• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2004.04b
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• pp.328-330
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• 2004

유전자 발현은 다양한 전사 인자들의 상호 작용에 의해서 조절되어진다 이러한 전사 인자들에 존재하는 모티프는 직접적으로 조절 작용을 위한 기능을 수행한다. 또한 대부분의 경우에서 여러 모티프가 함께 유전자 발현 기작을 위하여 조절 작용을 한다. 따라서 이러한 모티프들이 어떤 조합으로 함께 전사 과정에 관여하는지 여부를 밝히는 작업은 중요한 일이다. 본 논문에서 진화 연산을 응용하여, 다양한 조건 하에 전사 과정에 중요하게 작용하는 모티프들의 조합을 알아보았고, 그 결과를 기본적인 k-Means 알고리즘 등과 비교하여 제안한 방법이 유전자들의 상관관계에 있어서 보다 우수한 결과를 보임을 알 수 있었다.

• Proceedings of the Korea Contents Association Conference
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• 2013.05a
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• pp.373-374
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• 2013

MicroRNA(miRNA)는 단일가닥 RNA 분자로서 유전자 발현을 제어하는 조절인자이다. miRNA에 의해 조절되는 대부분 유전자는 다수의 miRNA에 의하여 조절되어질 수 있기 때문에 최적 miRNA의 선별은 매우 중요하다. 본 연구에서는 먼저 면역 및 발생관련 유전자 상호작용 네트워크를 구축하였다. 이 네트워크에 miRNA 정보를 추가함으로써 유전자간의 상호작용 뿐만아니라 유전자와 miRNA의 상호작용을 분석할 수 있는 기반을 조성하였다. 복잡한 네트워크를 단순화시켜 기능 모듈과 구조 모듈을 도출하고 이로부터 핵심 유전자를 조절하는 최적 miRNA를 예측하였다.

• Applied Biological Chemistry
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• v.38 no.5
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• pp.387-392
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• 1995

To study the regulatory expression mechanism of soybean glycinin gone, Gy2, the 5' upstream region of the gene was searched for the presence of putative regulatory elements by nucleotide sequencing. It revealed various kinds of regulatory sequence elements commonly found in plant storage protein genes. There were canonical promoter sequences, TATA box (TATAAT) and AGGA box (GAAT) which are common in the 5' upstream region of the plant genes. The embryo factor binding sequence, RY repeat, CACA sequences, ${\alpha}$-conglycinin enhancer-like sequences were also found. To delineate the function of these sequences, 5' upstream deletion mutants of Gy2 were prepared and fused to the ${\alpha}$-glucuronidase (GUS) gene. Each chimeric construct was transferred into soybean protoplasts for transient assay, which led to the identification of the sequences between -281 and -223, -170 and -122, of Gy2 promoter as negative regulatory elements, and the sequences between -223 and -170, -122 and -16 as positive regulatory elements. These results are consistent in transformed tobacco plants as well. The serially deleted promoter fragments fused to the GUS were transformed into Nicotiana tabacum by Agrobacterium tumefaciens using the binary vector system. GUS activity of Gy2 promoter deletion constructs was detected only in seeds but not in leaves with different levels of expression as in transient assay. These results suggest that the glycinin Gy2 promoter drives a tissue-specific expression in transgenic tobacco plants.

• Journal of Life Science
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• v.26 no.10
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• pp.1137-1152
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• 2016

Cells sense, respond, and adapt to a low oxygen environment called hypoxia, which is widely involved in a variety of human diseases. Adaptation to low oxygen concentrations includes gene expression changes by inducing hypoxic genes and reducing aerobic genes. Recently, the mitochondrial respiratory chain has been implicated in the control of these oxygen-regulated genes when cells experience hypoxia. In order to obtain an insight into an effect of the mitochondrial respiratory chain on cellular response to hyxpoxia, we here examined whole genome transcript signatures of respiration-proficient and respiration-deficient budding yeasts exposed to hypoxia using DNA microarrays. By comparing whole transcriptomes to hypoxia in respiration-proficient and respiration-deficient yeasts, we found that there are several classes of oxygen-regulated genes. Some of them require the mitochondrial respiratory chain for their expression under hypoxia while others do not. We found that the majority of hypoxic genes and aerobic genes need the mitochondrial respiratory chain for their expression under hypoxia. However, we also found that there are some hypoxic and aerobic genes whose expression under hypoxia is independent of the mitochondrial respiratory chain. These results indicate a key involvement of the mitochondrial respiratory chain in oxygen-regulated gene expression and multiple mechanisms for controlling oxygen-regulated gene expression. In addition, we provided gene ontology analyses and computational promoter analyses for hypoxic genes identified in the study. Together with differentially regulated genes under hypoxia, these post-analysis data will be useful resources for understanding the biology of response to hypoxia.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2015.10a
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• pp.1149-1151
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• 2015

차세대 유전정보 분석기 시퀀서의 개발은 양질의 시퀀싱 데이터를 증가시켰다. 수많은 유전정보는 유전자 분석의 새로운 연구 방향을 제시하였다. 본 논문은 유전자 분석 중에서 기존의 유전정보를 활용하여 유전자의 기능예측을 하고자 한다. 클러스터링 알고리즘의 정확도를 높이기 위해서 본 논문에서는 데이터 유사성 조절이 가능한 클러스터링 알고리즘을 적용하였다. 그 결과 데이터 유사성 조절을 할 경우에 그렇지 않을 경우보다 유전자 기능 예측의 정확도가 높아졌다. 따라서 제안된 데이터 유사성 조절 기법은 유전자 기능을 예측하는 방법에 정확도를 높일 수 있을 것으로 기대된다.

• The Microorganisms and Industry
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• v.27 no.2
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• pp.13-22
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• 2001

방선균은 필라멘트 형태를 띤 대표적인 그램 양성 세균으로서, 다양한 자연환경에 존재하는 대표적인 토양 미생물이다. 방성균이 항생제를 포함한 다양한 구조의 많은 유용 생리활성물질을 생성하며, 이들의 생합성 시기가 세포의 배양상태 및 생장속도와관련이 있다는것은 이미 주지의 사살이다. 비록 방선균은 액체 배양 시에는 정체기((stationary phase)나 낮은 생장속도하에서만 항생제를 생성하며, 고체 배양 시에는 aerial mycelia 로 형태적분화(morphological differentiation)를 시작함과 동시에 생합성을 시작한다고 알려져 있으나, 각 방선균 및 항생제의 종류에 따른 특징적인 조절 기작은 매우 다양한 것으로 알려져 있다. 따라서 특징적인 조절 기작은 매우 다양한것으로 알려져 있다. 따라서 본 총성레서는 항생제 생합성이 조절되는 기작을 지금까지 밝혀진 방선균의 여러 생리적 인자 및 생합성 조절 유전자를 중심으로 정리해 보고자 한다. 항생제 생합성에 관하여 다양한 생리적 인자와 조절 유전자의 특정 및 이들의 상호관계에 대한 종합적인 이해는, 방선균 유래 항생제 조절 기작의 체계적인 규명뿐만 아니라, 방선균을 이용한 유용 생리활성물질의 생산성 향상에도 응용될수 있다는 점에서 매우 중요하다.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.27 no.3
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• pp.201-209
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• 1989

Using Mu dJ(Km lac) operon fusion, several oxygen-regulated genetic loci were identified in Salmonella typhimurium. Nine aerobically inducible(oxi) and thirteen anaerobically inducible(ani) operon fusions were newly identified. Based on the control by oxrA regulatory locus, the ani-lacZ fusions were grouped into two classes: class I loci were regulated by oxrA regulatory locus; class II genes were not affected by this locus. Some of the ani-lacZ fusions had required growth in CAA and LB before they exhibited the inducible phinotype. Most of all ani-lacZ fusions were repressed by nitrate and fumarate. Three of the ani loci were mapped into $59{\pm}0.14$ map unit (YK114), $64{\pm}0.5$ map unit(YK120), and $93{\pm}0.29$ map unit(YK112) by testing the cotransduction frequency, respectively.

• Proceedings of the Korean Nutrition Society Conference
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• 2002.05a
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• pp.60-67
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• 2002

락토페린은 주로 유즙에 많이 포함되어 있으며 인간 분비물 등에서도 발견되는 당단백질로써, 미생물 감염에 대한 방어작용이 있는 것으로 알려져 있다. 락토페린의 미생물에 대한 방어작용은 미생물 성장에 필요한 철이온이 락토페린에 결합하여 성장을 저해하기 때문인 것으로 알려져 있다. 락토페린은 이외에도 염증반응의 조절, 임파세포의 성장촉진 등 면역반응에도 관여하는데 이러한 활성은 철에 결합하는 성질과는 무관하게 일어나며 락토페린이 DNA에 결합하는 성질과 관련이 있는 것으로 추측되어진다. 락토페린은 DNA에 결합하여 유전자의 전사에 관여할 것으로 여겨지는데 그 동안 어떤 유전자의 발현에 관여하는지에 대해서 알려진 바가 없었다. 최근 본 연구팀은 락토페린이 포유세포의 세포유전자의 전사에 관여하는지를 분석한 결과 락토페린 결합부위를 가지고 있는 유전자중의 하나인 인간 인터루킨-1$\beta$ 유전자의 전사를 활성화시킨다는 연구 결과를 보여 주었다. 인간 myelogenous leukaemia 세포주인 K562 세포를 락토페린과 phorbolmyristate acetate(PMA)로 함께 처리하면 K562 세포의 인터루킨-1$\beta$ mRNA의 양은 PMA 단독으로 처리하였을 때 보다 상승적으로 더 많이 유도됨을 보여주었다. 또한 IL-1$\beta$/Luciferase 융합 유전자를 K562 배양세포에 넣어 전사 활성을 비교함으로써 락토페린에 의한 인터루킨-l$\beta$의 전사활성을 확인하였다. 락토페린을 전체, N-말단, 혹은 C- 말단 부위를 COS-1 세포에 발현시켜 전사 활성을 측정한 결과 C-말단 쪽은 전사활성이 없었으나 N-말단 90개 아미노산 부위(NIa라 명명)가 전사활성을 가지고 있음을 규명하였다. 본 연구결과는 락토페린이 인터루킨-l$\beta$의 유전자의 전사에 역할을 하고 있음을 보여 주고 있으며 또한 인터루킨-1$\beta$의 유전자 외에도 락토페린 결합 부위를 유전자의 조절부위에 포함하고 있는 세포 유전자의 전사도 관여할 수 있음을 제시하고 있다.

• Proceedings of the Korean Nutrition Society Conference
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• 2002.06a
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• pp.613-616
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• 2002

락토페린은 주로 유즙에 많이 포함되어 있으며 인간분비물 등에서도 발견되는 당단백질로써, 미생물 감염에 대한 방어작용이 있는 것으로 알려져 있다. 락토페린의 미생물에 대한 방어작용은 미생물 성장에 필요한 철이온이 락토페린에 결합하여 성장을 저해하기 때문인 것으로 알려져 있다. 락토페린은 이외에도 염증반응의 조절, 임파세포의 성장촉진 등 면역반응에도 관여하는데 이러한 활성은 철에 결합하는 성질과는 무관하게 일어나며 락토페린이 DNA에 결합하는 성질과 관련이 있는 것으로 추측되어진다. 락토페린은 DNA에 결합하여 유전자의 전사에 관여할 것으로 여겨지는데 그 동안 어떤 유전자의 발현에 관여하는지에 대해서 알려진 바가 없었다. 최근 본 연구팀은 락토페린이 포유세포의 세포유전자의 전사에 관여하는지를 분석한 결과 락토페린 결합부위를 가지고 있는 유전자중의 하나인 인간 인터루킨-1$eta$ 유전자의 전사를 활성화시킨다는 연구 결과를 보여 주었다. 인간 myelogenous leukaemia 세포주인 K562 세포를 락토페린과 phorbol myristate acetate(PMA)로 함께 처리하면 K562 세포의 인터루킨-1$\beta$ mRNA의 양은 PMA 단독으로 처리하였을 때 보다 상승적으로 더 많이 유도됨을 보여주었다. 또한 IL-1$\beta$/Luciferase 융합 유전자를 K562 배양세포에 넣어 전사 활성을 비교함으로써 락토페린에 의한 인터루킨-1$\beta$의 전사활성을 확인하였다. 락토페린을 전체, N-말단, 혹은 C- 말단 부위를 COS-1 세포에 발현시켜 전사 활성을 측정한 결과 C-말단 쪽은 전사활성이 없었으나 N-말단 90개 아미노산 부위(NIa라 명명)가 전사활성을 가지고 있음을 규명하였다. 본 연구결과는 락토페린이 인터루킨-I$\beta$의 유전자의 전사에 역할을 하고 있음을 보여 주고 있으며 또한 인터루킨-1$\beta$의 유전자 외에도 락토페린 결합 부위를 유전자의 조절부위에 포함하고 있는 세포 유전자의 전사도 관여할 수 있음을 제시하고 있다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• v.48 no.6
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• pp.879-886
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• 2000

Background : Thyroid Transcription Factor-1(TTF-1) acts as a tissue specific transcription factor in the regulation of lung specific gene expression and as morphogenic protein during lung organogenesis. Currently, there is very little information on the cis-acting sequences and transcription factors that direct the TTF-1 gene expression. DNAse 1 hypersensitive (DH) sites represent a marker for active or potentially active chromatin and are likely to be especially important in gene regulation, being associated with many DNA sequences that regulate gene expression. It is clear that DH regions correlate with genetic regulatory loci and binding for sequence-specific DNA-binding proteins. Methods : We have used DH site assays to identify putative distal regulatory elements in H441 lung adenocarcinoma cells, which express the TTF-1 gene and HeLa cells. Results : There are four DH sites 5' of the TTF-1 gene. These sites are located at base pair approximately +150, -450, -800, and -1500 from the start of transcription. Conclusion : These data suggest that there may be at least one intragenic site and regulatory region 5' prime to the promotor region.