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소 분변에서 분리된 Celluosilyticum lentocellum WCF-2의 유전체 염기서열 분석 (Complete genome sequence of Celluosilyticum lentocellum WCF-2 isolated from cow dung)

  • 허준;유재홍;박인철;한병학;권순우;안재형
    • 미생물학회지
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    • 제55권3호
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    • pp.313-315
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    • 2019
  • 사일리지 제조에 사용하기 위한 섬유소 분해균을 탐색하는 중 절대혐기성 세균인 WCF-2 균주를 선발하였다. WCF-2 균주는 16S rRNA 유전자 염기서열 유사도가 가장 높은(98.2%) 표준균주인 Cellulosilyticum lentocellum DSM $5427^T$ 보다 높은 섬유소 분해 활성을 나타내었다. WCF-2 균주의 전체 유전체 염기서열을 분석하고 이를 C. lentocellum DSM $5427^T$와 비교하였을 때 두 균주의 OrthoANI 값은 97.9%로 나타나 WCF-2를 C. lentocellum으로 동정하였다. WCF-2 균주의 유전체 크기는 4,779,774 bp이고 G + C 함량은 34.4%였으며 4,154개의 단백질 암호화 유전자 및 142개의 RNA 암호화 유전자를 보유하고 있었다. 또한 WCF-2 균주는 7개의 cellulase를 보유하고 있었으며 이 중 5개는 C. lentocellum DSM $5427^T$의 cellulase와 낮은 유사도를 나타내었다.

염색체 Microarray 검사의 임상적 적용 (Clinical Applications of Chromosomal Microarray Analysis)

  • 서을주
    • Journal of Genetic Medicine
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    • 제7권2호
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    • pp.111-118
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    • 2010
  • 염색체 microarray 검사는 유전체 전체를 한번에 검색하여 초현미경적인 염색체 이상을 매우 정밀하고 정확하게 검출할 수 있다. 외국에서는 현재 자주 활용되는 임상 진단 검사로 자리잡았고, 염색체 검사 또는 표적 부위를 검출하는 FISH 검사나 PCR 기반의 분자유전학적 방법을 대체하고 있다. 최근 발표된 consensus 들은 염색체 microarray 검사를 비특이적인 다발성 기형, 발달지연 또는 정신지체, 자폐증상질환의 환자에서는 염색체 검사보다 먼저 시행할 수 있는 검사로 제안하였다. 염색체 microarray 검사는 핵형 분석에서 검출된 염색체 불균형을 검증하기 위해 염색체 검사에 보조적으로 활용할 수 있고, 염색체 이상에 대한 보다 정확하고 종합적인 분석이 가능하다. 그러나 염색체 microarray 검사는 균형재배열의 염색체 이상과 low-level 모자이시즘을 검출하기 어렵고, 임상적 중요성이 불명확한 CNV에 대한 해석과 검사비용이 고가라는 한계점이 있다. 이러한 이유로 인해 현재로서는 염색체 microarray 검사가 산전 진단 목적으로는 고식적인 염색체 검사를 대신할 수는 없다는 의견이다. 임상검사실에서 염색체 microarray 검사 시행 시, 유전학적 및 세포유전학적 지식과 경험이 결과 분석과 해석 과정에서 요구되며, 적절한 검증 과정 단계와 유전상담이 동반되어야 한다.

Microsatellite makers를 이용한 마품종 간의 평가 및 유전적 다양성 (Assessment of Genetic Diversity of Horse Breeds Using Microsatellite Makers)

  • 정지혜;이미랑;하태용;김선구;신택순;강한선;이홍구;조길재;박경도;조병욱
    • 생명과학회지
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    • 제19권2호
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    • pp.169-173
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    • 2009
  • 본 연구는 마품종 간의 유전적 배경과 다양성을 분석하기 위해 제주마, 경주마, 더러브렛, 몽고마, 쿼터호스, 일본마를 기초 축으로 생물체 집단 간의 유전적 배경 및 관련성을 연구하는데 도움 되는 microsatellite marker를 사용하여 13종의 좌위에 대한 개체별 유전자형을 분석하여 대립 유전자별 빈도에 있어 품종별 차이를 보이는 microsatellite loci들을 나타냈다. 전체 개체들의 유전적 다양성을 나타내는 유전자 좌위별 품종별 기대 이형질성은 0.669-0.869를 나타냈고, 전체 집단 간의 유전자 분화정도는 0.061-0.219를 나타냈다. 이러한 대립 유전자 빈도를 근거로 하여 DISPAN 프로그램을 이용하여 집단 간 표준 유전적 거리를 도식하여 유전자 좌위별 유전적 거리는 0.137-0.414를 나타내어 마품종간의 유전적 다양성과 관련성을 고찰할 수 있게 되었다. 따라서 초위성체 유전자 표지를 이용하여 집단 내의의 혈통분석 및 분자 진화학을 연구하는데 도움이 될 것으로 사료된다.

상전이하는 지능재료에 대한 1차원 연속체 모델링 - 강유전 세라믹 (One-dimensional continuum modeling for phase-transforming intelligent materials - a ferroelectric ceramic)

  • 김상주
    • 한국소음진동공학회:학술대회논문집
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    • 한국소음진동공학회 2000년도 춘계학술대회논문집
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    • pp.1261-1267
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    • 2000
  • 외부에서 자극이 가해질 때 상전이(phase transformations)하는 방식으로 대응하는 재료들이 최근 다양하게 연구되고 있다. 예를 들어 형상기억합금은 주변 온도의 변화에 대응하여 그 형상을 변화시키는데 이 과정은 미시적으로는 격자의 형태가 - 예를 들면 정방형 격자에서 입방형격자로 혹은 그 반대로 - 변화하는 과정이다. 강유전체 역시 외부에서 인가되는 전계의 변화에 대응하여 그 격자구조가 변하는데 그와 함께 기계적 변형이 동반하게 된다. 본 논문에서는 상전이를 하는 재료에 적용될 수 있는 1차원 구성방정식을 강유전체의 예를 들어 제시하고 간단한 계산결과를 보이기로 한다. 본 모델을 확장하여 강유전체에서의 분극역전(polarization reversals)에 대한 3차원 유한요소 모델을 개발하고 응용하려는 시도가 이루어지고 있다.

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$Bi_2O_3-ZnO-SiO_2$ 유리계의 PDP 투명유전체에 적용 가능성 (Bithmooth Based Glass System for Transparent Dielectric in Plasma Display Panel)

  • 전재삼;차명룡;정병해;김형순
    • 한국재료학회:학술대회논문집
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    • 한국재료학회 2003년도 추계학술발표강연 및 논문개요집
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    • pp.196-196
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    • 2003
  • 현재 PDP(Plasma Display Panel) 상판의 유전체층은 저온에서 소성이 가능한 저융점 유리가 요구되기 때문에 융점을 낮추기에 용이한 PbO계가 주 성분으로 사용되어 오고 있으나. 최근 환경오염 등의 문제점으로 인해 Pb-free을 추구하는 새로운 유리조성의 연구가 많이 수행되고 있다. 이에 본 연구는 이미 PDP의 격벽과 봉착용 조성으로 많이 연구되어진 비스무스계 유리를 고려하여 PDP의 투명유전체용 조성을 찾고자 한다. Bi$_2$O$_3$-ZnO-SiO$_2$3원계를 기본으로 하는 유리조성에 유리망목형성제등을 첨가하여 열적특성과 광학적 특성을 조사하였다. 열적특성은 DTA를 이용하여 유리 전이 점(Tg) 및 융점(Tl)등을 측정하였고 TMA를 이용하여 선팽창계수(CTE)를 측정하였으며 유리섬유를 제조한 후 Littleton softening point (Ts)를 측정하였다. 광학적 특성은 페이스트를 제조하여 스크린프린팅 후 54$0^{\circ}C$~$600^{\circ}C$에서 1-2 h동안 소성하여 투광성을 조사하였다. 그 결과로, 열적특성으로는 400~5$50^{\circ}C$의 Tg, 450~$600^{\circ}C$의 Ts 및 5~11$\times$$10^{-6}$K의 CTE 값을 나타 내었고 광학적 특성으로 투광성은 양호한 특성(60% 이상)을 나타내었다. Bi$_2$O$_3$ 계를 현재 PDP의 투명유 전체에 적용시키기에는 유리용융시에 높은 점도와 환원 등의 문제점을 갖고 있지만 열적특성과 광학특성면에서는 가능성을 제시하여 향후 연구를 할 가치가 있다고 본다.

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녹섹(NOGSEC): A NOnparametric method for Genome SEquence Clustering (NOGSEC: A NOnparametric method for Genome SEquence Clustering)

  • 이영복;김판규;조환규
    • 미생물학회지
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    • 제39권2호
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    • pp.67-75
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    • 2003
  • 비교유전체학의 주요 주제 중 유전자서열을 분류하고 단백질기능을 예측하는 연구가 있으며, 이를 위해 단백질 구조, 공통서열 및 바인딩 위치 예측등의 방법과 함께, 전유전체 서열에서 구해지는 유사도 그래프를 분석해 상동유전자를 검색하는 계산학적인 접근방법이 있다. 유사도그래프를 사용한 방법은 서열에 대한 기존 지식에 의존하지 않는 장점이 있지만 유사도 하한값과 같은 주관적인 임계값이 필요한 단점이 있다. 본 논문에서는 반복적으로 그래프를 분해하는 이전의 방법을 일반화시켜, 유사도 그래프에 기반한 유전자 서열군집분석 방법론과 객관적이고 안정적인 파라미터 임계값 계산 방법을 제안한다. 제시된 방법으로 알려진 미생물 유전체 서 열을 분석하여 이전의 방법인 BAG 알고리즘 결과와 비교했다.

초전특성 및 유전완화 거동을 통한 $Pb(Mg _{1/3}Nb_{2/3})O_3-PbTiO_3$ 고용계의 상평형 관계 연구 (Phase Relation Study Based on the Pyroelectric Properties and Relaxation Phenomena in $Pb(Mg _{1/3}Nb_{2/3})O_3-PbTiO_3$ Solid Solution System)

  • 박재환;김병국;박재관
    • 한국결정학회지
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    • 제13권3_4호
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    • pp.172-176
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    • 2002
  • Pb(Mg /sub 1/3/Nb/sub 2/3/)O₃-PbTiO₃ 계 완화형 강유전체에서 PbTiO₃ 첨가량 변화 및 온도 변화에 따른 상전이 거동을 초전특성 및 유전완화현상 고찰을 통해 고찰하였다. -40∼200℃의 상전이 온도범위에 걸쳐 초전 및 유전특성을 살펴보았으며 특히 Vogel-Fulcher 관계식에 의한 freezing temperature를 도출하였다. 이러한 모든 실험적 결과들로부터 기존에 제안되었던 Pb(Mg /sub 1/3/Nb/sub 2/3/)O₃-PbTiO₃ 고용체 시스템에 대한 상평형도를 다소 수정하여 제안하였다.

Proteomics의 최근 연구 기술동향

  • 양혜정;권대영
    • 식품기술
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    • 제18권1호
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    • pp.3-15
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    • 2005
  • 최근 들어 게놈기능연구는 주요국가의 새로운 국가적 연구표적으로 지정되면서 유전자기반 생물산업의 핵심으로 부각되고 있다. 이러한 발전은인간(2001년 2월 인간 게놈의 초안 발표)을 비롯한 생물체의 게놈구조가 규명되어 이 유전자구조정보를 web상에서 쉽게 알아낼 수 있는데서 비롯된다. 포스트게놈시대의 게놈기능연구를 총괄적으로 '기능유전체학 (Functional Genomics)'이라고하며 여기에는 핵산(DNA나 RNA)을 표적으로 게놈기능을 연구하는 genomics(유전체학, RNA발현을 대상으로 하는 transcriptomics(전사체학) 포함), 총체적인 단백체를 대상으로 유전자기능을 연구하는 proteomics(단백질체학) 및 대사물질을 대상으로 하는 metabolomics(대사체학), 이들 분야를 공통적으로 지원하는 bioinformatics(생물정보학)로 구분된다. 본 고에서는 프로테오믹스 분야를 중심으로 소개하고자 한다.

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비자나무 집단(集團)에서의 I-SSR 변이체(變異體)의 다양성(多樣性) (Diversity of I-SSR Variants in the Populations of Torreya nucifera)

  • 홍용표;조경진;김용률;신은명;표선경
    • 한국산림과학회지
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    • 제89권2호
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    • pp.167-172
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    • 2000
  • 국내 5개 지역에서 채집한 비자나무(Torreya nucifera Siev. et Zucc.) 95개체를 대상으로 I-SSR 표지자를 분석하였다. 총 62개의 I-SSR 증폭산물(增幅産物)이 관찰되었으며, 그 중 7개의 증폭산물(增幅産物)은 분석된 95개 개체에서 단형성(單形性)이었다. 관찰된 전체 I-SSR 증폭산물(增幅産物)을 통합(統合)하여 분석한 결과 개체목에 대한 DNA지방판별(指放判別)이 가능하였다. 대부분의 유전다양성(遺傳多樣性)이 임분(林分)내의 개체목 간에 존재하는 것으로 나타났고(90.65%), 전체 5개 임분(林分)에서 유사한 수준의 유전다양성(遺傳多樣性)을 보였다. 집단간의 유전적(遺傳的) 분화(分化)정도는 심하지 않았다(${\phi}_{ST}=9.35%$). UPGMA법에 의한 유집분석(類集分析) 결과 각 집단의 유전적(遺傳的) 유연관계(類緣關係)는 임분(林分)의 지리적(地理的) 분포양상(分布樣相)과 일치(一致)하지 않았으며, 각 교점(交點)의 형성(形成)에 있어서 통계적 유의성이 없었고 따라서 전체 집단들이 유전적(遺傳的)으로 크게 분화(分化)되지 않았음을 알 수 있었다.

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사과가지마름병원세균 Pseudomonas syringae pv. syringae WSPS007 균주의 유전체 해독 (Draft genome sequences of Pseudomonas syringae pv. syringae strain WSPS007 causing bacterial shoot blight on apple)

  • 임연정;유덕규;강민규;전용호;박덕환
    • 미생물학회지
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    • 제55권1호
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    • pp.80-82
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    • 2019
  • Pseudomonas syringae pv. syringae WSPS007 균주는 대한민국 경상북도 영주시 사과 과원에서 나타난 가지마름병 병징으로부터 2013년 분리되었다. 본 논문에서는 6,238,498 bp(59.04% G+C 함량)인 WSPS007 균주의 전체 염기서열을 보고한다. 전체 지놈은 5,379개의 코딩서열, 65개의 tRNA, 16개의 rRNA 유전자를 가지고 있다. 특히 WSPS007 균주의 전체 염기서열 분석은 냉해와 관련된 빙핵 활성 유전자 클러스터를 중심으로 분석을 수행하였으며, P. syringae pv. syringae 국외 대표 균주인 PssB728a와 유사한 빙핵활성 유전자 구성을 가지고 있는 것으로 나타났다. 따라서 본 논문에서의 염기서열 분석 결과를 바탕으로 경상북도 일원 사과 과원에서 동해로 추정되는 병원균의 원인을 규명하기 위한 기본 자료를 제공하는데 있어서 의의가 있다고 사료된다.