• Proceedings of the Korea Multimedia Society Conference
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• 2000.04a
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• pp.311-314
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• 2000

분자 생물학의 발전염기서열, 단백질 서열, 지놈 서열 등의 서열데이터베이스와 단백질 3차구조를 제공하는 구조 데이터베이스등이 구축되어서 웹을 통해 많은 정보를 제공하고 있다. 전세계적으로 분산되어 있는 다양한 생물정보 데이터베이스의 효율적인 검색을 위해서 통합 검색 시스템의 개발이 필요하다. 이 논문에서는 전세계의 생물정보 데이터베이스의 개발 현황을 보이고 분산되어 있는 생물정보데이터베이스로부터 통합검색을 위한 생물정보 통합검색시스템(GenPlus)를 제안하였다. 제안한 GenPlus 에서는 염기 서열, 단백질서열, 그리고 키워드를 이용한 서열정보, 구조정보,완전한 지놈 정보, 그리고 문헌정보의 통합 검색을 제공한다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2005.11b
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• pp.271-273
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• 2005

유전자, 단백질 등의 생물정보를 이용하는 여러 툴은 효율성의 극대화를 위하여 각각의 시스템에 맞는 데이터 에이스 스키마 구성 및 필요한 정보의 선택적 저장이 필요하다. 하지만 구조 복잡성, 동일한 객체 데이터의 분산 등, 생물 정보 XML의 일반적인 특성 때문에 기존의 XML정보 저장 기법으로는 유연한 데이터베이스 스키마구성에 한계를 지닌다. 이 때문에 생물정보 XML로부터 로컬 데이터베이스를 구성하는 과정은 1:1파서를 구현하여 진행하고 있어 많은 시간과 비용이 소모된다. 본 논문에서는 생물정보 XML 의 특성과 그에 따른 유연한 RDB 스키마 구성의 제약에 대해 논하고, 이를 극복한 자유로운 RDB 스키마 구성을 위한 규칙을 소개한다. 본 규칙은 사용자가 원하는 RDB 스키마를 구성하여 생물정보 XML의 데이터를 저장하게 해주며, SQL 형태를 따르고 있어 사용자에게 익숙하다. 또한 분산된 생물정보 XML의 통합에도 유리하다.

• Journal of Scientific & Technological Knowledge Infrastructure
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• s.12
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• pp.118-121
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• 2003

21세기 들어 IT기술의 급격한 발전을 통한 컴퓨터의 이용 확산은 생물학 분야에 대단한 영향을 미치게 되었고 이러한 현상은 생물정보학이라는 새로운 학문으로 탄생하게 되었다. 생물정보학은 유전자 및 단백질의 정보를 포함한 생물체의 모든 정보를 효율적으로 처리 가공하여 유용한 정보를 창출해 내는 새로운 융합학문이다. 이러한 생물정보학은 특히 1990년대 이후 발전한 생명과학 및 유전체 관련 지식이 폭발적으로 늘어남에 따라 이러한 정보를 효과적으로 관리하기 위해 급격하게 신장하게 되었으며, 이미 생물산업 분야의 핵심응용 기술로 인정받고 있다. 본고에서는 이러한 생물정보학의 국내외 현황과 흐름을 분석해보고 KISTI의 역할 및 앞으로의 방향에 대해 검토해 보고자한다.

• Proceedings of the Plant Resources Society of Korea Conference
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• 2022.09a
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• pp.4-4
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• 2022

앞으로 10년간 세계의 생물다양성 보전을 위한 유엔 생물다양성협약 당사국 총회가 2022년 12월 캐나다 몬트리올에서 열린다. 전 세계 전문가와 정책입안자들이 여러 내용을 다루지만 그중에서도 염기서열 정보에 관한 내용을 집중적으로 소개한다. 우선 생물다양성협약에서의 이익공유에 관한 내용은 북아시아 원산인 콩을 현재 대량으로 재배하고 수확하고 있는 미국, 브라질 등의 사례를 선별하여 소개한다. 이어서 생물다양성협약 체결 전후의 생물자원에 대한 인식 변화로 인해 국제적으로 합의한 나고야 의정서의 주요 핵심 내용을 발표한다. 그러나, 최근의 합성생물학은 유전정보만을 가지고 설계자의 의도대로 실물 생물자원 없이 새로운 생물과 원하는 물질을 합성할 수 있기에 국제적으로 마찰이 발생하고 있다. 유전공학과 합성생물학에서 가장 기본적으로 이용하고 있는 유전정보를 생물다양성협약에서는 어떻게 정의하고 있는지, 그리고 이익을 어떻게 공유하는지 알아본다. 생물자원 이용 국가들은 유전정보는 물리적인 실체가 없기에 이익공유대상이 아님을 주장하면서 유전정보는 원하는 누구에게나 이용되어야 한다고 보고 있다. 반면 생물자원 풍부국 입장은 생명과학기술 발전으로 인해 원산지 국가의 허가 없이 생물 유전정보를 활용하는 것은 생물 주권의 침해로 보고 있으며, 유전정보를 실물 생물자원과 동일하게 취급하여 나고야 의정서상의 이익공유를 요구하고 있다. 유전정보에 대한 대한민국의 공식적인 입장과 제 14차 협약 총회에서 합의한 결정문을 소개한다. 또한, 2019년 생물다양성과학기구(IPBES)에서 지구의 생물다양성과 생태계를 평가한 보고서에서 생물 멸종의 위협요인으로 제시된 토지이용 변화, 남획, 기후변화, 오염, 외래종에 대한 문제점을 기반으로 작성된 post-2020 생물다양성협약 10개년 실행 목표를 알아보고 2022년 12월 개최하는 제15차 당사국총회의 주요 의제에 대한 전망과 최근 문제가 되고 있는 '공동의 그러나 차별적인 책임(CBDR, Common But Differentiated Responsibility)'의 개념을 소개한다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2002.10c
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• pp.148-150
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• 2002

21세기는 생물자원을 이용한 산업이 많은 분야의 발전을 이끌어 나간다고 해도 과언이 아닐 정도로 현재 많은 분야에서 생물자원의 보전과 활용에 대한 활발한 연구가 이루어지고 있다. 이러한 것은 생물자원부국이 앞으로의 선진 국가를 의미하는 것으로 자원이 부족한 국내 실정으로는 더욱더 많은 관심을 가지고 이를 해결해야만 하는 과제를 가지고 있다. 생물분야의 연구는 타 분야와는 다르게 지금까지 외면되어 왔기 때문에 정보화에 대한 마인드가 부족하여 대부분의 정보가 디지털화되어 운용되어지지 못하고 있으며, 운용되어지는 정보는 서로 표준화되지 못해서 정보의 재사용이나 공동활용이 부족한 실정이다. 정보로서의 가치를 가지기 위해서는 표준화되어 사용자가 원하는 정보로의 가공을 거쳐 Real-Time 접근이 가능해야만 한다. 본 논문에서는 생물자원이 가지고 있는 정보의 운용을 효율적으로 구축하기 위하여 국내 생물자원 네트워크 구성, 생물자원정보 통합 방법, 표준화를 위한 DTD작성과 데이터베이스 구축을 위한 컴포넌트를 이용한 입력시스템 구축, 미디에이터 기법을 이용한 분산통합, GRM(Global Road Map) 작성을 통한 효율적인 정보의 접근이 가능한 시스템 구축을 목적으로 한다.

• Journal of Scientific & Technological Knowledge Infrastructure
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• s.13
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• pp.62-71
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• 2004

생물정보 분야에 관한 방대한 보고서가 이미 여러 관련 정부기관에서 발간되었으므로 이 자료들을 조직적으로 종합하면 국내.외의 기술 현황 분석이 가능하다고 생각된다. 특히 각 보고서 작성을 위해 국내의 거의 모든 관련 연구자들이 장기간 참여하였으므로 생물정보학의 현황파악을 위해 필요한 자료를 대부분 포함하고 있다고 생각된다. 본 글은 현재까지 국내에서 조사된 생물정보 연구 및 기술 개발에 관한 내용을 정리하고 또 국외의 최근 보고서를 종합하여 정리 분석하고 이를 바탕으로 국가 과학기술정보 지원의 주관기관인 KISTI의 역할 및 임무에 관하여 생각해보려 한다.

• Proceedings of the Korean Institute of Information and Commucation Sciences Conference
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• 2011.05a
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• pp.459-462
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• 2011

해양생물다양성 자원에 대한 국가 주권을 인정하는 해양생물다양성협약의 발효로 생물다양성 자원을 확보하기 위한 세계 각국의 경쟁이 치열한 상황이다. 현재 우리나라 각 기관 및 대학들이 보관하고 있는 해양생물자원 정보가 산재되어 있고, DB에 대한 관리 미흡으로 인하여 학술적, 산업적 활용이 어려운 상황임을 인지하여, 통합적으로 관리할 수 있는 정보체계가 필요한 시점이다. 본 논문에서는 해양생물다양성 자원 중 고품질 해양생물자원에 대한 현황을 분석한다. 그리고 해양생물다양성 데이터 고품질 확보 방안을 위한 DB 품질 오류율 산정 기준을 적용하여 메타DB 구축 방안을 제시한다. 본 연구는 향후 해양생물자원에 대한 국가전략수립에 기여할 것으로 기대한다.

• Bulletin of Food Technology
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• v.26 no.4
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• pp.344-348
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• 2013

시크제네시스(SeqGenesis)는 2011년 7월 설립된 대전소재 생물정보분석 전문기업으로, 국가 연구기관에서 다수 미생물, 인간, 동물, 식물에 대한 오믹스 통합 데이터베이스 및 생물정보 분석 플랫폼 개발, 영양유전체 연구지원 시스템 구축, 분석알고리즘 개발 등 다양한 생물정보분석에 대한 경력을 가진 전문연구원으로 구성되어 있다. 현재 차세대시퀀싱(NGS)데이터 분석, 마이크로바이옴(microbiome) 분석, 고밀도 마이크로어레이 프로브 디자인 및 분석, 생물 정보 컨설팅, 오믹스 데이터베이스 구축 등 연구 지원 파트너로서 생물정보분석 서비스를 하고 있다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2005.11b
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• pp.91-93
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• 2005

생물다양성은 육상 생태계, 해양과 기타 수생 생태계와 이들의 복합 생태계를 포함하는 모든 원천에서 발생한 생물체의 다양성을 알하며, 종내$\cdot$종간 및 생태계의 다양성을 포함한다. 지구상에 존재하는 생물이 매우 다양하듯이 생물다양성을 표현하는 데이터 또한 매우 다양하게 사용되고 있다. 본 논문에서는 먼저 생물다양성 데이터의 점보공유 및 교환을 위해 생물다양성 관련 국제기구에서 제안된 데이터 표준 및 데이터 교환 프로토콜을 알아보고, 이러한 데이터 표준과 프로토콜을 기반으로 국내 생물다양성 데이터 공유 및 교환을 위한 생물다양성 메타데이터 스키마를 크게 생물종 정보와 종정보에 관한 참조(reference) 정보로 나누어 설계하여 제시하고자 한다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2004.10b
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• pp.37-39
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• 2004

현재 생물학 연구실에서 시퀀싱 실험을 통해 생성되거나 또는 공개용 생물 데이터베이스로부터 획득된 유전체 및 단백질 정보는 각각 이질적인 데이터형식을 사용하고 있다. 이 때문에, 생물정보를 분석하여 상호간의 정보를 효율적으로 사용하기 위해서는 공통된 형식의 데이터 표준화작업이 필수적이다. 그리고 이러한 이질적 데이터 형식에 대한 표준화 연구의 미비로 인하여 플랫 파일간의 정보공유에 어려움을 겪고 있다. 따라서, 이 논문에서는 다양한 유전체 및 단백질 정보를 관리.공유하기 위해 이질적인 포맷간의 맵핑 과정을 통하여 BSML(Bioinformatic Sequence Markup Language) 형태로 변환하고, 이를 객체관계형 데이터베이스(Object Relational DataBase)에 저장하는 시스템을 개발하였다. 그리고, 개발된 시스템은 생물정보 데이터의 표준화를 위해 개발된 XML(Extend Markup Language) 기반의 BSML을 이용함으로써 효율적으로 생물학 데이터들 간의 정보를 공유할 수 있으며, 개인 생물학 데이터베이스 구축이나 다양한 생물학적 데이터를 통합 관리하는 시스템에서 유용하게 쓰일 수 있다.