본 논문은 2002년 3월 21일 EU의 제안서 제출로 시작된 DDA 각료선언문 para. 31(i)하에서 이루어지고 있는 무역-환경 논의쟁점에 기초하여 바이오안전성 맥락에서 특정무역의무 범위문제, 분쟁해결절차의 적용과 비당사국문제를 분석하였다. DDA 무역-환경 논의분석 결과에 기초하여 제시된 LMOs의 바이오안전성 확보를 위한 국가차원의 대응방향은 다음과 같다. 첫째, LMOs 수입국인 우리나라의 경우 넓은 범위의 바이오안전성의정서상 STOs의 WTO 수용은 LMOs 및 바이오산업에 손실에 초래시키지 않을 것이다. 오히려 수입 LMOs에 대한 안전성 확보를 위한 높은 수준의 보호를 보장할 것이다. 하지만, 수출국들은 LMOs의 수출에 대한 부정적인 영향을 보전하기 위해 다른 형태의 무역조치를 취할 수 있어, 그로 인한 영향을 감수해야 할 것이다. 수출국이 되는 경우 넓은 범위의 바이오안전성의정서상 STOs의 WTO 수용은 수출되는 LMOs 제품에 좋은 영향을 미치지는 못할 것이다. 따라서 생명공학기술의 진보속도 및 수준, LMOs 연구개발 및 생산추이 등과 STOs로 인한 여타 산업의 상황을 고려한 비용-편익분석을 통해 특정무역조치에 따른 시나리오를 구성하고, 시나리오별 중 단기 및 장기적 차원에서의 대응책을 마련해야 할 것이다. 둘째, 사회적 합리성에 근거하고 있는 바이오안전성의정서와 과학적 합리성에 근거하고 있는 WTO 규정은 상당 부분 상충되고 있어 분쟁해결시 어떠한 원칙을 적용할 것인가의 문제에 대한 합의는 쉽지 않을 것이다. 그렇기 때문에, 장기적인 논의가 요구되는 사안이다. 이러한 자원에서 LMOs 수입국인 우리나라는 현대생명공학기술에 의한 산물인 LMOs와 같은 신제품에 대해서는 과학적, 환경적, 사회 경제적 관점에서 다각적인 검토를 통한 국가간 이동에 대한 적절한 보호수준을 보장하기 위해 국제적 노력이 필요하다는 입장을 지속적으로 견지해야 할 것이다. 셋째, 바이오안전성의정서 당사국과 비당사국 간의 분쟁시 바이오안전성의정서 비당사국(만약, WTO 회원국일 경우)의 WTO 의무는 유효하다. 그렇기 때문에, 비당사국 바이오안전성의정서 당사국과의 LMOs 분쟁시 WTO 규정에 의한 문제해결을 시도할 것이다. 그렇지만, LMOs의 건전하고 안전한 이용을 위해서는 국가간 이동에 따른 적절한 보호수준을 보장해야만 한다. 이러한 맥락에서 우리나라는 MEAs를 충분히 고려해야 한다는 EU의 견해를 견지하되, 바이오안전성의정서 당사국과 비당사국(만약, WTO 회원국일 경우)간 분쟁가능성을 미연에 방지하기 위한 차원에서 바이오안전성 확보를 위한 무역규제조치 전 바이오안전성의정서에서 규정하고 있는 정책수단들을 적극 활용할 수 있는 방안을 다각도로 마련해야 할 것이다.