• 한국정보과학회논문지:컴퓨팅의 실제 및 레터
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• 제16권10호
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• pp.980-984
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• 2010

microRNA (miRNA)와 mRNA 조절 상호작용 탐색은 다양한 생물학적 현상에 있어 새로운 시야를 제공해 줄 수 있다. 최근 생물학적 프로세스에서 miRNA는 유전자 발현을 제어하고 세포를 기능적으로 조절하는 중요한 역할을 하는 요소로 밝혀졌다. 이에 복잡한 생물학 시스템에서 miRNA의 기능적 활동을 이해하기 위해서는 miRNA와 mRNA간 상호작용 분석은 필수적이다. 그러나 아직까지 복잡한 miRNA와 mRNA간 상호작용 관계를 추론하는 것은 어려운 문제이기 때문에 많은 연구자들이 실험적, 전산학적 접근 방법을 제안하며 활발한 연구를 진행하고 있다. 본 논문에서는 이종의 발현 데이터로부터 기능적으로 상호작용하는 miRNA-mRNA 조합을 탐색하기 위한 진화 연산 기반의 새로운 하이퍼네트워크 모델을 제안한다. 이에 실험결과로 제안하는 방법을 인간 암 관련 miRNA와 mRNA 발현 데이터에 적용하여 암 특이적 miRNA-mRNA 상호작용 집합을 탐색하고 발견한 miRNA-mRNA 상호작용 관계가 생물학적으로 유의함을 제시한다.

• 한국균학회지
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• 제27권3호통권90호
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• pp.187-190
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• 1999

팽이버섯의 자실체 분화 과정에서 특이적으로 발현하는 유전자 분리를 위한 cDNA library는 발이처리 후 7일째 배양한 균사체의 mRNA에 의해 만들어졌다. cDNA클론 FVFD16(Flammulina velutipes fruiting body differentiation)은 자실체 분화 과정에서 특이적으로 발현되는 클론으로 differential screening에 의해 선발되었다. Northern 분석에 의해 FVFD16의 발현 특성을 관찰한 결과, 1일과 4일째의 균사체에서 현저한 발현량을 나타내었다. FVFD16의 염기 서열을 검색한 결과, FVFD16의 mRNA는 open reading frame을 포함한 128의 아미노산 잔기(13.5kDa)를 가진 단백질로 추정되었다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제56권4호
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• pp.393-404
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• 2004

연구배경 : 유전자 재결합 반응에 있어서 다른 종류의 RNA의 첨가에도 불구하고 유전자 반응에 영향이 없어야 여타 실험의 정량적 분석에 이용이 가능하다. 이에 저자들은 쥐를 대상으로 filter hybridization방법과 SP-A mRNA을 이용하여 비특이성 RNA 즉, 쥐의 비장 RNA의 첨가가 surfactant protein A (SP-A)의 유전자 재결합반응의 linearity, 상관계수 및 특이성에 미치는 영향을 알아보기 위하여 이 연구를 시행하였다. 방 법 : SP-A transcript mRNA의 정량, 즉 0, 0.1, 0.5, 1 및 2.5 ng에 비특성 RNA 즉 비장 RNA를 각각 0,1, 5 및 $10{\mu}g$을 첨가하여 filter hybridization 방법을 이용하여 SP-A mRNA양과 cpm과의 연관성을 비교정량측정하여 각각의 linearity, 상관계수 및 특이성의 분자생물학적 정도관리에 대한 비교 관찰을 하기 위하여 이 연구를 시행하였다. 결 과 : 1. 쥐의 spleen RNA 0, 1, 5, 10 및 $20{\mu}g$에 대한 cpm과의 표준곡선 및 상관계수는 Y=0.13X-19.35(X=cpm, Y=spleen RNA input)이고, 상관계수는 0.98이었다. 2. SP-A sense 전사체 0, 0.1, 0.5, 1.0, 2.5 및 5 ng에 대한 cpm과의 표준곡선 및 상관계수는 Y=0.00066X-0.046 (X=cpm, Y=SP-A mRNA 전사체)이고, 상관계수는 0.99이었다. 3. 쥐의 비장 RNA $1{\mu}g$을 첨가 후 SP-A sense 전사체 0, 0.1, 0.5, 1.0, 2.5 및 5 ng에 대한 cpm과의 표준곡선 및 상관계수는 Y=0.00056X-0.051(X=cpm, Y=SP-A mRNA 전사체)이고, 상관계수는 0.99이였다. 쥐의 비장 RNA $5{\mu}g$을 첨가 후 표준곡선은 Y=0.00065X-0.088 (X=cpm, Y=SP-AmRNA 전사체)이고, 상관계수는 0.99이였다. 쥐의비장 RNA $10{\mu}g$을 첨가 후 표준곡선은 Y=0.00051X-0.10 (X=cpm, Y=SP-A mRNA 전사체)이고, 상관계수는 0.99이었다. 결 론 : 이상의 결과는 비특이성 RNA인 비장 RNA의 첨가 후 SP-A sense mRNA양과 cpm과의 상관관계는 sense 유전자와 anti-sense 유전자의 유전자 재결합 반응에 있어서 다양한 양의 비특이성 RNA의 첨가나 오염에도 불구하고 linearity, 상관계수 및 그 특이성이 잘 유지됨을 입증해 준 결과라 생각된다.

• 생명과학회지
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• 제21권9호
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• pp.1226-1233
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• 2011

키네신은 신경세포에서 미세소관 위를 따라 소포들을 운반하는 분자 motor 단백질로 4개의 단백질로 구성되어있다. 신경세포내에서 발현하는 KIF5C가 세포 내에서 어떤 특정소포를 이동시키는가는 신경세포성장에서 중요문제이다. 이에 본연구는 KIF5C와 결합하는 단백질을 동정하기 위하여 효모 two-hybrid 방법을 사용하여 KIF5C와 특이적으로 결합하는 $\underline{S}$am68-$\underline{l}$ike $\underline{m}$ammalian protein 2 (SLM-2)을 확인하였다. $\underline{S}$ignal $\underline{T}$ransducers and $\underline{A}$ctivators of $\underline{R}$NA (STAR) family의 한 종류이며 RNA processing에 관여하는 RNA 결합단백질인 SLM-2는 KIF5s의 C-말단과 결합하며, 또한 SLM-2의 C-말단은 KIF5s와 결합하는데 필수영역이였다. 이러한 단백질간의 결합은 Glutathione S-transferase (GST) pull-down assay를 통하여 SAM68, SLM-1, SLM-2은 특이적으로 Kinesin-I과 결합함을 확인하였으며, SAM68의 항체로 면역침강한 결과 KIF5s와 mRNA는 같이 침강하였다. 신경 세포의 말단에는 돌기형성에 필요한 단백질들의 주형인 mRNA가 다수 존재하며, 이러한 mRNA는 세포의 중앙에서 세포의 말단쪽으로 이동하여야 하는데, 이번 연구 결과는 Kinesin-I이 특이적으로 mRNA을 운반할 것으로 예상된다.

• 자연과학논문집
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• 제11권1호
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• pp.95-98
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• 1999

$CO_2$ gas 처리가 배추 자가불화합성 타파에 미치는 영향을 조사하고자 배추 inbred line의 암술에서 mRNA를 분리하여 DD-PCR을 수행하였다. $CO_2$ gas를 처리한 암술에서 분리한 mRNA와 처리하지 않은 꽃에서 분리한 암술 mRNA 발현과의 특이적인 차이를 DD-PCR로 조사한 결과 세 가지 각기 다른 anchor primer에 대해 모두 18개의 특이적 증폭 DNA fragment를 얻을 수 있었다. 이 결과로 미루어 보아 $CO_2$ gas 처리에 의한 암술 mRNA발현의 변화가 배추 자가불화합성 타파에 영향을 미치는 것으로 생각된다.

• 한국잠사곤충학회지
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• 제50권2호
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• pp.122-125
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• 2012

본 연구는 누에 배자 발생 초기 특이 발현 유전자 프로모터를 개발하기 위한 연구의 일환으로 추진하였다. 누에 초기 및 후기 배자로 부터 분리한 mRNA를 사용하여 subtractive hybridization 분석법으로 누에 배자 발생 초기 특이 발현 유전자 4종을 선발할 수 있었다. 선발된 4종 유전자는 각각 BmNanos protein mRNA, BmNanos-P protein mRNA, BmNanos-O protein mRNA 및 BmVasa protein mRNA 유전자와 매우 높은 상동성을 보였다. 또한, 본 연구에서는 Northern hybridization 분석 및 real time PCR 분석을 통하여 배자 초기에 특이적으로 고발현하는 BmNanos-like 등 4개 선발 유전자의 발현 특성을 확인하였다. 이러한 결과는 추후 추진 할 누에 형질전환용 전이벡터의 효율성 제고를 위한 연구에 활용될 것으로 기대된다.

• 생명과학회지
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• 제21권9호
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• pp.1259-1265
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• 2011

본 연구의 목적은 일회성 유산소 운동이 TLR4, IL-6, TNF-${\alpha}$, SOCS-3 유전자 발현에 미치는 영향을 쥐의 골격근에서 살펴보는데 있었다. 또한 이러한 일회성 운동의 영향이 근섬유 형태 특이적으로 나타나는 지에 대한 연구도 수행되었다. 실험은 Balb/c 수컷 쥐(male: 7주령, 몸무게 $22.78{\pm}0.27g$) 13마리 대상으로 하였으며, 대조군과 운동군으로 무선배정되었다. 운동은 일회성으로 지칠 때까지 트레드밀 운동(경사도 $10^{\circ}$, speed 17 cm/sec 10 min, 33 cm/sec 10 min, 50 cm/sec)을 실시하였으며, 운동 후 24시간이 지난 시점에서 가자미근과 족저근을 적출하였다. 가자미근과 족저근의 TLR4, IL-6, TNF-${\alpha}$, SOCS-3 mRNA 수준 변화는 real-time PCR을 이용하여 측정하였다. 일회성 유산소 트레드밀 운동은 가자미근에서 TLR4 mRNA 발현을 유의하게 증가시켰지만, 족저근의 TLR4 mRNA 발현에는 유의한 영향을 미치지 않았다. 또한 IL-6, TNF-${\alpha}$, SOCS-3 mRNA 발현은 가자미근에서 일회성트레드밀 운동에 의해 유의하게 증가되었다. 하지만 족저근에서 이들 유전자의 mRNA 발현은 일회성 운동에 의해 영향을 받지 않았다. 결론적으로 TLR4, IL-6, TNF-${\alpha}$, SOCS-3와 같은 면역관련 유전자의 발현 수준은 일회성트레드밀 운동에 의해 근섬유 형태 특이적으로 조절됨을 알 수 있었다.

• 한국정보과학회:학술대회논문집
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• 한국정보과학회 2010년도 한국컴퓨터종합학술대회논문집 Vol.37 No.1(A)
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• pp.48-49
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• 2010

• 한국가축번식학회지
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• 제18권3호
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• pp.199-206
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• 1994

본 연구는 생쥐 배 발생과정의 상이한 발현을 RT-PCR법에 의해 무작위 증폭함으로서 새로운 유전자를 손쉽게 크로닝하기 위해 수행되었다. mRNA의 상이한 display법은 Ling 과 Pardee (Science 257, 1992)에 의해 개발되었으며, 최근 Zimermann과 Schultz (PNAS USA 91, 1994)에 의해 재증명되었다. 이 방법은 특정 유전자의 일시적 발현의 변화가 maternal 제어로부터 접합체 제어로의 이행에 따른 발현전이, 다정자 침입과 단일 정자 침입에 의한 배발생의 기능적 차이, 성공적으로 부화한 배반포기 배와 부화에 실패한 배반포기 배에서의 발현의 차이는 물론 세포주기에 따른 유전자 발현 양식의 변화에 따른 새로운 유전자의 크로닝을 가능케 한다. 이 방법에 의해, 2세포기 특이 발현 유전자를 크로닝 하였으며, 이 유전자는 EcoRI제한 효소 처리후 Southern blot을 행한 결과 약 15kb genomic size를 가진 것으로 나타났다. 이 새로운 유전자는 간장 특이적 발현을 나타내었다. 또한, 적어도 2개의 mRNA가 존재하였으며, 이는 RNA splicing에 의한 것으로 추정되었다. (PCR, RT-PCR, cloning, preimplantation, mouse)

• 한국식물학회:학술대회논문집
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• 한국식물학회 1987년도 식물생명공학 심포지움 논문집 Proceedings of Symposia on Plant Biotechnology
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• pp.357-389
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• 1987

In an attempt to clarify the physiological functions of individual isoperoxidases, we have studied enzymatic and immunological properties as well as cellular distribution of isoperoxidases from tobacco callus and Korean radish. The gene expression patterns of isoperoxidases in shoot and non-shoot-forming tobbaco callus were also examined by rabbit reticulocyte lysatein vitro translation system. These results indicate that fraction of translatable poly(A)-isoperoxidase mRNA was increased considerably in shoots. At the present time, at least 6-7 isoperoxidases could be detected from the translation mixture of total cellular RNA, among which only one cell wall localized anodic isoperoxidase (named A3) mRNA was bimorphic mRNA. These data suggest the possible regulation of peroxidase activity during shoot formation by altering the polyadenylation state of mRNA. In case of Korean radish seedlings, poly(A)- peroxidase mRNA were also increased depending upon aging.