• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2007.11a
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• pp.272-273
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• 2007

현대 유전체학 기술의 진보는 생물학적으로 중요한 의미를 갖는 생물들의 유전체 서열의 규명 genome sequencing)에 힘입은 바 크다. 기존의 유전체 서열결정법은 주로 염기변이율이 낮은 생물들에 초점을 맞추어 왔다. 하지만 염기변이율이 높은 생물들의 유전체 염기서열을 결정할 필요가 높아짐에 따라 이를 위한 방법론에 대한 연구가 활발히 진행되고 있다. 염기변이율이 높은 생물들의 이배체 (diploid) 유전체 서열이 효과적으로 결정될 수 있을 경우 기존의 유전체 서열비교의 방법론에도 변화가 요청되고 있는 실정이다. 기존의 유전체 서열비교 (whole-genome alignment) 방법론은 반수체 (haploid) 유전체들의 서열비교을 위해 개발되었지만, 염기변이율이 높은 생물들의 유전체 서열비교에는 반수체 유전체들 비교에 특화된 도구들이 필요하다. 또한 현재 서열비교를 시각화하는 소프트웨어들도 반수체 유전체 비교를 위해 개발된 실정이다. 본 논문의 목표는 이배체 유전체 서열을 비교하는 방법론을 개발을 용이하기위해 이배체 유전체의 서열을 생성하는 도구를 개발하는 것이다. 개발된 도구는 실제 일어날 수 있는 염기변이와 genomic rearrangement를 사용자의 입력을 받아 다수의 생물들의 유전체 서열을 생성해 낸다. 이를 통해 이배체 유전체 서열을 비교하는 도구의 개발을 용이하게 하는데 초첨을 맞추고 있다.

• Journal of the Korean Institute of Landscape Architecture
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• v.33 no.3 s.110
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• pp.1-17
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• 2005

오늘날 지속가능한 발전의 주요 목적으로서 환경의 효과적 보호와 신중한 자연자원의 이용이 강조된다. 이와 같은 목적들을 성취하기 위해서 종합적인 경관 정보가 필수적이다. 한국의 경우, 도시화는 전통적인 농촌 경관 변화, 산림 손실과 단편화 등 많은 환경 문제를 야기했다. 특히 산림이 높은 생물 다양성 가치를 갖고 있는 한국으로서는 산림 손실과 단편화는 생태관점에서 보면 아주 치명적이다. 현재 개인 또는 공공 부분 개발 프로젝트를 위한 환경 영향 평가의 일부분으로 시각 경관 영향 평가가 요구된다. 그러나 이런 시각 경관 영향 평가는 단지 전체 경관의 일부분의 경관 정보만을 제공하고, 특히 현재 경관 평가에서는 경관의 생물 다양성 가치를 평가하지 않는다. 본 연구는 이와 같은 문제점들을 극복하고 한국 상황에 맞는 지속가능한 경관 계획을 위한 필수적인 종합 경관 정보를 제공하기 위해서, 경관 특성과 생물 다양성 가치 평가를 위한 생태 이질성 지수를 결합한 진보된 경관 특성 평가 방법론을 제시하는데 그 목적이 있다. 이 방법론을 통해 경관 특성 평가에서 12가지 경관 특성 유형(type)을 분류하였고 그것의 분포, 경관 특성적 형태, 경관 특성에 부정적인 영향을 줄 수 있는 개발 압력 등을 분석하고 서술하였다. 분석 결과, 주택과 산업 단지 개발, 농지 형질 패턴 변경, 수변 공간 개발 등이 주요 개발 압력으로 나타났다. 경관 생태 이질성 평가 결과에서는 도시근교 지역과 농촌 경관 특성 유형 지역에서 잠재적 생물 다양성 가치가 높았다. 산림 지역 경관 특성 유형에서는 잠재적 생물 다양성 가치가 중간 수치로 나온 반면 도시 경관 특성 유형에서의 잠재적 생물 다양성 가치는 아주 낮았다. 비록 제한된 데이터와 경관 생태 이질성 지수 사용으로 인한 문제점들(스케일 종속적, 변화 패턴이 예측하기 힘든 지수, 자의적인 분류시 다른 결과 발생, 더 종합적인 생물 다양성 잠재력을 평가하기 위해서는 더 많은 다른 경관 생태 지수 필요 등)이 제기되었지만, 이 연구에서 제시된 진보된 경관 특성 평가 방법론을 통해 얻은 종합적인 경관 정보가 지속가능한 경관계획을 할 때 어떻게 잘 활용되어질 수 있는지 예로써 증명하였다. 그 결과 진보된 경관 특성 평가 방법론이 지속가능한 경관 계획을 위한 수단으로 사용될 수 있을 것으로 사료된다.

• Journal of Bio-Environment Control
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• v.3 no.2
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• pp.151-159
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• 1994

생물체와 자연현상을 대상으로 하는 농업은 알려지지 않거나 불확실하고 애매한 정보를 처리해야 하는 경우가 많다. 따라서 농업시스템 시뮬레이션에 있어 다수의 가정이 필요하여 시뮬레이션 결과의 신뢰성이 떨어지게 되는 경우가 있다. 이러한 경우에 전문가 시스템, 퍼지, 인공신경망 등의 인공지능(Artificial Intelligence) 기술이 효과적으로 이용될 수 있으며 최근에 농업 분야에 응용이 활발해지고 있다. 전문가 시스템(Expert System)은 인공지능의 한 분야로서 인공지능이 실용화되는 과정에서 가장 각광받는 분야 중의 하나이다.(중략)

• Proceedings of the Korean Society for Bio-Environment Control Conference
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• 1999.11a
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• pp.35-47
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• 1999

1. 삼차원 화상처리 계측시스템 일본 EHIME 대학 생물환경정보시스템학 Hashimoto (교본강)교수 연구실에서 개발한 식물체 삼차원형상을 계측하기 위한 장치와 계측센서 부분에는 레이저 변위계를 부착시킨 x-y아암로봇, 그리고 삼차원 화상처리를 소개하고자 한다. 레이저 삼차원 계측장치는 지향성, 단색성, 하간보성, 고광휘도성 등의 장점으로 다른 센서에서는 불가능한 기능을 가지고 있다. (중략)

• KOGO NEWS
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• v.7 no.1
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• pp.3-8
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• 2007

• Food Industry And Nutrition
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• v.5 no.3
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• pp.47-51
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• 2000

• Proceedings of the Korean Society of Life Science Conference
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• 2002.03a
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• pp.22-23
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• 2002

• Korean journal of applied entomology
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• v.60 no.2
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• pp.241-245
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• 2021

Stomaphis (Stomaphis) matsumotoi Sorin, 1995 is reported on Juglans mandshurica Maxim. (Juglandaceae) for the first time in Korea. Photos of live aphids, illustration of slide specimens, and biometric data of apterous viviparous females are presented.

• The KIPS Transactions:PartA
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• v.16A no.3
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• pp.143-152
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• 2009

One of the main issues in comparative genomics is to study chromosomal gene order in one or more related species. For this purpose, the whole genome alignment is usually applied to find the horizontal gene transfer, gene duplication, and gene loss between two related genomes. Also it is well known that the novel visualization tool with whole genome alignment is greatly useful for us to understand genome organization and evolution process. There are a lot of algorithms and visualization tools already proposed to find the "gene clusters" on genome alignments. But due to the huge size of whole genome, the previous visualization tools are not convenient to discover the relationship between two genomes. In this paper, we propose AlignScope, a novel visualization system for whole genome alignment, especially useful to find gene clusters between two aligned genomes. This AlignScope not only provides the simplified structure of genome alignment at any simplified level, but also helps us to find gene clusters. In experiment, we show the performance of AlignScope with several microbial genomes such as B. subtilis, B.halodurans, E. coli K12, and M. tuberculosis H37Rv, which have more than 5000 alignment pairs (matched DNA subsequence).

• Journal of KIISE:Databases
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• v.32 no.1
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• pp.24-42
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• 2005

Characteristics of biological data including genome sequences are heterogeneous and various. Although the need of management systems for genome sequencing which should reflect biological characteristics has been raised, most current biological databases provide restricted function as repositories for biological data. Therefore, this paper describes a management system of nucleotide sequences at the level of biological laboratories. It includes format transformation, editing, storing and retrieval for collected nucleotide sequences from public databases, and handles sequence produced by experiments. It uses BSML based on XML as a common format in order to extract data fields and transfer heterogeneous sequence formats. To manage sequences and their changes, version management system for originated DNA is required so as to detect transformed new sequencing appearance and trigger database update. Our experimental results show that applying active trigger rules to manage changes of sequences can automatically store changes of sequences into databases.