• Journal of Veterinary Clinics
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• v.32 no.3
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• pp.219-223
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• 2015

Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP) causes paratuberculosis or Johne's disease, an intestinal granulomatous infection in domestic and wild animals. The study aimed to develop and evaluate a panel of multiplex quantitative real-time polymerase chain reaction (mqPCR) assay for simultaneous detection of three MAP-specific genes (IS900, F57 and ISMAP02 genes). The analytic sensitivity (i.e., limit of detection, expressed as cells per 1 ml) was 150 for IS900, 1500 for F57, and 50 for ISMAP02. The specificity of the method was determined by testing 152 bovine fecal samples. Based on the test, it showed that the assay simultaneously detected the target genes in short period of time and at lower cost compared to laboratory routine tests. The test agreement between the assay and routine test was 94%. The discrepancy in the results was due to samples that were tested positive by the panel but negative by the routine tests, suggesting that the assay has higher sensitivity than the routine tests. In conclusion, the mqPCR assay could be a rapid and accurate testing tool for investigating paratuberculosis or Johne's disease cases in domestic and wild animals.

• Journal of Periodontal and Implant Science
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• v.35 no.1
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• pp.133-152
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• 2005

1. 목적 Prostaglandin은 치주질환과 관련된 국소적 골 대사에 중요한 역할을 한다. ${\Delta}^{12}PGJ_2$는 생체 내에서 혈장의 존재 하에 형성되는 천연 $PGD_2$ 대사산물이며 peroxisome- proliferator에 의해 활성화되는 감마 수용체 (PPAR ${\Gamma}$)에 대해 높은 친화성을 갖는 리간드로서 핵 수용체군에 속하는 전사조절인자이다. 이 연구의 목적은 골화 과정에서 ${\Delta}^{12}PGJ_2$의 역할을 규명하기 위해, 조골세포주의 증식과 분화에 미치는 영향과 그에 관련된 세포기전을 조사하는 데에 있다. 2. 방법 인간 골육종세포주인 Saos-2 (ATCC.HTB 85)와 쥐의 조골세포주 (MC3T3-E1)를 배양한 후 실험군에 농도가 각각 $10^{-5}$, $10^{-6}$, $10^{-7}$, $10^{-8}$, $10^{-9}$ 몰인 ${\Delta}^{12}PGJ_2$와 ciglitazone (합성 PPAR 감마 길항체)를 첨가하였다. 조골세포에서 PPAR 감마의 발현을 관찰하기 위해 역전사효소-중합효소연쇄반응(RT-PCR)을 특정한 primer를 이용하여 시행하였다. 세포 증식은 1일, 2일, 3 일째에 MIT 분석법으로 측정하였고, 2 일째에 알칼리성 인산효소 (ALPase) 생산을 측정하였다. 위의 결과에서 얻은 적정한 농도에서 다양한 조골세포 분화의 표지자들-제 1 형 교원질, 알칼리성 인산효소, osteopontin 및 bone sialoprotein-에 대한 간이 정량적 역전사효소-중합효소연쇄반응 (semiquantitative RT-PCR)을 실시하였으며 골결절 형성에 대한 효과를 알아보고자 석회화 분석도 시행하였다. 3. 결과 ${\Delta}^{12}PGJ_2$와 ciglitazone 모두 Saos-2 세포주의 증식을 촉진시켰다 .$10^{-8}$ 몰의 ${\Delta}^{12}PGJ_2$와 $10^{-6}$몰의 ciglitazone을 첨가한 실험군을 대조군과 비교했을 때, 시간에 비례하여 세포 증식률이 증가되었다. 알칼리성 인산효소의 활성화 검사에서도 증식률에서와 유사한 결과를 보여주었다. 간이 정량적 RT-PCR에서는 ${\Delta}^{12}PGJ_2$로 처리한 군의 경우 제 1 형 교원질, 알칼리성 인산효소, osteopontin, 그리고 bone sialoprotein의 상대적 mRNA 수준이 유의하게 높았다. 석회화 분석에서는 MC3T3-E1 세포를 $10^{-6}$ 몰의 ${\Delta}^{12}PGJ_2$로 처리한 군과 $10^{-5}$ 몰의 ciglitazone으로 처리한 군에서 현저한 골결절 형성을 보였다. 이러한 결과들은 ${\Delta}^{12}PGJ_2$가 유용한 골 유도물질이 될 수 있으며 또한 그 작용기전이 PPAR 감마-의존형 경로와 연관되어 있음을 보여준다.

• Environmental Analysis Health and Toxicology
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• v.19 no.2
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• pp.135-140
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• 2004

고혈압에서 지질대사 이상은 빈번히 나타나는 현상으로, 지질대사 이상에 관여하는 유전자들은 고혈압의 발병원인을 규명하기 위한 후보 유전자로 인식되어 왔다. 이에 본 연구에서는 paraoxonase 2(PON2) 유전자에 존재하는 Cys311Ser다형성을 유전자 표지로 이용하여 한국인 집단에서 이 유전자 표지가 고혈압과 관련성이 있는 지를 조사하고자 하였다. 연구 대상은 총 195명으로, 이들 중에서 82명은 고혈압 환자 군이었고, 나머지 113명은 정상 혈압 군이었다. PON2 유전자의 Cys311Ser 다형성을 분석하기 위해서 중합효소 연쇄반응과 제한 효소인 Dde Ⅰ처리를 수행하여 유전자형을 결정하였다. 연구 결과, Cys/Ser이 형접합체를 갖는 사람들이 고혈압군에서 유의하게 높은 빈도로 나타났으며(P<0.05),다른 신체 계측치 및 혈청내 지질 농도와는 유의한 관련성을 나타내지 않았다. 본 연구에서 관찰된 이러한 관련성이 기능적인 연관인지 혹은 연관불평형에 의한 결과인지에 대해서는 보다 더 많은 연구 대상을 이용한 추시를 통해 밝혀질 수 있을 것으로 생각된다.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.38 no.3
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• pp.198-204
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• 2002

Poliovirus is a member of enterovirus which causes paralytic poliomyelitis, encephalitis and aseptic meningitis. Since poliovirus is spread by the fecal-oral route and poliovirus-contaminated water could be a potential threat for public health, detection of poliovirus in drinking water resource is important. Infectious poliovirus and poliovirus inactivated by heat or UV were used to test three detection methods such as cell culture method, reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) and integrated cell culture (ICC)-PCR. Infectious poliovirus was detected by all three methods and ICC-PCR was the most sensitive and fast in detecting poliovirus. Inactivated polioviruses could not be detected by cell culture or ICC-PCR methods. On the other hand, heat- inactivated viruses could be detected by RT-PCR. Thus it is suggested that ICC-PCR method is the most sensitive and effective in detecting infectious polioviruses in water sample.

• Journal of Apiculture
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• v.32 no.2
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• pp.99-109
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• 2017

The multiple real-time PCRs against pathogens of Bombus species including DWV, IAPV, KBV, SBV, BQCV, kSBV, SBPV and Paenibacillus larvae, Mellisococcus plutonius, Lysinibacillus fusiformis, and Klebsiella oxytoca have been developed. One extracted nucleic acid from Beesample could be applied to 11 different PCRs in same time and condition. Specific PCR-products were amplified qualitative and quantitative manner inner 20 minutes successfully, when each 1000 molecules of pathogen-specific target DNA is existed as template, respectively. The multiple PCR detection that we propose would be expected to apply to quarantine test for international exchange of Bombus species.

• Transactions of the Korean Society of Mechanical Engineers A
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• v.30 no.10 s.253
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• pp.1261-1268
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• 2006

This paper reports low-cost microreactor $(10{\mu}{\ell})$ biochip for the DNA PCR (polymerase chain reaction). The microbiochip $(20mm{\times}28mm)$ is a hybrid type which is composed of PDMS (polydimethylsiloxane) layer with serpentine micochannel $(360{\mu}m{\times}100{\mu}m)$ chamber and glass substrate integrated with microheater and thermal microsensor. Undesirable bubble is usually created during sample loading to PMDS-based microchip because of hydrophobic chip surface. Created bubbles interrupt stable biochemical reaction. We designed improved microreactor chamber using microfluidic simulation. The designed reactor has a coner-rounded serpentine channel architecture, which enables stable injection into hydrophobic surface using micropipette only. Reactor temperature needed to PCR reaction is controlled within ${\pm}0.5^{\circ}C$ by PID controller of LabVIEW software. It is experimentally confirmed that SRY gene PCR by the fabricated microreactor chip is performed for less than 54 min.

• Biomedical Science Letters
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• v.6 no.1
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• pp.73-82
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• 2000

Blunt-end DNA fragments can be inserted in two different orientations. Conventionally, their directions are determined by restriction enzyme digestion or by DNA sequencing, however, these methods are often limited in their use due to the lack of appropriate enzyme sites or large sample numbers, respectively. In the present study, a novel strategy and the corresponding protocol for the simple determination of insert orientation is introduced. Using conventional sequencing primers and PCR primers that have been used for amplification of the insert, single clones, which have inserted the fragment in the desired orientation, were easily identified by this PCR-based method. The fidelity of this system was confirmed by cloning of a tar urocortin cDNA, which is a recently discovered neuropeptide. Recombinant clones identified by this method were further shown to be fully functional, and using these, for the first time, urocortin was recombinantly expressed in eukaryotic cells.

• Pediatric Infection and Vaccine
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• v.19 no.2
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• pp.71-78
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• 2012

Purpose: Human bocavirus (hBoV), a recently discovered virus, has been detected in children with respiratory tract infections worldwide. The aim of this study was to analyze the frequency and molecular phylogeny of hBoV in the respiratory samples of children with acute respiratory tract infections in 2010. Methods: Nasopharyngeal samples were collected from 953 children with lower respiratory tract infections at Severance children's hospital in Korea from January 2010 to December 2010. We applied the multiplex PCR technique for the identification of 12 respiratory viruses from the samples. Among the total specimens, hBoV positive samples were subjected to phylogenetic analysis by sequencing a fragment of the VP1/VP2 gene junction. Results: hBoV was detected in 141 (14.8%) among 953 patients. The 61.7% of hBoV-positive samples were found to co-exist with other respiratory viruses. The results of phylogenetic analysis showed that all 141 hBoV-positive isolates were identified as hBoV 1, revealing a high similarity among the isolates (>98%). Conclusion: hBoV 1 with minimal sequence variations circulated in children with acute respiratory infections during 2010. More research is needed to determine the clinical severity and outcomes of the minimal sequence variations.

• 보건세계
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• v.40 no.12 s.448
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• pp.26-28
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• 1993

세포나 미생물의 특정 DNA 부위를 증폭하고자 할때 이용되는 PCR(polymerase chain reaction, 핵산중합효소 연쇄반응)은 1983년 미국 Cetus사의 Mullos에 의해 고안되었고, 그후 PCR에 의한 마이코 박테리아의 동정 및 검출이 특정 염기서열의 연구가 이루어지면서 활발히 시도되었으며, 아이젠하크 등은 IS6110을 이용하여 본격적으로 PCR이 결핵균 검출에 유용한 도구로 사용될 수 있다는 가능성을 제시하였다. PCR에 의한 DNA증폭은 단시간 내에 이루어진다는 장점 때문에 유전병 및 미생물의 진단에 이용될 뿐 아니라 법의학 분야 및 장기이식에 따른 조직접합 시험에도 이용될 것으로 예상된다. 이에 따라 국내에서도 결핵연구원에서 최초로 일반 임상검사에 적용함으로써 현재 많은 호평을 받고 있는 PCR에 대하여 알아본다

• Proceedings of the Korea Contents Association Conference
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• 2018.05a
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• pp.15-16
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• 2018

NGS 분석과정에서는 정확도를 높이기 위해서 중합 효소 연쇄반응 (PCR)을 통해 DNA 리드들을 증폭한다. PCR 증폭은 DNA 리드의 중복을 발생시키며 중복으로 인해 NGS 과정의 정확성이 저하되는 문제가 발생한다. 본 논문에서는 DNA 리드 중복을 제거하는 도구중 하나인 Samblaster 의 병렬화를 위한 DNA 리드 분할 방법을 제안한다. DNA 리드를 분할하여 Samblaster를 병렬 실행 하도록 하여 수행시간을 단축 할 수 있도록 한다.