Journal of Information Management (정보관리연구)

Korea Institute of Science and Technology Information (한국과학기술정보연구원 과학기술정보센터)
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A Study on Design of Schema Integration based Biological Information Retrieval System

스키마 통합 기반 생명정보 검색시스템(BIRS) 설계에 관한 연구

  • 한건 (한국과학기술정보연구원 지식기반실) ;
  • 이상호 (한국과학기술정보연구원 지식기반실) ;
  • 안부영 (한국과학기술정보연구원 차세대연구환경개발실)
  • Published : 2009.03.30
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Abstract

In computer-based virtual lab, a bioscience researcher who wants to obtain bio information first uses a biodiversity-related database to retrieve information on species, ecology and distribution of an organism. The researcher also needs to access gene/protein databases such as GenBank or PDB to find information on the organism's genetic sequence and protein structure. Furthermore, the researcher should search for academic papers containing the information on the organism so that his research is based on comprehensive and accurate information. This series of activities often undermines research efficiency as it takes a lot of time and causes inconvenience on the part of researchers. To solve such inconvenience, we analyzed various methods for integrated search and chosen schema integration. In addition, we analyzed each databases and extracted metadata for designing schema integration. This paper introduces a biological information retrieval system(BIRS) using schema integration and it's interface that will increase research efficiency for bioscience.

컴퓨터로 옮겨 놓은 생물학 실험실에서 생명과학을 연구하는 연구자가 생명정보를 확인하려면 1차적으로 생물다양성 관련 데이터베이스에서 생명체에 관한 종정보, 생태정보, 분포정보를 검색해야 한다. 그리고 그 생명체를 구성하는 유전자 서열정보와 단백질 구조정보를 Genbank, PDB 등의 유전자/단백질 데이터베이스에서 검색해야 한다. 또한 그 생명체에 관한 학술적 내용이 수록된 학술논문까지 별도로 검색해야만 그 생명체에 관한 포괄적이고도 정확한 정보를 획득하여 연구에 활용할 수 있다. 이런 일련의 과정은 연구자에게 불편함과 함께 많은 시간이 소요됨으로 인해 연구의 효율성을 저하시키는 요인이 되고 있다. 이런 불편함을 해결하기 위하여 통합검색하기 위한 여러 방법을 분석하고, 그중 스키마 통합을 선택하였다. 또한 스키마 통합을 위하여 각각의 데이터베이스의 스키마를 분석하고 메타데이터를 추출하여 Mediated 스키마를 설계하였다. 본 논문에서 설계한 생명정보 검색시스템(BIRS, Biological Information Retrieval System)과 인터페이스를 사용하여 생명과학을 연구하는 연구자들의 연구의 효율성을 향상시킬 수 있을 것이다.

Keywords

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