae와 99% 상동성을 보였다.

Three newly recorded heterotrophic euglenids(Protist), Entosiphon oblongum, Euglena longa and Keelungia pulex from South Korea

  • Lee, Won Je
    • Journal of Species Research
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    • 제11권2호
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    • pp.89-93
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    • 2022
  • Three heterotrophic euglenids from marine water column (Seodo port, Yeosu) and freshwater sediment (Seodong-chun, Incheon), Korea were identified as Entosiphon oblongum Cavalier-Smith and Vickerman, 2016; Euglena longa (Pringsheim, 1936) Marin and Melkonian, 2003; and Keelungia pulex Chan and Moestrup, 2013 based on morphological characters and 18S rDNA sequence analysis. These species are reported taxonomically for the first time from Korea and are described with micrographs. Diagnoses of these species are as follows. Entosiphon oblongum: phagotrophic, gliding, size in vivo, 23.1-29.3 ㎛ (Avg. 26.5 ㎛, n=30) long, ovate with a protrusive feeding siphon (apparatus), several deep grooves and two heterodynamic flagella. Euglena longa: osmotrophic, swimming, size in vivo, 32.3-52.2 ㎛ (Avg. 42.2 ㎛, n=26) long, elongated with many paramylum granules and two flagellar. Keelungia pulex: phagotrophic, gliding, size in vivo, 13.5-19.7 ㎛(Avg. 16.4 ㎛, n=97) long, oblong to ovoid with a hook-shaped ingestion apparatus, several dorsal ridges and two flagella.

Steroids from the Cold Water Starfish Ctenodiscus crispatus with Cytotoxic and Apoptotic Effects on Human Hepatocellular Carcinoma and Glioblastoma Cells

  • Quang, Tran Hong;Lee, Dong-Sung;Han, Se Jong;Kim, Il Chan;Yim, Joung Han;Kim, Youn-Chul;Oh, Hyuncheol
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • 제35권8호
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    • pp.2335-2341
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    • 2014
  • Chemical investigation on the methanol extract of the starfish Ctenodiscus crispatus resulted in the isolation of five steroids, (22E,$24{\zeta}$)-26,27-bisnor-24-methyl-$5{\alpha}$-cholest-22-en-$3{\beta}$,5,$6{\beta}$,$15{\alpha}$,25-pentol 25-O-sulfate (1), (22E,24R,25R)-24-methyl-$5{\alpha}$-cholest-22-en-$3{\beta}$,5,$6{\beta}$,$15{\alpha}$,25,26-hexol 26-O-sulfate (2), (28R)-24-ethyl-$5{\alpha}$-cholesta-$3{\beta}$,5,$6{\beta}$,8,$15{\alpha}$,28,29-heptaol-24-sulfate (3), (25S)-$5{\alpha}$-cholestane-$3{\beta}$,5,$6{\beta}$,$15{\alpha}$,$16{\beta}$,26-hexaol (4), and ${\Delta}7$-sitosterol (5). Their structures were identified by extensive spectroscopic analyses, including 1D, 2D NMR and MS and chemical methods. Compound 4 showed cytotoxicity against human hepatoma HepG2 and glioblastoma U87MG cells via inhibition of cell growth and induction of apoptosis. Induction of apoptosis by 4 was demonstrated by cell death, DNA fragmentation, increased Bax/Bcl-2 protein ratio and the activation of caspase-3, caspase-9 and poly (ADP-ribose) polymerase (PARP).

Ramlibacter terrae sp. nov. and Ramlibacter montanisoli sp. nov., Isolated from Soil

  • Khan, Shehzad Abid;Kim, Hyung Min;Baek, Ju Hye;Jung, Hye Su;Jeon, Che Ok
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제31권9호
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    • pp.1210-1217
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    • 2021
  • Two gram-negative, catalase-positive, strictly aerobic, and white colony-forming bacteria, strains H242T and B156T, were isolated from soil in South Korea. Cells of strain H242T were oxidase-positive and non-motile short rods, while those of strain B156T were oxidase-negative and long non-motile rods. Ubiquinone-8 was identified as the sole isoprenoid quinone in both strains. C16:0, cyclo-C17:0, andsummed feature 3 (C16:1 ω7c and/or C16:1 ω6c) and phosphatidylethanolamine, phosphatidylglycerol, and diphosphatidylglycerol were identified in both strains as the major cellular fatty acids and polar lipids, respectively. The DNA G+C contents of strains H242T and B156T were 69.4 mol% and 69.3 mol%, respectively. Phylogenetic analyses based on 16S rRNA and 92 concatenated core gene sequences revealed that strains H242T and B156T formed distinct phylogenic lineages from other Ramlibacter type strains. The DNA-DNA hybridization (DDH) value between strains H242T and B156T was 24.6%. Strains H242T and B156T were most closely related to Ramlibacter ginsenosidimutans BXN5-27T and Ramlibacter monticola G-3-2T with 98.4% and 98.6% 16S rRNA gene sequence similarities, respectively. Digital DDH values between strain H242T and R. ginsenosidimutans and between strain B156T and R. monticola were 23.5% and 26.1%, respectively. Phenotypic, chemotaxonomic, and molecular analyses indicated that strains H242T and B156T represent two novel species of the genus Ramlibacter, for which the names Ramlibacter terrae sp. nov. and Ramlibacter montanisoli sp. nov., respectively, are proposed. The type strains of R. terrae and R. montanisoli are H242T (=KACC 21667T=JCM 33922T) and B156T (=KACC 21665T=JCM 33920T), respectively.

Lactobacillus plantarum Bacteriophage SC 921의 phage particle protein 및 genome의 특성 (Phage Particle Proteins and Genomic Characterization of the Lactobacillus plantarum Bacteriophage SC 921.)

  • 김재원;신영재;심영섭;유승구;윤성식
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제26권2호
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    • pp.117-121
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    • 1998
  • 김치로부터 분리한 Lactobacillus plantarum bacteriophage SC 921은 M.O.I가 0.2일 경우 용균효과가 빠르게 진행됨을 알 수 있었고, SDS-PAGE를 실시하여 phage particle protein을 조사해 본 결과 4개의 major protein으로 구성되어 있는데 이들은 각각 48, 34, 32, 29 kDa으로 구성되어 있다. Exo III로 30분간 반응시킨 후 S1 nuclease를 처리하여 DNA의 형태를 조사해 본 결과 intact DNA는 linear form의 double strand를 유전전달 물질로 가지고 있었다. 제한효소에 대한 절단 효과를 조사한 결과, Sma I에 대해서 1개, Xba I, Cla I, Kpn I, EcoRI에 대해서 각각 2, 4, 5, 6개의 절단부위를 가지고 있으며, Hind III에 대해서는 절단부위가 매우 많은 것을 알 수 있었다. Hind III를 이용하여 intact DNA의 genome size를 측정해본 결과 약 66.5 kbp정도였다. 위의 실험결과와 restriction enzyme mapping을 통해 기존에 알려진 bacteriophage B2와 비교해본 결과 숙주 균주는 같으나 단백질적인 구조나 유전전달물질로 본 구조는 서로 다름을 알 수 있었다.

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