• 제목/요약/키워드: 분자 계통분석

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토양으로부터 분리한 Pandoraea sp. BCNU 315 에 관한 연구 (Study on Pandoraea sp. BCNU 315 Isolated from Soil)

  • 김선아;최혜정;우승희;황민정;박미란;김동완;문자영;주우홍
    • 생명과학회지
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    • 제18권2호
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    • pp.255-263
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    • 2008
  • 안산지역의 하천 침전 토양에서 식물병원성진균에 대한 길항능력이 좋은 세균을 분리하였다. 이들 중 한 균주가 Rhizoctonia solani, Botrytis cenerea와 Fusarium oxysporum의 생장을 저해하는 활성을 보였다. 이 균주는 표현 형질과 분자계통학적인 특징에 의거하여 Pandoraea sp.로 동정되었다. 그리고 생육 최적 조건을 검토한 결과 tryptone과 sucrose가 각각 최적 질소원과 탄소원임을 확인할 수 있었으며, 최적 pH와 온도는 각각 pH 7.0 와 $30^{\circ}C$임이 확인되었다. Pandoraea sp. BCNU 315가 생성하는 물질들은 column chromatography로 정제하였고 고속액체크로마토그래피(HPLC), GC-MS 그리고 핵자기공명(NMR) 장치로 구조를 분석하였다. 그 결과 한 화합물은 indole이었으며 또 다른 화합물은 cyclopentadecaheptehe임이 추정되었다. 한편 Pandoraea sp. BCNU 315가 생성하는 6개의 화합물 중 나머지 4개 화합물의 자세한 구조 해석은 추후 연구를 통하여 밝혀져야 할 것이다.

수온변화에 따른 붉바리(Epinephelus akaara)의 heat shock protein (Hsp) 70 mRNA 발현 (Molecular Cloning and Expression Analysis of Red-spotted Grouper, Epinephelus akaara Hsp70)

  • 민병화;허준욱;박형준
    • 생명과학회지
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    • 제28권6호
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    • pp.639-647
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    • 2018
  • 한국의 고급 양식대상 어종인 붉바리(Epinephelus akaara)로부터 새로운 heat shock protein (Hsp) 70을 동정하였다. 붉바리 Hsp70 (RgHsp70)의 cDNA는 RACE (rapid amplification of cDNA ends)법을 사용하였고, RgHsp70 cDNA의 전장은 2,152 bp이고, 5'-terminal untranslated region (UTR)은 105 bp, 3'-terminal UTR은 274 bp, 590개의 아미노산을 암호화하는 open reading frame (ORF)는 1,773 bp였으며, 분자무게(molecular weight)는 64.9 kDa 및 등전위값(isoelectric point, pI)은 5.2였다. 추정되는 아미노산 비교 및 계통발생학적 분석 결과, 다른 어종과 마찬가지로 Hsp70 고유의 signature를 포함하는 것을 비롯하여 높은 유사성을 나타내었으므로 RgHsp70이 Hsp70 family임을 확인할 수 있었다 RgHsp70 mRNA는 간과 두신 조직에서 높은 발현을 보였으며, 48시간 동안 수온별(21, 18, 15 및 $12^{\circ}C$) 노출 후 간 조직에서 대조구인 $21^{\circ}C$보다 $12^{\circ}C$에서 발현이 증가함을 확인하였다. 본 연구에서는, 수온이 하강함에 따라 RgHsp70 mRNA 발현에 주요한 영향을 미치는 것으로 보아, 수온변화에 따른 스트레스로 인해 발현의 변화를 나타내는 주요 스트레스성 단백질임을 확인할 수 있었다.

무 탄저병을 일으키는 Colletotrichum속의 종 동정 및 병원성 (Identification and Pathogenicity of Colletotrichum Species Causing Anthracnose of Korean Radish (Rhaphanus sativus) in Korea)

  • 최효원;김점순;홍성기;이영기
    • 한국균학회지
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    • 제47권4호
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    • pp.393-406
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    • 2019
  • 2017년 8월경, 강원도 홍천군, 정선군, 평창군 소재 무 재배 포장에서 잎자루와 잎의 주맥에 형성된 탄저병 병징이 관찰되었다. 회색 내지 짙은 갈색을 띤 1-2 mm 크기의 점무늬가 아래 잎과 잎의 주맥에 형성되었다. 이러한 점무늬는 점차 확대되고 합쳐지면서 갈색을 띤 불규칙한 병반으로 나타났다. 병든 무 잎에서 10개의 Colletotrichum균을 분리하였다. 분리 균주의 형태적 특성과 internal transcribed spacers and intervening 5.8S rDNA (ITS), partial beta-tubulin gene (TUB2), partial actin gene (ACT) 및 partial chitin synthase-1 gene (CHS-1) 부위를 사용한 다자위 분자 계통 분석(multilocus molecular phylogenetic analysis)에 의해 8개 균주는 Colletotrichum higginsianum, 2개 균주는C. truncatum으로 동정되었다. 무(시래기무, 오사리무)와 배추(품종: 추노, 스마트)를 대상으로 상처와 무상처로 구분하여 포자현탁액을 떨어뜨려서 접종하는 방법을 사용하여 병원성 검정을 수행하였다. 무에서는C. truncatum 1개 균주를 제외하고 상처와 무상처 접종에서 모두 병징을 나타냈고, 배추의 경우는C. higginsianum 접종구에서만 상처의 유무에 관계없이 병이 발생하였다. 국내에는 기존에 C. higginsianum은 무와 배추의 탄저병균으로 보고되었으며, C. truncatum에 의한 무 탄저병의 발생은 본 연구에서 국내 최초로 보고한다.

먹물버섯류(Coprinus spp.)의 ITS II 영역 염기서열에 의한 유연관계 분석 (Genetic Relationships of Coprinus spp. on the Basis of Sequences in ITS II Region)

  • 박동석;고승주;김양섭;석순자;송재경;여윤수;류진창;성재모
    • 한국균학회지
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    • 제27권1호통권88호
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    • pp.27-31
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    • 1999
  • 먹물버섯속(Coprinus spp.)의 분자 생물학적 분류 가능성을 모색하기 위해 rDNA의 cluster중 ITS II영역을 PCR 증폭하여 염기서열을 밝혔다. 이들의 ITS II 영역은 $253{\sim}275$ 염기쌍으로 이루어져 있었으며 균주간 ITS II염기서열의 유사도는 $50.3{\sim}100%$로 나타났다. 이들의 염기서열을 이용해 분류도를 작성한 결과, Singer의 형태적 분류체계와 거의 유사한 결과를 보였으나 이들 그룹의 기준종(type species)인 C. comatus는 기타 종들과의 유사도에서 50% 수준의 저조한 상동성을 보여 주었다. 이와 같은 결과로 볼 때 이 종은 기존의 다수 학자들이 보고한 단일 계통진화를 해온 속이란 점에서는 다소 의문점을 남기었고, ITS II 영역은 종내 변이는 없는 것으로 보여지며 종내의 균주간의 변이가 밝혀진 그룹에 대해서는 종에 대한 재검토가 필요하다고 본다.

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한국산 광의의 고랭이속(사초과)의 분류학적 연구 I. 매자기속, 큰고랭이속, 올챙이골속, 고랭이속, 애기황새풀속의 형태적 특성 (Taxonomic study of Korean Scirpus L. s.l. (Cyperaceae) I. Morphology of Bolboschoenus (Asch.) Palla, Schoenoplectus (Rchb.) Palla, Schoenoplectiella Lye, Scirpus L., and Trichophorum Pers.)

  • 정종덕;최홍근
    • 식물분류학회지
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    • 제41권1호
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    • pp.16-34
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    • 2011
  • 사초과에 속하는 광의의 고랭이속(Scirpus L. s.l.)은 단계통으로 취급되어 왔으나 최근의 분자 계통학적인 검토 결과에 의하여 서로 독립된 다섯 개의 속(매자기속, 큰고랭이속, 올챙이골속, 고랭이속, 애기황새풀속)으로 재배치되었다. 본 연구에서는 광의의 고랭이속으로 취급된 우리나라의 다섯 개 속과 이에 딸려있는 21분류군을 대상으로 각 분류군의 형태적인 식별형질을 조사하고 각 분류군들의 한계를 제시하였다. 국내외에서 채집된 표본을 조사 분석한 결과 각 분류군들은 지하경의 형태, 줄기의 단면, 잎의 발달 정도와 너비, 엽초 막질부위의 형태, 화서, 포, 인편 및 수과의 형태와 크기로 식별이 가능하였다. 이에 대한 주요 형질을 도해하였고, 이를 바탕으로 각 분류군에 대한 검색표를 제시하였다. 또한 강원도 고성군에서 발견된 올챙이골속의 미기록 분류군에 대하여는 신조합명을 부여하고 '나도송이고랭이'로 국명 신칭하였다.

국내 돼지에 존재하는 내인성 레트로 바이러스의 엔밸로프 유전자 클로닝 및 분자 계통학적 분석 (Molecular Cloning and Phylogenetic Analysis of PERVs from Domestic Pigs in Korea (env gene sequences))

  • 이동희;유재영;이정은;김계웅;박홍양;이훈택;김영봉
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제47권2호
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    • pp.177-186
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    • 2005
  • Xenotransplantation may help to overcome the critical shortage of human tissues and organs for human transplantation, Swine represents an ideal source of such organs owing to their anatomical and physiological similarities to human besides their plentiful supply, However, the use of organs across the species barrier may be associated with the risk of transmission of pathogens, specially porcine endogenous retroviruses (PERVs).• Although most of these potential pathogens could be eliminated by pathogen-free breeding, PERVs are not eliminated by this treatment. PERVs are integrated into the genome of all pigs and produced by normal pig cells and infect human cells. They belong to gamma retroviruses and are of three classes viruses: A, B and C. In the present study, PCR based cloning was performed with chromosomal DNA extracted from pigs from domestic pigs in Korea. Amplified PCR fragments of about 1.5 Kb, covering the partial env gene, were cloned into pCR2.l-TOPO vectors and sequenced. A total of 91 env clones were obtained from domestic pigs, Berkshire, Duroc, Landrace and Yorkshire in Korea. Phylogenetic analysis of these genes revealed the presence of only PERV class A and B in the proportion of 58 % and 42 %, respectively. Among these, 28 clones had the correct open reading frame: 18 clones in class A and 10 clones in class B. Since both these PERV classes are polytropic and have the capacity to infect human cells, our data suggest that proviral PERVs have the potential to generate infectious viruses during or after xenotransplantation in human.

Microsatellite 마커를 이용한 딸기 품종의 DNA Profile Database 구축 (Construction of DNA Profile Data Base of Strawberry Cultivars Using Microsatellite Markers)

  • 홍지화;최근진;권용삼
    • 원예과학기술지
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    • 제32권6호
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    • pp.853-863
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    • 2014
  • 국내외에서 재배되고 있는 딸기 100품종의 DNA profile 데이터베이스를 구축하기 위하여 다형성이 높은 microsatellite 마커의 선정과 유전적 유사도 분석을 통한 품종식별력 검정 등에 대한 연구를 수행하였다. 딸기 21품종을 274개의 microsatellite 마커로 검정하여 반복 재현성이 높은 25개의 다형성이 높은 마커를 선정하였다. 이들 마커와 국내외에서 재배되고 있는 딸기 100품종을 검정하였을 때 마커당 평균 대립유전자수는 7.50개로 나타났고, 3-13개까지 다양한 분포를 나타내었다. PIC 값은 마커의 유전자형에 따라 0.333-0.841 범위에 속하였으며 평균값도 0.706으로 높게 나타났다. Microsatellite 마커의 대립유전자를 이용하여 딸기 100 품종에 대한 계통도를 작성하였을 때 품종 육성의 계보 및 육성 지역에 따라 7개의 그룹으로 크게 나누어졌으며 2품종을 제외한 98품종이 microsatellite 마커의 유전자형에 의해 식별이 되는 것으로 나타났다. 본 연구에서 얻어진 딸기 품종별 DNA profile 데이터베이스는 품종보호 출원 품종의 재배심사 및 품종진위성과 관련된 종자분쟁을 해결하는 수단으로 유용하게 활용될 수 있을 것이다.

식물세포 내 핵 함유구조 발달 양상 (Occurrence of Nuclear Inclusions in Plant Cells)

  • 김인선
    • Applied Microscopy
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    • 제41권4호
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    • pp.229-234
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    • 2011
  • 식물세포 핵 내에 형성되는 여러 형태의 함유구조 특성 및 발달양상을 다양한 식물에서 조사하여 비교 논의하였다. 이들은 원시적인 양치식물에서부터 고도로 분화한 현화식물에 이르기까지 많은 식물군에서 발달하나, 종간에는 계통적학인 유연관계 없이 각각 독립적으로 나타난다. 핵 내 함유구조는 내부 미세구조 특징에 따라 부정형(amorphous), 결정형(crystalline), 섬유상(fibrillar), 판상 (lamellar), 미세관상 (tubular)의 5~6 유형으로 구분된다. 가장 흔한 유형은 결정형으로 수 마이크론에 이르는 비교적 커다란 구조를 이루며, 내부구조 간 격자거리는 약 10 nm로 배열되어 있다. 핵 함유구조들은 막으로 둘러싸이지 않고 막과는 무관하게 발달하며, 핵 기질 내 인과의 구조적, 기능적 연계성이 강하게 추정되고 있다. 핵 결정체 및 미세구조 형성에 대한 연구는 이들의 구조와 기능에 대하여 새로운 정보를 제공하나, 핵 결정체에 대한 3차원적 입체구조 분석과 이들 구조를 핵에서 분리시켜 연구할 분자생물학적, 생화학적인 실험법들이 요구되고 있다. 특히, 핵 결정의 3-D 입체구조를 재구현할 수 있는 HVEM 고압전자현미경 및 tomography에 의한 연속절편 연구는 이들 구조에 대한 심도 있는 정보를 제공할 것이다. 본 논문에서는 다양한 식물세포 내 핵에 발달하는 함유구조에 대하여 연구된 구조 및 기능 등을 연계하여 그 중요성을 종합적으로 논의하였다.

전자파의 신경계통에 대한 영향

  • 이근호
    • 한국전자파학회지:전자파기술
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    • 제8권2호
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    • pp.37-55
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    • 1997
  • 최근 선진국가들에서는 전자파 장애 증후군에 관심이 집중되고 있는데, 전자파에 장기 노출 되는 인구에서 뇌암이나 유방암, 백혈병 등의 발생률이 높다는 보고(Kolmodin-Hedman 등, 1988 ; Demers등, 1991)가 있어서 전자제품의 생산업체는 물론이고 사용자에 대해서도 불안한 관심사가 되 어 있다. 전자파가 생체에 미치는 영향은 열적 효과와 비열적 효과에 의한 것으로 구분된다. Microwave는 약 300MHz에서 300GHz 사이(파장 1m에서 1mm사이)의 주파수를 가지는 전자파로서 이온의 운동이나 쌍극자분자(dipole molecule)들을 진동시키므로서 조직에 열이 발생한다. 열이 과도하게 발생하면 세포 단백질이 응고하게 되는 등 일반적으로 생각할 수 있는 고열로 인한 여러 가지 유해환경이 조직 에 조성될 수 있다. 실제로 고전압의 전자파에 노출된 안구의 수정체에 백내장 등의 병변이 발생한 것 으로 보고된 바 있다(Adey,1981). 일반적으로 전자파의 생체에 대한 작용으로는 이렇듯 조직에 흡수 되는 전자파의 에너지에 의한 열작용이 지배적인 것으로 생각되어 왔다. 그러나 초저주파역대(Extre- mely low frequency, EMF)의 변조 및 펄스파 등의 영향에 관해서도 조직의 온도상승으로는 설명할 수 없는 현상이 보고된 바 있다. 이러한 비열적 효과가 신경계에 끼치는 영향에 대해서는 혈액뇌관문 의 투과성 변화(Oscar와 Hawkins, 1977), 뇌종양 발생, 칼슘대사 이상 및 신경전달물질에 대한 영향 등이 주장(Anderson, 1993)되고 있으나 아직 그 분명한 기전이 밝혀져 있지 않은 상태이다. 또한 그 영향의 평가에 서도 일정한 기준이나 지표가 정해지지 않은 실정이다. 그러므로 신경계에 대한 대체적인 소개와 더불어 전자기파의 영향에 대한 이제까지의 보고를 종합 하고 향후 연구의 방향을 소개하고자 한다.> 이온이 공동 첨가제로 더 적합하다.u(30 .angs. )/CoFe(35 .angs. )/NiO(800 .angs. ) 구조를 갖는 spin-valve 박막은 극대 MR비 6.3%, 유효자기장감응도 약 0.5(%/Oe)를 보여 spin-valve head 재료로 적합함을 알 수 있었다.다.다.다.는 각각 148 meV .angs. $^{2}$, 103.8 meV .angs. $^{2}$와 1.77 * $10^{-6}$ erg/cm, 0.67 * $10^{-6}$ erg/cm 였다.다.자 노인들을 영주권자와 귀화 시민권자의 구분없이 하나의 집단으로 간주하고 분석해 왔던 것을 볼 때, 앞으로의 연구는 이론적으로나 방법론적으로 시민권의 유무가 주거형태에 끼치는 영향도 함께 고려해야 할 것이다.에 나타난 인도의 영향은 여성복식과 남성복식에 있어서 서로 유사점과 차이점이 보이는데, 인도의 영향이 여성복식에 있어서 그 빈도가 더 높고, 종류가 더 다양함을 볼 수 있다. 여성복식에 있어서는 12가지의 다양한 인도복식스타일이 나타났으며, 그중 가장 많이 보이는 스타일은 Indian Shirt/Blouse/Smock/ Dress이며, 그 뒤를 이어 Madras, Indian lowery등을 볼 수 있다. 남성복식애 나타난 7가지의 스타일 중에는 Madras가 가장 빈도가 높으며 그외의 스타일들은 그 빈도가 매우 낮음을 볼 수 있다. 인도의 영향의 정도 (Attribution Categories) 있어서는 여성과 남성복식 모두에 있어서 인도에서 직접 수입된(originated) item이 각각 전체의 90%와 81%를 차지하여, 인도복식의 영향은 받았으나 미국내에서 제작된(attributed and connotated) item 보다 휠씬 더 많은 수를 보였다. 인도복식스타일이 가장

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가든식물 수호초(Pachysandra terminalis)로부터 Paraconiothyrium brasiliense의 분리 및 동정 (Identification and Characterization of Paraconiothyrium brasiliense from Garden Plant Pachysandra terminalis)

  • 최민아;박승준;안금란;김성환
    • 한국균학회지
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    • 제42권4호
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    • pp.262-268
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    • 2014
  • 수호초로부터 분리된 DUCC5000 균주를 형태적, 분자생물학적 분류를 통해 Paraconiothyrium brasiliense로 동정하였다. 본 균은 기존에 알려진 P. brasiliense 균주의 ITS 염기서열과 100%의 상동성을 보였다. 계통유전학적 분석 결과 P. brasiliense 균주와 같은 clade를 형성하였다. 서로 다른 영양 배지와 pH 조건 하에서 균사생육 특성을 조사한 결과 oatmeal agar 배지와 pH 9에서 최적의 생장을 보였다. 배지 종류에 따라 그리고 pH 조건에 따라 균총 형태가 달라지는 특성을 지니고 있었다. Chroma 반응배지를 이용하여 7가지 세포외 효소의 분비 능력을 조사한 결과 ${\beta}$-glucosidase 활성이 가장 활발하였고 CM-cellulase와 xylerase에서는 활성이 미약하였다. 인공 접종하였으나 수호초에 대한 병원성은 나타내지 않았다. 본 균은 수호초에서는 국제적으로 처음 보고되는 균이다.