• Journal of the Korean Chemical Society
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• v.63 no.6
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• pp.427-434
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• 2019

The role of hydrophobic residues on protein folding reaction was studied by folding kinetics measurements in conjunction with protein engineering. The HubWA, which was derived from human ubiquitin by mutating the residues at 45 (Phe to Trp) and 26 (Val to Ala), was used as a mutational background. Fourteen hydrophobic residues were mutated to alanine. Among fourteen variants generated, only four variant proteins (V5A, I13A, V17A, and I36A) were suitable for folding study. The folding kinetics of these variants was measured by stopped-flow fluorescence spectroscopy. The folding kinetics of HubWA and V17A was observed to follow a three-state on-pathway mechanism. On the other hand, folding kinetics of V5A, I13A, and I36A was observed to follow a two-state mechanism. Based on these observations, transition of protein folding reaction from collision-diffusion mechanism to nucleation-condensation mechanism was discussed.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2005.07b
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• pp.664-666
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• 2005

막횡단 단백질(Transmembrane Protein)은 약물표적(drug target)으로 신약개발로 대표되는 바이오 산업에서 중요한 연구대상이 되고 있다. 막횡단 단백질의 구조는 실험적 기법 또는 컴퓨터 모델링 기술을 이용하여 연구되고 있으며 컴퓨터 모델링 방법 중에서는 Hidden Markov Mode(HMM)에 기반한 시스템들이 좋은 성능을 보이고 있다. 그런데 이러한 시스템들은 구조형성에 관여하는 단백질의 다양한 특성에 대한 지식은 많이 고려하고 있지 않다. 만약 이러한 특성들이 고려된다면 구조 예측에 효과적인 보다 지능적인 모델을 만드는데 도움을 줄 수 있을 것이다. 본 논문은 단백질의 특성과 관련한 다양한 정보들을 융합하는데 효율적인 최대엔트로피모델(Maximum Entropy Model)을 이용하여 막횡단 단백질의 서열(sequence)로부터 막횡단 지역을 예측하는 방법을 제시하고자 한다.

• The KIPS Transactions:PartD
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• v.10D no.1
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• pp.133-142
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• 2003

The major challenge for post-genomic study is to identify structural similarity and relationships of proteins. SCOP (Structural Classification of Proteins) is a typical database for this purpose, providing a derailed description of the structural and functional relationships of the proteins whose three-dimensional structures have been determined. Unfortunately, since the SCOP data is only available as a plain text format, it is cumbersome and error-prone to develop tools and resources to utilize the data more effectively. To meet these researchers to utilize the data more effectively. To meet these requirements, we have developed an XML representation for the SCOP site, users of the tool, named, SCOPBrowser, for effective search of SCOP database. In addition to the information available from the SCOP site, users of the tool can obtain various information such as viewing the tree hierarchy of structure classification of proteins, searching into whole protein domains, showing XML contents of a specific domain, and some useful statistics about protein structures.

• Journal of IKEEE
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• v.13 no.3
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• pp.18-23
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• 2009

FEATURE is a computational method to recognize functional and structural sites for automatic protein function prediction. By profiling physicochemical properties around residues, FEATURE can characterize and predict functional and structural sites in 3D protein structures in a high-throughput manner. Despite its effectiveness, it has been challenging to apply FEATURE to novel protein data due to limited customization support. To address this problem, we thoroughly analyze the internal modules of FEATURE and propose a methodology to customize FEATURE so that it can be used for new protein data for automatic functional annotations.

• Journal of Life Science
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• v.10 no.3
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• pp.279-285
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• 2000

CRP (cyclic AMP receptor protein) regulate transcription of catabolite-sensitive genes in Escherichia coli. Wild-type and mutant CRP (S83G and S128A) proteins were used to measure the thermal stability and the temperature-dependent structural change by proteolytic digestion, UV spectrophotometer and CD spectrapolarimeter. The result indicated that wild-type CRP was more thermally stable than the mutant CRPs in the presence of cAMP. At a low temperature, wild-type CRP with cAMP was more sensitive to subtilisin than the mutant CRPs. At a high temperature, there was no difference of sensitivity to subtilisin among wild-type, S83G and S128A CRPs. CD spectra suggested that the secondary structure of CRP was destroyed partially at a high temperature.

• Journal of Sericultural and Entomological Science
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• v.38 no.2
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• pp.144-149
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• 1996

To develope the baculovirus expression vector system (BEVS) using Spodoptera exigua nuclear polyhedrosis virus (SeNPV), we characterized the polyhedrin of SeNPV. The SeNPV polyhedra was irregular and composed of the major protein molecular weight of 30 kDa determined by electronmicroscopy and SDS-AGE analysis, respectively. The nucleotid suquences of 876 bases including the coding region of polyhedrin gene was determined and it was revealed that the polyhedrin gene is located within Xho I 3.0Kb and Nco I 6.0 Kb by Southern blot analysis, respectively. Also, the Xho I 3.0 Kb and the Nco I 6.0 Kb fragments were cloned and restriction enzyme map of these clones were determined.

• The KIPS Transactions:PartD
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• v.8D no.5
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• pp.553-560
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• 2001

Bioinformatics is a discipline to support biological experiment projects by storing, managing data arising from genome research. In can also lead the experimental design for genome function prediction and regulation. Among various approaches of the genome research, the proteomics have been drawing increasing attention since it deals with the final product of genomes, i.e., proteins, directly. This paper proposes a data mining technique to predict the structural characteristics of a given protein group, one of dominant factors of the functions of them. After explains associations among amino acid subsequences in the primary structures of proteins, which can provide important clues for determining secondary or tertiary structures of them, it defines a sequence association rule to represent the inter-subsequences. It also provides support and confidence measures, newly designed to evaluate the usefulness of sequence association rules, After is proposes a method to discover useful sequence association rules from a given protein group, it evaluates the performance of the proposed method with protein sequence data from the SWISS-PROT protein database.

• The Microorganisms and Industry
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• v.14 no.1
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• pp.22-28
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• 1988

DNA 클로닝과 조작기술의 발전은 어떤 유전자의 특정한 위치에 선택적으로 돌연변이를 도입할 수 있는 site-specific mutagenesis 기술을 창출해 내었다. 이 기술로 DAN 염기의 치환, 결실, 삽입등을 클론된 유전자에 직접 도입할 수가 있게 되어 생체의 유전자 조작이나 유전자의 산물인 단백질의 구조와 기능을 의도적으로 변화시키는 protein engineering에 광범위하게 이용되고 있다. Protein engineering은 주로 단백질의 촉매 및 생리활성의 증가, 효소의 특성및 기질 특이성의 변화, 단백질 구조의 안정화 및 내염성 증가, 분자량의 감소, 효소및 생리활성 단백질의 구조의 안정화및 내열성 증가 등에 활용되고 있으며 산업적 유용성이 큰새로운 단백질의 창조에도 기여할 것으로 기대를 모으고 있다. Site-specific mutagenesis 기술로 현재 가장 널리 이용되는 것이 in vitro상에서 수행하는 oligonucleotide-directed site specific mutagenesis이다. 이 방법은 생화학적으로 합성한 특정한 염기서열을 가진 oligonucleotide들을 일종의 mutagen으로 사용하거나 효소적 DNA 합성을 위한 primer로 사용하여 클론된 DNA의 염기서열을 선택적으로 개조하거나 혹은 다른 조작을 하는 것이다. 여기서는 돌연변이율을 높이는 여러가지 개량된 방법들이 나왔으며 그중의 몇가지를 소개하였다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2002.10c
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• pp.268-270
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• 2002

오늘날 급속하게 발전하는 유전자 분석기술은 유전자 서열(sequence), 단백질의 기능(function) 및 구조(structure)정보와 같은 생명현상의 연구에 필수적인 정보들을 제공하게 되었다. 특히, 인간 유전체 프로젝트의 완성 이후 염기 및 단백질의 서열데이터를 이용하여 유사한 서열데이터의 검색 및 관련 단백질의 기능, 구조 정보들과 같은 생물정보의 종합적인 검색이 요구되고 있다. 하지만 기존 대부분의 통합서열분석시스템들은 단지 관련 정보를 포함하는 데이터 베이스들에 접근하며 서열유사성을 분석한 후, 그 결과를 단순히 디스플레이 하는 것이 대부분 이였다. 부연하면, 기존 통합 서열분석시스템들은 각 데이터베이스로부터 검색된 결과들 간의 명확한 관계를 설명하지 못하여 종합적인 생물정보를 제공하지 못하고 있다. 따라서 본 논문에서는 염기 및 단백질의 서열데이터로부터 서열유사성 검색 및 관련 단백질의 기능, 구조정보에 해당하는 종합적 인 생물정보를 효과적으로 검색, 서비스 할 수 있는 통합 서열분석시스템의 설계, 구현에 관해 기술한다.

• Proceedings of the Korea Multimedia Society Conference
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• 2000.04a
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• pp.311-314
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• 2000

분자 생물학의 발전염기서열, 단백질 서열, 지놈 서열 등의 서열데이터베이스와 단백질 3차구조를 제공하는 구조 데이터베이스등이 구축되어서 웹을 통해 많은 정보를 제공하고 있다. 전세계적으로 분산되어 있는 다양한 생물정보 데이터베이스의 효율적인 검색을 위해서 통합 검색 시스템의 개발이 필요하다. 이 논문에서는 전세계의 생물정보 데이터베이스의 개발 현황을 보이고 분산되어 있는 생물정보데이터베이스로부터 통합검색을 위한 생물정보 통합검색시스템(GenPlus)를 제안하였다. 제안한 GenPlus 에서는 염기 서열, 단백질서열, 그리고 키워드를 이용한 서열정보, 구조정보,완전한 지놈 정보, 그리고 문헌정보의 통합 검색을 제공한다.