국가 보건의료체계(health care system)가 올바르게 기능하기 위해서는 의료체계를 구성하는 각 요소들간의 유기적인 상호 작용이 대단히 중요하다. 정보체계는 이러한 유기적인 상호 작용을 위해 보건의료체계의 각 영역에서 꼭 필요한 시스템이다. 보건의료 서비스를 효율적으로 생산하기 위해서 투입하는 자원의 개발과 배치 체계는 물론 생산된 보건의료 서비스를 소비자가 효과적으로 이용할 수 있도록 하는 서비스 전달체계(delivery system)의 전과정에서 보건의료정보체계는 중요한 인프라가 되고 있다. 정보체계는 궁극적으로 보건의료체계가 지향하는 목적을 달성할 수 있도록 짜여져야 한다. 다시 말해, 의료체계의 각 하부영역에서 의료이용의 접근성(accessibility), 형평성(equity), 서비스의 의과학적 질(scientific technical quality), 포괄성(comprehensiveness) 등 보건의료체계가 추구하는 가치를 정보체계에서도 그대로 담아 낼 수 있어야 한다. 또한 정보체계를 구축하기 위한 요건으로 각 사업 영역별 표준화, 사업 영역간의 상호관계, 공공과 민간의 역할 분담, 정보 관련 시선과 인력, 정보기술 등의 인프라, 각 사업 영역별 정보화에서 담아야 할 정보 내용(contents, DB) 등에 대한 사전 기획이 수립되어야 한다. 그 동안 보건의료분야의 정보화사업은 1996년부터 보건소기관의 행정, 진료, 보건 업무지원을 위한 보건소정보화사업과, 1995년부터 초고속공공응용서비스 사업의 일환으로 추진해 온 전염병, 혈액유통, 장기이식, 외래진료예약, 원격진료, 응급의료, 원격치매진료 시스템 구축사업 등이 있으며, 응급의료, 혈액관리, 장기이식, 전염병정보, 외래진료예약시스템을 통합한 보건의료정보통합서비스시스템(1998년) 구축사업 등이 있었다. 이러한 사업들에 대해 현재 평가되고 있는 문제점들로는 정보화 사업에 대한 전략과 비젼이 부재한 상태에서 지나치게 정보기술 중심으로 추진되다 보니 보건의료 정보의 공유나 활용이 전혀 이루어지지 않거나 매우 제한적이었고, 시범사업의 경우는 초기 사업을 추진하기 위한 주체가 명확하지 않았고, 관련 인력의 훈련과 양성이 안 되었으며, 사업 확대를 위한 법적 기반의 취약, 정보화 사업이 부실한 데 대한 평가 기준과 대안 제시 등이 매우 취약한 것이 문제점으로 나타났다. 특히, 정보 내용과 DB 구축을 위한 표준화 등에 대한 사전 설계 부재는 개발된 정보시스템의 운영을 결정적으로 어렵게 만든 요인이 되고 있다. 전반적으로 기존의 정보화사업은 사업 추진을 위해서 꼭 필요한 비젼 수립, 비젼에 따른 목표 설정, 전략 개발, 관리체계 구축, 운영방안 수립 등 단계적인 정보화 계획이 부재한 것으로 평가되고 있어 보건의료정보체계 구축을 위한 종합 비젼 기획(ISP)이 시급한 실정이다.