Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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2006.05a
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pp.1167-1170
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2006
웹 인프라와 P2P 기술 개념을 기반으로 연구되고 있는 데이터 그리드 컴퓨팅 환경에서 중요한 문제 중 하나는 거대한 데이터 자료 접근에 관한 이슈이다. 요청된 자원 공간을 확보하기위해 저장되어 있는 자원을 선택하는 '캐쉬 교체 정책' 연구는 많이 연구되어 왔으나, 상항을 미리 예측하거나 스택과 같은 추가적인 자원이 필요하다. 본 논문은 기존 연구의 문제점을 해결하고 요청된 파일에 대응되는 파일의 개수가 되도록 적게 하기위해 파일 크기를 고려한 캐쉬 교체 정책을 제안하고 있다.
A virtual screening is the process of reducing an unmanageable number of compounds to a limited number of compounds for the target of interest by means of computational techniques such as molecular docking. And it is one of a large-scale scientific application that requires large computing power and data storage capability. Previous applications or softwares for molecular docking such as AutoDock, FlexX, Glide, DOCK, LigandFit, ViSION were developed to be run on a supercomputer, a workstation, or a cluster-computer. However the virtual screening using a supercomputer has a problem that a supercomputer is very expensive and the virtual screening using a workstation or a cluster-computer requires a long execution time. Thus we propose a service-based virtual screening system using Grid computing technology which supports a large data intensive operation. We constructed 3-dimensional chemical molecular database for virtual screening. And we designed a resource broker and a data broker for supporting efficient molecular docking service and proposed various services for virtual screening. We implemented service based virtual screening system with DOCK 5.0 and Globus 3.2 toolkit. Our system can reduce a timeline and cost of drug or new material design.
The Grid is new infrastructure to provide computing environment for grand challenge research by sharing large-scale resources. Currently the Globus becomes a de facto standard middleware to construct Grid and supports core services such as resource management, security, data transfer, information services, and so on. However, it still needs more works and researches to satisfy requirements from various grid applications. A workflow management is becoming a main service as one of the important grid services for complex grid applications. We propose a Meta Scheduling Framework (MSF) in this paper. The MSF provides a XML-based Job Control Markup Language (JCML) for describing information and procedures of grid applications, and a workflow management service for scheduling the job using the JCML and for processing the job effectively.
Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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2001.04b
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pp.10-12
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2001
대용량의 공간 데이터베이스로부터 임시적이고 유용한 지식을 자동적으로 추출하는 공간데이터 마이닝은 데이터양의 급격히 증가하면서 필요성이 더욱 증대되고 있다. 공간데이타 마이닝에서 데이터를 분석하여 유사한 그룹으로 분류하는 것은 중요한 분야이며, 이를 위해서는 공간 클러스터링 과정이 먼저 수행되어야 한다. 이러한 공간 클러스터링에서 가장 중요한 점은 클러스터링에 드는 비용의 감소와 점 공간객체에 한정된 클러스터링이 아닌 선 및 다각형 객체들의 클러스터링도 가능해야 한다. 본 본문은 이를 위하여 공간지역성을 보장하는 대표적인 공간분할 방법인 그리드 셀을 이용한다. 기존의 클러스터링에서 사용되는 객체들 간의 거리 계산을 인접한 그리드 셀들 간의 관계 연산으로 대체시키는 것이 핵심아이디어이다. 이 방법은 기존 클러스터링에서 객체들 간의 거리 계산으로 인한 비용을 현저하게 줄일 수 있고, 선 및 다각형 객체들의 클러스터링도 가능하게 하는 장점이 있다.
Kim Dong-Kwang;Jeong Karp-Joo;Shin Hyo-Seop;Hwang Sun-Tae
Journal of KIISE:Computer Systems and Theory
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v.33
no.9
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pp.563-573
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2006
Cyber-infrastructures for scientific and engineering applications require integrating heterogeneous legacy data in different formats and from various domains. Such data integration raises challenging issues: (1) Support for multiple independently-managed schemas, (2) Ease of schema evolution, and (3) Simple schema mappings. In order to address these issues, we propose a novel approach to semantic integration of scientific data which uses XML schemas and RDF-based schema mappings. In this approach, XML schema al-lows scientists to manage data models intuitively and to use commodity XML DBMS tools. A simple RDF-based ontological representation scheme is used for only structural relations among independently-managed XML schemas from different institutes or domains We present the design and implementation of a prototype system developed for the national cyber-environments for civil engi-neering research activities in Korea (similar to the NEES project in USA) which is called KOCEDgrid (http://www.koced.net).
This paper develops a framework for efficient resource management within the grid service environment. Resource management is the core element of the grid service; therefore, GridRMF(Grid Resource Management Framework) is modeled and developed in order to respond to such variable characteristics of resources as accordingly as possible. GridRMF uses the participation level of grid resource as a basis of its hierarchical management. This hierarchical management divides managing domains into two parts: VMS(Virtual Organization Management System) for virtual organization management and RMS(Resource Management System) for metadata management. VMS mediates resources according to optimal virtual organization selection mechanism, and responds to malfunctions of the virtual organization by LRM(Local Resource Manager) automatic recovery mechanism. RMS, on the other hand, responds to load balance and fault by applying resource status monitoring information into adaptive performance-based task allocation algorithm.
This paper proposes a light-weight, seamless integrated access control for global e-Science resource sharing. E-Science, based on Grid Computing, was designed to help scientists to remotely control and process the Grid resources such as high-end equipments and remote machines. As many researchers engage in the e-Science Grids, the researchers in a grid often have to wait for or give up use of the Grid resources, even when there are idle resources in other Grids. In this case, provided that proper compensation is given, Grid resource sharing is helpful both for the researchers and the Grids which provide their resources. But, sharing Grid resources globally is not simple, as each e-Science Grid is especially designed for resource sharing in its Virtual Organization(VO) and already has its unique access control policy for its resources. This paper proposes a new integrated access control for e-Science Grid resource sharing. The access control is light-weight without any priori service level agreement(SLA)s among the Grids which share their resources and seamless because the users can use the resources shared as the ones belonging to their Grids without their additional registration to the other Grids.
The Grid system is an emerging computing infrastructure that will substitute for existing distributed systems. However end users have a difficulty in using the Grid because of its complicated usage, which is an inherent characteristic from the heterogeneous mechanism of the Grid. In this paper, we present the JCML(Job Control Markup Language) and its GUI-based editor, which not only provide users with ease of use, improved working environment, but assist users to execute their jobs efficiently The JCML is a job control language that improves the RSL of Globus, which defines global services in Grid. The JCML is designed to support flexibility among various Grid services using standard XML. And it makes use of a graph representation method, GXL(Graph eXchange Language), to specify detailed job properties and dependencies among jobs using nodes and edges. The JCML editor provides users with GUI-based interface. With the JCML editor, a complicated job order can be easily completed using very simple manipulations with a mouse, such as a drag-and-drop.
Journal of Korea Spatial Information System Society
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v.7
no.2
s.14
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pp.39-45
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2005
Nowadays, the demand of the output analyzed from the grid data have been sharply increased as the remote sensing technologies and GIS related industry have been developed. Therefore, a metadata access system which fits the requirements of the users should be developed for better managing and utilizing gridded data. In this background, this study defined a common application schema through the analysis of the metadata built by numerous institutes based on the draft metadata standards. The draft metadata standards has been proposed from the study supported by ETRI at 2003 which mainly concentrated on establishing the standards of distributing metadata for the grid data. Also, XML based integrated system was developed to access metadata maintained by SaTReC as well as SIMC to facilitate more convenient data access for the grid data users. The results of the pilot system developed from this study can be expected to contribute to build more efficient and enlarged integrated access system of metadata for grid data.
The ALE specification of EPCglobal is leading the development of RFID standards, includes the Event Cycle Specification (ECSpec) describing how long a cycle is, how to filter RFID tag data and which reader is interested in. The ECSpec is a specification for filtering and collecting RFID tag data. It is registered to a middleware for long time and is evaluated to return results satisfying the requirements included in it. Thus, it is quite similar to the continuous query. It can be transformed into a continuous query as its predicate in WHERE clause is characterized by the long interval. Long intervals cause problems deteriorating insertion and search performance of existing query indices. In this paper, we propose a TLC-index as a new query index structure for long interval data. The TLC-index has hybrid structure that uses the cell construct of CQI-index with the virtual construct of VCR-index for partitioning long intervals. The TLC-index can reduce the storage cost and improve the insertion performance through decomposing long intervals into one or more cell constructs that have long size. It can also improve the search performance through decomposing short intervals into one or more virtual constructs that have short size enough to fit into those intervals.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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