• Journal of the Institute of Convergence Signal Processing
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• v.6 no.1
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• pp.27-32
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• 2005

As a large quantity of Genome sequencing has happened to be done a very much a surprising speed in short period, an automatic genome annotation process has become prerequisite. The most difficult process among with this kind of genome annotation works is to finding out the protein-coding genes within a genome. The main 2 subjects of gene prediction are Eukaryotes and Prokaryotes ; their genes have different structures, therefore, their gene prediction methods will also obviously varies. Until now, it is found that among of the 231 genome sequenced species, 200 have been found to be prokaryotes, therefore, for study of biotechnology studies, through comparative genomics, prokaryotes, rather than eukaryotes could may be more appropriate than eukaryotes. Even more, prokaryotes does not have the gene structure called an intron, so it makes the gene prediction easier. Former prokaryotes gene predictions have been shown to be 80%～ to 90% of accuracy. A recent study is aiming at 100% of gene prediction accuracy. In this paper, especially in the case of the E. coli K-12 and S. typhi genomes, gene prediction accuracy which showed 98.5% and 98.7% was more efficient than previous GLIMMER.

• Proceedings of the Plant Resources Society of Korea Conference
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• 2019.10a
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• pp.99-99
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• 2019

한국생명공학연구원 해외생물소재센터는 해외생물소재 확보 및 활용연구를 통하여 차세대 국가핵심전략 BT산업의 필수원자재인 생물소재의 범지구적 확보와 보존 관리의 임무를 수행하고 있다. 이를 위해 권역별 해외생물소재 공동연구센터(중국, 코스타리카, 인도네시아, 베트남) 및 37개국과의 국제협력 네트워크를 구축하고 있다. 세계적 수준의 생물소재 국가 인프라 구축을 목표로 국내 산 학 연 연구자들에게 다양한 해외생물소재 공급을 통한 지속 가능한 바이오 경제 기반 구축을 지원하고 있다. 해외생물소재센터에서는 2006년부터 특히 천연물 의약품 개발 분야에 많이 사용 되고 있는 해외 식물소재를 지속적으로 확보하고 있으며, 확보된 식물소재의 추출물 제조 및 추출물 은행을 구축, 이에 대한 생물활성 평가를 실시하며 연구자들에게 기초 자료로 제공하고 있다. 현재까지 총 36,500종의 해외식물소재를 확보하였으며, 추출물 약 320만점을 확보하였다. 확보된 소재의 분양활동을 통해 산 학 연 연구자들에게 180만여 점을 분양하였으며, 이를 활용한 다수의 논문과 특허를 획득하였고 중대형 기술이전을 실시하였다. 해외생물소재센터는 홈페이지 기반 분양 신청 시스템[https://www.ibmrc.re.kr]을 통하여 해외식물소재(Powder 와 Extact 형태) 분양서비스를 제공하고 있다. 또한 소재가치제고 연구를 통한 산업화 지원과 해외생물소재의 표본정보 서비스, 해외거점센터를 활용한 현지정보 제공 서비스를 지원하고 있다.

• Proceedings of the Korea Water Resources Association Conference
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• 2020.06a
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• pp.233-233
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• 2020

최근 우리나라의 2030년 10GW의 농촌 태양광 보급목표 달성을 위해 전국적으로 분포하고 있는 저수지 및 댐 등의 공유 수면을 활용한 수상태양광 설치가 적극 검토되고 있다. 수상태양광 사업의 증가와 함께 수상태양광 설치 및 운영이 환경적 측면에서 논쟁이 대두되고 있으나 수상태양광 발전시설이 호소 수생태계에 미치는 영향을 판단할 수 있는 장기적인 조사나 과학적 연구가 부족한 실정이다. 본 연구에서는 저수지에 설치되어 있는 수상태양광 발전시설에 의한 수생태계에 미치는 영향을 파악하기 위해 수상태양광이 운영되고 있는 2개소의 저수지를 대상으로 식물플랑크톤, 동물플랑크톤, 저서성 대형무척추동물, 어류 군집조사를 2개년(2017~2018년) 동안 실시하여 각각의 종풍부도 및 종다양도 지수를 분석하였다. 1차년도에는 수상태양광 패널 설치지역 및 패널로부터 200~250m로 이격거리를 유지하면서 총 6지점을 조사하였으며, 2차년도에는 수상태양광 패널 하부(영향권) 3지점과 패널로부터 약 250m 이격된 2지점(비영향권)을 대상으로 총 6회의 조사를 수행하였다. 식물성플랑크톤, 동물성플랑크톤, 저서 대형무척추동물, 어류 군집에 대한 종풍부도와 종다양성에 대한 분석결과, 종풍부도 및 종다양도는 발전시설 영향권 지역과 비영향권 지역간에 통계학적으로 유의미한 차이는 없는 것으로 나타났다. 종풍부도는 수상태양광 패널로부터 이격거리가 멀어질수록(열린수역으로 향할수록) 감소하는 수치를 보이다가 저수지 수변부에 가까워지면 높아지는 경향을 나타났다. 종다양도 역시 종풍부도 결과와 유사하게 수상태양광 패널 지역으로부터 이격거리가 증가함에 따라(열린수역으로 향할수록) 지수가 감소하다가 저수지 수변부에 가까울수록 높아지는 결과를 보였다. 이러한 결과는 동식물성 플랑크톤과 저서생물 및 어류 군집의 종풍부도, 종다양도가 수상태양광의 영향권과 비영향권간에 큰 차이를 없음을 나타내고 있으며, 일부 분류군의 경우 열린 수면보다 수상태양광 설비에 의한 반 폐쇄수역에서 종풍부도와 종다양도가 오히려 높게 나타났다. 그러나 본 연구결과는 설치된 수상태양광 패널이 전체 수면의 5% 미만에 해당하는 소규모 시설이므로 본 연구결과를 일반화해서 해석하기에는 한계가 있다. 넓은 수면적에 설치되어 있는 대규모 시설 및 20년 이상 장기간 운영되는 수상태양광 발전시설을 대상으로 지속적인 모니터링 및 누적된 환경영향 평가가 필요할 것으로 판단된다.

• Journal of the Korean Institute of Landscape Architecture
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• v.47 no.1
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• pp.76-87
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• 2019

The purpose of this study was to evaluate the performance of and to derive future maintenance-management measures of the constructed alternative habitat for the Kaloula borealis at the University of Seoul, examining the period between 2015-2017. The research was constructed in 2014 and in a $191m^2$ area. The performance evaluation was divided into maintaining the habitat of the target species, maintaining the population and reproduction rates of the target species, maintaining the habitat of the wild species, the resilience of natural ecosystems, and the harmony with the surrounding environment. In terms of maintaining the habitat of the target species, soil collected from the existing habitat of the Kaloula borealis and was the depth was increased to 30cm in the alternative habitat. An artificial water supply was required every year during the supporting the spawning and hatching of other amphibians along with the Kaloula borealis. The sources of water of the alternative habitat were both rain and tap water, as it cannot be maintained naturally. Additionally, the Kaloula borealis thrived because it inhabited the research site and the average temperature was $26.2^{\circ}C$ from April-June, which is when the Kaloula borealis spawns. In terms of maintaining the population and reproduction rates of the Kaloula borealis, they were evaluated to have stable rates of reproduction. In terms of maintaining the habitat of the wild species, studies on vegetation and the structure of the characteristics of prey or predators will be needed. Also, alien species, such as Humulus japonicus and Bidens frondosa needed to be removed to maintain the wetland ecosystem of the wild species. In the assessment of the resilience of the natural ecosystems, the mud was monitored, noting the changes in the depth of water, with steps taken to reduce the leakage of water. The mud collected from the Haneul Pond wetland, which is located around the research site was piled up. Also, partial mowing management and the inducement of a natural vegetation colony was required for vegetation management. It was also necessary to create porous spaces, such as old trees and tree branches to create a habitat with hiding places and feeding and spawning places for small organisms. In terms of the harmony with the surrounding environment, the following threat factors needed to be managed: amphibian roadkill by vehicles and pedestrians and artificial draining due to nearby user access. Based on the monitoring results, alternative habitat management measures presented the promoting various waterside structures, in which amphibians can spawn and hide in, managing the water environment consistently, managing the vegetation, focused on the habitat of the wild species, and managing the surrounding environment for the habitat. The creation of an alternative habitat should be managed through monitoring, reflecting the characteristics of the changes in the site. Also continuing efforts are also needed to improve the habitat of the target species.

• Journal of Environmental Impact Assessment
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• v.32 no.2
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• pp.94-111
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• 2023

In order to establish an effective management strategy for invasive species early detection and regular monitoring are required to assess their introduction or dispersal. Environmental DNA (eDNA) is actively applied to evaluate the fauna including the presence of invasive species as it has high detection sensitivity and can detect multiple species simultaneously. In Korea, the applicability evaluation of metabarcoding is being conducted mainly on fish, and research on other taxa is insufficient. Therefore, this study identified the feasibility of detecting invasive species in Korea using eDNA metabarcoding. In addition, to confirm the possibility of detection by taxa, the detection of target species was evaluated using four universal primers (MiFish, MiMammal, Mibird, Amp16S) designed for fish, mammals, birds, and amphibians. As a result, target species (Trachemys scripta, 3 sites; Cervus nippon, 3 sites; Micropterus salmoides, 7 sites; Rana catesbeiana, 4 sites) were detected in 17 of the total 55 sites. Even in the selection of dense sampling sites within the study area, there was a difference in the detection result by reflecting the ecological characteristics of the target species. A comparison of community structures (species richness, abundance and diversity) based on the presence of invasive species focused on M.salmoides and T.scripta, showed higher diversity at the point where invasive species were detected. Also, 1 to 4 more species were detected and abundance was also up to 1.7 times higher. The results of invasive species detection through metabarcoding and the comparison of community structures indicate that the accumulation of large amounts of monitoring data through eDNA can be efficiently utilized for multidimensional ecosystem evaluation. In addition, it suggested that eDNA can be used as major data for evaluation and prediction, such as tracking biological changes caused by artificial and natural factors and environmental impact assessment.

• Korean Journal of Environmental Agriculture
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• v.3 no.2
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• pp.55-61
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• 1984

농업(農業)은 동식물(動植物)을 대상으로 하는 응용생태학(應用生態學)의 한 분야(分野)로 그의 발전과정(發展過程)은 환경(環境)과 밀접(密接)한 관계가 있다. 환경조건(環境條件)의 다양성(多樣性)은 대상생물(對象生物)의 종류(種類)를 풍부하게 하고 순화(馴化)된 생물(生物)의 사양(飼養) 과정에서 다양(多樣)한 농업형태(農業形態)를 발전시켰다. 생웅계(生熊系)는 자연(自然)의 한 단위로 구성요소(構成要素)들은 기능적(機能的)으로 통일성(統一性)을 유지하고 있다. 농생태계(農生態系)는 생산(生産)을 목표(目標)로 하는 동식물(動植物)을 중심(中心)으로 하는 생태계(生態系)로 자연생태계(自然生態系)와 기본적(基本的) 성질(性質)은 동일하나 인위적(人爲的) 요소(要素)가 크게 작용하고 있는 특리(特異)한 생태계(生態系)이다. 작물(作物)이나 가축(家畜)은 수천년에 걸친 생산력(生産力)의 증대(增大)를 목표(目標)로 인위적(人爲的)인 선발을 거친 것으로 자연조작하(自然條作下)에서 심한 경쟁(競爭)을 거치면서 진화(進化)한 야생생물(野生生物)들에 비하면 선천적(先天的) 포약성(胞弱性)을 갖고 있어 인간(人間)의 보호(保護)(에너지보조(補助))를 필요로 하고 있다. 농생태계(農生態系)는 공간적(空間的) 격리(隔離)와 구성종(構成種)의 단순화(單純化)로 공간적(空間的) 연쇄성(連鎖性)과 종다양도(種多樣度)가 큰 자연생태계(自然生態系)에 비하면 외적(外的) 충격에 대한 내부적(內部的) 완충능력(緩衝能力)이 약하다. 더우기 농생태계(農生態系)는 시간적(時間的) 연속성(連續性)이 없어 극상천이(極相遷移)단계에 달할 수 있는 시간적(時間的) 여유가 없어 생물상호간(生物相互間)의 관계는 초기(初期) 천이(遷移)단계의 특성(特性)인 종다양도(種多樣度)가 낮고 직선적(直線的)이고 단순(單純)한 먹이연쇄성(連鎖性)을 갖고 있다. 생물군집(生物群集)의 천이진행(遷移進行)에 따르는 종다양도(種多樣度)의 증가(增加)는 생물군집내(生物群集內) 현재량(現在量) 증가와 더부러 먹이 연쇄상(連鎖相)을 직선상(直線狀)에서 망상(網狀)으로 변화시키고 주된 물질(物質)${\cdot}$유전회로(流轉回路)를 포식(捕食)먹이 연소회로(連銷回路)에서 부식(腐食)먹이연쇄회로(連鎖回路)로 전환시켜 생태계(生態系)의 물질(物質)은 생태군집내(生態群集內)에 보존(保存)하는 능력(能力)을 증대(增大)시키고 토양(土壤)의 물리(物理) 화학적성질(化學的性質)을 개선하여 계내(系內) 물질(物質)의 유실(流失)을 억제하기도 한다. 농생태계(農生態系)는 생산성(生産性)의 증대(增大), 관리(管理)의 편의(便宜) 기타의 이유(理由)로 구성종수(構成種數)를 인위적으로 제한(制限)하고 관리(管理)를 통하여 발아(發芽), 생장(生長), 개화(開花)등 여러가지 생물학적(生物學的) 현상을 극도로 균질화(均質化)시키고 있어 어떤 생육단계(生育段階)의 생물(生物)이 넓은 면적(面積)에 동시에 존재하게 되는데 이것은 외적조건(外的條件)의 변동(變動)에 대한 감수성(感受性)을 증대시킨다. 이와 같은 자연생태계(自然生態系)와 농생태계(農生態系)의 생태학적(生態學的) 특성(特性)에 관한 이해(理解)와 인식(認識)은 농생태계(農生態系)의 생산성(生産性) 증대(增大)와 영구적(永久的) 유지(維持)를 위한 합리적(合理的) 관리(管理)를 위한 기본(基本)이 될 것이다.

• Journal of the Korean Society for Marine Environment & Energy
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• v.17 no.2
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• pp.153-165
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• 2014

Carbon dioxide capture and storage (CCS) technology is recognizing one of method responding the climate change with reduction of carbon dioxide in atmosphere. In Korea, due to its geological characteristics, sub-seabed geological $CO_2$ storage is regarded as more practical approach than on-land storage under the goal of its deployment. However, concerns on potential $CO_2$ leakage and relevant acidification issue in the marine environment can be an important subject in recently increasing sub-seabed geological $CO_2$ storage sites. In the present study effect data from literatures were collected in order to conduct an effect assessment of elevated $CO_2$ levels in marine environments using a species sensitivity distribution (SSD) various marine organisms such as microbe, crustacean, echinoderm, mollusc and fish. Results from literatures using domestic species were compared to those from foreign literatures to evaluate the reliability of the effect levels of each biological group and end-point. Ecological effect guidelines through estimating level of pH variation (${\delta}pH$) to adversely affect 5 and 50% of tested organisms, HC5 and HC50, were determined using SSD of marine organisms exposed to the $CO_2$-induced acidification. Estimated HC5 as ${\delta}pH$ of 0.137 can be used as only interim quality guideline possibly with adequate assessment factor. In the future, the current interim guideline as HC5 of ${\delta}pH$ in this study will look forward to compensate with supplement of ecotoxicological data reflecting various trophic levels and indigenous species.

• Journal of Environmental Impact Assessment
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• v.25 no.6
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• pp.432-441
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• 2016

In this study, we predicted species distributions in Mt. Inwang and Mt. An as preceding research to build ecological corridor by considering connectivity of habitats which have been fragmented in the city. We analyzed species distributions by using Maxent (Maximum Entropy Approach) model with species presence. We used 23 points of mammals and 15 points of Titmouse (Parus major, P. palustris, P. varius) as target species from appearance points of species examined. We build 4 geography factors, 4 vegetation factors, and 2 distance factors as model variables In case of mammals, factors that affected species distribution model was Digital Elevation Model(DEM, 34%) followed by Distance from edge forest to interior (24.8%) and Species of tree (10%). On the other hand, in case of Parus species, factors that affected species distribution model were DEM (39.6%) followed by distance from road (35.4%) and Density-class (8.2%). Therefore, birds and mammals prefer interior of mountain, and this area needs to be protected.

• Journal of Environmental Policy
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• v.13 no.2
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• pp.3-20
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• 2014

Due to habitat damage associated with climate change and human activities, biodiversity has decreased all over the world. In order to prevent further reduction in biodiversity, the international community has endeavored to establish a cooperative system, such as the Convention on Biological Diversity (CBD). Until now, most biodiversity strategic planning has been led by the national government. However, the National Biodiversity Strategy and Action Plan is conservative and its strategic plan is vague. Therefore, we propose a method for managing local biological resources called the Local Biodiversity Strategy and Action Plan. In order to provide the strategic plans and detailed plans for the Local Biodiversity Strategy and Action Plan, the report has examined several cases including Convention on Biological Diversity, Strategic Plan for Biodiversity 2011-2020, and the biodiversity strategies and action plans of the Republic of Korea and several other countries. As a result, the report demonstrates the survey and protection of bio-species, the designation and monitoring of conservation region, the management of the integrated eco-network, the establishment of biodiversity organizations and capacity building, the methods to promote networking and traditional knowledge, and the strategy for development in bioindustry. Consequently, the implementation of biodiversity management strategies by local governments will play a significant role in preserving and increasing biodiversity by realizing the goals of Strategic Plan for Biodiversity 2011-2020.

• Proceedings of the Plant Resources Society of Korea Conference
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• 2023.04a
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• pp.27-27
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• 2023

최근 기후위기 등으로 인해 생물다양성 감소 우려가 높아지고 있으며, 식물유전자원 보존의 강화를 위해 수많은 국제협약이 체결되고 있다. 자국의 생물다양성을 보호하고, 전 세계의 기후위기 취약식물의 보존을 위해 대한민국 산림청은 세계 최초로 지하터널형 야생식물종자 영구저장시설인 '시드볼트(Seed Vault)'를 경상북도 봉화에 설립하였다. 시드볼트는 안전한 종자의 저장을 위해 온도 -20℃, 습도 RH 40% 이하를 유지하며, 환경 변화를 최소화하기 위해 매일 시설 점검을 진행하고 있다. 시드볼트의 미션은 '기후위기 대응 생물다양성 확보'이며, 전 세계 종자저장의 선도기관으로 2022년 12월 기준으로 5,424종 192,625점을 확보하였으며, 2030년까지 1만 종 30만 점을 목표로 하고 있다. 전 세계 식물 종의 보호를 위해 국제기구와 협력하고 있으나, 해외 종자의 저장이 더욱 강화되어야 하며, 향후 시드볼트 종자저장 네트워크 구축에 참고하기 위한 해외 사례를 조사하였다. 아시아에서는 중국이 다량의 식물종을 수집하고 있으나, 해당 자료에 대한 공개는 이루어지지 않고 있으며, 일본은 농업식량 식물자원 중심으로 종자를 보존하고 있으며, 태국, 대만, 싱가포르 및 몽골 및 중앙아시아 국가의 종자수집과 보존은 근래 확대되는 추세이다. FAO의 Plant Genetic Resources for Food And Agriculture 관련 수집 자료에 따르면, 아시아지역 25개 국가에서 984,019점의 식물유전자원을 보고하였다. 본 연구를 바탕으로 아시아지역의 종자보존 네트워크를 구축하여 해외 종자의 안전한 저장을 통해 아시아 야생식물자원 다양성 보전 가치를 통합하는 시설로 성장하고자 한다.