• Journal of Korean Society of Coastal and Ocean Engineers
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• v.26 no.4
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• pp.217-224
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• 2014

Cochlodinium polykrikoides is a typical harmful algal species which generates the red-tide in the coastal zone, southern Korea. Accurate algal growth model can be established and then the prediction of the red-tide occurrence using this model is possible if the information on the optimal growth model parameters are available because it is directly related between the red-tide occurrence and the rapid algal bloom. However, the limitation factors on the algal growth, such as light intensity, water temperature, salinity, and nutrient concentrations, are so diverse and also the limitation function types are diverse. Thus, the study on the algal growth model development using the available laboratory data set on the growth rate change due to the limitation factors are relatively very poor in the perspective of the model. In this study, the growth model on the C. polykrikoides are developed and suggested as the optimal model which can be used as the element model in the red-tide or ecological models. The optimal parameter estimation and an error analysis are carried out using the available previous research results and data sets. This model can be used for the difference analysis between the lab. condition and in-situ state because it is an optimal model for the lab. condition. The parameter values and ranges also can be used for the model calibration and validation using the in-situ monitoring environmental and algal bloom data sets.

• Proceedings of the Korea Contents Association Conference
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• 2006.11a
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• pp.693-697
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• 2006

Having been speed development of science and technology, every year a huge amount of research results have been produced and national research and development reports have been come to round about 20,000 cases per year. National R&D projects can be a ripple effect on industry, economy and scientific research. Not only papers, patents, fact information, the information on biological diversity but national R&D reports database are constructed, collected and provided by KISTI. This paper will put emphasis on the construction and the collection of national R&D reports and intend to discuss the objective improvement about systematical and institutional problem.

• Proceedings of the Korean Society for Bioinformatics Conference
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• 2006.02a
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• pp.116-123
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• 2006

생물체의 cDNA를 유리기판위에 고밀도로 첨착 시킨 유전자 칩과 정량적인 방법으로 개별 유전자 발현을 진단 가능한 Real- time PCR (실시간 고분자중합연쇄반응 기술) 기법은 첨단 의학분야와 신약개발 및 독성유전체 연구분야에 활발히 도입되고 있는 기술이다. 본 발표의 첫 번째 부분에서는 유전자칩 에서 얻어진 유전자 발현패턴분석에 기반한 바이오마커 선정 및 real time PCR에 의한 확증 관련 기술 과 유전자칩에서 얻어지는 수많은 데이터를 재정렬 및 다양한 분석기법과 display기술을 활용하여 광범위한 화학물질에 대한 독성효과 분석을 가능하게 해주며, 특정 독성물질에 대한 관련유전자 그룹 발견 및 독성영향에 따른 분류방법에 관한 결과를 발표할 것이다. 또한 바이오마커 활용의 하나로 박테리아세포 기반 바이오센서 제작및 세포칩 개발등에 대한 결과도 추가될 것이다. 두 번째 부분에서는 non-model organism(유전체정보가 확보되지 않은 생물체)인 송사리를 이용하여 새로운 2K 유전자칩을 개발하고, 여기서 각종 화학물질에 대하여 얻어진 수많은 유전자칩 분석 데이타를 활용하여 각각의 화학물질이 보여주는 독성효과를 매우 효과적이고 쉽게 이해할 수 있는 display기술을 개발, 적용함으로써 유전자칩 발현에 기반한 화학물질 독성 screening 및 specificity discrimination을 가능케 하는 예가 발표될 것이다. 이 연구에서 개발한 송사리 유전자칩은 간조직의 RNA를 직접 cDNA화 하는 방식을 취하고 있어 전체 송사리의 유전정보를 필요로 하지 않아 비용 및 효율에서 전체 송사리의 유전정보를 얻는 비용과 노력을 취하지 않고 간에서 발생하는 독성학적 영향 및 유전자의 발현정도를 정밀하고 효율적인 방법으로 얻어 낸다. 현재 2000여개의 cDNA유전자중 50%이상의 유전자가 17베타에스트라디올, 페놀, 노닐페놀, 비스페놀, 감마레이조사, 잔류약품중 이보프란, 다이클로펜악, 농약중의 파라???R, 돌연변이 유발물질 중의 이티비알, 금속류중의 카드뮴을 통해 발현양상과 특정 캐미칼별 발현 특이성이 조사되었고, 이들 유전자는 염기서열 분석을 통해 염기서열이 분석되었으며, 미국 NCBI의 유전자 은행과의 비교를 통해 일부유전자는 새로운 유전자로 밝혀지고 있다. 또한 이 발표에서는 소염진통제계열 의약품인 dichlofenac 이 송사리의 각종 조직에 미치는 독성영향을 Real-time PCR을 이용하여 대표적 스트레스 유전자의 발현에 미치는 영향에 대한 분석 예가 발표될 것이다.

• Journal of the Institute of Electronics Engineers of Korea CI
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• v.45 no.4
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• pp.19-26
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• 2008

Gene set enrichment analysis (GSEA) is a computational method to identify statistically significant gene sets showing significant differences between two groups of microarray expression profiles and simultaneously uncover their biological meanings in an elegant way by employing gene annotation databases, such as Cytogenetic Band, KEGG pathways, gene ontology, and etc. For the gone set enrichment analysis, all the genes in a given dataset are first ordered by the signal-to-noise ratio between the groups and then further analyses are proceeded. Despite of its impressive results in several previous studies, however, gene ranking by the signal-to-noise ratio makes it difficult to consider highly up-regulated genes and highly down-regulated genes at the same time as the candidates of significant genes, which possibly reflect certain situations incurred in metabolic and signaling pathways. To deal with this problem, in this article, we investigate the gene set enrichment analysis method with Fisher criterion for gene ranking and also evaluate its effects in Leukemia related pathway analyses.

• Journal of agriculture & life science
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• v.52 no.6
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• pp.49-60
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• 2018

Here, we reported 159 varieties of major cultivars using grapevine genetic resources to identify the resistant grape ripe rot cultivars. To do this, we performed pathogenicity assays from these grape cultivars by inoculating Colletotrichum acutatum and Colletotrichum gloeosporioides. Genotyping-by-sequencing(GBS) method was also used to compare genetic diversity among grape varieties. As a result, leaves inoculated with C. acutatum showed that 58 cultivars were susceptible, while 17 cultivars were resistant. In the case of C. gloeosporioides, 34 cultivars were found to be susceptible, while 25 cultivars were resistant. The 8 cultivars that showed resistance to both species were 'Agawan', 'Huangguan', 'Xiangfei', and 5 other cultivars from the hybrids of European and American species. Most of the varieties such as 'Emerald Seedless', 'Tano Red', and 'Rem 46-77(Aestivalis GVIT 0970)' originated in European species were identified as susceptible. These results can be used in the effective management of grape disease. In addition, these findings provide information for the development and cultivation of resistant to grape ripe rot disease cultivars.

• Korean Journal of Plant Taxonomy
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• v.49 no.3
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• pp.240-252
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• 2019

Many of the historic plant specimens collected on the Korean Peninsula in the early twentieth century were lost during the Korean War, though some of them were deposited in the herbarium of Tokyo University (TI) and thus remained unharmed. Data on historic Korean plant specimens at TI are very important given the lack of current data on North Korean plants. Moreover a number of unidentified Korean historic specimens are present at TI. We carried out an identification process and created a list of plants in a newly found collection held by Dr. Ikuma Yoichiro, a Japanese entomologist. He traveled from Cheongjin to Hyesanjin via Baekdu-san (Mt.) in August of 1913 and collected 240 species. We also secured one duplicate set.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2004.10b
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• pp.259-261
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• 2004

최근 이슈가 되고 있는 시스템 생물학(Systems Biology)은 생물학적인 이론과 컴퓨터의 계산적인 모델링 그리고 실험의 상호 의존적인 통합으로써 특징 지워진다. 그 중 컴퓨터의 계산적인 모델링에 대한 연구가 무엇보다 중요한 비중을 차지하고 있다. 하지만 계산적인 모델링에서 여러 자원을 통합하기 위한 공통의 기반 구조나 표준에 대한 연구는 미흡한 실정이다. 이러한 문제점을 해결하기 위해 KML 기반의 형식을 갖춘 SBML(Systems Biology Markup Language)이 시스템 생물학의 표준으로 개발되어 연구 중에 있다. 현재 시스템 생물학 분야에서 개발중인 시뮬레이션과 데이터 분석을 위한 다양한 응용 어플리케이션이 이미 SBML 문서를 지원하고 있다. 본 연구에서는 시스템 생물학 분야에서 SBML 표준에 대한 중요성을 인식하여, 객체지향 바이오 데이터베이스로부터 질의 결과를 SBML 문서로 변환하고, 반대로 외부의 SBML 문서를 객체지향 데이터베이스에 저장하는 변환기를 제안하며, 데이터를 검색하고 저장하는데 발생하는 중복이나 동의어 관계의 모호성을 줄이고 정확성을 높이기 위한 방안으로 온톨로지 기법을 적용한다.

• The KIPS Transactions:PartB
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• v.14B no.6
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• pp.461-472
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• 2007

The emphasis in genome projects has Been moving towards the sequence analysis in order to extract biological "meaning"(e.g., evolutionary history of particular molecules or their functions) from the sequence. Especially. palindromic or direct repeats that appear in a sequence have a biophysical meaning and the problem is to recognize interesting patterns and configurations of words(strings of characters) over complementary alphabets. In this paper, we propose an algorithm to identify variable length palindromic pairs(longer than a threshold), where we can allow gaps(distance between words). The algorithm is called palindrome algorithm(PA) and has O(N) time complexity. A palindromic pair consists of a hairpin structure. By composing collected palindromic pairs we build n-pair palindromic patterns. In addition, we dot some of the longest pairs in a circle to represent the structure of a DNA sequence. We run the algorithm over several selected genomes and the results of E.coli K12 are presented. There existed very long palindromic pair patterns in the genomes, which hardly occur in a random sequence.

• Proceedings of the Plant Resources Society of Korea Conference
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• 2022.09a
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• pp.40-40
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• 2022

북한식물은 남한이 아닌, 북한 또는 이북지역에 자생하는 식물이며 DMZ자생식물원은 국내 유일의 북한식물 연구센터로서 한반도의 생물다양성 자료구축, 보전, 활용에 관한 연구를 수행하고 있다. 동아시아의 생태계를 이해하고 통일 이후의 황폐화된 북한의 식생 복원 기반 구축 및 산업화 소재 발굴을 위해 북한식물에 관한 체계적인 자료정리와 북한식물 유전자원(표본, 생체, 종자) 수집전략이 요구된다. 본 연구는 국내·외 수목원 및 관련기관의 북한식물 유전자원에 대한 보유 현황을 파악하기 위하여 수행되었다. 조선식물지 등 북한식물 종에 관한 문헌과 전문가 검토를 거쳐 북한식물 DB를 구축하였다. 국내·외 수목원 DB에 북한식물 학명을 검색하여 각 수목원의 북한식물 유전자원 보유 현황을 확인하였다. 북한식물 480 분류군에 대하여 국내 14개 수목원을 포함한 전 세계 6개 대륙, 42개국, 283곳의 수목원을 탐색한 결과 총 432 분류군에 대한 보유 현황을 파악하였다. 189 분류군에 대한 1,475 점의 표본정보를 확보하였으며, 327 분류군에 대한 3,652 건의 생체 및 종자 보유 여부를 확인하였다. 본 연구를 바탕으로 북한식물 유전자원을 체계적으로 수집하여 향후 한반도 생물다양성의 이해를 증진시키고 북한지역 생태계의 보전 및 복원에 기여할 수 있을 것이라 생각한다.

• Journal of the Korean Geographical Society
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• v.47 no.2
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• pp.193-207
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• 2012

This study discussed characteristics of Shindu Coastal Dune as habitat, and relationship between geodiversity and biodiversity. It was identified spatio-temporal variation of incoming nutrients depended on geomorphic differences of foredunes. The main incoming path of nutrients into coastal dune was considered as influx with movement of wind blown sands from the beach and tidal f lat. Concentrations of Na, Mg, K, Ca, and P in blown sands were compared. Concentrations of Na, Mg, and K showed high and irregular pattern in favorable condition of influx of blown sand. So these nutrients were related with geomorphic characteristics of foredunes. However, Na was also influenced by other factor such as salt spray. P was independent from effects of sea water and blown sands. In the case of Ca, a large coastal dune system rather than localized forms of foredunes made differences in the variation. Due to differences in spatio-temporal variation of nutrients, patterns of major vegetation could be inferred to appear differently. This study shows geomorphic dynamics of coastal dunes as habitat, and will provide information for coastal dune management and for understanding biological distribution and growth pattern in coastal dune.