The determination of disulfide bonds is important for comprehensive understanding of the chemical structure of protein. So far, many strategies for the disulfide bond analysis have been suggested in terms of speed and sensitivity. However, most of these strategies have not considered free thiol residues in the target protein in the process of determining the disulfide bond. We suggested the strategy which was composed of four steps for the identification of disulfide bonds; the first step was the prediction of possible disulfide bonds, the second step was the determination of free cysteine residues, the third step was the analysis of disulfide bond using a high-resolution mass spectrometry, and the final step was the determination of disulfide bonds based on the comprehensive verification. In this study, we performed the characterization of disulfide bonds for the recombinant protein (HRPE1), where 1 and 5 inter- and intra-chain disulfide bonds were identified, respectively.
Kim, Hyeon-Dong;Im, Jong-Hyeon;Nam, Yeon-Sik;Lee, Jin-Yong
Proceeding of EDISON Challenge
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2017.03a
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pp.54-63
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2017
유기 화학에서 Aromatic 화합물은 내부 전자의 비편재화로 인해 부가적인 에너지적 안정성을 얻는 화합물을 일컫는다. 이러한 화합물의 aromaticity를 판단하는 보편적인 기준으로는 Huckel's rule이 널리 알려져 있다. 그러나 Huckel's rule은 복잡한 화합물에서는 적용이 어려울 뿐 아니라 최근에는 Huckel's rule에서 벗어난 aromatic 화합물이 보고되고 있다. 따라서 본 연구에서는 Huckel's rule의 한계를 보완하고자 aromatic 화합물의 에너지적, 구조적, 자기적 성질을 계산화학적 방법으로 분석하고 이를 토대로 체계적인 기준을 제시하였다. 본 연구에서는 동일한 수의 탄소와 수소로 구성된 $C_nH_n$ 형태의 annulene 또는 annulene 라디칼과 이들의 이온을 계산 대상으로 설정하여 homodesmotic stabilization energy (HSE), C-C결합 길이, nucleus-independent chemical shift (NICS)를 산출해내기 위한 density functional theory (DFT) 계산을 수행하였다. 그 결과 aromatic 화합물은 공통적으로 0보다 큰 HSE 값을 가지며 C-C결합 길이가 비교적 일정하고 0보다 작은 NICS 값을 갖는 것을 확인할 수 있었다.
본 연구는 방사성 폐액의 처리를 목적으로 화학처리와 한외여과막(UF)의 결합공정에 의해서 세슘이온의 제거특성을 조사하였다. 이 공정은 대상핵종과 선택성이 크고 한외여과막에 의해서 분리가 가능한 거대분자를 주입하여 핵종을 결합시키고, 이를 한외여과막에 의해서 분리 제거하는 개념이다. 실험은 흡착제로서 K2Cu3(Fe(CN6)2)를 제조하여 주입하였고 회분식 UF stirred cell를 이용하였으며, 용액의 pH, 세슘이온의 농도 및 K2Cu3(Fe(CN6)2)의 농도에 따라 세슘이온의 제거효율을 측정하였다. 세슘의 제거효율은 pH 및 K2Cu3(Fe(CN6)2)의 몰비에 따라 결정되며, pH가 5∼6에서 높은 제거율을 나타내었고 Cs/K2Cu3(Fe(CN6)2)의 몰비가 1.5 이하에서 90% 이상 제거되었다. K2Cu3(Fe(CN6)2)에 대한 Cs의 결합특성은 Langmuir isotherm형태의 식으로 나타내어 평가하였으며, 이때 세슘이온의 최대 흡착용량은 1.72 mM/mM K2Cu3(Fe(CN6)2) 이었다.
Proceedings of the Korean Vacuum Society Conference
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2012.08a
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pp.301-301
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2012
Amorphous In-Ga-Zn-O (a-IGZO)는 광학적으로 투명하고 높은 전자이동도를 가지고 있어서 차세대 thin-film-transistor의 channel layer 물질로 각광받고 있다. 이러한 a-IGZO를 TFT channel layer로 사용하기 위해서는 소스 드레인 전극물질과 IGZO박막의 계면에서 ohmic contact을 만드는 것도 중요하다. 하지만 산화물 반도체의 특성상 금속물질을 증착시킬 때 산화금속계면을 형성하기 때문에 ohmic contact이 형성되기 어려운 것으로 알려져 있다. Au는 보통 전극물질로 많이 사용되는데, 이는 전기전도도가 매우 높고, 독특한 산화환원반응 특성을 보이지만, 화학반응을 잘 일으키지 않는 안정성을 가지는 성질에 기인한다. 본 연구진은 Au가 a-IGZO에 증착 시에 일어나는 표면의 화학적 상태변화를 이해하기 위해 방사광을 이용한 고분해능 광전자 분광법을 이용하여 표면변화를 분석하였다. Au는 (Au 4f) 증착 초기엔 약간의 gold oxide가 함께 형성되지만, 주로 metal gold의 형태로 존재하였다. In 3d, Ga 3d, O 1s, Zn 3d 각각의 스펙트럼에서는 Au 증착으로 인해 낮은 결합에너지에 새로운 state가 나타났다. 한편, In은 상대적으로 다른 원소들에 비해 Au와 좀 더 결합을 잘 하는 것으로 나타났는데 이는, In 5s 전자궤도가 전도메커니즘에서 중요한 역할을 하기 때문에, In-Au의 상대적인 강한 결합은 a-IGZO의 전기적 특성 변화에 기여할 수 있음을 의미한다.
Ko Ilwon;Lee Cheol-Hyo;Lee Kwang-Pyo;Kim Kyoung-Woong
Journal of Soil and Groundwater Environment
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v.9
no.4
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pp.52-61
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2004
In order to remediate soils contaminated with oxyanionic As and cationic Zn and Ni through the pilot-scale acid washing, the effectiveness of acid washing and the properties of contaminated soils, fine soil particle and dissolved contaminants were evaluated. $H_{2}SO_4\;and\;H_{3}PO_4$ washing at pH $2{\sim}3$ enhanced the removal of As by the presence of competitive oxyanions and HCl washing effectively removed simultaneously As, Zn and Ni. The effectiveness of soil washing was little enhanced above the critical reaction time, and the carbonate, Fe/Mn oxide and organic/sulfides associated fraction were dominantly removed. The washing of coarse soil particles was highly efficient, but that of fine soil particles($<74{\mu}m$) was recalcitrant due to the enrichment with contaminants. Moreover, the physical separation of fine particles($<149{\mu}m$) enhanced the overall efficiency of soil washing. Therefore, both chemical extraction and separation of fine soil particles showed the high effectiveness of soil washing in the intersection point to minimize the amount of fine soil particles and to maximize the chemical extraction of contaminants.
Changes in CD, ORD and uv-spectra during the mutarotation of poly(trans-5-methyl-L-proline) (PTMP) were studied. The forward mutarotion of PTMP occurred in strong organic acids and trifluoroethanol, while the reverse mutarotation was observed by dilution of the trifluoroethanol solution with excess aliphatic alcohols. The changes in CD, ORD and uv-spectra during the forward and reverse mutarotation proceeded paralell to those found for the mutarotation of polyproline. The chemical shift of the ${\alpha}CH-$proton was shifted downfield about 0.3 ppm during the forward mutarotation. The reduced viscosity for the forward mutarotation increased from 0.15 to 0.26 (dl/g) during 5 days. The equilibrium between form I and form II was estabilished in an appropriate solvent mixture. All changes in solution properties mentioned above are similar to those found for polypoline. These results support that the two forms of PTMP are the same conformations as polyproline form I and form II, i. e., a right-handed helix with all cis amide bonds and a lefthanded helix with all trans amide bonds.
Proceedings of the Korean Vacuum Society Conference
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2011.02a
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pp.339-339
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2011
기존의 광학리소그래피방법으로는 나노크기의 패턴을 형성하는데에 있어서 많은 제약이 있으며, 사실상 수십나노크기의 패턴을 형성하는데에는 전자빔리소그래피등 새로운 패턴형성 방법이 요구되고 있다. 블록 공중합체를 이용한 나노 패턴은 서로 다른 화학적 구조를 가지는 고분자들이 공유결합으로 연결되어 있는 분자구조를 이용하여, 하나의 분자 내에 서로 다른 블록들이 상분리를 일으키려는 것과 동시에 이들의 공유결합으로 인해 그 정도가 제한되는 것을 이용하여 라멜라, 실린더, 구 등의 주기적으로 배열된 형태의 구조물을 형성하는 패터닝 기술이다. 블록 공중합체를 이용한 나노크기의 패턴 형성은 열역학적으로 안정적인 구조이며, 대면적으로 구현 할 수 있어서 차세대 소자제작을 위한 제작기술로 많은 관심을 가지고 있다. 하지만 블록공중합체를 이용한 나노패턴 기술은 선행적으로 나노구조체를 결함이 없고, 원하는 형태로 제작 할 수 있는 공정의 확립이 필요하다. 따라서 본 연구에서는, 이러한 블록 공중합체을 이용한 나노패턴을 제조하는 공정에서, 폴리스틸렌과 실리콘 산화물 박막과의 표면반응을 막기 위한 Self-Assembly Monolayers (SAMs) 처리 공정이 패턴 형성에 미치는 영향을 알아보기 위하여 MPTS의 농도 및 처리시간을 변화시켰다. 나노패턴을 분석, 확인하기 위하여 Atomic Force Microscopic (AFM)과 Field Emission Scanning Electron Microscope (FESEM)을 이용하였다.
Proceedings of the Korean Society of Fisheries Technology Conference
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2003.05a
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pp.168-169
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2003
Lipase(E.C. 3.1.1.3)는 triglyceride의 ester 결합을 가수분해하여 glycerol과 지방산을 생성하거나 기질에 특이적으로 계합성하는 효소로, lipase의 생산 및 용도의 개발에 관한 많은 연구가 진행되어져 왔다(Macrae et al., 1985). 미생물 유래의 lipase는 기존의 화학적인 처리에 의한 생산물을 얻을 때 생기는 여러 부산물에 대한 문제를 해결할 수 있고, 일단 순수한 형태로 분리된 균주는 배양조건이 수립되면 원하는 시간에 필요한 양의 균체를 유용물질의 원료로 공급하여 생산 작업의 규모도 필요에 의해 증대할 수 있다. (중략)
In this study, ultrastructural change of the bile duct fibroblast at infected rat with Clonorchis sinensis, and the distribution of lectin receptors and actin protein in cultured bile duct infected with Clonorchis sinensis. It explored using colloidal gold label complex with lectin WGA purified from wheat germ (Triticum vulgaris) and anti actin antibody purified actin (43 kDa) isolated from chicken back muscle. The lectin WGA with protein A gold complex labeled sections of the cultured fibroblast revealed gold particles specifically distributed on the multi vesicular form Golgi complex and cell surface of the fibroblast. The actin antibody with protein A gold complex labeled sections of the cultured fibroblast revealed gold particles specifically distributed on the cytoplasm of the fibroblast. Labeling of cultured fibroblast in rat bile duct infected with Clonorchis sinensis was then quantified and compared to that of cultured Fibroblast in Rat Bile duct. These results indicate that lectin WGA receptors are located in the multi vesicular form Golgi complex in the cytoplasm to the cytoplasmic process of the Rat bile duct fibroblast infected with Clonorchis sinensis. Therefore, the GlcNAc and NeuNac regions on the cell surface and cytoplasmic process appear to be functionally associated with cell-recognition and protection from other cell of the tissue, and linked with secretion and exocytosis of the fibroblst cytoplasm. GlcNAc and NeuNAc product in the multi vesicular form Golgi complex then it is transported to cell surface. Actin protein is many appears that infected fibroblast rather than normal fibroblast. The fibroblast of infected with Clonorchis sinensis are against of the physical and chemical stimulation. Then development of cytoplasmic process is relative some stimulation.
The geometrical parameters, vibrational frequencies, and IR intensities for primary ozonide (POZ), secondary ozonide (SOZ) and carbonyl oxide as the intermediates of alkene-ozone reaction have been predicted using high level ab initio quantum mechanical method with various basis sets. In general, the polarization function decreases bond lengths and bond angles, while the electron correlation effect increases bond lengths slightly. The electronic structure of carbonyl oxide has been predicted to be zwitterionic structure and energy difference between zwitterionic and diradical structure is evaluated to be 22.4 kcal/mol at TZ2P CISD level of theory. The experimental vibrational frequencies and IR intensities of POZ and SOZ will be compared and discussed with our high level theoretical predictions.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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