• 제목/요약/키워드: 유전적 거리

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RAPD를 이용한 한국산 줄장지뱀(Reptilia: Squamata)의 종내 다양성에 관한 연구 (Intraspecific Diversity of Korean Takydromus wolteri(Reptilia: Squamata) Based on Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Analysis)

  • 장민호;송재영;정규회
    • 환경생물
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    • 제22권2호
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    • pp.295-299
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    • 2004
  • 한반도 전지역에 줄장지뱀이 서식하고 있지만, 이 종에 대한 연구는 거의 전무한 상태이다. 한반도의 5지역(경기도, 충청북도, 제주도, 전라남도, 경상남도)의 한국산 줄장지뱀에 대해 RAPD method를 통한 종내 유전적 차이를 비교하였다. 총 28개의 primer를 사용하였고, 그 중 유의성이 있는 17개의 primer에 대한 결과를 Nei's(1972) genetic distance를 통해 유전적 거리와 UPGMA 방법을 통한 phenogram을 구하였다. 그 결과 총 68개의 밴드를 확인했고,이 중 87%인 59개의 polymorphism이 확인되었다. 이를 통한 phenogram에서는 GG1, GG2, CB1, CB2, JN이 Group 1을 이루었으며,JJ1, JJ2, GN이 Croup 2를 이루었다. 줄장지뱀의 경우 지리적 격리를 통한 집단간의 종내 변이가 발생한 것으로 추정된다. 특히, 경상남도 지방의 유전적 독립성이 두드러지는데, 이는 다른 분류군인 어류나 양서류에서도 나타나고 있다. 따라서 이들 집단에 대한 형태적, 생태적 그리고 다른 유전적 분석 등을 통한 추가적인 연구가 필요할 것이라고 판단된다.

초위성체 표지를 이용한 한국재래돼지 집단의 분자유전학적 고찰 (Molecular Genetic Evaluation of Korean Native Pig Populations Based on Microsatellite Markers)

  • 이풍연;위미순;고응규;손준규;이승수;진현주;연성흠;유용희;조창연
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제53권1호
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    • pp.35-42
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    • 2011
  • 초위성체(MS) 표지를 이용하여 한국재래돼지 집단의 각각의 분자유전학적 특성을 조사하고 그 평가를 통해 한국재래돼지에 대한 품종 및 계통분류의 기초를 마련하고자 본 연구를 수행하였다. 또한, 각 재래돼지 집단 내 및 집단간의 유전적 변이성을 확인하고, 그 분류 및 특성평가를 위한 MS 분석체계를 마련하여 국내 가축 유전자원 관리에 활용하고자 하였다. 국내 관리기관 및 농가에서 보유하고 있는 6개 재래돼지 집단을 중국의 4개 재래돼지 집단 및 외래종 돼지 7개 집단과 함께 분석하였다. 도합 17집단 648두를 대상으로 26개 MS 표지로 분석한 결과, 한국재래돼지 집단은 외래종과 중국재래돼지로부터 분자유전학적으로 별개의 집단으로 확연히 구분되는 것을 확인하였다. 한국재래돼지 집단의 기대이형접합도($H_E$)는 0.65의 값을 보인 두 집단(B, D)을 제외한 나머지에서 0.48~0.55의 수준을 보여 전반적으로 외래종에 비해 낮았다. 한국재래돼지 집단간의 유전거리 또한 0.12~0.34 정도로 비교대상에 비하여 낮았다. 분석대상 한국재래돼지 6집단 중 세 개의 집단은 높은 유전적 균일도를 보였으나, 두 집단에서는 일부 집단의 혼입을, 나머지 하나의 집단에서는 둘 이상의 집단으로부터의 복잡한 혼입이 의심되는 매우 낮은 유전적 균일도를 확인하였다. 본 연구를 통하여 한국재래돼지 집단간의 유전적 차이 및 동질성, 그리고 집단내의 유전적 균일성을 확인하였다. 이러한 결과는 국내유전자원의 고유성을 인정할 수 있는 과학적인 근거로서, 국가수준의 가축유전자원 평가, 관리의 기초자료로 활용될 수 있을 것이다.

유전 알고리즘을 이용한 장애인용 특수자판의 최적화 (Optimization of Keyboard Configuration for the Physically Handicapped)

  • 이화진;박희경;조유진;권소영;장병탁;박승수
    • 한국정보과학회:학술대회논문집
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    • 한국정보과학회 2003년도 봄 학술발표논문집 Vol.30 No.1 (B)
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    • pp.636-638
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    • 2003
  • 현재 장애인의 삶의 질을 향상시키고자 노력의 하나로서 장애인을 위한 다양한 정보통신기기들이 개발되고 있다. 그 중에서 지체장애인을 위한 가상자판(virtual keyboard)은 눈동자의 방향에 따라 글자를 입력하는 장치이다. 현재 만들어지는 가상자판은 눈의 피로를 고려하지 않아서 실생활에서 사용하기에 어려운 점이 많다. 본 논문은 이러한 문제점을 해결하기 위하여 유전 알고리즘(genetic algorithms)을 이용하여 가상자판의 배열을 최적화하는 방법을 제시한다. 실험 결과는 피로도, 이동거리, 글쇠 누르는 횟수에 있어서 전반적으로 좋은 성능을 보이고 있다.

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Microsatellite Marker를 활용한 토종닭 브랜드 집단 간의 유전적 다양성 분석 (Comparison for Genetic Diversity between Korean Native Commercial Chicken Brand Groups using Microsatellite Markers)

  • 이학교;오재돈;박찬호;이건우;이준헌;전광주;공홍식
    • 한국가금학회지
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    • 제37권4호
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    • pp.355-360
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    • 2010
  • 본 연구는 국내에 보급되고 있는 대표적인 토종닭 브랜드인 한협3호와 농촌진흥청에서 개발된 브랜드인 우리맛닭, 두 브랜드 집단 간의 유전적 특성을 분석하여 향후 브랜드간의 차별화 전략을 구체화 하는데 있어 기초 자료로 활용하고자 실시하였다. 토종닭 실용계인 우리맛닭(W) 152수와 한협3호(H) 150수, 총 302수를 선발하여 공시재료로 활용하였으며, 다형성이 확인된 10종의 MS marker를 선발하여 활용하였다. 분석 결과, 두 브랜드의 평균 대립유전자의 수는 9.3으로 확인되었으며, 우리맛닭의 평균 대립유전자의 수는 8.4개, 한협3호는 7.2개로 우리맛닭이 보유한 대립유전자의 수가 많은 것으로 확인되었다. 반면, 기대되는 이형접합도(Ex H)와 관측된 이형접합도(Ob H)는 한협3호가 우리맛닭에 비해 높은 것으로 확인되었다. 두 브랜드 집단을 대상으로 각각의 MS marker의 유전자형을 분석하여 브랜드별 기대되는 이형접합도(expected heterozygosity: Ex H)와 관측된 이형접합도(observed heterozygosity: Ob H) 및 PIC(polymorphism information content)값을 계산하였다. 두 브랜드 집단 간의 유전적 유연관계를 분석 결과, DA distance는 0.132, 그리고 standard genetic distance는 0.199로 확인되었다. 두 브랜드 집단 간의 유전적 구조에 따라 각 개체들이 어떻게 분포되어 있는가를 확인한 결과, 두 집단에 속한 개체들은 크게 두 개의 그룹으로 나뉘어 분포하고 있음을 확인할 수 있었다. 두 집단 간의 유전적 거리는 비교적 가깝지만 각 개체들간의 유전적 구조를 분석한 결과, 확연히 구분되는 유전적 특성을 지니고 있음을 확인하였다.

중엽형 한국잔디(Zoysia spp.)류의 형태적 특성과 RAPDs를 이용한 분류 (Morphological Characteristics of Medium-Leaf Type Zoysiagrasses (Zoysia spp.) and Their Classification Using RAPDs)

  • 최준수
    • 아시안잔디학회지
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    • 제24권2호
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    • pp.88-96
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    • 2010
  • 한국잔디류중 엽폭이 3~4 mm 정도를 보이는 중지류는 최근에 국내에서 가장 널리 이용되고 있는 잔디이다. 본 연구에서는 한국잔디류 중 중엽형 36 계통과 기본 5종의 근연관계를 확인해 보고자 RAPD 방법을 사용하였다. 형태적 특성조사는 엽폭, 잎각도, 최하위 잎의 잎집 길이, 엽모, 지상포복경의 색 등을 조사하였다. 여덟개의 프라이머를 이용하여 19개의 RAPD 마커를 확인하였다. 마커를 이용하여 유전적 유사도를 조사한 결과 0~0.736의 유전적 변이정도가 확인되었다. RAPD 마커를 이용하여 분류한 결과 3개 군으로 나뉘어 졌다. 제1군에는 들잔디와 함께 미국에서 육성된 'Zenith', 'Meyer'등이 포함되었다. 제2군에는 갯잔디, 왕잔디와 함께 '안양중지', '삼덕중지', '평동중지' 등이 포함되었다. 그리고 제3군은 제1군, 제2군과 비교해 유전적으로 거리가 멀게 나타났으며, 금잔디와 비단잔디가 포함되었다. 한국에서 주로 이용되고 있는 '안양중지', '삼덕중지', 그리고 '평동중지' 류는 갯잔디 및 왕잔디와 유전적 유사도가 높은 것으로 나타났다.

한국고유종 북방종개(어류강, 미꾸리과)의 집단유전학적 구조 (Population Genetic Structure of the Korean Endemic Species, Iksookimia pacifica (Pisces: Cobitidae) Distributed in Northeast Korea)

  • 장숙진;고명훈;권예슬;원용진
    • 한국환경생태학회지
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    • 제31권5호
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    • pp.461-471
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    • 2017
  • 북방종개(Iksookimia pacifica)의 유전적 다양성과 구조적 특징을 밝히기 위해 동해 독립하천들에 서식하는 10개의 집단들을 대상으로 핵유전자와 미토콘드리아 유전자에 기반한 집단유전학적 분석을 실시하였다. 일부 예외적인 경우를 제외하고, 미토콘드리아와 핵유전자 모두 통계적으로 유의미한 집단 간 유전적 분화가 관찰되었다. 핵유전자들의 DNA 서열자료에서 추출한 유전자형 자료를 Bayesian 방법으로 분석한 결과 북방종개는 천진천과 양양남대천을 기준으로 북쪽과 남쪽의 두 개의 그룹으로 나뉘는 구조를 보였다. 현재 동해 하천들이 지리적으로 단절되어 온 독립 수계라는 것을 감안했을 때, 남북으로 구별되는 집단유전적 구조는 북방종개가 한반도에 정착했던 초기 조상 집단이 남북으로 갈라지는 지리적인 분리 사건과 관련되었을 것으로 해석되며, 이러한 초기 조상집단의 지리적 분리 이후, 두 조상그룹들은 남북의 지리적인 범위 내에서 하천 별 고립에 따른 추가적인 분화 과정을 거쳤을 것으로 추정된다. 주목할 점으론, 자산천 집단의 많은 개체들이 지리적 거리가 먼 양양남대천 및 강릉남대천 집단과 하나의 유전적 cluster를 형성하고 있는 것이다. 이와 함께 미토콘드리아 유전자의 경우 몇몇 이웃하는 집단들 사이에 현저히 낮은 유전적 분화도 그리고 일부 집단들에서 매우 낮은 유전적 다양성이 관찰되었다. 본 집단유전학적 결과는 향후 북방종개의 보존 및 관리를 위한 기초자료로 제시될 것이다.

mtDNA cytochrome b 분석을 통한 백한우의 계통유전학적 특성 분석 (Phylogenetic Characterization of White Hanwoo Using the Mitochondrial Cytochrome b Gene)

  • 김재환;조창연;김승창;김성우;최성복;이성수
    • 생명과학회지
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    • 제25권9호
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    • pp.970-975
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    • 2015
  • 본 연구는 mtDNA cytochrome b (cyt b) 유전자의 염기변이를 동정하고 이를 토대로 백한우의 계통유전학적 유연관계를 파악하기 위하여 실시하였다. 백한우 14두에 대한 mtDNA cyt b 유전자 전체서열 내에서 염기의 삽입/결실변이 없이 1개의 silent mutation이 동정되었고, 2개의 haplotype으로 분류되었다. 14두 중 13두가 major haplotype인 H1에 포함되었으며, 나머지 1두는 칡소와 같은 haplotype에 속하였다. Haplotype 다양성지수 및 염기변이율은 각각 0.143, 0.00013으로, 기존에 보고된 한국 재래소 및 중국소 품종들보다 현저히 낮게 나타났다. 한국, 일본, 중국 및 유럽 소 품종과의 유전적 유연관계를 확인하기 위해서 Dxy 유전거리 산출 및 neighbor-joining tree를 작성하였다. 2개의 group (A, B)으로 분류되었으며, 백한우는 B. taurus 계열인 A group에 포함되었다. Dxy유전거리 산출 결과, 백한우는 흑우(0.00018) 및 Yanbian (0.00021) 품종과 가까운 유연관계를 보였다. 이상의 결과를 종합해보면, 모계유전특성에 기초하여 백한우는 칡소, 흑우 및 Yanbian과 유전적으로 높은 연관성을 보였다. 이러한 결과는 백한우의 효율적인 관리 및 지속가능한 활용을 위한 중요한 자료로 이용될 수 있을 것으로 사료된다.

AFLP 분석에 의한 멸종위기어류 미호종개, Iksookimia choii의 유전 다양성 (Genetic Diversity of an Endangered Fish, Iksookimia choii (Cypriniformes), from Korea as Assessed by Amplified Fragment Length Polymorphism)

  • 이일로;이윤아;신현철;남윤권;김우진;방인철
    • 생태와환경
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    • 제41권1호
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    • pp.98-103
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    • 2008
  • 우리나라 멸종위기종 미호종개 3집단(갑천, 백곡천, 지천)의 유전 다양성 및 유전적 구조를 AFLP분석을 통해 조사하였다. 3종의 primer조합형을 이용한 AFLP분석에서 각 집단으로부터 106, 107, 104개의 밴드가 생성되었으며, 집단 내 다형 밴드의 출현 빈도는 3개 집단에서 $21.5\sim24.5%$로 유사하게 나타났고, 이형접합율$(0.067\sim0.084)$및 유전적 다양도$(0.076\sim0.087)$는 매우 낮은 값을 보였다. 집단간 유전적 거리 및 유전적 상동성 분석 역시 유사한 결과를 나타내어 본 연구에서 분석한 미호종개 3개 집단은 유전적으로 매우 밀접한 근연관계를 나타내었다. 비록 pairwise Fst 값은 매우 낮았지만 3집단은 유전적 분화가 진행되고 있었다. 본 연구는 미호종개의 유전적 다양성 및 분화에 대해 처음으로 보고된 연구이며, 미호종개의 보존을 위한 유전적 기초 정보를 제공해 준다.

점봉산(點鳳山) 잣나무임분(林分)의 개체목(個體木) 공간분포(空間分布)에 따른 유전구조(遺傳構造) (Spatial Genetic Structure at a Korean Pine (Pinus koraiensis) Stand on Mt. Jumbong in Korea Based on Isozyme Studies)

  • 홍경락;권영진;정재민;신창호;홍용표;강범룡
    • 한국산림과학회지
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    • 제90권1호
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    • pp.43-54
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    • 2001
  • 집단의 유전적 분화는 환경요인과 유전적 소인의 복잡한 상호관계에 의해 이루어지는데, 집단내 요인으로는 종자나 화분 비산, 국소환경변이, 개체의 분포밀도 등을 들 수 있다. 점봉산의 잣나무 임분내 개체 분포와 유전적 구성에 대한 분석을 위하여 신갈나무군락내 잣나무 우접임분에 $100{\times}100m$ 조사구를 설정하였으며, 잣나무 325개체에 대한 동위효소 분석을 실시하고, 공간의 자기상관성을 계산하였다. 11개 동위효소 유전자좌에서 관찰된 평균 다형성 유전자좌 비율(P)은 72.7%, 이형접합도의 관찰치(Ho)는 0.200, 기대치(He)는 0.251로 이형접합체 과소현상을 나타내어 근연가계의 개체들이 다수 분포하는 것으로 조사되었다. 동위효소의 유전자형에 따라 325개체는 총 147 개의 그룹으로 구분되었으며, 한 개 유전자형에 최대 34개체가 포함되었다. 동위효소 유전자형의 이성성이 24~32m 구간(거리간격 8m)을 기점으로 증가하는 양상을 보였으며, 생장특성(수고와 직경)에 대한 simple block distance도 24~32m 구간에서 임의분포를 보였다. 높은 근연교배의 고정계수(F=0.204), 유전적 자기상관성, 생장특성의 분석, 동일 유전자형의 분포범위 등을 고려할 때 점봉산 잣나무 임분은 화분비산이나 숲틈 형성에 따른 종자의 집중 투입에 따른 유전자 이동(gene flow)보다는 유전적 근연(近緣)개체의 밀도(密度)에 의존(density dependent)해서 유전적 구조를 유지하는 것으로 생각되며, 유전적 동질성을 갖는 군락의 크기는 24~32m에서 결정할 수 있었다. 본 연구의 결과 유전자원보존을 위한 개체의 선정은 최소한 37m 이상의 거리를 띄어야 바람직한 것으로 조사되었다.

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