• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제53권3호
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• pp.397-407
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• 2010

목 적 : F9 유전자는 혈우병B의 병인 유전자이다. 기존의 RFLP를 이용한 연관분석은 정보제공율이 55.6%에 불과하였다. 직접 염기서열 분석법은 98%의 돌연변이를 진단할 수 있지만, 고가의 비용이 든다. 본 연구는 F9 유전자를 대상으로 돌연변이의 선별검사로써 mPCR-CSGE를 사용하고, 이후 특정 유전자 부위만을 염기서열 분석하여 mPCR-CSGE의 유용성을 확인하기 위해 고안되었다. 방 법 : 연구대상은 비혈연 관계인 27명의 혈우병B 환자였다. 직접염기서열 분석법은 독립된 다른 기관에서 시행하였고, mPCR-CSGE 선별 후 염기서열 분석법은 본 연구자의 기관에서 시행되었다. 직접 염기서열 분석법의 결과가 참고치가 되어 mPCR-CSGE 선별 후 염기서열 분석법을 정확성, 경제성, 신속성, 편이성 측면에서 비교하였다. 두가지 방법으로 진단이 되지 않는 환자에게는 MLPA를 이용하여 돌연변이를 발견하였다. 결 과 : 직접 염기서열 분석법으로 26명(96.3%)의 환자에서 돌연변이를 확인할 수 있었다. mPCR-CSGE 선별 후 염기서열 분석법으로는 23명(85.2%)의 환자에서 돌연변이를 찾아낼 수 있었다. 1명의 환자는 MLPA로써 돌연변이를 확인할 수 있었다. 27명의 환자에게 21개의 독립적인 돌연변이가 있었다. mPCR-CSGE 선별 후 염기서열 분석법은 직접 염기서열 분석법에 비해 비용은 55.7%로 줄일 수 있었으나, 실험 단계는 더욱 복잡하였고, 시간도 하루가 더 걸렸으며, 세심한 실험상의 주의가 필요하였다. 결 론 : mPCR-CSGE 선별 후 염기서열 분석법은 85.2%의 높은 돌연변이 선별력을 보이고, 직접 염기서열 분석법의 57.7%의 비용만 소모하였으나, 실험과정에 세한 주의가 요구되었으며, 노동집약적이고, 실험 시간도 하루가 더 소요되었다.

• 대한임상검사과학회지
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• 제49권2호
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• pp.135-140
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• 2017

중합효소연쇄반응법을 이용한 축산물 가공식품 내에 존재하는 소고기 성분을 특이적으로 검출할 수 있는 방법을 개발하기 위하여 축산물 가공식품 78종류를 무작위로 선별하였다. 가공식품으로부터 추출한 genomic DNA를 이용하여 소의 미토콘드리아 16S rRNA 염기서열을 이용하여 strain-specific primer를 직접 제작하여 중합효소연쇄반응을 수행한 후, 증폭된 반응산물의 염기서열을 분석 하였다. 축산물 가공식품 내 소고기 성분 검출을 위한 중합효소연쇄반응 수행 결과, 소고기 성분이 함유되어 있는 17개의 축산물 가공식품이 정확히 증폭되었고, 증폭산물의 DNA 염기서열 분석 결과 소의 미토콘드리아 16S rRNA 서열과 95% 이상의 상동성을 보였다. 본 실험에서 제시된 방법으로 축산물 가공식품 내 소고기 성분검출을 적용하였을 시, 소고기 성분이 함유된 축산물 가공식품을 정확하게 감별할 수 있었으며, 나아가 식품 원재료의 허위기재 등에 의한 불량식품 유통 근절 및 종교적 이유로 인한 금기 식품감별 등과 같은 과학적 식품 감시에 기여할 수 있다고 사료된다.

• Laboratory Medicine Online
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• 제7권1호
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• pp.13-19
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• 2017

배경: 저자들은 FLT3-ITD (fms-like tyrosine kinase-internal tandem duplication) 돌연변이의 정량 및 반복 염기 길이를 동시에 측정하는 정량 절편 분석법(fragment analysis)의 민감도를 평가하고, 분석적 성능을 검증하였다. 방법: FLT3-ITD 돌연변이의 정량과 수는 절편분석법으로 측정하였다. 변이 대립유전자와 정상 대립유전자를 혼합한 계대희석 표준물질로 절편 분석법, 일반 PCR법, 염기서열분석법의 FLT3-ITD 변이 검출한계를 측정하였다. 정상 공여자 50검체를 이용하여 특이도를 평가하였다. 급성골수성백혈병 환자의 481검체에 대하여 절편 분석법과 일반 PCR법으로 검사를 시행하고 그 결과를 비교 분석하였다. 결과: 절편 분석법의 돌연변이 최소 검출 농도는 5%였으며, 일반 PCR 검사법과 직접염기서열분석법은 각각 10%, 20%의 결과를 보였다. 급성골수성백혈병 환자의 481 검체를 분석한 결과, FLT3-ITD는 40.1% (193/481)에서 양성이었다. 변이 대립유전자의 정량값은 1.7-94.1% (중앙값 28.2%)로 다양하였으며, 반복 염기의 길이의 범위는 14bp-153 bp (중앙값 49bp)였다. 일반 PCR 검사법과 비교한 결과 방법간 일치도는 97.7% (470/481)였다. 절편 분석법이 일반 PCR 검사법에 비해 더 높은 민감도를 보였고, 11건의 돌연변이가 더 검출되었다. 이 중 7검체는 변이 대립유전자의 양이 10% 미만으로 일반 PCR 검사에서 검출되지 않았다(3.3-9.5%). 또 다른 불일치 세 검체에서는 PCR inhibitor의 영향으로 일반 PCR 방법에서 위음성 결과를 보였으며, 다른 한 검체는 돌연변이 중복 길이가 14 bp로 매우 짧아 일반 PCR에서 정상 밴드와 구별되지 않는 경우였다. 결론: 본 연구에서 저자들이 사용한 절편 분석법은 FLT3-ITD 돌연변이의 정량값과 중복된 길이를 동시에 측정할 수 있는 검사법으로, 민감하고 정확하여 급성골수성백혈병 환자에서 FLT3-ITD의 진단 및 추적 검사에 유용할 것으로 기대된다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제62권5호
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• pp.406-416
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• 2007

연구배경: 단일염기다형성(Single nucleotide polymorphism, SNP)은 인간의 유전자 서열 1000염기에 1개 빈도로 발견되어 인간은 대략 300만개의 유전자 다형성을 가지고 있다. 이 유전자 다형성의 조합결과로 인간의 개체 간 특성들이 결정되는 것으로 이해되고 있다. 이러한 다형성들의 조합양상에 따라 특이 질환에 대한 유전자 감수성 또한 달라지게 되므로 최근에는 많은 질환들과 유전자 다형성들과의 상관관계를 보는 연구들도 활발하게 진행되고 있다. 이러한 SNP분석은 큰 집단을 대상으로 진행되어 지므로 적은 비용으로 정확하게 그리고 대용량으로 분석할 수 있는 방법이 필요하다. 방 법: 대상 환자 89명의 genomic DNA를 가지고서 promotor상에 위치한 -37과 -524 염기부위에서 유전자 다형성을 보이는 것으로 보고되어져 있는 RRM1(ribonucleotide reductase M1) 유전자를 대상으로 PCR-RFLP(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism)와 real-time PCR(RTPCR, TaqMan probe assay)을 동시에 시행한 후 각각의 결과를 비교 분석하였다. 결 과: 대상 DNA 89예 중 -37에서는 2예(2.17%), -524에서는 15예(16.26%)가 서로 다른 양상을 보였다. 결과 차이를 보인 샘플 17예를 대상으로 직접 염기서열 분석을 시행하여 본 결과, 17예 모두 RT-PCR에서 확인되었던 결과와 일치함을 확인할 수 있었다. 추가 샘플 138예를 대상으로 RT-PCR을 2회 연속 실행하여 genotyping을 해 본 결과 98%이상의 높은 일치율을 보였으며, 그중 10예를 무작위로 골라 직접 염기서열 분석을 시행하여 본 결과, 역시 100%일치, 높은 정확도를 보였고 이는 in-tube assay 방식으로 샘플의 오염을 최소화 할 수 있었으며 72 well based system(Corbett Research)을 이용함으로 1회 유전자 증폭반응을 통해 많은 검체를 한 번에 확인할 수 있어 매우 빠른 검사방법 이었다. 결 론: 큰 집단을 대상으로 다량의 SNP를 분석하기 위한 실험 방법으로는 RT-PCR이 신속하면서도 정확한 결과를 얻을 수 있는 방법으로 사료된다.

• 대한두경부종양학회지
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• 제18권1호
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• pp.3-10
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• 2002

Background: The molecular pathogenesis of hereditary medullary thyroid carcinoma is well known to be associated with germ-line mutation in the RET proto-oncogene and sporadic medullary thyroid carcinoma has been shown to carry somatic RET mutation especially in exon 13 and 16. The aim of this study is to evaluate the genetic background in the pathogenesis of the sporadic medullary thyroid carcinoma which shows extremely high incidence in Korea. Materials and Methods: Direct DNA sequencing for RET exon 13 and 16, as well as immunohistochemistrical assay for a monoclonal RET antibody were performed from 20 cases of archival tissues of medullary thyroid carcinoma. Results: Monoclonal RET antibody with C-terminal epitope showed comparatively stronger expression in tumor cells than in normal tissues and immunoreactive area in the tumor was $66.0{\pm}40.1%$. Direct sequencing of RET exon 13 revealed 4 cases of mis-sense mutations in Codon 778, Codon 767, and both in Codon 768 and 778. One case showed a silent mutation (ACG-ACT) in RET exon 16 (Codon 926). Conclusions: The strong RET immunoreactivity of medullary thyroid carcinoma may suggest that there could be a genetic alteration in oncoprotein level. RET proto-oncogene mutation may be involved in the evolutional process of medullary thyroid carcinoma in the aspect of molecular basis.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제48권10호
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• pp.1107-1115
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• 2005

목 적 : ESBL 생산 S. sonnei에 의한 장염의 대규모 발생은 과거 국내는 물론 세계에서도 유래를 찾아볼 수 없었다. 저자들은 집단 발생한 ESBL 생산 S. sonnei에 의한 장염 환자의 임상적 특징과 치료에 대한 반응 등을 분석하여 ESBL 생산 S. sonnei 감염증에 대한 치료 지침을 마련하는데 도움이 되고자 한다. 방 법 : 연구 대상은 2004년 11월 충주 ${\bigcirc}{\bigcirc}$초등학교를 중심으로 집단 발생한 급성 장염 환자 중 분변 배양 검사상 S. sonnei가 검출되어 치료받은 환자 103명을 대상으로 하였다. 환자에서 분리된 S. sonnei에 대해 항생제 감수성 검사와 DNA 염기 서열 검사를 시행하였고, 환자들의 임상적 특징과 검사 소견, 그리고 항생제에 대한 반응 등을 후향적으로 분석하였다. 결 과 : 임상 증상은 발열 96.1%, 설사 93.2%, 복통 76.7%, 두통 71.8%, 구토 65.0%, 그리고 구역 41.7% 순으로 나타났다. 발열은 평균 2.0일간 지속되었고, 설사는 평균 3.9일간 지속되었다. 설사의 양상은 수양성 설사는 69%, 점액성 설사는 26%, 그리고 혈변은 5%에서 관찰되었다. 말초 혈액 검사에서 백혈구 증다증을 보이는 경우는 53.4%이었고, 혈청 검사에서 CRP 양성을 보이는 경우는 78.6%이었다. 대변 직접 도말 검사에서 백혈구가 고배율 당 50개 이상인 경우가 11.7%, 그리고 5-20개인 경우 9.7%이었다. 대변 잠혈 반응은 71%에서 양성이었다. 본 유행에서 분리된 ESBL의 유형은 염기 서열을 분석한 결과 CTX-M-14 유형으로 밝혀졌다. 항생제 투여에 대한 미생물학적 치료 결과는 ciprofloxacin 투여자 중 100%(9/9), azithromycin 투여자 중 100%(5/5), cefdinir 투여자 중 6.9%(5/72), ceftriaxone 투여자 중 0%(0/8), ceftizoxime 투여자 중 12.5%(1/8), TMP/SMX 투여자 중 0%(0/8), ampicillin/sulbactam 투여자 중 42.9%(3/7), amoxicillin/clavulanic acid 투여자 중 20%(1/5), 그리고 imipenem/cilastatin 투여자 중 68.8%(11/16)에서 추적 검사상 음전 되었다. 결 론 : 소아에서 발생한 ESBL 생산 S. sonnei에 의한 세균성 이질에 대한 항생제 선택에서 비용-효과 면이나 안전성 면에서 azithromycin이 매력적인 일차 선택약일 수 있을 것으로 사료된다. Ciprofloxacin은 비용-효과 면에서는 우수한 약제일 수는 있으나 소아에서의 사용은 아직 이르다고 생각된다.

• 대한유전성대사질환학회지
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• 제14권2호
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• pp.186-190
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• 2014

시트룰린혈증 2형은 SLC25A13 유전자 결함으로 인한 시트린 결핍에 의한 상염색체 열성 유전질환이다. 시트룰린혈증 2형은 임상적으로 '시트린 결핍증에 의한 신생아 간내 담즙정체(NICCD)'와 '성인기 발병형 시트룰린혈증 2형'의 두 가지 형태로 나타난다. NICCD는 영아기 간내 담즙정체, 지방간, 간기능 장애, 저단백혈증과, 혈액 응고장애, 저혈당증, 성장부진 등의 증상이 나타나며 임상증상과 생화학적 검사 결과를 바탕으로 질환을 의심하에 SLC25A13 유전자 검사를 통해 확진할 수 있다. 또한 최근에는 무증상 상태에서 신생아 대사이상 선별검사를 통해 진단되기도 한다. 저자들은 신생아 대사이상 선별검사는 정상이었으나 지속되는 황달로 입원한 3개월 남아에서 SLC25A13 유전자 검사로 확진된 NICCD 1례를 경험하였기에 문헌 고찰과 함께 보고하는 바이다. 환아는 지속적 황달과 경도의 고암모니아 혈증과 간효소 수치의 상승, 직접 빌리루빈의 상승을 보이고, 혈장 아미노산 분석 결과 시트룰린과 메티오닌, 트레오닌 상승을 보였다. 시트룰린 혈증 2형 의심 하에 시행한 SLC25A13 유전자 염기서열 분석 결과, c.[852_855delTATG](p.Met285Profs*2)과 c. [1180+1G>A] 이형접합 변이가 발견되었다. 신생아 대사이상 선별검사 결과가 정상이었다고 하더라고 간내 담즙정체가 있는 영아는 NICCD를 감별진단 중 하나로 고려하여 암모니아 및 혈장 아미노산 분석을 포함하여 검사를 시행하는 것이 감별진단에 도움이 될 것으로 사료된다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제50권1호
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• pp.29-41
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• 2001

결핵환자에 있어 rpoB 유전자 염기서열 돌연변이로 인해 생겨나는 rifampin(RIF)내성은 화학요법치료에서 나타나는 다제내성의 표지자로서 많은 연구가 되어 있으며 rifabutin(RIB)은 이러한 RIF의 내성을 보이는 일부 점돌연변이에 대하여 감성 또는 내성을 보이는 것으로 보고되고 있다. 그러므로 본 연구에서는 mycobacteria rpoB 유전자의 특정 DNA 서열(17 bp)을 고정한 올리고뉴클레오티드 칩을 개발하여 rpoB 유전자의 점돌연변이으로 인한 RIF과 RIB의 감수성을 조사하고자 하였다. 방법 : 사용된 올리고뉴클레오티드 칩은 RIF 내성 프로브 및 RIB 감성 프로브를 포함하도록 고안되었으며, 각각의 돌연변이에 상응하는 야생형 프로브를 동일한 염기서열에서 선정하여 형광 시그날 세기의 직접비교에 의해 보다 정확한 탐지를 가능하게 하였다. 결과 : 15개의 임상 분리체를 검사한 결과 RIF 내성으로 밝혀진 돌연변이중 13개의 임상 분리체에서 RIB 감수성 돌연변이 종류를 판별할 수 있었다. 결론 : 올리고뉴레오티드 칩으로 rpoB 유전자에 대한 점돌연변이 연구는 결핵환자에 대한 RIF과 RIB 약제내성 유무를 판단케 함으로써 효과적인 화학요법치료를 가능케 할 것이며 기존 방법과 비교시 효율 및 재현성이 매우 높다고 판단되었다.

• 대한유전성대사질환학회지
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• 제16권2호
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• pp.79-85
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• 2016

목적: 본 연구의 목적은 국내 양성 고페닐알라닌혈증의 돌연변이 유전자 분석, 임상 양상, 치료에 대해 조사하는 것이다. 방법: 2010년도 4월부터 2015년도 8월까지, 신생아 선별검사에서 페닐알라닌의 상승으로 본원으로 전원되어 양성 고페닐알라닌혈증으로 진단된 10명의 환자를 대상으로 시행되었다. 조사항목으로는 환자들의 특징 및 임상 양상과 직접 염기서열 분석을 통한 PAH 유전자 돌연변이 형태 분석을 포함하였다. 결과: 10명의 환자들 중 2명은 고페닐알라닌혈증으로 진단된 자녀의 부모였으며, 환자들 중 특이 과거력이나 임상 증상이 있는 경우는 없었다. 혈장 아미노산 분석에서는 페닐알라닌이 1.2 mg/dL부터 4.2 mg/dL까지의 범위로 측정되었다. BH4 부하검사에서는 모든 환자들이 BH4에 무반응이었다. 확진 검사로 시행한 페닐알라닌수산화효소 유전자 분석에서는, 총 20개의 대립유전자들 중에서 11개의 각기 다른 대립유전자형을 확인할 수 있었는데, 이 중 제일 흔한 대립유전자는 R53H (c.158G>A)였다. 뿐만 아니라, 직접염기서열분석 상에서 2가지의 새로운 돌연변이 형태인 V423A (c.1268T>C)와 V51A (c.152T>C)를 발견하였다. 본 연구에 포함된 환자들은 약물을 복용하거나 식사 조절을 하지 않았음에도, 지속적인 외래 추적 관찰 결과 모든 환자들의 페닐알라닌 치는 6 mg/dL 이하로 유지되었으며, 정상적인 신경 인지발달을 하고 있는 것을 확인하였다. 결론: 이 연구는 양성 고페닐알라닌혈증 환자에 대한 분석이며 국내에서 처음으로 시행한 것이다. 모든 양성 고페닐알라닌혈증 환자들은 지속적인 치료 없이도 혈장 페닐알라닌 치를 6 mg/dL 이하로 유지하였고 정상적인 신경 인지발달을 하였다. 그러므로, 돌연변이 검사를 시행하여 양성 고페닐알라닌혈증 환자를 페닐케톤뇨증과 감별함으로써 불필요한 식사 요법이나 약물 투여를 줄여 환자의 삶의 질을 높일 수 있다.

• Radiation Oncology Journal
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• 제21권2호
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• pp.149-157
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• 2003

목적: 한국인 젊은 여성 유방암 환자에서 유방암 유전자 (BRCA)가 예후인자가 될 수 있는지 알아보기 위하여 본 연구를 시행하였다. 대상 및 방법: 대학병원에서 치료를 받은 환자 중에서 유방암이나 난소암의 가족력과 관계없이 40세 이하의 환자를 선택하였다. 환자의 나이는 18~40세이었고 중앙값은 34.5세이었다. 환자의 말초혈액에서 림프구를 모아 DNA를 추출하였으며 BRCA1과 BRCA2의 모든 염기 중에서 기능과 관계 있는 부위의 DNA를 직접염기서열 결정방식으로 검사하였다. 조직표본 검사가 가능한 환자는 면역화학조직검사를 시행하였다. 대상 및 방법: 60명의 환자 중에서 유방암 발생과 직접 관계가 있는 돌연변이가 11개(18.3%) 있었고(BRCA1 6명, BRCA2 5명), 의미를 알기가 곤란한 돌연변이가 7개 있었으며 반 수 이상의 돌연변이는 이제까지 보고되지 않은 것이었다. 그리고 대부분의 돌연변이 환자는 유방암이나 난소암의 가족력이 관찰되지 않았다. 유방암 유전자 돌연변이 환자는 한 명도 치료의 실패가 없었으며 한 면에서 반대측 유방암이 발생하였다. 7년 무병 생존율은 돌연변이 환자에서 50%, 돌연변이와 관계가 없는 환자에서 79%이었고 차이는 없었다. BRCA 관련 종양에서 에스트로젠, 프로제스테론 수용체 음성의 비율이 높았으며 조직학적 분화도가 낮았으나 예후는 비교대상에 비해 나쁘지 않았다. 결론: 한국의 젊은 여성 유방암 환자는 예후가 인자가 있어도 재발률이 낮았으며 유전자 돌연변이 이환율이 높았으나 암의 발현율은 상대적으로 낮은 것으로 추정되었다 이 결과를 확인하기 위해 더 많은 환자 집단과 오랜 추적기간의 연구가 필요하다.