• 대한화학회지
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• 제52권2호
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• pp.203-206
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• 2008

• 한국임상수의학회지
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• 제27권5호
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• pp.508-513
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• 2010

싸이토카인은 염증 및 면역 반응의 평가에 있어서 매우 중요한 요소이다. 따라서 이들의 mRNA 수준을 정량하고 평가하는 것은 염증 및 면역 반응을 평가하는데 있어서 그 민감도가 매우 높은 방법으로 알려져 있다. 본 연구의 목적은 SYBR green dye를 이용하여 개의 싸이토카인 mRNA를 정량적 실시간 역전사 중합효소연쇄반응(real-time reverse transcriptase PCR; qRT-PCR)으로 분석을 할 수 있도록 함에 있다고 할 수 있다. 제작된 시발체(primer)의 최적화된 붙임 온도(annealing temperature; $T_a$)는 인터루킨(interleukin; IL)-$1{\beta}$, IL-6, IL-10이 각각 $62^{\circ}C$, glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (GAPDH)와 tumor necrosis factor (TNF)-${\alpha}$가 $60^{\circ}C$ 그리고 high mobility group box 1 (HMGB1)이 $58^{\circ}C$였다. 표준 정량 곡선을 이용하여 측정한 시발체의 효율성은 97.1%에서 102.%로 매우 높았고, 2차 구조물(secondary structure)과 시발체-이합체 형성(primer-dimer formation)은 융해곡선(melt-curve)분석과 전기영동을 통해 확인하였다. 이렇게 정립된 qRT-PCR 분석법은 민감도와 특이도가 매우 높은 개 싸이토카인 유전자 정량법으로 활용될 수 있을 것이다.

• Laboratory Medicine Online
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• 제1권1호
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• pp.26-34
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• 2011

배경: 신종 인플루엔자 A (H1N1)의 검사실 진단은 환자관리와 유행대책 수립에 매우 중요하다. 연구자들은 확진을 위해서 실시간 중합효소연쇄반응검사와 바이러스 감염질환의 표준검사로 사용되어 왔던 배양검사를 신속항원검사와 함께 비교하였다. 방법: 2009년 12월부터 2010년 1월에 걸쳐 얻어진 총 861예의 호흡기 검체를 이용하여 신속항원검사, R-mix 신속배양검사, 실시간 중합효소연쇄반응검사를 동시에 시행하여 그 성적을 구하였고, 배양결과 등급과 실시간 중합효소연쇄반응검사의 cycle threshold(Ct)값에 따른 신속항원검사 결과와의 관계를 조사하였다. 결과: 861명 중 308명(35.8%)이 신종 인플루엔자 A (H1N1)로 확진되었고, 이용된 검사들의 민감도, 특이도, 양성예측치, 음성예측치는 신속항원검사가 59.7%, 99.5%, 98.4%, 81.6%, R-mix 배양검사가 93.2%, 100%, 100%, 96.3%, 실시간 중합효소연쇄반응검사가 95.8%, 100%, 100%, 97.7%였다. 신속항원검사의 양성률은 배양이 약양성인 경우는 25.3%, 실시간 중합효소연쇄반응검사의 Ct값이 30-37인 경우에는 2.3%로 매우 낮았다. 신종 인플루엔자 확진환자 중 입원율은 3.2%였고, 사망률은 0.3%였고, 위장관 증상은 7.2%에서 관찰되었다. 결론: R-mix 배양검사와 실시간 중합효소연쇄반응검사는 신종 인플루엔자의 진단에 매우 좋은 성적을 보였으며, 특히 낮은 농도의 바이러스 검체에서 유용한 검사였다.

• 한국컴퓨터정보학회논문지
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• 제18권6호
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• pp.1-8
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• 2013

본 논문에서는 저가의 소형 PCR 장치에 적합한 펌웨어를 설계하고 구현하였다. 제안된 펌웨어는 실행코드 크기를 최소화하기 위해서 운영체제의 도움을 받지 않고 하드웨어 인터럽트만을 이용하여 실시간 작업들을 동시에 제어한다. 또한 제안된 펌웨어는 usb 통신을 이용하여 PC로부터 동작 과정을 입력받아 마이크로콘트롤러에 연결된 부속장비들을 구동하고, 구동결과를PC로 전달하여 사용자에게 출력하는 주컴퓨터-국소장치 구조에 적합하도록 설계되었다. 제안된 펌웨어를 microchip사의 PIC18F4550 칩에 실제로 탑재하여 저가의 소형 PCR 장치를 제작하였고, 제작한 PCR 장치가 기존 상용 PCR 장치는 제작 비용과 부피를 대폭 줄이면서도 유사한 DNA 증폭 결과를 보임을 확인하였다.

• 환경생물
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• 제35권4호
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• pp.468-475
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• 2017

Kudoa septempunctata에 대한 PCR 검사에서 양성으로 확인된 개체를 조직 내 포자가 확인된 개체(3마리)와 포자가 확인되지 않은 개체(4마리)를 선별하여 순치 후 혈액과 조직검사를 실시하였다. 혈액에 대하여 PCR 검사를 실시하여 포자가 명확하게 확인되었던 2개체에서는 음성이 확인되었으며, 다른 5개체는 감도는 각각 차이는 있었지만 양성으로 확인되었다. 포자가 확인된 개체의 각 장기(간, 비장, 신장, 심장, 위, 소화관, 근육)에 대하여 PCR 검사를 실시한 결과, 심장과 근육에서 명확한 양성이 나타났다. 근육조직의 H&E 염색과 ISH를 실시하여 K. septempunctata의 감염으로 근섬유에 괴사가 발생하고, 이 부위에 포자의 슈도시스트가 형성되는 것을 확인하였으나 심한 염증반응을 유도하지는 않는 것이 확인되었다. 이후 혈액에 대한 더욱 면밀한 조사가 필요할 것으로 보이며, 연구내용은 넙치양식에서의 쿠도아감염증의 예방과 구제를 위한 기반자료가 될 것으로 기대된다.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제30권1호
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• pp.103-108
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• 2015

본 연구에서는 김치로부터 W. cibaria 0D17와 W. confusa 0D23를 생화학적 특성 분석과 16s rRNA 염기서열 분석을 통해 분리, 동정하였으며, W. cibaria 0D17와 W. confusa 0D23 배양 상등액이 L. monocytogenes에 대한 항균 효과가 있는 것으로 나타났다. 또한, 실시간 정량 PCR을 통해 W. cibaria 0D17 및 W. confusa 0D23가 L. monocytogenes를 공동 배양했을 때의 생육억제 효과를 분석한 결과, $37^{\circ}C$에서는 생육 억제 효과가 있는 것으로 확인되었다. 따라서, 김치 유래 Weissella spp.가 갖는 L. monocytogenes에 대한 항균 활성에 대한 기초 자료로 활용가능 할 것으로 판단되며, W. cibaria 0D17 및 W. confusa 0D23가 생산하는 bacteriocin 등의 항균 물질 특성에 대한 연구가 추가적으로 진행될 필요가 있을 것이다.

• 보존과학연구
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• 통권32호
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• pp.171-183
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• 2011

본 연구는 충청남도 부여군 규암면 오수리 유적에서 발굴된 인골 4개체를 대상으로 조직학, 분자유전학, 골화학 분석 등 종합적인 연구를 통해 이들의 상관관계를 규명하고자 하였다. 실체현미경을 통해 인골 시료의 골조직 단면 구조를 관찰함으로써 각 시료의 조직학적 보존 상태를 단계별로 구분하였고, 잔존하는 단백질의 보존 상태는 콜라겐을 추출하여 수율을 측정함으로써 평가하였다. 또한 미토콘드리아 cytochrome b 유전자를 이용한 실시간 유전자 증폭법을 이용하여 각각의 인골 시료에 잔존하는 미토콘드리아 DNA의 상대적 보존량 및 복제수를 분석하였으며, 미토콘드리아 과변위부위의 염기서열을 동정하였다. 본 연구 결과 인골 시료의 조직학적 보존정도, 콜라겐 단백질의 잔존량, 미토콘드리아 DNA의 복제수는 상호 긍정적인 연관관계로 나타났다. 이 연구는 출토 인골의 생물 화학적 분석 가능성을 예측하기 위한 특성지표 연구의 중요자료로 활용 될 수 있을 것이다.

• 한국임상수의학회지
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• 제22권4호
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• pp.348-352
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• 2005

We described a rapid, sensitive and reproducible real-time PCR assay for detection and quantitation of canine parvovirus type 2 in the feces of dogs with parvovirus infection. The method was demonstrated to be highly specific and sensitive, allowing a precise canine parvovirus type-2 quantitation over range of eight orders of magnitude from $10^2\;to\;10^9$ copies of standard DNA. Then, fecal samples from parvovirus infected dogs were analyzed by conventional PCR and real-time PCR. Real-time PCR is more sensitive than conventional PCR, allowing to detect low viral titers of CPV-2 in infected dogs. By real-time PCR, a wide range of parvovirus particles was found in the samples from $1.45\times10^6\;to\;9.45\times10^8$ copies/0.01g of feces. However, when dogs are in infection of parvovirus, it is difficult to prove that the numbers of peripheral blood leukocytes are correlated with those of fecal shedding virus.

• 한국군사과학기술학회지
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• 제20권5호
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• pp.726-732
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• 2017

Bacillus anthracis, Vibrio cholerae, Variola virus and Shigella dysenteriae are classified as category A and B biological weapons. In this study suggest that 4 genes of Bacillus anthracis, 2 genes of Vibrio cholerae, 1 gene of Variola virus and 1 gene of Shigella dysenteriae were detective 50~500 fg of target DNA per reaction using real-time PCR based assay. Also analytical specificity did not show any cross-reactivity with other related bacteria. Reliable and one reaction could be effective early diagnostic and treatment for detection of unknown samples.

• 대한환경공학회지
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• 제32권2호
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• pp.121-130
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• 2010

산성광산배수(Acid Mine Drainage; AMD)는 낮은 pH조건에서 중금속 및 황산염이온 등이 다량 용존되어 환경오염 문제를 발생시킨다. 국내의 폐광산 일부에서는 산성광산배수를 처리하기 위해 정화시설이 운영되고 있으나 여전히 주변 하천에 영향을 미치고 있다. 본 연구는 산성광산배수 및 영향을 받는 하천에서 지표미생물의 특이적 유전자를 실시간 정량 중합효소 연쇄반응(Real-time quantitative Polymerase Chain Reaction; Real-time qPCR)을 이용하여 확인 및 정량함으로써 광산배수의 환경영향을 미생물학적으로 판단하고자 수행되었다. 지표 종으로 선정한 미생물은 16S rRNA 미생물 군집분석 결과 발견된 미생물 중 철환원균인 Rhodoferax ferrireducens T118, Acidiphilium cryptum JF-5이며 이 외에 기존에 광산에 존재하는 것으로 알려진 미생물 중 호산성 황환원균인 Desulfosporosinus orientus, 철산화균인 Leptosprillum ferrooxidans, 철 및 황산화균인 Acidothiobacillus ferrooxidans이었다. 최종적으로, 본 연구에서 각 광산의 광산배수가 하천에 미치는 영향을 정량적으로 판단하여 비교하기 위해 광산배수로 인한 하천에서의 미생물 변동 지수를 산정하였으며 연구 대상 4개 광산 중 광산배수 처리시설이 없는 삼탄의 광산배수의 경우 주변 방류 하천으로의 미생물학적 환경영향이 가장 큰것으로 나타났다