• Journal of Korean Society of Steel Construction
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• v.11 no.1 s.38
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• pp.23-31
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• 1999

The concept models are used for the analysis of joints because they are simple to use and accurate. The modeling parameters of concept models are estimated using the results of experiments performed on the joints. The concept joint models accurately describe the behavior of joints under the loads which are used in the experiments for the estimation of parameters. However, they may not be accurate under the loads which are not used in the experiments. The accuracy can be dependent on the loads which are used in the evaluation of accuracy. In this study, antioptimization is presented to find the worst possible loads, under which the accuracy of concept joint models can be evaluated. The procedure was applied to the accuracy evaluation of concept joint models in an isolated 3-D joint and 2-D joints of a vehicle structure.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2005.11a
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• pp.967-969
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• 2005

유전자의 발현은 전사인자와 전사인자 결합부위의 결함에 의해 조절된다. 따라서 이러한 결합부위를 예측하는 것은 유전학 분야에서 중요한 이슈이다. 본 논문에서는 접미사 배열을 이용하여 전사인자가 결합할 것으로 예상되는 DNA 서열들의 공통서열을 추출하고, 이를 다시 입력 서열과 부분 정렬을 수행함으로써 전사인자가 결합하는 부위를 예측하는 알고리즘을 제시한다. 그리고 알려진 전사인자 결합부위를 가진 데이터로 실험한 결과를 통해 제시된 추출 방법의 성능에 대하여 논의한다.

• Analytical Science and Technology
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• v.24 no.6
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• pp.527-532
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• 2011

IQ motif-containing GTPase-activating protein 1 (IQGAP1), which is a well-known $Ca^{2+}$-independent calmodulin (CaM) binding protein, is involved in various cellular functions such as cell proliferation and cell migration. IQGAP1 has four repeated IQ motifs, which are crucial for CaM binding. It has been shown that all four IQ motifs of IQGAP1 can bind to $Ca^{2+}$/CaM, while the third and fourth IQ motifs of IQGAP1 can bind to apoCaM. However, it has not been clear whether the CaM binding of IQ motifs of IQGAP1 was mediated directly or indirectly. In this study, we examined whether the binding between CaM and each IQ motif of IQGAP1 was direct in vitro. As a result, we found that IQ1 motif has a weak $Ca^{2+}$-dependent CaM binding. In contrast, IQ3 has a $Ca^{2+}$-dependent CaM binding. All other motifs have no significant CaM binding. We also found that IQ(2.7-3) and IQ(3.5-4.4) have CaM binding capacity. This finding indicates that IQ motifs of IQGAP1 plays a dynamic role via different motif interactions with $Ca^{2+}$/CaM or proCaM.

• Journal of KIISE:Software and Applications
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• v.30 no.5_6
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• pp.487-496
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• 2003

The promoter that plays a very important role in gene expression as a signal part has various binding sites for transcription factors. These binding sites are located on various parts in promoter region and have highly conserved consensus sequence patterns. This paper presents a new method for the consensus pattern search in promoter regions using genetic algorithm, which adopts the assumption of N-occurrence-per-dataset model of MEME algorithm and employs the advantage of Wataru method in determining the pattern length. Our method will be employed by genome researchers who try to predict the promoter region on anonymous DNA sequence and to find out the binding site for a specific transcription factor.

• Proceedings of the Korean Nutrition Society Conference
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• 2002.05a
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• pp.60-67
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• 2002

락토페린은 주로 유즙에 많이 포함되어 있으며 인간 분비물 등에서도 발견되는 당단백질로써, 미생물 감염에 대한 방어작용이 있는 것으로 알려져 있다. 락토페린의 미생물에 대한 방어작용은 미생물 성장에 필요한 철이온이 락토페린에 결합하여 성장을 저해하기 때문인 것으로 알려져 있다. 락토페린은 이외에도 염증반응의 조절, 임파세포의 성장촉진 등 면역반응에도 관여하는데 이러한 활성은 철에 결합하는 성질과는 무관하게 일어나며 락토페린이 DNA에 결합하는 성질과 관련이 있는 것으로 추측되어진다. 락토페린은 DNA에 결합하여 유전자의 전사에 관여할 것으로 여겨지는데 그 동안 어떤 유전자의 발현에 관여하는지에 대해서 알려진 바가 없었다. 최근 본 연구팀은 락토페린이 포유세포의 세포유전자의 전사에 관여하는지를 분석한 결과 락토페린 결합부위를 가지고 있는 유전자중의 하나인 인간 인터루킨-1$\beta$ 유전자의 전사를 활성화시킨다는 연구 결과를 보여 주었다. 인간 myelogenous leukaemia 세포주인 K562 세포를 락토페린과 phorbolmyristate acetate(PMA)로 함께 처리하면 K562 세포의 인터루킨-1$\beta$ mRNA의 양은 PMA 단독으로 처리하였을 때 보다 상승적으로 더 많이 유도됨을 보여주었다. 또한 IL-1$\beta$/Luciferase 융합 유전자를 K562 배양세포에 넣어 전사 활성을 비교함으로써 락토페린에 의한 인터루킨-l$\beta$의 전사활성을 확인하였다. 락토페린을 전체, N-말단, 혹은 C- 말단 부위를 COS-1 세포에 발현시켜 전사 활성을 측정한 결과 C-말단 쪽은 전사활성이 없었으나 N-말단 90개 아미노산 부위(NIa라 명명)가 전사활성을 가지고 있음을 규명하였다. 본 연구결과는 락토페린이 인터루킨-l$\beta$의 유전자의 전사에 역할을 하고 있음을 보여 주고 있으며 또한 인터루킨-1$\beta$의 유전자 외에도 락토페린 결합 부위를 유전자의 조절부위에 포함하고 있는 세포 유전자의 전사도 관여할 수 있음을 제시하고 있다.

• Proceedings of the Korean Nutrition Society Conference
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• 2002.06a
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• pp.613-616
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• 2002

락토페린은 주로 유즙에 많이 포함되어 있으며 인간분비물 등에서도 발견되는 당단백질로써, 미생물 감염에 대한 방어작용이 있는 것으로 알려져 있다. 락토페린의 미생물에 대한 방어작용은 미생물 성장에 필요한 철이온이 락토페린에 결합하여 성장을 저해하기 때문인 것으로 알려져 있다. 락토페린은 이외에도 염증반응의 조절, 임파세포의 성장촉진 등 면역반응에도 관여하는데 이러한 활성은 철에 결합하는 성질과는 무관하게 일어나며 락토페린이 DNA에 결합하는 성질과 관련이 있는 것으로 추측되어진다. 락토페린은 DNA에 결합하여 유전자의 전사에 관여할 것으로 여겨지는데 그 동안 어떤 유전자의 발현에 관여하는지에 대해서 알려진 바가 없었다. 최근 본 연구팀은 락토페린이 포유세포의 세포유전자의 전사에 관여하는지를 분석한 결과 락토페린 결합부위를 가지고 있는 유전자중의 하나인 인간 인터루킨-1$eta$ 유전자의 전사를 활성화시킨다는 연구 결과를 보여 주었다. 인간 myelogenous leukaemia 세포주인 K562 세포를 락토페린과 phorbol myristate acetate(PMA)로 함께 처리하면 K562 세포의 인터루킨-1$\beta$ mRNA의 양은 PMA 단독으로 처리하였을 때 보다 상승적으로 더 많이 유도됨을 보여주었다. 또한 IL-1$\beta$/Luciferase 융합 유전자를 K562 배양세포에 넣어 전사 활성을 비교함으로써 락토페린에 의한 인터루킨-1$\beta$의 전사활성을 확인하였다. 락토페린을 전체, N-말단, 혹은 C- 말단 부위를 COS-1 세포에 발현시켜 전사 활성을 측정한 결과 C-말단 쪽은 전사활성이 없었으나 N-말단 90개 아미노산 부위(NIa라 명명)가 전사활성을 가지고 있음을 규명하였다. 본 연구결과는 락토페린이 인터루킨-I$\beta$의 유전자의 전사에 역할을 하고 있음을 보여 주고 있으며 또한 인터루킨-1$\beta$의 유전자 외에도 락토페린 결합 부위를 유전자의 조절부위에 포함하고 있는 세포 유전자의 전사도 관여할 수 있음을 제시하고 있다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2003.10b
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• pp.742-744
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• 2003

PDB로부터 얻은 51개의 단백질-RNA 복합체를 대상으로 기존 연구에서 얻은 단백질과 RNA의 결합 성향성 값과 본 논문에서 새로 구한 단백질의 표면 노출정도에 따른 결합 성향성 값을 이용하여 단백질의 결합 기대치를 구한다. 또한 구한 결합 기대치를 활용하여 새로운 단백질-RNA 복합체를 대상으로 단백질의 결합 부위 예측을 시도하였다. 결합 기대치는 0.240 이상인 경우 결합할 가능성이 높은 것으로 판별하였고, 그 결과 단백질의 결합 후보지를 전체 단백질의 25% 정도로 줄일 수 있었다.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2016.10a
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• pp.583-586
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• 2016

단백질과 RNA의 상호작용 데이터가 대량으로 늘어남에 따라, 단백질과 RNA의 결합부위를 예측하는 계산학적인 방법들이 많이 개발되고 있다. 하지만, 많은 계산학적인 방법들은 단백질에서 단백질과 RNA 결합부위를 예측한다는 한계점이 있었다. 본 논문에서는 RNA와 단백질의 서열정보를 모두 사용하여, 단백질과 결합하는 RNA 결합부위를 예측하는 기법과 그 결과를 논한다. WEKA random forest(http://www.cs.waikato.ac.nz/ml/weka/)를 이용하여 예측 모델을 개발하였고, RNA 서열의 서열 프로파일, 서열 composition, 결합 상대방의 단백질의 특성 등을 특정으로 표현하였다. Random forest 기법을 사용한 cross validation의 결과로서 1:1 모델에서 제일 높은 성능인 92.4% sensitivity, 92.0% specificity, 92.2% accuracy를 보였고, independent test에서는 72.5% sensitivity, 90.0% specificity, 2.1% accuracy를 보였다.

• Journal of the Korea Academia-Industrial cooperation Society
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• v.9 no.5
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• pp.1218-1224
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• 2008

Located on the upstream of a gene, the promoter region that plays a very important role in the control of gene expression as a signal part has various binding sites for transcription factors. These binding sites are present in various parts of the promoter region and assume an aspect of highly conserved consensus sequence pattern. This paper deals with the introductions of search methods for consensus pattern, including Wataru method, EM algorithm, MEME algorithm, Genetic algorithm and Phylogenetic Footprinting method, and intends to give future prospects of research on this field.

• Analytical Science and Technology
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• v.25 no.5
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• pp.333-338
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• 2012

IQ motif-containing GTPase-activating proteins (IQGAPs), which are well-known $Ca^{2+}$-independent calmodulin (CaM) binding proteins, are involved in various cellular functions such as cell proliferation, carcinogenesis and cell migration. The IQGAP3 similar to IQGAP1 has four repeated IQ motifs, which are crucial for CaM binding. It has been recently shown that all four IQ motifs of the IQGAP1 could bind to CaM, while not clear the binding of four IQ motifs of the IQGAP3. In this study, we examined the binding between CaM and each IQ motif of IQGAP3. As a result, we found that IQ2 and IQ3, but not IQ1 and IQ4, have a $Ca^{2+}$-independent CaM binding activity. We also found that IQ(3.5-4.4) on the IQGAP3 has $Ca^{2+}$-dependent CaM binding activity as similar with that of IQGAP1. This finding indicates that IQ motifs of the IQGAP3 plays a dynamic role via different interaction of IQ motifs with $Ca^{2+}$/CaM or apoCaM.