The Korean Journal of Mycology (한국균학회지)

The Korean Society of Mycology (한국균학회)
권호 표지

RAPD Analysis for the Evaluation of Genetic Diversity Among the Fusarium Species from Various Sources

각종 작물로부터 분리한 Fusarium속 균의 RAPD 기법을 이용한 유전분석

  • 최혜선 (강원대학교 농업생명과학대학 식물응용과학부) ;
  • 김경수 (강원대학교 농업생명과학대학 식물응용과학부) ;
  • 김명조 (강원대학교 농업생명과학대학 식물응용과학부) ;
  • 심재욱 (동국대학교 응용생물학과) ;
  • 김병섭 (한국화학연구소 스크리닝연구센타) ;
  • 이민웅 (동국대학교 응용생물학과) ;
  • 이윤수 (강원대학교 농업생명과학대학 식물응용과학부)
  • Published : 1997.09.30
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Abstract

In this study, we evaluated the use of RAPD method to discriminate among strains of Fusarium species including F. oxysporum and f. sp. of F. oxysporum. As a result of the amplication, fifteen primers showed total 180 bands ranging from 0.2 to 3 Kb. Among those 180 bands, 126 polymorphic bands were used for bionominal matrix code (0, 1), and UPGMA dendrogram analysis. Fusarium oxysporum isolate 355 showed high similarity with F. oxysporum isolate 358 at 0.9603. Fusarium roseum isolate 87 and F. oxysporum isolate 358, F. o. f. sp. lycopersici isolate 69 and F. o. f. sp. melongena 68 showed low similarity of 0.3809. Fusarium oxysporum isolate 361 and F. o. f. sp. raphani isolate 218 showed similarity of 0.8730, F. oxysoprum isolate 354 and unidentified Fusarium sp. isolate 228 showed similarity matrix of 0.7936, and F. roseum isolate 87 and F. o. f. sp. raphani isolate 57 showed similarity matrix of 0.5873.

Fusarium을 간단한 방법으로 DNA를 추출한 후, 유전적 다형성을 검출하는 방법인 RAPD(Randomly Amplified Polymorphic DNA)를 이용하여 Fusarium균의 유전적 다형성과 계통분류학적 분석을 실시하였다. 20개의 분리균을 배양하여 얻어진 균사체로부터 genomic DNA를 추출하여 PCR을 실시 15개의 primer에서 $0.2{\sim}3\;Kb$ 크기의 band를 총 180개 얻었다. 180개의 band 중 다형화 현상을 보이는 band는 126개로 이를 이용하여 bionominal matrix code(0,1)을 작성한 후 UPGMA법을 이용하여 각 균주간의 관계를 분석하였다. Fusarium oxysporum 균주중 355번(F. oxysporum)과 358번(F. oxysporum)은 0.9603의 높은 상동성을 보인 반면, F. roseum (87번)과 F. oxyspoyum (358번), 69번 (F. o. f. sp. lycopersici)과 68번(F. o. f. sp. melongena)은 0.3809의 낮은 상동성을 보였다. 361번 (F. oxysporum)과 218번 (F. o. f. sp. ruphani)은 0.8730의 유사도를 354번(F. oxysporum), 228번(Fusarium sp.)은 0.7936의 유사도, 87번(F. roseum)과 57번(F. o. f. sp. raphani)은 0.5873 유사도를 가진다.

Keywords

References

  1. Formae speciales and races of Fusarium oxysporum causing wilt diseases;Fusarium: Diseases, Biology, and Taxonomy Armstrong, G.M.;Armstrong, J.K.;Nelson, P.E.(ed.);Toussoun, T.A.(ed.);Cook, R.J.(ed.)
  2. Phytopathology v.84 Differentiation of Fusarium oxysporum f. sp. vasinfectum races on cotton by random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis Assigbetse, K.B.;Fernandez, D.;Dubois, M.P.;Geiger, J.P.
  3. Can. J. Bot. v.64 Vegetative compatibility groups among nonpathogenic root-colonizing strains of Fusarium oxysporum Correll, J.C.;Puhalla, J.E.;Schneider, P.W.
  4. Can. J. Bot. v.69 Analysis of vegetative compatibility groups in nonpathogenic populations of Fusarium oxysporum isolated from symptomless tomato roots Elias, K.S.;Schneider, R.W.;Lear, M.M.
  5. Phytopathology v.83 Use of random amplified polymorphic DNA(RAPD) to characterize race 2 of Fusarium oxysporum f. sp. pisi. Grajal-Martin, M.J.;Simon, C.J.;Muehlbauer, F.J.
  6. Phytopathology v.83 Mitochondrial DNA(mtDNA)-Relatedness among formae speciales of Fusarium oxysporum in the Cucuritaceae Kim, D.H.;Martyn, R.D.;Magill, C.W.
  7. Phytopathology v.81 Repetitive genomic sequences for determining relatedness among strains of Fusarium oxysporum Kistler, H.C.;Momol, E.A.;Benny, U.
  8. Phytopathology v.84 Use of the RAPD technique for identification of Fusarium oxysporum f. sp. dianthi from carnation Manulis, S.;Kogan, N.;Reuven, M.;Ben-Yephet, Y.
  9. Appl. Environ. Microbiol. v.60 Characterization of the formae speciales of Fusarium oxysporum causing wilts of cucurbits by DNA fingerprinting with nuclear repetitive DNA sequences Namiki, F.;Shiomi, T.;Kayamura, T.;Tsuge, T.
  10. Plant Mol. Biol. Man. v.6 Extraction of DNA from plant tissue Rogers, S.O.;Bendich, A.J.
  11. NTSYS-pc, numerical taxonomy and multivariate analysis system Rohlf, F.J.
  12. Cluster analysis for researchers Romesburg, H.C.
  13. Numerical Taxonomy Sneath, P.H.;Sokal, R.R.