• 제목/요약/키워드: 비유사도

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RAPD를 이용한 자생 민들레 종과 귀화 민들레 종간의 연관계 분석 (Analysis of Genetic Relationship Among Native Taraxacum and Naturalized Taraxacum species using RAPD)

  • 안영희;박대식;정규환
    • 한국환경생태학회지
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    • 제17권2호
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    • pp.169-176
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    • 2003
  • RAPD를 이용하여 국내에 생육하는 4종의 자생 민들레와 2종의 귀화 민들레 종간의 유전적인 유연관계를 분석하였다 Primer Screening을 통해 선발된 30개의 Primer를 이용하여 RAPD를 행한 결과, Polymorphic band 수는 141개로 나타나 민들레 종간의 유전적인 차이 분석이 가능하였다. Primer OPC12, OPD16, OPK16, OPK17, OPK20, OPSI에서는 각 종마다. 특정 밴드가 있는 것으로 조사되었다. 특히 OPS8에서는 564bp에서 귀화종인 서양민들레 종에서만 특이 밴드가 나타났다. RAPD분석결과 자생종과 귀화종 민들레들은 명확히 2군으로 구분되었다. 1군에는 서양민들레. 붉은씨서양민들레 등의 귀화종 그룹이었으며, II군은 민들레, 산민들레, 좀민들레, 횐민들레 등의 자생종 민들레 그룹으로 나뉘어졌다. Bootstrap 방법으로 6종의 유연관계를 분석한 결과도 비유사계수를 통한 방법으로 분석한 결과와 매우 유사하였다 우리 나라에서 자생하는 민들레속 6종의 주요형질을 조사한 결과 I군에 속하는 민들레류는 II군에 속한 종들에 비해 개화일수가 길고, 외총포편의 방향이 다르며 털의 유무 또한 다른 특징이 있었다. ll군에 속하는 횐민들레는 다른 민들레종과는 화색에서 확연한 차이를 보였으며 자생종들 속에서도 잎의 방향과 발아의 생리적 특성 등 유전적으로 여러 다른 점이 복합적으로 작용함으로서 II군내에서도 유전적 거리가 가장 먼 것으로 나타났다.

AFLP에 의한 한국산 새우난초속 식물과 그의 수종 돌연변이에 대한 분류학적 연구 (Taxonomy of Korean Calanthe species and few of its mutants based on AFLP data)

  • 스리칸스;구자춘;구자정;최경;박광우;소순구;최용국;황성수
    • 식물분류학회지
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    • 제42권3호
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    • pp.215-221
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    • 2012
  • 5개의 한국산 새우난초류 즉 새우난초, 한라새우난초, 금새우난초, 여름새우난초, 신한새우난초의 분류학적 및 유전적 유연관계가 증폭길이다형성(AFLP) 자료를 근거로 조사되었다. 위의 5개 분류군 및 노란색에 흰 설엽을 갖는 몇몇 돌엽변이체 등 16 개체가 연구에 사용되었다. AFLP를 통해서 50개의 분자마커가 동정되었다. 다변량분석의 결과는 유전적 다양성이 종내에서 보다 종간에 크게 나타났다. 유전적 비유사성은 다른 분류군에 비해서 YW 돌연변이체들 간에 가장 낮았고, 여름새우난초 개체들 간에 가장 높았다. 돌연변이체들은 주된 유집군의 밖에 유집되었다. 한라새우난초는 새우난초와 먼저 유집되어 유전적 구성이 다른 종보다 새우난초에 더 가까운 것으로 판단된다. 비록 한라새우난초가 새우난초와 금새우난초의 자연잡종에 의해 기원되었다고 하여도 분자 마커, 유집분석 그리고 비유사도 자료를 통해서 유전자이입이 새우난초 쪽으로 이루어진 것으로 판단된다. 결론적으로 한국산 새우난초류는 유전적 다양성이 있고, 한라새우난초는 새우난초 쪽으로 유전자이입이 있으며, YW 돌연변이체들은 유전적으로 금새우난초에 보다 가깝다.

팽이버섯의 유전적 변이 (Genetic Variation in Flammulina velutipes)

  • 김종봉;정자인
    • 생명과학회지
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    • 제21권10호
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    • pp.1434-1442
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    • 2011
  • ITS 염기서열과 RAPD를 이용하여 F. velutipes 29개의 팽이버섯 품종 간의 유전적 변이를 분석하였다. ITS 부위에서 720 bp의 염기서열을 확인 하였으나 29개의 팽이품종간에 유의적인 차이가 없었다. RAPD 분석 결과 40개의 random primer 중 다형성을 나타내는 primer는 16개였으며, 그 중 뚜렸한 다형성을 띄는 primer는 OPA-2,4,3,9,10,20 이었다. 이들 29개 품종에서 primer에 의해 증폭된 밴드는 모두 3,030개 였으며, DNA 단편의 크기는 200~2,000 bp 사이에 위치하였다. 또한 3,030개의 scrabble RAPD band들을 marker로 하여 Nei-Li's의 방법을 이용한 비유사도 지수행렬을 조사한 결과 전체 29개 품종의 종내 유전적 변이는 3.3~45%였고, 특히 한국 야생팽이의 종내 유전적 변이도는 17~38.6%로 품종 간 다형성을 확인하였다. RAPD 변이에 기초하여 neighbor-joining tree (NJ) 분석에서는 5개의 cluster로 구분되었으며, 각각의 cluster는 품종, 지역 적 특성을 나타내었다. 본 연구 결과 RAPD와 실험을 통해 확인된 OPA, OPB primer의 경우 미확인 팽이품종들을 검색 하는데 분자 유전적 표지 maker로써 이용 할 수 있는 것으로 생각된다.

GMM-UBM 기반 KL 거리를 활용한 화자변화 검증에 대한 연구 (The Study on the Verification of Speaker Change using GMM-UBM based KL distance)

  • 조준범;이지은;이경록
    • 중소기업융합학회논문지
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    • 제6권4호
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    • pp.71-77
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    • 2016
  • 본 논문에서는 기존의 BIC(Bayesian Information Criterion) 기반 화자변화의 성능 향상을 위하여 GMM-UBM(Gaussian Mixture Model-Universal Background Model) 기반 KL(Kullback Leibler) 거리를 활용한 화자변화 검증을 제안하였다. 정보량의 차이에 민감한 기존의 BIC 기반 화자변화검출 알고리즘을 상대적으로 정보량 차이에 견인한 KL 거리 알고리즘으로 검증하였고, 정보량의 비대칭을 보상하기 위해서 GMM-UBM을 활용하였다. 기존의 BIC 기반 화자변화 검출은 1단계로 비유사도 d가 양수인 구간의 국소 최댓값인 지점을 화자변화 후보지점으로 검출하였고, 2단계로 검출된 화자변화 후보지점 중 ${\Delta}BIC$가 양수인 지점을 화자변화지점으로 결정하였다. 본 논문에서는 BIC 기반 화자변화 검출에 의해 결정된 화자변화지점에 대하여 GMM-UBM 기반 KL 거리 D가 문턱치(threshold)보다 높은 지점을 최종 화자변화 지점으로 검증하였다. 실험결과, MDR(Missed Detection Rate)이 0인 조건에서 문턱치 0.028일 때 FAR(False Alarm Rate) 60.4%로 성능이 향상되었다.

북한강 하류 지류에서의 저서 대형무척추동물의 계절적 군집구조 (Temporal Changes of Community Structure of Benthic Macroinvertebrates in the North Branch of Han River System, Korea)

  • Chung, Pyung-Rim;Aw, Sung-Joon;Kim, Jae-Jin;Younghun Jung;Park, Jun-Kil
    • 환경생물
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    • 제17권2호
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    • pp.159-168
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    • 1999
  • 본 연구는 북한강 수계에 연계되어 있는 사기막천(비오염 지점), 조종천(중등도오염 지점), 마석천(오염 지점)을 대상으로(7개 지점)저서 대형무척추동물을 1993년 1년간 채집, 분류하고, 우점 지수, 종다양성 지수, 유사도 지수 및 풍부도 지수치를 월별로 비교하여 각 지점에서의 수질을 생물학적 또는 생태학적 기준에 따라 평가하고자 하였다. 사기막천의 1지점에서는 Epeorus pellucidus, Uracanthella rufa 및 Drunella aculea와 같은 하루살이류가 우점하였고, 조종천의 경우, 상류인 2지점에서는 특별한 우점종없이 다양한 종들이 출현하였으며, 중류인 3지점에서는 하루살이류만이, 하류인 4지점에서는 Uracanthella rufa가 우점하였다. 마석천 상류인 5지점에서는 갑각류인 Gammarus spp.가, 중, 하류인 6, 7지점에서는 실지렁이류인 Limnodrilus socialis 및 Chironomus spp.가 절대 우점 하였다. 사기 막천의 1지점과 조종천의 3지점에서는 종다양성 지수가 3.11-3.93의 범위를 보여 oligosaprobic 오염등급에 속하였다. 마석천의 7지점에서는 평균 종다양성 지수가 1.23으로 $\alpha$-mesosaprobic 오염등급에 속하였다. 유사도 지수 및 풍부도 지수는 각 조사지점에서 종다양성지수와 같은 유형으로 나타났다. 비유사도 지수치를 상호 비교하여 그린 dendrogram의 유형을 보면, 7개 조사지점에서 1, 2, 3, 4지점, 6, 7지점 및 5지점의 3group으로 구분할 수 있었다.

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공공 다중CCTV 기반에서 재식별 기술을 활용한 특정대상 탐지 및 추적기법 구현 (Implementation of Specific Target Detection and Tracking Technique using Re-identification Technology based on public Multi-CCTV)

  • 황주성;뉴엔탄하이;강수경;김영규;김주용;정명석;이주연
    • 한국인터넷방송통신학회논문지
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    • 제22권4호
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    • pp.49-57
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    • 2022
  • 정부에서는 전국에 설치된 공공 CCTV를 이용하여 실종아동 등 범죄 예방을 위하여 많은 노력을 하고 있다. 하지만, 운용인력의 부족과 장시간 집중에 따른 집중력 약화 그리고 추적의 어려움 등이 나타나고 있다. 또한, 딥러닝 알고리즘을 통하여 실시간 객체 탐색 및 재인식 그리고 추적을 적용하는 것은 복잡한 신경망 분석의 사유로 파라미터가 증가하고 속도감소 메모리 부족이라는 현상을 나타냈다. 본 논문에서는 실시간 객체 인식이 가능한 Yolo의 적용과 Batch 및 TensorRT 기술 적용을 통하여 신경망을 경량화를 통하여 속도 개선 및 메모리 절약이 가능하도록 설계하였다. 이 논문에서는 이러한 발전된 알고리즘의 연구를 바탕으로 K-reciprocal nearest neighbor 알고리즘, Jaccard distance 비유사도 측정 알고리즘, 산출물 알고리즘 등을 개발하여 공공 CCTV 식별추적시스템 구축을 제시하였다. 그 결과, 비교분석을 통한 알고리즘 조합을 통해 공공 다중CCTV환경에서 실시간으로 객체를 인식하고 재식별하여 객체를 추적할 수 있는 한국형 공공 추적시스템을 제안하였다.

낮은 C/N비 하수의 외부 탄소원 주입에 따른 생물학적 질소제거에서 미생물 군집 구조특성 (The Characteristics of Microbial Population Community Structure by an Addition of External Carbon Source in BNR Process for Low C/N Ratio Sewage Treatment)

  • 윤조희
    • 대한환경공학회지
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    • 제30권8호
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    • pp.831-838
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    • 2008
  • 본 연구는 호기조에 유동상 접촉여재를 충전한 실험실 규모의 A$_2$O 공법을 이용하여 낮은 C/N비(COD$_{Cr}$/T-N = 1.24) 하수처리시에 외부 탄소원 주입량 여부에 따른 탈질 및 미생물 군집구조 변화특성을 검토하였다. 미생물 군집구조 특성 분석은 퀴논분석을 이용하여 수행하였다. 실험으로부터 얻어진 결론은 다음과 같다. C/N비가 낮은 유입하수의 미생물 군집특성은 유비퀴논(UQ) 동족체 비율이 UQ-8 > UQ-10 > UQ-9 > 기타의 순으로 감소하고 메나퀴논(MK) 동족체는 UQ 동족체에 비해 존재비(f)가 적고 단순하였다. MK/UQ비는 0.41 이하, 비유사도(D)는 0.26 이하이었다. 외부탄소원 미주입 경우, 각 공정에서의 미생물 군집 특성은 혐기조에서는 퀴논종이 3종으로 MK-8이 우점이고 DQ와 EQ값이 작았다. 무산소조에서는 UQ/MK비가 2.3으로 호기성 미생물의 존재비가 높았다. 호기조에서는 부유성인 경우 우점퀴논이 UQ-7이며, 접촉여재 부착성인 경우 우점 퀴논이 UQ-8이었다. 외부탄소원을 주입한 경우, 미생물 군집 구조특성은 미주입시보다 혐기조에서 MK-8 비가 감소하고 UQ-8비, 퀴논종수, DQ값과 EQ값는 증가하였다. 외부탄소원 주입시 탈질향상은 주로 무산소조에서 일어났으며 UQ/MK비가 2.3에서 1.4으로 감소하였다. 이는 주로 UQ-8의 감소와 MK-7 및 MK-8의 증가에 의한 요인으로 미생물군집구조가 Pseudomonas sp.에서 Bacillus 및 Micrococcus sp. 같은 종의 구조로 변화함을 의미한다. 호기조에서 부유성인 경우 우점퀴논이 UQ-7에서 UQ-8으로, 부착성인 경우 UQ-8에서 UQ-10으로 변하였는데 이는 부유성에서 Nitrosomonas가 부착성에서 Nitrobactor의 존재비가 증가하였음을 의미한다.

언어네트워크분석을 활용한 한국농수산대학 신입생 자기소개서 분석 - TF-IDF 분석을 기초로 - (Analyzing Self-Introduction Letter of Freshmen at Korea National College of Agricultural and Fisheries by Using Semantic Network Analysis : Based on TF-IDF Analysis)

  • 주진수;이소영;김종숙;김승희;박노복
    • 현장농수산연구지
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    • 제23권1호
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    • pp.89-104
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    • 2021
  • 비정형 데이터인 한국농수산대학 신입생 자기소개서에서 의미 있는 정보를 추출하기 위하여 핵심적인 역할을 하는 단어의 중요도를 평가하는 TF-IDF 가중치를 기초로 한 언어네트워크분석을 하였다. TF-IDF 가중치에 의한 핵심단어는 문항 1에서는 '농업', '수학', '공부', '문제', '친구', 문항 2에서는 '동아리', '식물', '친구', '농업', '작물', 문항 3에서는 '친구', '동아리', '의견', '갈등', '관리', 문항 4에서는 '버섯', '곤충', '아버지', '농업', '농장' 등으로 나타났다. 또한 빈도수는 낮은 단어이지만 핵심단어로 나타난 단어를 보면 문항 1에서는 '수학', '자격증', '성적', '영어', '과학', 문항 2에서는 '식물', '작물', '공부', '쓰레기', '발표', '실험', 문항 3에서는 '동아리', '청소', '봉사', '갈등', '봉사활동', 문항 4에서는 '버섯', '곤충', '양식', '한우', '조경' 등으로 나타났다. 단어들 간의 관계를 시각적으로 분석이 가능한 언어네트워크분석 결과 매개중심성이 높은 단어는 문항 1에서는 '이유', '고등학교', '재학', 문항 2에서는 '쓰레기', '고등학교', '학교', 문항 3에서는 '중요', '오해', '완성', 문항 4에서는 '가공', '사료', '농가'로 나타났다. 연결정도중심성은 문항 1에서는 '고등학교', '탐구', '성적', 문항 2에서는 '쓰레기', '정리', '수업시간', 문항 3에서는 '의견', '회의', '봉사활동', 문항 4에서는 '가공', '공간', '실습'으로 나타났다. 매개중심성 값이 클수록 네트워크의 중앙에 위치하고, 두 범주 사이의 관계가 강할수록 서로 근거리에 위치한다. 연결정도중심성이 클수록 노드의 크기가 크게 나타나며, 노드 연결선은 단어들의 동시 출현 빈도가 높을수록 edge가 굵게 나타났다. 동시 출현 빈도가 높은 즉 상관관계가 높은 단어 조합은 '자격증 - 취득', '문제 - 해결', '과학 - 생명', '오해 - 양보' 등으로 나타났다. 단어 기반의 계층적 클러스터링 기법에 의하여 단어 간 인접, 상호 관계를 계층적으로 나타낸 클러스터 덴드로그램으로 군집의 개수를 결정하였다. 단어들의 군집 간 비유사도의 차이가 큰 군집을 구한 결과 문항 1은 2개, 문항 2와 문항 4는 4개, 문항 3은 5개의 군집으로 분류할 경우 군집내 응집력이 높고, 군집 간 이질성이 큰 적절한 군집을 구할 수 있었다.