• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2002.11c
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• pp.1827-1830
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• 2002

단백질 모티프(motif)란 유사한 기능을 가진 여러 단백질 서열에서 공통적으로 발견되는 패턴으로서 단백질의 기능을 예측하는 단서로 활용된다. 현재 Prosite, Pfam 등의 데이터베이스에서 정규식(regular expression), 가중치 행렬(weighted matrix), 은닉 마코프 모델(hidden Markov model)의 형태로 4천여종 이상의 모티프가 등록되어 있다. 본 논문에서는 연관성 탐사 기법을 적용하여 Hits 데이터로부터 상당히 높은 연관성을 갖는 모티프 집단을 밝히고, 실제 자연현상에서 자주 나타나는 연관성을 교차타당성 (cross-validation) 기법을 통해 입증하였다. 이렇게 밝혀진 단백질 모티프간 연관성을 트라이 탐색 기법을 통해 웹으로 제공함으로써 단백질의 기능유추에 쉽게 접근하고자 한다.

• Proceedings of the Korea Contents Association Conference
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• 2012.05a
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• pp.133-134
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• 2012

후성유전은 DNA 염기서열이 변화하지 않고 DNA의 메틸화(methylation)및 히스톤 단백질의 변형(modification)등의 후천적 과정에 의해 유전자 발현이 조절되는 현상이다. 특히 DNA 메틸화 정도에 대한 분석은 후성유전을 이해하는 중요한 접근방법 중 하나이다. DNA 메틸화 패턴 분석을 위하여 노화관련 109개 유전자들의 단백질 상호작용 네트워크를 구축하였으며 -3000bp ~ +200bp 사이에 있는 DNA 염기서열 정보를 추출하여 기존에 알려진 메틸화 저항성 (Methylation resistant) 모티프를 네트워크로 구축하였다. 메틸화 모티프기반 단백질 네트워크에서는 기존 단백질 네트워크보다 더 복잡한 구조를 이루고 있었다. 이러한 구조는 동일한 메틸화 모티프들이 여러 유전자들의 활성을 조절할 것으로 추측되며 복잡한 모티프들을 분석하기 위한 방법으로 이용될 수 있을 것이다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2005.07b
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• pp.274-276
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• 2005

유전자 발현은 많은 전자조절인자에 의해서 조절된다. 이러한 조절인자들은 각각 DNA 상에 존재하는 특정한 모티프에 결합하여 그 기능을 수행한다. 따라서 DNA 상의 특정한 서열 정보가 유전자 발현과 직접적으로 연관되어 있다고 생각할 수 있다. 본 논문에서는 두 가지 서로 다른 데이터들에 대한 관계를 알아보기 위하여 사용되는 방법인 Kernel CCA를 이용하여 DNA 상의 특정한 모티프와 유전자 발현 사이의 관계를 알아보았다. 이를 이용한 실험 결과, 유전자 발현과 밀접하게 관련되어 있는 모티프들을 발견할 수 있었고, 기존에 중요한 것으로 알려져 있는 모티프가 실제로도 유전자 발현에 밀접한 영향을 미친다는 것을 알 수 있었다.

• Proceedings of the Korean Institute of Information and Commucation Sciences Conference
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• v.9 no.1
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• pp.594-598
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• 2005

복잡한 유전학적 네트워크 구조와 조직을 해석하여 인터넷 네트워크에서 상호연결 하는 '네트워크 모티프'를 연구한다. 다양하고 복잡한 유전학적 네트워크 구조의 설계 및 원리를 해석한 네트워크 모티프를 패턴으로 규정되어 있는 것들을 유전학적 네트워크에서 정보 네트워크(www)와의 동적으로 수행할 수 있는지 알고리즘을 통해 해석한다. 유전학적 네트워크에서 모티프들이 네트워크의 보편적인 class를 규정할 수 있는지 이론적으로 접근하여 인터넷 네트워크에 응용 및 해석하고 분석한다.

• The KIPS Transactions:PartD
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• v.11D no.4
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• pp.845-854
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• 2004

Motif databases are used in the function and structure prediction of proteins. The frequency of use about these databases increases continuously because of protein sequence data growth. Recently, many researches about motif resource integration are proceeding. However, existing motif databases were developed independently, thus these databases have a heterogeneous search result problem. Database intnegration for this problem resolution has a periodic update problem, a complex query process problem, a duplicate database entry handling problem and BML support problem. Therefore, in this paper, we suppose a database resource integration method for these problem resolution, describe periodically integrated database update method and XML transformation. finally, we estimate the implementation of our prototype and a case database.

• Journal of Life Science
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• v.14 no.6 s.67
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• pp.991-996
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• 2004

This paper deals with an integrated system that facilitates researchers to do motif and domain search effectively and systematically. The system we developed is constructed on the basis of the integration of various resources related to motif, domain, and protein family. Those resources that can be classified into databases and search programs are dispersed to be available in Internet. In order to develop this system, we extracted core contents of diverse databases, which are required to analyze the protein function in terms of motifs or domains, to construct local databases and installed motif or domain search programs on our server, which corresponding database has as its own search program. Diverse utilities and CGI (Common Gateway Interface) programs make the databases and the search programs interlocked and web-based graphical user interfaces integrate all the components of our system. Employing our integrated system, end-users can receive its one-stop service to do protein function analysis systematically and effectively, without surfing many sites in Internet and wasting time over integrating search results.

• The Journal of the Korea institute of electronic communication sciences
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• v.13 no.6
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• pp.1397-1404
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• 2018

Due to the technical difficulties and high cost for obtaining 3-dimensional structure data, sequence-based approaches in proteins have not been widely acknowledged. A motif can be defined as any segments in protein or gene sequences. With this simplicity, motifs have been actively and widely used in various areas. However, the motif itself has not been studied comprehensively. The value of this study can be categorized in three fields in order to analyze the human proteins using artificial intelligence method: (1) Based on our best knowledge, this research is the first comprehensive motif analysis by analyzing motifs with all human proteins in Protein Data Bank (PDB) associated with the database of Enzyme Commission (EC) number and Structural Classification of Proteins (SCOP). (2) We deeply analyze the motif in three different categories: pattern, statistical, and functional analysis of clusters. (3) At the last and most importantly, we proposed random motif frequency(RMF) matric that can efficiently distinct the characteristics of proteins by identifying interface residues from non-interface residues and clustering protein functions based on big data while varying the size of random motif.

• Journal of Korea Game Society
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• v.16 no.4
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• pp.15-24
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• 2016

The purpose of this study is to propose a storytelling board game model using cards, focusing on motif theory illustrated at , a type of software that supports story-making. First, the study categorizes storytelling board games into 4 types, then sets a development objective. Furthermore, after creating a 205 types of motif cards according to motif categorizing system, the study presents development model of both basic and expansion mode. The study aims to verify its game characteristics and elaborate its model through focus group tests henceforth.

• Cartoon and Animation Studies
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• s.34
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• pp.293-316
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• 2014

(傳說의 故鄕) is a broadcast play as one-act play series based on Korean legends and folktales. It was first aired in 1977 from KBS and there has been borrowed from this play in a variety of genres such as books and movies as the name of this series securing its popularity and awareness of the public. In this context, this is a representative work for Korean horror genre. Recently, for example, a series webtoon <2013 Home of the Legends> is published on one of the main portal websites, NAVER from July, 2013. This webtoon is main subject of this study. The purpose of this study is to discuss how the genre characteristics of Korean horror in TV serial play transmitted and changed in series webtoon <2013 Home of the Legends>. TV serial play is a representative narrative based on Korean folktales, trying to change its narrative in the range of undestroyed folktale basic move with combining the original motifs. Serial webtoon <2013 Home of the Legends>, however, deconstructs this combination motif in folktale form and leads to new move in narrative. For Korean users accustomed to Korean folktale form as the architext, this will be expected as reversal and make catharsis. Meanwhile, the deconstruction of combination motif leads to extinction of its cause-and-effect, which consists the axis of original narrative form, with resulting powerless theme, good overcoming evil and punitive justice. The aspects of changes in <2013 Home of the Legends> represent new orientation of Korean horror.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2005.07b
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• pp.235-237
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• 2005

마이크로 어레이(micro array)로 표현되는 유전자 발현 패턴(gene expression pattern)들과 해당 유전자의 upstream에 위치한 DNA 서열 요소(motif)들은 유전자 발현에 밀접한 관련을 맺고 있는데 이들간의 매핑관계를 알아내는 것은 생물전산학 분야에서 중요한 문제 중 하나이다. 본 고에서는 유전자 발현 패턴 데이터와 해당 DNA에 포함된 것으로 알려진 모티프 프로파일에 대해 대응분석(correspondence analysis)을 수행하고 2차원 평면에 매핑하여 특정 유전자 발현과 밀접하게 관련된다고 여겨지는 후보 모티프를 시각적으로 직관적으로 동정하는 방법을 제시한다. 또한 유전자 발현 패턴은 일정한 길이로 나누어 가능한 모든 패턴에 대해 클러스터링을 행하여 이에 대한 인덱스로 데이터를 표현하여 패턴의 인식성과 발현 순차성을 높이는 반면 복잡도를 줄이도록 하였다. 실험에서 두가지 형태의 모티프 프로파일과 효모 Saccharomyces cerevisiae 포자형성 데이터 집합에 대하여 대응 분석을 통한 시각화된 결과를 이용해 유전자 발현과 깊게 관련되는 것으로 알려진 모티프들이 대응 유전자 발현과의 상관성이 잘 동정되고 있음을 알 수가 있다.