농림부가 올해 12월27일부터 개정될 축산법 시행령, 시행규칙 개정령(안) 중에서 개량대상 축종에 오리와 개가 신규 포함된 반면, 사슴이 빠져 있어 논란이 예상되고 있다. 본회 김수근 회장은 '사슴은 이미 사육가구수와 마리수에서 소, 돼지, 닭에 이어 4대 축종에 거론될 만큼 상당한 규모를 자랑하는데 이번 축산법 개정에서조차 개량대상 축종에서 제외된다는 것은 말도 안되는 불합리한 처사'라 반발하며 사슴도 축산법상 정식 개량대상 축종에 포함될 수 있도록 조치를 취해달라고 주장했다. 이에 대해 농림부 해당부서 관계자는 '사슴이 개량대상 축종에 포함되어야 한다는 요지의 공문과 자료를 관계부서에 제출하면 심의를 거쳐 대상 여부를 결정짓겠다'고 밝혔다. 이에 본회에서는 공문을 통해 농림부 해당부서에 '축산법 시행규칙에서 정하는 개량대상 가축에 사슴이 제외되어 있어 체계적인 개량사업 추진에 차질이 예상된다'고 밝히고 사슴을 정식 개량대상 축종에 포함시켜달라고 건의했다. 한편 농협중앙회는 '농림부 축산법 개정안에서 사슴이 개량대상 축종에 포함되지 않은 것은 뜻밖의 일'라고 밝히고 농협중앙회 차원에서도 사슴이 개량대상 축종에 포함될 수 있도록 농림부에 건의키로 했다. 농협중앙회 역시 타당성 근거를 위해 본회에 사슴 개량에 관련된 자료를 요청했으며 본회에서는 즉시 농협중앙회측에 자료를 발송했다. 아래는 본회가 농림부에 보낸 공문 및 사슴 개량 관련 자료.