Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference (한국정보처리학회:학술대회논문집)

  • 2019.10a
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  • Pages.1107-1109
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  • 2019
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  • 2005-0011(pISSN)
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  • 2671-7298(eISSN)
Korea Information Processing Society (한국정보처리학회)
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Seed기반의 short read aligner 구현에 관한 연구

  • Ji, Mingeun (Department of Multimedia Engineering, Dongguk University) ;
  • Kim, Jeongkyu (Department of Multimedia Engineering, Dongguk University) ;
  • Yi, Gangman (Department of Multimedia Engineering, Dongguk University)
  • 지민근 (동국대학교 멀티미디어공학과) ;
  • 김정규 (동국대학교 멀티미디어공학과) ;
  • 이강만 (동국대학교 멀티미디어공학과)
  • Published : 2019.10.30
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Abstract

차세대 게놈 시퀀싱(NGS) 기술이 발전하면서 방대하게 축적된 유전체 데이터를 분석하기 위해 다양한 시퀀스 정렬 연구가 진행되고 있다. 시퀀스 정렬 중 잘 알려진 BLAST에서는 휴리스틱 기반의 시퀀스 정렬을 수행하여 긴 리드 시퀀스에 대해 속도와 안정성이 보장되지만 짧은 리드 시퀀스에 대해서는 성능이 저하되는 문제가 있다. 이 문제를 해결하기 위해 본 논문에서는 레퍼런스 시퀀스와 쿼리 시퀀스를 Seed 기반으로 분리하여 정렬을 수행한다. 최종적으로는 contig를 추출하고 레퍼런스-쿼리간 유효한 contig만 선별하여 빠르게 짧은 리드 시퀀스들의 정렬을 수행할 수 있는 정렬기를 구현하고자 한다.

Keywords