• 제목/요약/키워드: 바이오 메디컬

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KEGG 패스웨이 네트워크 동적 구축 및 클러스터링 시스템 개발 (Implementing System for Dynamic Constructing and Clustering on KEGG Pathway Network)

  • 서동민;이민호;유석종
    • 한국콘텐츠학회:학술대회논문집
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    • 한국콘텐츠학회 2015년도 춘계 종합학술대회 논문집
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    • pp.231-232
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    • 2015
  • 최근 유전체학, NGS(Next Generation Sequencing) 기술, IT/NT 장비의 발전 등에 따라 방대한 양의 바이오-메디컬 데이터가 생산되고, 이에 따라 빅데이터를 활용한 헬스케어 산업이 급속히 발달하고 있으며, 이와 관련된 빅데이터 기술은 국민의 건강 증대와 건강한 고령 삶을 제공하는 핵심 기술로 급부상하고 있다. 패스웨이는 단백질, 유전자, 세포 등의 생체적 요소 간의 역학관계 혹은 상호작용 등을 네트워크 형식으로 표현한 생물학적 심층지식으로, 바이오-메디컬 빅데이터 분석에 있어서 널리 활용되고 있다. 하지만 패스웨이는 매우 다양한 형태를 갖고 용량이 매우 큰 빅데이터로 이를 분석하는데 많은 시간이 소요된다. 그래서 본 논문에서는 세계적으로 가장 우수하고 방대한 양의 패스웨이를 제공하는 KEGG 패스웨이 데이터베이스로부터 사용자가 관심 갖는 패스웨이만을 자동 수집하고 패스웨이 간 계층구조를 기반으로 네트워크를 구성 후, 해당 패스웨이 네트워크에 대한 클러스터링과 핵심 패스웨이 선정을 통해 패스웨이 간의 역학관계 또는 상호작용을 직관적으로 분석할 수 시스템을 제안했다.

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miRNA 와 mRNA 통합 분석을 위한 웹 기반 시스템 개발 (Development of web-based system for miRNA and mRNA integrated analysis)

  • 김다연;고윤희
    • 한국정보처리학회:학술대회논문집
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    • 한국정보처리학회 2022년도 추계학술발표대회
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    • pp.690-692
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    • 2022
  • 기존의 질병 관련 연구들은 대부분 유의미하게 변화되는 유전자들을 찾아내고(Differentially Expressed Genes, DEGs), 이들이 연관된 생물학적 패스웨이(biological pathway)를 찾아내는 방향으로 이루어졌다. 더불어 miRNA(microRNA)가 많은 mRNA 의 발현을 조절하며, 실제 면역, 대사 및 세포 사멸을 포함한 여러 필수 생리학적 및 질병에 매우 중요한 역할을 한다고 밝혀지며, 바이오 마커로써의 miRNA 를 찾아내고자 하는 연구가 활발히 진행되기 시작하였다. 하지만 mRNA 나 miRNA 의 독립적인 연구만으로는 명확한 질병과의 연관성이나 기능을 이해하기에는 어려움이 있다. 따라서 본 연구에서는 질병 상태에서 유의미하게 변화되는 miRNA 와 이러한 miRNA 에 의해 조절되는 mRNA 를 함께 고려하여 분석함으로써, 실제 질병의 발병 원인이 되는 생물학적 패스웨이나 메커니즘을 밝히고자 하였다. 또한, miRNA 와 mRNA 의 연관성을 찾기 위해, PPI(protein-protein interaction) 네트워크에 기반을 둔 RWR(Random Walk with Restart Algorithm)를 적용하여, 직접적 연관성뿐 아니라, 유전자 간의 숨겨진 간접적인 패스웨이를 고려하여 분석하기 위한 웹 기반 시스템을 개발하였다. 이 시스템은 mRNA-miRNA 를 함께 고려한 통합 분석을 통해 숨겨진 질병의 메커니즘을 이해하고 치료 방법을 찾아내는 데 크게 공헌할 것이다.

마이크로웨이브 추출방법을 이용한 작약의 유효성분 추출 및 생리활성 측정 (Development of Microwave Extraction Method for the Active Ingredients and Functional Constituents of Paeonia Root)

  • 이효진;장경원
    • 생약학회지
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    • 제52권3호
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    • pp.157-162
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    • 2021
  • The heat-mediated reflux apparatus extraction of Paeonia lactiflora Pall. has been widely used as a traditional extraction method. In this paper, the microwave apparatus extraction method of Paeonia Radix was performed and the active ingredients and functional constituents were compared with the reference extraction method. The most effective extraction condition of albiflorin using the microwave was 120℃ in 50% methanol, and paeoniflorin was maximally extracted at 60℃. The reduced level of paeoniflorin molecule at high-pressure and high-temperature extraction condition was caused by the molecular instability. Additionally, the microwave extraction of 50% methanol extracts at 150℃ showed the highest functional constituents determined by in vitro DPPH radical scavenging activity, polyphenol concentration, and tyrosinase inhibition assay. The microwave apparatus was adapted as a rapid, low-cost, and environmentally friendly method to extract active ingredients and the practical extraction conditions of Paeonia Radix can be used in industrial applications.

CTET Protein 을 사용한 Drug-Drug interaction 예측 Deep Learning Model (Drug-Drug interaction predicting deep learning model using CTET protein of drugs)

  • 서지원;고윤희
    • 한국정보처리학회:학술대회논문집
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    • 한국정보처리학회 2022년도 추계학술발표대회
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    • pp.63-65
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    • 2022
  • DDI(Drug-Drug Interaction)는 병원에서 발생하는 약물이상반응의 30%를 유발하는 부작용이지만, 현실적으로 모든 약물쌍의 DDI 를 기존 in vivo, in vitro 방식으로 예측하는 것은 불가능하다. 그렇기에, 다양한 in silico 방식의 DDI 예측 모델이 연구되고 있다. 본 연구에서는, 단백질 네트워크 상에서 RWR(Random Walk with Restart) 알고리즘을 통해 약물과 직접적으로 상호작용하는 단백질과 간접적으로 상호작용하는 단백질의 정보를 사용하여 DDI 를 예측하는 모델을 개발하였다. 이 모델을 통하여 기존에 발견하지 못한 DDI 를 새롭게 발견하고, 신약 개발 시에도, 신약과 함께 복용 시 문제를 일으킬 수 있는 약물을 예측하여 약물 이상반응을 방지하고자 한다.