• 미생물학회지
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• 제47권4호
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• pp.335-341
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• 2011

본 연구에서는 병원 감염의 주요 원인균으로 생물막 관련 감염증에서 흔히 분리되고 있는 Citrobacter, Enterobacter 및 Serratia 등의 임상분리 장내세균 22주를 대상으로 생물막 형성능을 조사하고, 생물막의 세포외 바탕질의 구성 성분을 알아보기 위하여 Congo-red 한천배지상의 집락 형상과 calcofluor 염색을 시행하였다. 또한 curli 생성 오페론인 csgBA(C) 유전자의 유무 확인과 csgA 유전자의 염기서열을 규명하였다. $37^{\circ}C$에서 24시간 배양 후 생물막 형성능 분석에서는 2주의 S. marcescens를 제외한 나머지 20주는 모두 생물막 형성능이 있는 것으로, $28^{\circ}C$에서 48시간 배양 후 분석에서는 22주 모두 생물막 형성능이 있는 것으로 확인되었다. Congo-red 한천배지에서의 균집락 형상을 조사한 결과 균속에 따라서 균 집락의 표현형상이 다르게 나타났으며, 동일 균속내에서도 균 집락의 표현형상과 색 농도의 차이가 관찰되어 세포외 바탕질의 주요 성분 및 생성량의 차이가 있음을 시사하였다. 1주의 C. freundii와 4주의 E. cloacae에서 csgBA(C) 유전자 양성을 나타내었다. 염기서열 분석결과, E. cloacae의 csgA는 E. coli의 csgA와 80.9%, E. sakazakii의 csgA와 75.7%, 그리고 C. freundii의 csgA와 67.8%의 상동성이 있는 것으로 나타났다. E. cloacae의 경우 Congo-red 염색의 결과와 curli 유전자 검색 결과가 일치하였을 뿐만 아니라, csgA 유전자를 보유하지 않은 균주의 생물막 형성능이 csgA 유전자를 보유한 균주에 비해 현저하게 낮은 것으로 나타나, curli가 E. cloacae의 생물막 세포외 바탕질 구성성분의 주요 요소일 것으로 추정되었다.

• 미생물학회지
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• 제43권1호
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• pp.23-30
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• 2007

조류 인플루엔자바이러스(AIV) H5N1 아형을 Real-time PCR법을 이용하여 가장 빠르게 진단할 수 있는 방법을 개발하였다. 검색 대상의 염기서열은 AIV H5N1 아형의 hemagglutinin 유전자 중 가장 상동성이 높은 387 bp의 부위를 선택하였고, 실험의 안전을 위하여 인공합섬의 방법으로 제작하였다. Microchip을 기반으로 한Real-time PCR법을 사용하였으며, 총PCR 반응액의 양을 $1{\mu}l$로, PCR 과정 중 각 단계, 즉 해리, 접합, 신장의 시간을 각1초, 1초, 3초로 하여 총 실험시간을 단축하였다. 진단을 위한 실험과정에서 PCR 및 융점분식에 소요된 최단 시간은 12분28초였으며, 민감도측정에서 최소2.4개의 hemaggutinin 유전자를 기질로 하여 목적한 특이 189 bp의 PCR 산물을 증폭할 수 있었기에, 본 연구에서는 이런 초고속 PCR 실험방식을 Quick Real-time PCR이라 명명하였다. 이 결과들은 가금류 및 사람에게 전파된 AIV H5N1아형의 진단에 적용될 수 있을 뿐 아니라, PCR이 사용되는 다른 신속검색법에도 널리 적용 될 수 있을 것으로 기대한다.

• 한국정보과학회논문지:데이타베이스
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• 제34권5호
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• pp.396-408
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• 2007

최근 인간 게놈 프로젝트를 통해서 인간의 DNA가 해석된 이후 유전자가 생성하는 단백질의 기능에 대한 관심이 높아지고 있다. 단백질의 기능은 서열의 유사도보다는 진화과정 상에서 잘 보존되는 구조의 유사도에 더 연관되어 있다. 이를 통해 두 개의 단백질 간에 구조 유사성이 관찰되면 이로부터 이들이 유사한 생물학적 기능을 가질 것을 기대할 수 있다. 따라서 유사한 단백질 구조를 가진 단백질을 찾기 위한 방법으로 단백질 구조 정렬에 대한 많은 연구들이 진행되었다. 하지만 기존의 연구들은 유사도로 주로 RMSD(Root Mean Square Deviation)를 사용했기 때문에 두 단백질의 정렬 결과가 유사한지 흑은 유사하지 않은지를 직관적으로 판단하기 쉽지 않다. 또한 대부분의 기존 연구들은 정렬 결과로 최적의 정렬 결과 하나만을 찾기 때문에 서로 다른 목적을 가지는 사용자들을 만족시키기 어렵다. 따라서 본 논문에서는 새로운 유사도인 MRPD(Maximum of Residue Pair Distance)와 다수의 정렬 결과를 하나의 그래프로 표현하는 SG(Similarity Graph)을 기반으로 여러 가지 정렬 결과를 한 번에 생성하는 단백질 구조 정렬 방식을 제안한다. 단백질 정렬에 MRPB를 유사도로 사용하면 RMSD를 사용하는 경우에 비해서 유사 정도를 직관적으로 이해할 수 있을 뿐 아니라 신속하게 결과를 얻을 수 있다. SG는 사용자가 다양한 후보 정렬 결과들 중에서 자신이 원하는 정렬결과를 신속히 검색할 수 있도록 지원한다. 따라서 본 논문에서 제안한 단백질 구조 정렬 알고리즘은 다양한 길이에 따른 다수의 최적 정렬들을 제시하여 사용자의 만족도를 향상시킬 수 있었으며, 다수의 정렬결과 검색임에도 불구하고 정렬 시간은 기존 방법들과 거의 비슷하다는 장점이 있다.

• 한국정보과학회논문지:데이타베이스
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• 제35권1호
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• pp.54-66
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• 2008

시공간 데이타베이스에서 조인 연산은 매우 많은 비용이 소요되며, 시공간 조인 연산의 효율적인 질의 실행 계획을 세우기 위해 조인 연산에 대한 정확한 선택도 추정은 질의처리 성능에 결정적이다. 주어진 두 이산 데이타집합 $S_1,\;S_2$의 타임스탬프 $t_q$에서 시공간 조인 연산은 타임스탬프 $t_q$에서 서로 교차하는 모든 객체 쌍을 검색하는 것이다. 시공간 조인 연산의 선택도 추정치는 검색된 객체 쌍의 수를 $|S_1{\times}S_2|$로 나눈 값이다. 이 논문은 공간 조인 연산의 선택도 추정 기법인 기하 히스토그램 기법을 확장하여 시공간 조인 선택도 추정을 위한 시공간 히스토그램을 제안한다. 균일 데이타 집합과 편중 데이타 집합 모두를 사용하여 제안된 히스토그램 기법으로 시공간 조인 연산의 선택도를 정확하게 추정할 수 있다는 것을 증명하였다. 본 논문의 기여도는 먼저 이산 데이타 집합에 대한 시공간 조인 선택도 추정 연구의 첫 시도를 하였으며 다음으로 이산 객체의 유효시간 동안의 공간 통계정보를 압축하여 히스토그램을 재구축하는 효율적인 유지기법을 제안하였다.

• 미생물학회지
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• 제51권3호
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• pp.187-193
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• 2015

Candida (Pseudozyma로도 알려짐) antarctica lipase B(CAL-B)는 학문적으로 그리고 산업적으로 많이 활용되고 있다. CAL-B 자체에 대한 연구는 많이 진행되어온 반면, CAL-B 상동체에 관한 연구는 그리 알려진 바가 없다. 본 연구에서는 단백질 유사성 검색을 통해서 CAL-B의 상동체 탐색을 수행하였고, 6종의 단백질 서열을 찾았다. 해당하는 유전자들을 대장균에 대한 코돈 최적화를 수행하였고, 이를 바탕으로 유전자 합성을 진행하였다. 이들 유전자를 대장균 발현용 벡터에 클로닝한 후, 대장균 내에서 단백질 발현을 시도하여 이들 중 4종의 단백질이 성공적으로 발현되었다. 이들 단백질들이 가수분해 효소로서의 활성이 있는지 확인하기 위해서, 4-nitrophenyl acetate와 4-nitrophenyl butyrate를 반응기질로 하여 가수분해 반응성을 확인하였다. 이들 단백질들의 비활성(specific activity)값은 $(1.3-30){\times}10^{-2}{\mu}mol/min/mg$로 측정되었고, 이는 CAL-B의 비활성 수치보다는 다소 낮은 값에 해당하였다. (${\pm}$)-1-phenylethyl acetate의 가수분해 반응에 대한 입체선택성은 이들 상동체 효소들 중에서 Pseudozyma hubeiensis SY62에서 유래된 효소만이 CAL-B의 입체선택성과 유사함이 확인되었다.

• 생명과학회지
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• 제14권6호
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• pp.997-1002
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• 2004

이 논문은 단백질의 기능분석을 위해 핵심적으로 요구되는 단백질 상호작용 관계정보 및 기능정보 등을 체계적으로 제공할 수 있는 WASPIFA (Web-based Assistant System for Protein-protein Interaction and function Analysis) 시스템에 대해서 다루고 있다. WASPIFA 시스템은 특정 분야에 국한해서 단편적 정보를 제공하는 기존의 단백질 기능 및 상호작용 분석 시스템과는 달리 분석하고자 하는 서열의 종합적인 정보 즉, 기능정보 및 주석정보, 도메인 정보, 상호작용 관계정보 등을 제공한다. 일반 검색 및 분석 시스템에서 제공하지 못하는 종합적인 정보들은 다양한 전처리 과정을 통해서 얻어진 데이터 및 정보 등을 시스템 내에 로컬 데이터베이스화해 놓은 것이다. 최종 사용자는 종합적인 정보를 통해서 올바른 평가와 판단을 통해서 효과적인 단백질 상호작용 분석과 기능분석을 행할 수 있다. 또한 자동관리 및 데이터 갱신 기능을 갖추고 있어 시스템 관리자가 효율적으로 시스템을 유지 및 관리할 수 있다.

• 한국균학회지
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• 제47권4호
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• pp.291-301
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• 2019

선충 포식성곰팡이는 선충 포획 기관을 만들어 선충 포획 후 양분을 섭취하는 곰팡이다. 이들 중 Arthrobotrys flagrans와A. superba에 대한 특성들 중 보고될 때 생략된 것이 있어 두 종을 토양으로 부터 분리하고 순수배양하여 추가적으로 조사하였다. 선충 종류별 포식력, 포식기관의 형태·크기, 분생포자의 형태·크기, 분생포자병의 형태, 후막포자 등을 조사하였으며, ITS rDNA 염기서열의 분자계통학적 분석을 토대로 종 동정을 실시하였다. 또한 1981년 처음으로 선충 포식성곰팡이가 국내에서 보고된 이래로 현재까지 총 21종이 발견되었으나 이들에 대한 분류 체계와 주요 식별 형질이 없는 상황이었기에 제공하였다. 이를 바탕으로 아직 연구가 많이 진행되지 않은 국내 선충 포식성곰팡이 연구에 기초자료가 될 수 있기를 기대한다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제45권2호
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• pp.143-148
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• 2017

메주와 된장에서 분리한 Bacillus 속 126균주를 대상으로 amine oxidase 활성을 나타낸 10균주를 분리하였다. 그 중, B. licheniformis 8MI05와 8MS03 균주는 동일한 염기서열을 가진 amine oxidase 유전자(yobN)를 보유하고 있었다. 공개된 B. licheniformis 유전체 정보를 대상으로 yobN 유전자의 보유를 검색한 결과, yobN 유전자 보유는 균주 특이적인 특성으로 확인되었다. 두 균주 모두 4종류 바이오제닉아민(cadaverine, histamine, putrescine, tyramine) 분해 활성을 나타냈고, yobN 유전자를 보유한 재조합균주에서도 바이오제닉아민 분해 활성이 확인되었다. Amine oxidase 유전자 보유 균주들은 14% NaCl 농도에서 생육 가능하였고, 균주 특이적인 protease 및 lipase 활성을 나타내었다.

• 응용통계연구
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• 제6권1호
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• pp.125-143
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• 1993

관측치가 (0, T]의 구간에서 균일하게 분포한다는 가설에 대하여, 관측치의 집락화를 검정하는 과정에서 스캔 통계량을 사용할 수 있다. 본 논문에서는 스캔 통계량의 확률분포의 근사분포가 어떠한 이론적 배경으로 개선되어 왔는 지를 고찰하고, 실제로 응용된 예를 살펴보기로 한다. 광물 매장을 조사하기 위한 항공탐사, 두 개의 아미노산 염기서열(amino-acid sequence)을 비교하는 과정에서 스캔 통계량은 사용되어 왔다. 지놈(genome)의 連鎖(sequence)에서 돌연변이가 발생한 위치에 대하여 집락의 가능성을 검색하는 방법으로 스캔 통계량을 이용할 수 있음을 보이고, 이에 대한 구체적인 문제 구성은 추후 연구과제로 제시한다.

• Maxillofacial Plastic and Reconstructive Surgery
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• 제16권3호
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• pp.371-383
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• 1994

질환성과 관련된 세균의 분포 및 유전자형을 탐색하고자 구강농양 및 골수염의 급성감염 혼자와 진료실 및 실험실의 정상인을 대상으로 시료를 채취하여 포도상구균을 분리 및 동정을 시행하고, 특성을 규명하였으며, plasmid 및 염색유전자를 분리하여 제한효소를 처리후 전기영동을 실시하고 분리된 plasmid로 탐색자를 제작하여 dot blot을 시행하였다. 대부분의 급성환자에서 분리된 포도상구균을 S. lugdunensis와 S. aureus이었으나, 진료실 및 실험실에서는 coagulase 음성 staphylococci가 분리되었다. 급성환자에서 분리된 포도상구균은 ampicillin과 penicillin에 내성을 보였다. 분리된 S. lugdunensis균주중 네 균주는 ${\delta}$형의 용혈소를 생산하였다. Plasmid를 분리한 결과 S. lugdunensis균주중 세 균주는 약 6.5 kilobases이었으나 S. aureus는 약 4.3 kilobases 정도 크기의 band를 보였다. S. lugdunensis에서 분리된 plasmid로 제작한 탐색자로 dot blot를 시행한 결과 치과 영역에서 분리한 plasmid를 갖는 균주는 양성반응을 보였다. 염색체유전자의 유전자형을 분석한 결과 ${\delta}$형의 용혈소를 생산한 네 균주의 S. lugdunensis는 유사한 유전자형을 보였다. 이러한 연구결과 질환의 진행에 S. lugdunensis가 중요한 역할을 하는 것으로 생각되고, 치과영역에 존재하는 plasmid는 공통적인 유전자 서열을 갖는 것으로 추정된다.