• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2005.07b
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• pp.274-276
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• 2005

유전자 발현은 많은 전자조절인자에 의해서 조절된다. 이러한 조절인자들은 각각 DNA 상에 존재하는 특정한 모티프에 결합하여 그 기능을 수행한다. 따라서 DNA 상의 특정한 서열 정보가 유전자 발현과 직접적으로 연관되어 있다고 생각할 수 있다. 본 논문에서는 두 가지 서로 다른 데이터들에 대한 관계를 알아보기 위하여 사용되는 방법인 Kernel CCA를 이용하여 DNA 상의 특정한 모티프와 유전자 발현 사이의 관계를 알아보았다. 이를 이용한 실험 결과, 유전자 발현과 밀접하게 관련되어 있는 모티프들을 발견할 수 있었고, 기존에 중요한 것으로 알려져 있는 모티프가 실제로도 유전자 발현에 밀접한 영향을 미친다는 것을 알 수 있었다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2004.04b
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• pp.253-255
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• 2004

다량의 유전자 발현 정보를 담고 있는 DNA 마이크로어레이 기술의 발달로 인해 대량의 생물정보를 한번의 실험을 통해 분석할 수 있게 되었다. 유전자 발현 데이터를 분석하는 방법 중 하나인 클러스터링은 비슷한 기능을 가진 유전자들을 그룹별로 묶어서 그룹 레의 유전자들의 기능을 밝히거나 미지의 유전자를 분석하는데 이용되고 있다 본 논문에서는 유전자 발현 데이터를 클러스터링 하여 그로부터 유전 정보를 찾아내기 위한 방법으로 GG (Gath-Geva) 알고리즘을 제시한다. 퍼지 클러스터링 알고리즘중 하나인 GG 알고리즘은 대표적인 퍼지 클러스터링 방법인 퍼지 c-means 와 GK (Gustafson-Kessel) 알고리즘을 개선한 것으로. 차원이 크고 분포가 애매하여 클러스터링이 어려운 유전자 발현 데이터의 클러스터링에 적합한 알고리즘이다. 혈청(Serum) 유전자 데이터와 효모(Yeast) 세포주기 데이터를 CG 알고리즘 이용해 클러스터링 해 보고, 그 결과를 퍼지 c-means 알고리즘, GK알고리즘과 비교해 본 결과, GG 알고리즘이 유전자 발현 데이터의 클러스터링에 더 적합함을 확인하였다.

• The Journal of the Korean bone and joint tumor society
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• v.11 no.2
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• pp.118-125
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• 2005

Purpose: The expression of apoptosis-related genes, such as survivin, bcl-2, and bax has been examined in the human osteosarcoma and then evaluated the correlation with clinical data of patients. Materials and Methods: Fifty human osteosarcoma specimens were established from incisional biopsy and examination of survivin, bcl-2, and bax by immunohistochemical study was performed. We investigated the correlation of survivin, bcl-2, bax and their two or three combined expressions with clinical data including the response of chemotherapy, local recurrence, distance metastasis, and oncologic outcome. Results: Survivin was showed in 26 cases (52%), bcl-2 in 23 cases (46%), and bax in 21 cases (42%) osteosarcoma. And coexpression of survivin and bcl-2 was showed in 19 cases (38%), survivin and bax in 13 cases (26%), bcl-2 and bax in 8 cases (16%), and all three expression was showed in 8 cases (16%). There was no correlation between their apoptosis related gene and histologic difference, the presence of local recurrence and distant metastasis. Whereas neoadjuvant chemotherapy response correlated with bcl-2 expression (P=0.04), and survivin and bcl-2 coexpression (P=0.044) with poor chemoresponse. The rate of died of disease was correlated with bcl-2 (P=0.001), survivin and bcl-2 coexpression (P=0.027) with bad outcome. Survival curves of bcl-2 (P=0.0075), survivin and bcl-2 (P=0.0012) was showed negative correlation in the Kaplan-Meier method. Conclusion: The apoptosis related gene expression was relatively high in osteosarcoma, bcl-2 expression was correlated with poor chemotherapy response and poor survival rate, but survivin was correlated with this oncologic outcome only in the bcl-2 coexpression. The examination of immunohistochemical stain of apoptosis related gene in osteosarcoma could be helpful in the judgment of osteosarcoma prognosis.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• v.44 no.6
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• pp.1285-1295
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• 1997

Background : EGFR is one of the initial step in signal transduction pathway about multistep carcinogenesis. It is homologous to oncogene erbB-2 and is the receptor for EGF and TGF alpha. EGFR has important role in the growth and differentiation of tumor cells. So, EGFR in non-small cell lung cancer was examined to search for possible evidence as clinical prognostic factor. Methods : To investigate the role of EGFR in lung cancer, the author performed immunohistochemical stain of EGFR on 57 resected primary non-small cell lung cancer specimens. And the author analyzed the correlation between EGFR expression, clinical parameters, Sand $G_1$ phase fraction and survival. Results : 1) EGFR were detected in 56% of total 57 patients (according to histologic type, squamous cancer 50%, adenocarcinoma 63%, large cell cancer 75%) (according to TNM stage, stage I 64%, stage II 38%, stage III 55%) (according to cellular differentiation, well 50%, moderately 52%, poorly 65%). All differences were insignificant 2) Using the flow cytometric analysis, mean S-phase fraction of EGFR (+) and (-) group were 22.3(${\pm}10.5$)%. 18.0(${\pm}10.9$)% (p>0.05), mean $G_1$-phase fraction of EGFR (+) and (-) group were 68.4(${\pm}11.6$)%, 71.1(${\pm}12.8$)%, (p>0.05) 3) Two-year survival rate of EGFR (+) and (-) group were 53%, 84%, median survival time of EGFR (+) and (-) group were 26, 53 months. (p<0.05, Kaplan-Meier, generalized Wilcox) Conclusion : EGFR immunostaining may be a simple and useful method for survival prediction in non-small cell lung cancer.

• Journal of Periodontal and Implant Science
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• v.35 no.2
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• pp.321-333
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• 2005

1. 목적 in vitro 상에서 법랑기질유도체가 치주인대섬유아세포, 불멸화 조골세포와 백악질 유래세포의 증식과 유전자 발현에 미치는 영향을 알아보고자 하였다. 2. 연구방법 및 재료 <세포증식 연구> 교정을 목적으로 발거한 치아에서 분리, 배양한 치주인대섬유아세포와 백악질유래세포, 그리고 $SaOs_2$ 세포를 이용하였다. 법랑기질유도체가 세포 증식에 미치는 영향을 알아보기 위해, 35 mm Petri dish에 dish 당 $5{\times}10^3$ 개의 세포를 접종하였다. 대조군은 1% 항생제와 10% FBS를 포함한 DMEM 배지를 이용했고, 5mM 초산을 첨가한 군과 첨가하지 않은 두 개의 대조군이 이용되었다. 실험군은 100 ${\mu}g/ml$의 법랑기질유도제를 첨가한 군과 100 ${\mu}g/ml$의 법랑기질유도체와 5 mM의 초산을 첨가한 2개의 실험군이 이용되었다. 각 군은 세 개의 배양접시에 행해졌고, 1, 3, 8일에 세포의 수를 각각 측정하였다. 결과는 repeated measures ANOVA로 통계 처리하였다. <유전자 발현 연구> 각 세포의 형질 특성을 알아보기 위해 RT-PCR을 실시하여 조골세포 분화 표식자와 연관된 Human collagen type I(COL I), human osteopontin(OP), human osteocalcin(OC), human alkaline phosphatase(ALP)와 human bone sialoprotein(BSP)의 mRNA 발현을 실험 1, 3, 8일에 걸쳐, 세 군의 차이를 비교 관찰하였다. 3. 결과 <세포증식 연구> 치주인대세포와 백악질유래세포, 그리고 $SaOs_2$ 세포의 증식은 법랑기질유도체에 의해 영향을 받지 않았다. 대조군과 초산이 포함된 대조군 그리고 법랑기질유도체와 초산이 포함된 실험군에서 유의할 만한 세포 수의 차이가 실험 기간 1, 3, 8일에 걸쳐 나타나지 않았다(p<0.05). <유전자 발현 연구> ALP와 COL I은 세 군의 세포에서 모두 발현되었고, 발현 정도는 EMD에 영향을 받지 않았다. OC은 세 군에서 모두 비교적 약하게 발현되었고, 특히 $SaOs_2$ cell과 백악질유래세포에서 약하게 발현되었다. EMD는 OC의 발현정도를 약하게 하였다. OP은 백악질유래세포에서 1, 3, 8일에 걸쳐 EMD 유무에 관련 없이 발현되지 않았다. 그러나 치주인대세포와 $SaOs_2$ cell에서는 강하게 발현되었다. BSP는 치주인대세포와 $SaOs_2$ cell에서 1, 3, 8일에 걸쳐 비교적 고르게 발현되었다. EMD 배지에서 배양된 백악질유래세포는 8일에는 BSP가 발현되지 않았다. 4 결론 이번 실험 결과에 의하면 법랑기질유도체는 치주인대세포, 불멸화 조골세포와 백악질 유래세포의 증식에 있어 유의성 있는 효과를 나타내지 않았다. 그러나, 유전자 발현에 있어서는, 치주인대세포와 백악질유래세포, 그리고 $SaOs_2$ 세포 모두에서 OC mRNA의 발현을 억제하는 효과를 나타내었다. EMD는 세포의 증식에는 영향을 미치지 않지만, 유전자 발현에 있어 일부 영향을 미치는 것으로 보인다. 법랑기질유도체가 세포의 증식과 유전자 발현에 미치는 영향은 배양된 세포의 형질특성, 배양환경, 배양일수 등에 따라 달라질 수 있다. 그러므로 법랑기질유도체가 in vitro 상에서 세포에 미치는 영향은 보다 정량화된 연구가 필요하다.

• Journal of Life Science
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• v.13 no.3
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• pp.324-332
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• 2003

The objective of this study was to examine if transient transfection of CAR can transactivate CYP2B1 PBRU reporter gene in COS cells in which the endogenous CYP2B1 gene is not induced by PB. In non-transfeced cells of both Hep G2 and COS, the endogeneous expression of CAR was not detected by antibody against CAR. When cultured cells were transfected with CAR expression plasmid, mCAR1-GFP, both cell types expressed high levels of CAR protein and could allow to examine the effect of CAR in PBRU transactivation. Both cell types expressed endogenous RXR and transfection of RXR expression plasmid dramatically increased its protein expression. Whereas CAR transactivated PBRU2C1Luciferase about 12 fold as compared to 2C1Luciferase in Hep G2 cells, it did not stimulate the luciferase activity of the PBRU reporter gene in COS cells. These results indicate that Hep G2 cells can respond to CAR differently from COS cells, and suggest that factors other than CAR and RXR may be required in inducing PBRU activation and the expression of these factors may be different between liver and kidney.

• Korean Chemical Engineering Research
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• v.47 no.5
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• pp.624-629
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• 2009

It is the most important step to screen soluble and insoluble proteins when we attempt to improve the solubility of recombinant proteins through directed evolution approach. Here we show that the solubility of a recombinant protein in vivo can be examined by expressing the recombinant protein with beta-lactamase as a fusion partner. First we constructed an expression system which can produc a fusion protein with the C-terminal of beta-lactamase. Two soluble proteins, i.e. adenine deaminase and aspartate aminotransferase, and insoluble GlcNAc-2-epimerase were cloned into the developed expression vector, respectively. We investigated the effect of the expression of the three recombinant fusion proteins on the growth of E. coli, and confirmed that the solubilities of the recombinant proteins correlated with cell growth rates.

• Journal of Periodontal and Implant Science
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• v.29 no.3
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• pp.593-607
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• 1999

치주인대세포는 치주인대의 유지와 개조에 있어서 중요한 역할을 담당하는 섬유아세포성 세포로서, 세포에 가해진 여러가지 조건에 따라 다양한 표현형의 변화를 나타내는 것으로 알려져 있다. 기계적 응력은 치주인대세포의 세포증 식과 밀접히 연관되어 있는 것으로 알려져 있으며, 이는 세포주기 조절인자들의 발현을 증가 시킴으로써 이루어질 것으로 생각되나 그 자세 한 작용기전은 알려져 있지 않다. 그러므로 이 연구의 목적은 기계적 응력이 사람 치주인대세 포의 세포증식과 세포주기 조절인자의 발현에 미치는 영향을 연구하기 위하여 사람 치주인대 세포에 기계적 응력을 가한 후 세포증식을 관찰하고 , 세포주기조절인자들인 p 53 , $p21^{WAF1/CIP1}$ cyclin-dependent kinases(cdks), cyclins 및 proliferating cell nuclear antigen(PCNA)의 단백질 발현 변화를 연구하였다. 본 연구에 사용한 사람 치주인 대세포는 교정치료를 목적으로 발거한 건전한 사람 소구치의 치주인대로부터 explantation culture하여 얻은 후 계대배양을 시행하여 제6 계대의 세포를 사용하였다. 배양한 사람 치주인 대세포를 55-mm Petriperm dish당 $1{\times}10^4$ 개를 분주하고, dish당 1kg의 기계적 응력을 가하면서 12일동안 세포배양을 시행하였다. 사람 치주인대세포의 세포증식은 기계적 응력을 가한 후 8-12일 사이에 현저히 증가하였으며, PCNA 단백질의 발현은 기계적 응력을 가한 후 6-10일 사이에 현저히 증가하였다. 또한 기계적 응력은 사람 치주 대세포의 cdk4, cdk6, cdk2 및 cyclin D1 단백질의 발현을 다소 증가 시켰으나, p53 및 $p21^{WAF1/CIP1}$ 단백질의 발현은 큰 변화가 없었다. 이상의 결과 서 기계적 응력은 사람 치주인대세포 의 p53 및 $p21^{WAF1/CIP1}$ 단백질 발현의 변화 없이 cdks 단백질 발현을 증가시킴으로써 세포증식을 증가시키는 것으로 생각된다.

• Reproductive and Developmental Biology
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• v.29 no.1
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• pp.49-55
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• 2005

We cloned cDNA of the PGH(porcine growth hormone) gene and constructed retrovirus vector designed to express PGH gene under the regulation of CMV (cytomegalovirus) promoter. To maximize the expression, WPRE(woodchuck hepatitis virus posttranscriptional regulatory element) sequence was placed at the downstream of the PGH gene. After infection with recombinant viruses, approximately 1×10/sup 6/ PFF(porcine fetal fibroblast) cells released PGH protein into the media as much as 1,400 ng. In a subsequent experiment, a modifications of the retrovirus vector was made to express the PGH gene in a teracycline-inducible manner. In PFF cells carrying these viral vector sequences, addition of doxycycline to the media resulted in 2∼6 fold increase in PGH synthesis. In the modified retrovirus vectors, the WPRE sequence also played a role in boosting the effect of the tetracycline induction. This result indicates that our tetracycline-inducible expression system might be a promising candidate in alleviating the complicate physiological problems caused by constitutive expression of the exogenous genes in the transgenic animals.

• Proceedings of the Korean Society of Developmental Biology Conference
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• 2003.10a
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• pp.65-65
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• 2003

Serotonin(5-hydroxytriptamine, 5-HT)은 biogenic amlne류 신경전달물질로써, 다양한 생리조절활성을 갖고있다. 생식과 관련된 5-HT 기능으로 최근 사정 기능의 조절 가능성이 제시되었는데, 항우울제로 흔히 사용되는 selective serotonin reuptake inhibitor(SSRI) 계 약물을 장기 투여할 때 Premature ejaculation이 개선된다는 임상적인 증거들이 보고되었다. 본 연구는 수컷 흰쥐를 사용하여 생식기관, 특히 사정과 관계되는 기관들에서의 5-HT 수용체 아형들의 유전자 발현 여부와 그 조절 기작을 조사하였다. 흰쥐 수컷의 생식장기들인 고환, 부정소, 정관, 정낭에서 사정현상에 관여하리라 추정되는 세로토닌 수용체 아형들(type 1A, 1B, 2C)의 유전자 발현을 RT-PCR과 Southern blot으로 확인하였다. SSRI(sertraline)을 흰쥐에 매일 투여하는 모델(25mg/개체, 2주간)에서 1A 아형의 발현의 경우 정낭에서는 감소하였으나 정관에서는 증가하였고, 1B 아형의 발현은 두 장기에서 공히 증가하였다. 고환 제거후 testosterone(T) 보충 실험 모델을 사용한 실험에서, 정낭에서의 1A와 1B 발현은 T 보충에 의해 감소하였고, 정관에서는 큰 변화가 없었다. 한편 고환, 정낭과 정관에서의 세로토닌 수용체 아형 1A와 1B의 발현은 사춘기의 개시와 함께 증가하였다가 이후 점차 감소하는 경향을 보였다. 본 연구 결과는 사정 현상에 있어서 말초성 세로토닌 시스템이 중요한 역할을 담당할 가능성을 시사하는 것으로써, (i) 고등 포유동물에서의 사정 기작의 조절에 대한 과학적인 이해를 증진시키고, (ⅱ) 세로토닌 수용체 아형간의 특이한 발현과 작용에 대한 이해를 통해 보다 효과적인 사정 부전 치료법 개발을 시도할 수있고, (ⅲ) ontogeny와 sex steroid 의존성에 관련된 연구 시도는 노화와 관련된 사정능력의 변화와 같은 남성과학 분야로의 접목을 기할 수 있다고 사료된다.