• Proceedings of the Korean Vacuum Society Conference
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• 2015.08a
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• pp.129-129
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• 2015

Dry etcher, PECVD등의 플라즈마 공정 장비의 구조물에는 유전체로 절연된 금속판들이 사용된다. 플라즈마 이론을 보면 이들 표면의 전위는 양전하 플럭스와 음전하 플럭스가 같아서 순전류가 0이 되는 부유 전위를 갖는다. 금속과 같은 전도체의 표면은 모두 같은 전위를 가져야 한다. 일반적인 플라즈마 시뮬레이션 소프트웨어에는 이런 경계 조건이 선택 가능하지 않다. ESI사의 CFD-ACE+의 사용자 루틴 개발 기능을 이용하여 Fortran90문법으로 경계면 최인접 셀의 중심에서 구한 전자 온도와 경계면의 이온 입사 플럭스로 가중평균을 구한 이온 질량을 맥스웰분포를 가정한 부유 전위식에 대입하여 시뮬레이션을 CCP에서 구현하였다. 원형 챔버의 가장자리에 떠 있는 사각 링 전극을 가정하고 이 전극 표면이 접지 전위일때, 유전체 일때, 본 연구에서 개발한 루틴을 적용한 결과를 Ar CCP에 대해서 비교 분석하였다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• v.37 no.1
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• pp.12-24
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• 2010

Plant metabolomics is a research field for identifying all of the metabolites found in a certain plant cell, tissue, organ, or whole plant in a given time and conditions and for studying changes in metabolic profiling as time goes or conditions change. Metabolomics is one of the most recently developed omics for holistic approach to biology and is a kind of systems biology. Metabolomics or metabolite fingerprinting techniques usually involves collecting spectra of crude solvent extracts without purification and separation of pure compounds or not in standardized conditions. Therefore, that requires a high degree of reproducibility, which can be achieved by using a standardized method for sample preparation and data acquisition and analysis. In plant biology, metabolomics is applied for various research fields including rapid discrimination between plant species, cultivar and GM plants, metabolic evaluation of commercial food stocks and medicinal herbs, understanding various physiological, stress responses, and determination of gene functions. Recently, plant metabolomics is applied for characterization of gene function often in combination with transcriptomics by analyzing tagged mutants of the model plants of Arabidopsis and rice. The use of plant metabolomics combined by transcriptomics in functional genomics will be the challenge for the coming year. This review paper attempted to introduce current status and prospects of plant metabolomics research.

• Annual Conference of KIPS
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• 2001.10a
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• pp.105-108
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• 2001

cDNA(complementary DNA)를 복제(cloneing)하여 염기 서열화 한 EST(Expressed Sequence Tag) 데이터는 여러 생물체들의 염기서열 정보들과 비교를 통해 유사점을 찾거나 기능적 부위 검색을 통해 유전자 기능을 추정한 수 있어 기능 유전체 연구에 많이 사용되고 있다. EST 데이터를 식물은 특정종(Species)별로, 동물의 경우 종의 조직별로 클러스터링 함으로써 아직 알려지지 않은 종의 유전자를 밝혀낼 수 있음은 물론 유전자의 발현에 따른 단백질의 기능도 알아낼 수 있다. 따라서 이 논문에서는 NCBI에서 flatfile 형태로 제공하는 EST 데이터를 분석하여 관계형 데이터베이스로 모델링하고 구축하였다. 또한 EST 데이터의 효율적인 사용을 위하여 데이터를 특정 종의 조직별로 클러스터링하여 제공하는 시스템을 설계하고 구현하였다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• v.39 no.1
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• pp.33-48
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• 2012

As a scientific curiosity to understand the structure and the function of crops and experimental efforts to apply it to plant breeding, genetic maps have been constructed in various crops. Especially, in the case of Brassica crop, genetic mapping has been accelerated since genetic information of model plant $Arabidopsis$ was available. As a result, the whole $B.$ $rapa$ genome (A genome) sequencing has recently been done. The genome sequences offer opportunities to develop molecular markers for genetic analysis in $Brassica$ crops. RFLP markers are widely used as the basis for genetic map construction, but detection system is inefficiency. The technical efficiency and analysis speed of the PCR-based markers become more preferable for many form of $Brassica$ genome study. The massive sequence informative markers such as SSR, SNP and InDels are also available to increase the density of markers for high-resolution genetic analysis. The high density maps are invaluable resources for QTLs analysis, marker assisted selection (MAS), map-based cloning and comparative analysis within $Brassica$ as well as related crop species. Additionally, the advents of new technology, next-generation technique, have served as a momentum for molecular breeding. Here we summarize genetic and genomic resources and suggest their applications for the molecular breeding in $Brassica$ crop.

• Horticultural Science & Technology
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• v.33 no.2
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• pp.242-250
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• 2015

Insertional mutagenesis induced by T-DNA or transposon tagging offers possibilities for analysis of gene function. However, its potential remains limited unless good methods for detecting the target locus are developed. We describe a PCR technique for efficient identification of DNA sequences adjacent to the inserted T-DNA in a higher plant, Chinese cabbage (Brassica rapa ssp. pekinensis). This strategy, which we named variable argument thermal asymmetric interlaced PCR (VA-TAIL PCR), was designed by modifying a single-step annealing-extension PCR by including a touch-up PCR protocol and using long gene-specific primers. Amplification efficiency of this PCR program was significantly increased by employing an autosegment extension method and linked sequence strategy in nested long gene-specific primers. For this technique, arbitrary degenerate (AD) primers specific to B. rapa were designed by analyzing the Integr8 proteome database. These primers showed higher accuracy and utility in the identification of flanking DNA sequences from individual transgenic Chinese cabbages in a large T-DNA inserted population. The VA-TAIL PCR method described in this study allows the identification of DNA regions flanking known DNA fragments. This method has potential biotechnological applications, being highly suitable for identification of target genomic loci in insertional mutagenesis screens.

• Proceedings of the Korean Society for Bioinformatics Conference
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• 2003.10a
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• pp.210-219
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• 2003

오페론(operon)은 보통 미생물에서 다수의 인접한 유전자들로 구성된 그룹으로 하나의 유전자처럼 공통된 프로모터에 의해 전사되는 단위이다. 오페론을 구성하는 유전자들은 기능적으로 서로 유사하거나 같은 물질대사경로(metabolic pathway) 상에 존재하는 특징을 지니기 때문에 이들은 중요한 의미를 가지며, 미생물 유전체 분석에서 오페론을 구성하는 유전자들을 예측하는 것은 상당히 중요하다. 오페론을 예측하는 이전 연구들로는 이미 알려진 오페론의 특징인 유전자간 거리나 오페론을 구성하는 평균 유전자 개수 등을 이용하는 방법, 마이크로어레이 발현 실험을 이용한 방법, 전유전체(whole genome)들 간의 보존된 유전자 집합(conserved gene cluster)을 이용한 방법 그리고 물질대사경로를 이용한 방법 등이 있다. 본 논문에서는 COG 기능(function) 거리, 유전자 간의 거리, 코돈 사용빈도(codon usage) 그리고COG 기능 거리와 유전자간 거리를 같이 적용한 방법을 이용하여 오페론 예측을 위한 전처리 모델을 생성하였다 전처리 모델을 E. coli 전유전체에 적용해본 결과, 알려진 오페론들의 약 90%가 이를 포함하였다. 따라서 본 논문에서 제시한 전처리 모델은, 추후 오페론 예측을 위한 좋은 도구로 활용할 수 있을 것이다.

• The Science & Technology
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• v.35 no.1 s.392
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• pp.34-37
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• 2002

IT의 세계 - 3주전 약물복용 가려내는 "동공인식기술"/BT의 세계 - 새 차원의 생명과학 "유전체 정보"/NT의 세계 - 극한의 물질조작기술로 기능성 구조물 창출/ET의 세계 - 세계 인구 21억되면 지구는 낙원

• Food Science and Industry
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• v.40 no.4
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• pp.27-30
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• 2007

• Korean Journal of Poultry Science
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• v.37 no.3
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• pp.275-282
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• 2010

Chicken is an important livestock as a valuable biomedical model as well as food for human, and there is a strong rationale for improving our understanding on metabolism and physiology of this organism. The first draft of chicken genome assembly was released in 2004, which enables elaboration on the linkage between genetic and metabolic traits of chicken. The objectives of this study were thus to reconstruct metabolic pathway of the chicken genome and to construct a chicken specific pathway genome database (PGDB). We developed a comprehensive genome database for chicken by integrating all the known annotations for chicken genes and proteins using a pipeline written in Perl. Based on the comprehensive genome annotations, metabolic pathways of the chicken genome were reconstructed using the PathoLogic algorithm in Pathway Tools software. We identified a total of 212 metabolic pathways, 2,709 enzymes, 71 transporters, 1,698 enzymatic reactions, 8 transport reactions, and 1,360 compounds in the current chicken genome build, Gallus_gallus-2.1. Comparative metabolic analysis with the human, mouse and cattle genomes revealed that core metabolic pathways are highly conserved in the chicken genome. It was indicated the quality of assembly and annotations of the chicken genome need to be improved and more researches are required for improving our understanding on function of genes and metabolic pathways of avian species. We conclude that the chicken PGDB is useful for studies on avian and chicken metabolism and provides a platform for comparative genomic and metabolic analysis of animal biology and biomedicine.

• Proceedings of the Korean Society for Applied Microbiology Conference
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• 1986.12a
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• pp.513.1-513
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• 1986

Hyphantria Cunea NPV는 (흰불나방 바이러스) 유전적 기능을 알기 위하여 돌연변이 유발물질인 Nitrosoguanidine를 처리하여 돌연변이를 유발시킨 후 허용온도인 $25^{\circ}C$와 제한온도인 32$^{\circ}C$에서 Plaque assay하여 온도민감성 돌연변이체 13균주를 (ts-N220, -N 258, -N606, -N649 -N877 -N1420, -N1488, -N1491, -N1498, -N1512, N-2065,-N2076, -N2085) 를 분리 하였다.