• Journal of the Korean Society for Marine Environment & Energy
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• v.17 no.3
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• pp.189-197
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• 2014

Collection and management of various information related to the ballast water are the essential components for the efficient implementation of the IMO Ballast Water Management Convention. Based upon the ballast water risk assessment and information system developed by other states, regions or even at global level, an integrated information system has been established to be applied to our domestic ports. The integrated information system is composed of four DataBases (DB) which are the Shipping DB, Ballast water DB, Port Environment DB and Species DB. The Shipping DB has been established based on the data collected from the Port Management Information System (Port-MIS). For the Ballast water DB, Ballast water has only been estimated by the loading/unloading of the cargoes as the convention has not come into effect yet. The Port Environment DB and Species DB are being established based on the reference documents and existing and newly collected monitoring data. From these DB, the integrated information system will be able to provide a base for the information search, statistic analysis and risk assessment of ballast water. Once the convention comes into effect, this integrated information system will be applied to manage the domestic ballast water discharge and also the port management.

• Journal of KIISE:Software and Applications
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• v.31 no.3
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• pp.343-352
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• 2004

Recently, the information processing of ever increasing bio-related data is becoming a very important issue. One of the main sources of these bio-data comes with the form of biopathways, which includes molecular transactions and processes that are part of biochemical systems. The information represented by biopathways includes various organic relations among its components. However, most of the current systems to represent biopathways have been initially developed without computer processing in mind, and hence suffer from inconsistencies and ambiguities. In this paper, we propose an improved notation, called UniPath, for clear and systematic representation of biopathways. The proposed system is designed to provide a unified representation of metabolic and regulatory pathways. We also designed and implemented a graphic editor for UniPath to draw biopathwavs map according to the proposed notation. The graphic editor is designed so that biopathway data can be easily transformed into XML format.

• Journal of Korean Society for Geospatial Information Science
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• v.20 no.3
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• pp.11-18
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• 2012

Increasing concern about biodiversity has lead to a rise in demand on the spatial assessment of biological resources such as biodiversity assessment, protected area selection, habitat management and restoration in Korea. The purpose of this study is to create species richness map through data collection and modeling techniques for wildlife habitat assessment. The GAM (Generalized Additive Model) is easy to interpret and shows better relationship between environmental variables and a response variable than an existing overlap analysis and GLM (Generalized Linear Model). The study area delineated by a large watershed contains Jirisan national park, Mt. Baekun and Sumjin river with three kinds of protected areas (a national park, a landscape ecology protected area and an otter protected area). We collected the presence-absence data for wildlife (mammals and birds) using a stratified random sampling based on a land cover in the study area and implemented natural and socio-environmental data affecting wildlife habitats. After doing a habitat use analysis and specifying significant factors for each species, we built habitat suitability models using a presence-absence model and created habitat suitability maps for each species. Biodiversity maps were generated by taxa and all species using habitat suitability maps. Significant factors affecting each species habitat were different according to their habitat selection. Although some species like a water deer or a great tit were distributed at the low elevation, most potential habitats for mammals and birds were found at the edge of a national park boundary or near a forest around the medium elevation of a mountain range. This study will be used for a basis on biodiversity assessment and proected area selection carried out by Ministry of Environment.

• Proceedings of the Korea Contents Association Conference
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• 2014.11a
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• pp.55-56
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• 2014

치쿤구니아열은 치쿤구니아 바이러스(chikungu- nya virus)에 감염된 매개 모기(열대숲모기 및 흰줄숲모기)에 물려 감염되는 급성 열성 질환으로 잠복기가 짧고 치료제가 없기 때문에 조기 진단이 매우 중요한 급성전염병이다. 아열대기후로 진입하는 우리나라에서도 흰줄숲모기가 자주 발견되기 때문에 이 질병으로부터 결코 자유롭지가 않다. 치쿤구니아 바이러스 감염을 진단하기 위한 진단키트를 개발하기 위해 먼저 타깃 유전자 부위 선정이 매우 중요하다. 본 연구에서는 생명정보학을 기반으로 이 바이러스 만을 검출할 수 있는 epitope를 예측하고자 한다. 이 바이러스의 capsid 유전자를 찾고 유사한 바이러스의 유전자들과 multiple alignment를 수행하여 이 바이러스만이 가지고 있는 독특한 부위를 추출하였다. 이후 ProtScale Tool 프로그램으로 선택한 단백질의 친수성(hydrophilicity), 접근성(accessi- bility), 유연성(flexibility), 회전(${\beta}$-turns) 등의 특성을 모두 만족하는 부위를 선별하여 진단키트 제작을 위한 epitope를 제시하고자 한다.

• Proceedings of the Korean Society for Bioinformatics Conference
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• 2002.06a
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• pp.89-104
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• 2002

유전체연구사업단은 국내에서 발병 및 사망빈도가 가장 높은 위암과 간암의 퇴치를 목적으로 국가적 특목전략사업으로 연구를 추진하고 있다. 이와 별도로 보건복지부에서는 22개의 중요 질병별 유전체 연구센터를 전국적으로 추진하고 있다. 따라서, 연구가 성공적으로 진행되면 각 연구소에서 독자적으로 개발하여 제공하는 생명정보의 양은 거의 무한에 이를 것이다. 그러나 생명정보는 환자진료에 도움을 주기 위해서는 궁극적으로 임상정보와 함께 유기적으로 통합되어야 한다. 임상정보와의 통합을 위해서는 의료기관의 진료정보와 연구소의 생명정보가 연계되어 엄밀한 임상실험이 추가적으로 실시되어야 한다. 뿐만 아니라 생명정보학의 발전을 위해서는 연구대상의 임상정보가 공유되어야 한다. 유전체정보를 이용하는 생명정보학(Bioinformatics)은 각 국가마다 전략사업으로 간주하여 막대한 투자가 이루어지는 새로운 분야이다. 현재 선진국에서 개발 사용 중인 시스템의 연간 사용료가 고가이므로 국내 도입은 거의 불가능하거나 또는 매우 비효율적이다. 유전체 또는 생명정보의 임상활용 및 생명정보연구를 위한 임상정보 공유를 위해서는 우선 다음의 사항이 개발되어야 한다. 1) 다음과 같은 개별환자의 정보를 각 의료기관에서 제공 받아 저장 활용한다. - 진찰 및 임상소견, 수술기록, 경과기록, 검사결과 (임상병리, 해부병리, 방사선 등), - 영상정보 (X-ray, CT, MRI, 초음파, 전자현미경, 그래픽 등), - 환자개인기록(병력, 과거력, 가족력, 알러지 등), - 예방접종 기록 2) 각 연구소에서 첨단기술을 이용하여 개발되는 생명정보를 임상에 활용하기 위해서는 유전체연구센타와 병원간에 임상정보와 유전체 분석정보의 공유가 필수적으로 발생하게 됨으로, 유전체 정보와 임상정보의 통합은 미래 의료환경에 필수기능이 될 것이다. 3) 각 생명공학 연구소에서 사용하는 첨단 분석 장비와 생명공학 정보시스템의 자동 연계가 필요하다. 현재 국내에는 전국적인 초고속정보망이 가동되어 웹을 기반으로 하는 생명정보의 공유는 기술적으로 문제가 될 수 없으나 임상정보의 유전체연구에 그리고 유전체연구정보의 임상활용은 다양한 문제를 내포하고 있다. 이에 영상을 포함한 환자정보의 유전체연구센터와 병원정보시스템과의 효율적인 연계통합 운영을 위해 국내에서는 초기 도입단계에 있는 국제적인 보건의료정보의 표준인 Health Level 7 (textural information 공유), DICOM (image 및 wave 공유), 관련 ISO표준, WHO의 ICD9/10 (질병분류), LOINC (검사 및 관련용어), SNOMED International (의학용어) 등을 활용하여야 한다.

• Journal of the Korean Association of Geographic Information Studies
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• v.14 no.4
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• pp.54-62
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• 2011

At present, about 1.6 million bio-species have been discovered in the world. Approximately 30 thousand indigenes have been recorded in Korea and about fifteen thousand species of biology inhabit in Korea national park. Korea national park where has been lived 133 species at 60 percent of endangered species is a very important wildlife protection area. The construction of database about substantive distribution and habitat of wildlife is urgently needed to protect and manage endangered species. In this study, main habitats about animals were registered using GIS program in Jirisan National Park and 3 dimensional habitat map was produced. Also, new plan was suggested to preserve and manage animals in national parks by producing 3 dimensional habitat map. The habitat map was produced using coordinate file of animals, polygon file about boundary of national park, and ASTER GDEM. New conceptional animal habitat map will be used by means of the valuable information when the plans for preservation/management and habitat protection about animals are designed.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2004.10b
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• pp.304-306
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• 2004

생물정보학에서 서열의 유사성을 예측하는 것은 가장 중요한 문제 중의 하나이다. 염기 서열의 유사성을 검색하는 유용한 검색도구들에는 BLAST와 FASTA 등이 있으며 이러한 도구들은 새로운 유기체에 대한 실제 염기 서열을 필요로 한다. 이 경우 서열을 얻기 위한 sequencing 작업이 필요로 하며 시간적인 면에 있어서 상당한 비용을 요구한다. 본 논문에서는 sequencing 작업을 하지 않고 간단한 실험에서 얻을 수 있는 부분적인 Sequence 정보만을 대상으로 데이터 베이스에서 검색을 할 수 있는 두 개의 RIFLE(Rapid Identification of Microorganisms by Fragment Length Evaluation), MSMP(Maximum Site Matching Problem) 알고리즘을 구현하고 실험을 통해 두 알고리즘을 비교 평가한다. 실험결과 RIFLE 알고리즘이 수행 속도 면에서 빠른 반면 MSMP가 산출한 결과에 비해서 신뢰성이 떨어짐을 확인하였다.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2006.05a
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• pp.435-438
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• 2006

Single Nucleotide Polymorphism(SNP)는 인간 유전자 서열의 0.1%에 해당하는 부분으로 이는 각 개인의 체질 및 각종 유전질환과 밀접한 관련이 있다고 알려져 있으며 이 SNP 정보를 이용 각종 질환의 유전적 원인규명에 대한 많은 생물학적 연구가 진행되고 있다. 그러나 아직 SNP를 이용한 효율적인 분석방법에 대한 전산학적 연구는 많지 않다. 본 논문에서는 대표적인 패턴인식기 중 하나인 Support Vector Machine(SVM)을 이용 한국인의 대표적인 유전질환으로 알려진 위암에 대한 예측율을 실험하였다. 실험 데이터는 간 및 소화기 질환 유전체 센터에서 얻어진 위 질환 환자를 대상으로 하였으며 실험 결과 예측율은 67.3%로 이는 Case Based Reasoning(CBR)방법의 55% 보다 더 좋은 예측 결과를 보였다.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2017.04a
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• pp.808-809
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• 2017

유사도 검색은 전통적으로 데이터베이스 그리고 웹검색 분야의 핵심이었으나, 대용량 데이터의 등장으로 검색의 정확도뿐만이 아니라 효율성 측면에서의 요구가 증가하며 여전히 다양한 분야에서 활발히 연구되고 있다. 아이템간의 유사도를 측정하기 위한 방법론 중 코사인 유사도 방법론은 고차원공간에서의 활용이 유리하다는 이점 때문에 가장 널리 활용되고 있는 방법론으로, 정보검색, 장바구니 분석, 생물정보학 등 다양한 분야에서 활용되고 있다. 본 논문에서는 코사인 유사도를 소개하고, 연관성 분석 측면에서 코사인 유사도를 사용한 기존의 연구들을 소개한다.

• Proceedings of the Korea Contents Association Conference
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• 2016.05a
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• pp.185-186
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• 2016

최근 DNA 복구 기작 저해가 암 전이를 억제한다는 연구결과가 발표되었다. 이번 연구에서는 DNA 복구 기작을 효율적으로 저해시킬 수 있는 단백질을 선정하고자 했다. 먼저 HPRD에서 59개의 DNA repair 단백질 정보를 얻고 각각의 도메인 정보를 추출하였다. 이 단백질과 상호작용하는 단백질을 KEGG로 부터 추출하고 추출한 단백질의 도메인 정보는 HPRD에서 얻었다. Cytoscape를 통하여 DNA 복구 단백질-상호작용 단백질-도메인의 네트워크를 시각화하였다. 네트워크 상에서 보존적이며 핵심적인 단백질 후보 및 도메인 후보를 선정 하였다. KEGG에서 제공하는 암의 경로(pathways in cancer)을 이용하여 후보의 적용 가능성을 확인하였다. 선정한 최종 후보들은 향후 암 전이 억제에 사용될 수 있는 타깃이 될 수 있을 것으로 기대한다.