• 한국어류학회지
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• 제29권3호
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• pp.157-164
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• 2017

2015년 겨울, 우리나라 남해안 소재 육상 양식장에서 사육 중이던 능성어의 약 30%가 폐사하였다. 수온 $9{\sim}12^{\circ}C$의 겨울철에 발생한 능성어 폐사는 신경괴사성바이러스 (NNV) 감염에 의한 바이러스성뇌망망증 (VER)으로 밝혀졌다. 시험어는 비정상적인 유영, 배를 위로한 채 수면을 떠 다니는 현상, 체색흑화, 안구백탁 및 부레의 과도한 팽창 소견을 보였다. 원인 바이러스는 일반적으로 고수온기 능성어에 감염되는 RGNNV genotype이 아닌, 냉수성 어류에서 분리되는 BFNNV genotype으로 밝혀졌으며, NNV 가장 근연관계가 높은 Pacific cod betanodavirus (PCNNV)와 99.7~100% 상동성을 보였다. 병리조직학적 관찰 결과, 바이러스성뇌망망증 (VER)의 특징적인 병변인 뇌조직의 공포화 및 괴사를 수반하였다. 이 연구는 수온 $12^{\circ}C$ 이하의 겨울철에 능성어에 감염된 BFNNV genotype에 대한 첫 보고이다.

• 미생물학회지
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• 제34권1_2호
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• pp.64-68
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• 1998

한국에서 분리된 전염성 조혈괴저바이러스(infectious hematopoietic necrosis virus, IHNV)인 IHNV-PRT의 특성을 규명하기 위하여 IHNV-PRT의 matrix 단백질인 M1 및 M2를 암호화하고 있는 cDNA를 클로닝하여 이들의 염기서열을 분석하였다. M1은 693 bp 크기의 open reading frame을 포함하였으며 이로부터 230개의 아미노산으로 구성된 25.9 kDa의 분자량을 가진 단백질이 합성될 수 있다. M2는 588 bp 크기의 open reading frame을 지니고 있으며 195개의 아미노산으로 구성된 21.9 kDa의 분자량을 지닌 단백질이 합성될 수 있다. IHNV-PRT의 M1과 M2의 아미노산 서열을 외국에서 분리된 IHNV들과 비교 분석한 결과 M1은 92-93%, M2는 97%의 상동성을 보였다. 이러한 사실은 IHNV의 M 단백질 유전자들은 IHNV의 strain에 관계없이 매우 보존되어 있음을 나타내준다.

• 환경생물
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• 제30권3호
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• pp.164-172
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• 2012

우리나라 최대 담수호인 소양호에 존재하는 미생물 중 Flavobacterium을 분리하여 그 특징을 조사하였다. 그 중에서 97%와 98% 사이의 상동성을 지니는 Flavobacterium을 대상으로 21종을 선택하였으며, 그 균주들의 생리학적, 생태학적 위치를 살펴보았다. 그 결과, 소양호에 존재하는 21종의 분리된 Flavobacterium은 4개의 주된 node에 위치하였으며, 그 중에서 대부분이 하나의 group에 속하여 있었다. 각 Flavoacterium 21종의 생리적인 특징은 기존의 보고된 Flavoacterium들과는 서로 다른 특징을 지니지만, total fatty acid의 분석결과 iso $C_{15:0}$과 summed feature 3 (comprised $C_{16:1}$ ${\omega}7c$ and/or $C_{16:1}$ ${\omega}6c$)가 주요 성분으로 전형적인 Flavobacterium의 특징을 지닌 것으로 나타났다. 따라서 소양호내에는 유전적 유연관계가 있는 아변종의 Flavobacterium이 존재하며, 기존에 알려진 종들과는 다른 형질을 가지고 있는 것으로 보아 소양호 생태계의 생물 종 다양성이 유지되고 있는 것으로 판단된다.

• 한국균학회지
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• 제27권1호통권88호
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• pp.27-31
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• 1999

먹물버섯속(Coprinus spp.)의 분자 생물학적 분류 가능성을 모색하기 위해 rDNA의 cluster중 ITS II영역을 PCR 증폭하여 염기서열을 밝혔다. 이들의 ITS II 영역은 $253{\sim}275$ 염기쌍으로 이루어져 있었으며 균주간 ITS II염기서열의 유사도는 $50.3{\sim}100%$로 나타났다. 이들의 염기서열을 이용해 분류도를 작성한 결과, Singer의 형태적 분류체계와 거의 유사한 결과를 보였으나 이들 그룹의 기준종(type species)인 C. comatus는 기타 종들과의 유사도에서 50% 수준의 저조한 상동성을 보여 주었다. 이와 같은 결과로 볼 때 이 종은 기존의 다수 학자들이 보고한 단일 계통진화를 해온 속이란 점에서는 다소 의문점을 남기었고, ITS II 영역은 종내 변이는 없는 것으로 보여지며 종내의 균주간의 변이가 밝혀진 그룹에 대해서는 종에 대한 재검토가 필요하다고 본다.

• 대한한방내과학회지
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• 제31권3호
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• pp.467-476
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• 2010

Object : The purpose of this study was to investigate the correlation of atherosclerosis risk factors and pulse wave velocity (PWV) of carotid-femoral artery with Sasang constitution. This study also aimed to investigate the relationship between PWV and risk factors of atherosclerosis, including serum cholesterol and homosisteine, hs-CRP. Methods : We enrolled 160 patients without experience strokes who visited our hospital for a medical examination from January 1, 2008 to April 30, 2010 except patients whose body constitutions were undetermined according to QSCCII. We investigated the correlation between serum cholesterol values, blood pressure, body mass index(BMI), homosistein, hs-CRP and PWV. Pearson's correlation and partial correlation analysis were applied to examine the relationship between PWV and risk factors of atherosclerosis. Result : Among the 160 subjects, 54 were Taeumin, 54 were Soyangin, and 52 were Soeumin. The prevalences of high BMI (P-value <0.01), high hs-CRP(P-value <0.05), and high PWV(P-value <0.05) of Taeumin were higher than those of the other constitutions. PWV of carotid-femoral artery was significantly different among the three constitutional groups(Taeumin: $8.12{\pm}1.64m/sec$, Soyangin: $7.48{\pm}1.16m/sec$, Soeumin: $7.49{\pm}1.12m/sec$)(P-value <0.05). This research has show a statistical significance between the average amount of carotid-femoral artery PWV that is higher in Taeumin. Age factor of Taeumin was the effective determinant of the increase of mean PWV of carotid-femoral arteries. Conclusions : There were significant differences in the prevalence of atherosclerosis according to Sasang constitution. This study showed that atherosclerosis was more prevalent in Taeumin. Therefore, according to our results, risk of atherosclerosis was higher in Taeumin than among other constitutions.

• 한국정보과학회논문지:소프트웨어및응용
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• 제37권2호
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• pp.104-109
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• 2010

조명반사 문제는 영상 분석에서 흔히 존재하는 문제점이며, 영상 분석에서 필요로 하는 주요 특징들을 검출하는 데 많은 어려움을 야기한다. 특히 이러한 문제점은 야간이나 우천 시에 더욱 두드러지는 것으로 알려졌다. 본 논문에서는 조명 반사에 의해 특징 분석이 어려운 영역에서 조명 반사를 제거하거나 반사되지 않은 상태로 복원하는 것을 목표로 한다. 본 논문에서는 다중 영상에서 획득된 다중 기하정보를 이용한 3차원 공간 분석과 기하학적 접근을 시도한다. 이러한 방법들에서 얻어진 정보들을 바탕으로 조명 반사가 이루어지는 영상들을 조합하여 조명 반사를 제거하는 방법을 제안한다. 조명 반사 영역을 제거하기 위하여 영상 내에서 조명 및 반사영역을 수직 히스토그램의 국부 최대값을 이용하여 추출한다. 이 후, 각 영상 내에서 도로 표면에 해당하는 영역을 추출하기 위해서 필요한 기본 행렬과 상동 관계 행렬을 다중 영상들의 대응점들을 분석하여 계산한다. 이렇게 얻어진 각 영상들의 도로표면을 기준 영상에 배치하여, 양쪽 영상에서 조명 반사가 상대적으로 적은 영역을 선택하는 방법을 취한다. 이러한 과정에 의하여 중복되지 않는 도로표면의 반사는 효과적으로 감소되었으며 도로가 가지고 있는 고유한 정보 또한 손실되지 않았다. 수집된 데이터를 이용하여 실험한 결과는 계산 속도에 비하여 뛰어난 성능을 보여주었으나 기하학적 공통 영역 부분의 복원은 상대적으로 부족한 것으로 판단되었다.

• 한국산학기술학회논문지
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• 제12권1호
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• pp.312-317
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• 2011

캡사이신 채널로 알려진 바닐로이드 수용체 TRPV1 (캡사이신채널, Transient Receptor Potential Vanilloid 1)은 통증발현에서 중요한 역할을 하는 것으로 알려져 있다. 하지만 TRPV1의 활성조절에 관여하는 단백질에 대하여는 알려진 바가 많지 않다. 최근 rat TRPV1과 직접적으로 결합하는 단백질을 탐색하여 mouse Rab11-FIP3 (rab11-family interaction protein 3)가 rat TRPV1과 직접적으로 결합한다는 것이 보고되었다. Rab11은 여러 가지의 세포내 이동에 관여하는 것으로 보고되었다. 그러므로 Rab11-FIP3과의 결합을 통해 TRPV1의 세포막으로의 이동에 관여할 것으로 추측할 수 있다. 본 연구에서는 전에 보고된 연구가 mouse와 rat 이라는 다른 종의 단백질끼리의 결합이기 때문에 같은 종에서의 상호작용을 확인하고 Rab11-FIP3의 TRPV1의 세포막으로의 이동에서의 역할을 알아보고자 현재까지 동정되지 않은 rat의 Rab11-FIP3의 유전자를 GenBank 서열을 바탕으로 rat 뇌의 RNA 로부터 cDNA 를 클로닝하여 유전자를 분리하고 TRPV1 과의 관계를 세포생물학적으로 알아보았다. 연구결과 rat의 Rab11-FIP3는 489개의 아미노산 서열을 가지고 있으며 human과는 80%, mouse와는 90% 이상 아미노산 서열의 상동성을 보였다. 조직별 분포는 심장, 뇌, 간, 콩팥, 정소에서 발현되고 있는 것을 northern blot assay와 western blot assay 로 확인하였다. rat 의 뇌조직에서 TRPV1 과 Rab11-FIP3 단백질이 결합하여 colocalize 하는 것을 면역화학방법으로 확인하였다. 이 결합은 같은 family 의 TRPV2 와는 결합하지 않는 특이적 결합이므로 Rab11-FIP3 가 TRPV1 과 상호작용하여 세포막으로의 이동에 관여할 것이라는 것을 시사한다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제45권2호
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• pp.168-177
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• 2017

Strain A28-5는대한민국 제주도 연안의 해수샘플로부터 고체배지내 xylan과 agar를 분해하는 균주로 분리되었다. Strain A28-5는그람 음성균으로 한 개의 polar flagella로 운동성을 갖는 $Na^+$ 이온 요구성 균주로 분석되었다. 또한 ampilcillin과 thiostreptone 등의 항생제에 내성을 보였다. Genome 내 G+C content는 43.96%이고, Menaquinone-7 (MK-7)을 predominant quinone으로 함유하고 있었다. Strain A28-5의 세포벽을 구성하는 주요 지방산은 $C_{16:1}$ ${\omega}7c/iso-C_{15:0}$ 2-OH (23.32%), $C_{16:0}$ (21.83%), $C_{18:1}$ ${\omega}7c$ (17.98%)였다. strain A28-5의 16S rRNA gene sequence는 Catenovulum agarivorans YM01와 가장 높은 상동성(98.94%)을 보였으며, Neighbor-Joining phylogenetic tree 제작을 통해서 Catenovulum agarivorans YM01와 가장 높은 근연관계를 보이는 것을 증명하였다. Catenovulum agarivorans YM01과의 DNA-DNA hybridization 분석을 통하여 A28-5을 Catenovulum 속의 신종으로 분류하여Catenovulum jejuensis A28-5로 명명하였다. 이 균주의 액체배양으로부터 준비된 두 종류의 조효소를 이용한 xylan 또는 agarose와의 효소반응액을 Thin layer chromatography로 분석하여 각각 tetramer와 hexamer의 xylooligosaccharides와 (neo)agarooligosacchardes가 생산되는 것을 확인하였다.

• 미생물학회지
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• 제41권2호
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• pp.105-111
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• 2005

다양한 균주들을 대상으로 무작위로 신물질을 스크리닝하는 방법은 많은 노력과 시간이 소요되는 방법이며, 신물질을 발견하는 비율도 계속 낮아지고 있다. 따라서 기존 균주들을 대상으로 microarray 기술을 이용한 target-directed screening기술의 개발은, 학문적 뿐만 아니라 산업적으로도 중요한 의미를 가진다. 본 연구에서는, 이미 분리된 방선균각각의 유전체를 대상으로 microarray 분석을 통해, 새로운 생리활성 물질 생산균주 및 생합성 유전자를 확보할 수 있는 기법을 개발하기 위한 기초실험을 수행하였다. 즉, 기존에 알려진 생리활성물질 생합성 유전자들을 확보하여 DNA chip을 제조하였으며, 유전체 염기서열이 밝혀진 S. coelicolor 균주를 대상으로 그 효율성을 검증하였다. 전체적으로 유전자 상동성이 높을수록 반응감도도 높은 편이었으나, 이러한 상환관계가 일치하지 않는 유전자들도 있었다. 이와 같은 문제는, probe 유전자의 G+C 비율$(\%)$을 서로 비슷하게 구성하거나, 반응조건을 최적화 시킨다면 DNA chip의 효율성을 더욱 높일 수 있을 것으로 판단된다. DNA microarray를 통한 생리활성물질 발굴 연구는 세계적으로도 보고된 바 없는 새로운 접근방법으로서, 본 연구에서 시도하고 있는 방법은 발굴 target과 대상을 지정하고 시도되기 때물에, 효율면에서 무작위 스크리닝과는 비교되지 않을 정도로 높을것으로 예상된다. 또한 본 연구와 같은 접근방법을 최적화 시킨다면, 방선균뿐만 아니라 다른 미생물부터 생리활성물질 및 생합성유전자 스크리닝에도 효과적으로 응용할 수 있을 것이다.

• 한국산림과학회지
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• 제95권4호
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• pp.388-392
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• 2006

국내에 분포하는 리지나뿌리썩음병균(Rhizina undulata)의 생리적 특성 및 유전적 다양성을 밝히기 위하여, 소나무(Pinus densiflora) 및 곰솔(P. thunbergii) 림으로부터 분리한 13종의 리지나뿌리썩음병균 분리주를 공시하여 각 분리주들의 배양 특성 및 RAPD에 의한 유전적 다양성을 분석하였다. P. densiflora 및 P. thunbergii로부터 제조한 수용성 추출물 첨가배지에서의 각 분리주들의 균사생장 특성을 조사한 결과, 각 분리주들의 기주와 분리주들의 기주로 부터 추출한 수용성 추출물 배지에서의 균사생장량 간에는 상관관계를 발견할 수 없었다. 한편, 12종의 random primer를 사용하여 R. undulata 분리주들의 genomic DNA의 random amplified polymorphic DNA(RAPD)에 의한 유전적 다양성을 분석한 결과, 국내 분리주들의 RAPD profile은 모두 동일하였다. 그러나, 국내 분리주들의 RAPD profile과 일본 분리주와는 다소 차이를 나타내었는데 즉, RAPD profile의 phylogenetic tree 분석 결과, 국내 분리주들과 일본분리주와는 88%의 상동성을 나타내었다.