• 미생물학회지
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• 제45권4호
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• pp.339-345
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• 2009

김치로부터 오르니틴을 생산하는 능력이 있는 2개의 젖산균주(OK1-4, OK1-6)를 분리하여 그 특성을 조사하였다. 분리된 균주는 그람 양성, 단간균이었으며, 혐기적 조건에서 이산화탄소를 생성하였다. MRS 배지에서 $25\sim37^{\circ}C$ 범위와 pH 6.0~7.0 범위에서 잘 자랐으며, 성장을 위한 최적 온도와 pH는 각각 $30^{\circ}C$와 pH 6.5이었다. 분리된 젖산균주는 L-아라비노스, 자일로스, 리보오스, 글루코오스 등의 당을 분해하여 산을 생성하였고, cellobiose, galactose, raffinose, trehalsoe는 분해하지 못하였다. 16S rDNA 염기서열분석을 통해 분리된 균주는 유전자은행에 등재되어 있는 Weissella koreensis S5623(AY035891)의 염기서열과 각각 99.6%와 99.7%의 서열 동질성이 있음을 확인하였다. 이와같은 생화학적 특성과 염기서열 분석결과를 토대로 분리된 균주를 Weissella koreensis OK1-4와 Weissella koreensis OK1-6로 각각 명명하였다. 이들 균주의 오르니틴 생성능력은 1% 아르기닌이 첨가된 MRS 배지에서 각각 27.01와 31.41 mg/L/h 이었다. 이와같은 결과는 우리김치로부터 분리된 Weissella 속 균주의 오르니틴 생성에 관한 최초의 보고이다.

• Current Research on Agriculture and Life Sciences
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• 제30권2호
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• pp.115-123
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• 2012

Whiteflies harbor several secondary endosymbionts, which are maternally inherited from mother to offspring, that have major effects on host preferences, biology, and evolution. Here, we identified Wolbachia bacteria in sweetpotato whitefly (Bemisia tabaci) as well as whitefly popluations from other countries by comparison of 16S rDNA sequences. Wolbachia were detected in all tested indigenous B. tabaci populations (Bangladesh, Myanmar, Nepal, and the Philippines) as well as Q1 biotype of Korea, whereas they were absent from B biotype of Korea and Q biotype of China. Wolbachia were also detected in all five tested Aleurodicus dispersus populations as well as Tetraleurodes acaciae, whereas they were not detected in all seven Trialeurodes vaporariorum populatuions. In addiiton, Wolbachia were detected in parasitic wasp (Encarsia formosa) of B. tabaci as well as honeybee (Apis mellifera). Among the 19 whitefly populations from different countries, our analysis identified four phylogenetic groups of Wolbachia, thereby demonstrating the high diversity of this genus. Wolbachia phylogeny suggests a correlation of geographical range with ecological variation at the species level.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제28권1호
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• pp.50-55
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• 2013

기름치를 참치회 또는 메로구이로 판매하는 사례가 있으며 국내에서는 2012년 6월1일부터 식품원료로 판매가 금지되어 이를 판별하는 시험법 마련이 필요하다. 기름치는 농어목(Perciformes) 갈치꼬치과(Gempylidae)에 속하는 기름갈치꼬치(R. pretiosus)와 흑갈치꼬치(L. flavobrunneum)가 있으며 이를 판별하기 위한 종 특이 프라이머를 개발하기 위하여 미토콘드리아에 존재하는 16S DNA 유전자부위를 선정하였다. 그리고 미국 국립보건원에서 운영하는 유전자 은행(www.ncbi.nlm.nih.gov)에 등록되어있는 기름갈치꼬치, 흑갈치꼬치. 참다랑어, 황다랑, 청새치 및 황새치의 염기서열을 대상으로 BioEdit ver. 7.0.9.0 프로그램을 사용하여 비교 및 분석을 실시하였다. 분석을 통하여 기름갈치꼬치 및 흑갈치꼬치를 판별할 수 있는 각각 4종의 프라이머를 설계하였다. 설계된 프라이머에 대하여 대조군으로 다랑어 3종(참다랑어, 황다랑어, 눈다랑어) 및 새치류 4종(청새치, 황새치, 녹새치, 돛새치)에 대한 실험적 평가를 실시하였다. 그 결과 기름갈치꼬치에 대하여는 R.P-16S-006-F/R.P-16S-008-R, 흑갈치꼬치는 L.F-16S-004-F/L.F-16S-006-R 프라이머를 최종 선정하였으며, PCR 조건을 확립하였다. 확립된 조건에서는 각각 178bp 및 238bp의 PCR 산물을 확인하였으며, 유사종간의 비특이적 밴드는 형성되지 않았다. 따라서 본 연구에서 개발된 기름치를 판별할 수 있는 종 특이 프라이머는 인터넷쇼핑몰 또는 시중에 불법적으로 유통 가능성이 있는 제품을 신속하고 과학적으로 판별할 수 있어 식품안전관리에 활용도가 매우 클 것으로 기대된다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제43권2호
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• pp.126-133
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• 2015

본 연구에서는 정치 배양법으로 고농도의 초산을 생산할 수 있고 에탄올 내성이 우수한 균주를 확보하고자 농가형 발효식초에서 초산균을 분리 및 선발하였고, 이들 초산균의 형태적 특징을 조사한 바, 분리균 CV1은 그람 음성으로 운동성이 없는 간균으로 나타났다. 분리균의 chemotaxonomy를 분석한 결과, meso-DAP이며, 대표 퀴논은 Q₁₀이고, G+C mol 함량은 61.0 mol %로 나타났으며 16S rDNA 유전자의 염기서열을 분석한 결과, Gluconacetobacter saccharivorans로 동정되어 Glu. saccharivorans CV1로 명명하였다. CV1 초산균의 최적 성장조건은 30℃, pH 3.0 이상으로 판단되었고 에탄올 농도에 따른 초산 생성능은 10% 에탄올 농도에서 9.3%, 9% 에탄올 농도에서는 8.4% 적정산도를 나타내어 고농도 에탄올 조건에서도 높은 산 생성능을 나타내는 우수한 균주로 판단되었다.

• 생명과학회지
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• 제25권2호
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• pp.189-196
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• 2015

순천만 일대 칠면초 군락의 근권 토양에 존재하는 근권 세균의 다양성 분석을 위해 몇 개 지점을 선정한 후 샘플링을 실시하였다. 채취한 토양시료는 marine broth, tryptic soy broth 한천배지를 이용하면서 세균 집락 간 형태학적인 구분을 통해 순수분리 되었다. 분리된 세균의 genomic DNA를 획득한 후, 각각의 16S rDNA 염기서열을 증폭 분석하여 총 29 strain이 부분동정 되었다. 이들의 유연관계 확인을 위해 계통수를 작성한 결과, 이들은 각각 firmicutes문 (44.8%), gamma-proteobacteria group (27.6%), alpha-proteobacteria group (10.3%), bacteriodetes 문(10.3%), actinobacteria 문(6.8%)에 속하였다. 최우점하는 firmicutes 문에서는 Bacillus 속이, 차 우점하는 gamma-proteobacteria group에서는 각각 Marinobacterium, Halomonas, Vibrio 속이 집중 분포하는 것으로 나타났다. 또한 채취 지점별로 몇 가지 척도를 사용하여 다양성 지수를 도출하였을 때, 채취 지점 간 지수의 차이를 보여 전체 순천만 갯벌 중 위치에 따라 상이한 미생물상을 가지는 것으로 추측된다. 분리된 균들 중 일부는 갯벌 특유의 극한환경을 극복하면서 칠면초 근권에서 생존하며 물질순환, 식물생장 촉진 및 병원체 방어작용 유도 등 식물생장에 긍정적 역할을 수행할 것으로 생각된다.

• 한국토양비료학회지
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• 제33권4호
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• pp.275-282
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• 2000

고추 시설 재배지 토양, 근권과 근면등으로부터 형광성 pseudomonads를 분리한 후 이들 중 35균주에 대해 계통 분석을 실시하였다. 계통 분석에 이용된 분류키는 165 rDNA의 일부 염기서열로, 종 수준에서 분류동정을 실시하였다. 고추재배지로부터 분리된 형광성 pseudomonads중 P. putida group으로 분류된 균주는 17균주 였으며, 이들은 주로 비근권 토양으로부터 분리되었다. 이들은 4개의 소그룹 (subgroup I, II, III, IV)으로 분류되었으며, 소그룹 I, IV에 속한 균주는 P putida의 표준균주가 속한 소그룹 II, III의 균주와는 분류학적으로 뚜렸히 구분되는 독특한 균주들이었다. P. fluorescens로 분류된 균주는 15균주였으며, 나머지 3균주는 P. fluorescens와 P. chloraphis의 중간 그룹으로 분류되었다. 근권으로부터 분리된 균주는 대부분 P. fluorescns로 분류되었으며, 이들의 유전적 유연관계는 매우 높게 나타났다. 본보의 결과에 비추어 볼 때, 고추의 근계는 P. fluorescens의 특정 균주에 의해 정착되는 것으로 생각되었다.

• 식물병연구
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• 제29권1호
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• pp.64-71
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• 2023

In October 2021, soft rot disease seriously affected radish crop in Dangjin, Chungcheongnam-do, Korea. The infected radishes were stunted and turned dark green, with yellowish leaf foliage. A slimy, wet, and decayed pith region was observed in the infected roots. The bacterial strain KNUB-03-21 was isolated from infected roots. The biochemical and morphological characteristics of the isolate were similar to those of Pectobacterium brasiliense. Phylogenetic analysis based on the sequences of the 16S rRNA region and the concatenated DNA polymerase III subunit tau (dnaX), leucine-tRNA ligase (leuS), and recombinase subunit A (recA) genes confirmed that the isolate is a novel strain of P. brasiliense. Artificial inoculation of radish with P. brasiliense KNUB-03-21 resulted in soft rot symptoms similar to those observed in infected radish in the field; subsequently, P. brasiliense KNUB-03-21 was reisolated and reidentified. To our knowledge, this is the first report of P. brasiliense as a causal pathogen of radish soft rot in Korea.

• 한국응용곤충학회지
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• 제55권4호
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• pp.445-452
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• 2016

야외에서 채집된 멸강나방(Mythimna separata) 유충 및 번데기로부터 우화한 기생파리를 NCBI 데이터베이스에 등록되어 있는 유전자 염기서열 정보(16S, 18S, 28S 그리고 CO I)와 비교하여 긴등기생파리(Exorista japonica)로 동정하였다. 긴등기생파리의 알부터 성충우화까지 발육 기간을 담배거세미나방(Spodoptera litura) 5~6령 유충을 숙주 곤충으로 하여 7개 항온조건(16, 19, 22, 25, 28, 31, $34{\pm}1^{\circ}C$)에서 조사하였고 온도에 따른 발육율과 발육완료 모델들의 매개변수들을 추정하였다. $34^{\circ}C$를 제외한 다른 항온 조건에서 알부터 성충우화까지 발육이 가능하였다. 알부터 번데기까지 발육 기간을 보면 $16^{\circ}C$(23.4일)에서 가장 길었고 $34^{\circ}C$(8.3일)에서 가장 짧았으나, 번데기부터 성충까지 발육기간은 $28^{\circ}C$(7.3일)에서 가장 짧았다. 알부터 성충우화까지 전체 발육 기간은 $31^{\circ}C$에서 16.3일로 가장 짧았고 $16^{\circ}C$에서 45.4일로 가장 길었으며 온도가 상승함에 따라 발육기간은 짧아졌다. 선형 발육율 모델을 이용하여 추정한 알부터 성충우화까지 발육영점온도와 유효적산온도는 각각 $7.8^{\circ}C$, 370.4DD 였다. 4개 비선형 발육율 모델(Briere 1, Lactin 2, Logan 6, Performance) 중에서는 Briere 1 모델($r^2_{adj}=0.96$)이 가장 높은 해석력을 보여주었다. 동일 연령 집단의 발육완료 분포를 설명하기 위해 사용된 3개 모델(2-parameter Weibull, 3-parameter-Weibull, Sigmoid)은 모두 같은 결정력($r^2_{adj}=0.90$)을 보였다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제17권1호
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• pp.96-103
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• 2007

Plant growth-promoting rhizobacteria (PGPR) have the potential to be used as microbial inoculants to reduce disease incidence and severity and to increase crop yield. Some of the PGPR have been reported to be able to enter plant tissues and establish endophytic populations. Here, we demonstrated an approach to screen bacterial endophytes that have the capacity to promote the growth of pepper seedlings and protect pepper plants against a bacterial pathogen. Initially, out of 150 bacterial isolates collected from healthy stems of peppers cultivated in the Chungcheong and Gyeongsang provinces of Korea, 23 putative endophytic isolates that were considered to be predominating and representative of each pepper sample were selected. By phenotypic characterization and partial 16S rDNA sequence analysis, the isolates were identified as species of Ochrobacterium, Pantoea, Pseudomonas, Sphingomonas, Janthinobacterium, Ralstonia, Arthrobacter, Clavibacter, Sporosarcina, Acidovorax, and Brevundimonas. Among them, two isolates, PS4 and PS27, were selected because they showed consistent colonizing capacity in pepper stems at the levels of $10^6-10^7CFU/g$ tissue, and were found to be most closely related to Pseudomonas rhodesiae and Pantoea ananatis, respectively, by additional analyses of their entire 16S rDNA sequences. Drenching application of the two strains on the pepper seedlings promoted significant growth of peppers, enhancing their root fresh weight by 73.9% and 41.5%, respectively. The two strains also elicited induced systemic resistance of plants against Xanthomonas axonopodis pv. vesicatoria.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제15권5호
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• pp.1140-1145
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• 2005

MJM383, a rare actinomycete sp. strain originated from Chinese soils, was isolated through an antimicrobial screening system. The analysis of 16S rDNA sequences and biochemical characterization determined the strain to belong to genus Kitasatospora. Both NMR and ESI mass data of its purified bioactive compounds revealed Kitasatospora sp. MJM383 to produce two antitumor agents, streptonigrin and oxopropaline G, which have been known to be produced from Streptomyces species. This is the first report to demonstrate the presence of antitumor agents produced by genus Kitasatospora.