Proceedings of the Korean Society of Computer Information Conference (한국컴퓨터정보학회:학술대회논문집)

Korean Society of Computer Information (한국컴퓨터정보학회)
권호 표지

Algorithm for extracting signaling pathways based on Protein-Protein Interaction and Protein location Information

Protein-Protein Interaction 에 세포 내 위치 정보를 활용한 단백질 신호전달 경로 추출 알고리즘 연구

  • Jo, Mi-Kyung (Dept. of Computer Science and Engineering Ewha Womans) ;
  • Kim, Min-Kyung (Dept. of Computer Science and Engineering Ewha Womans) ;
  • Park, Hyun-Seok (Dept. of Computer Science and Engineering Ewha Womans)
  • 조미경 (이화여자대학교 컴퓨터공학과) ;
  • 김민경 (이화여자대학교 컴퓨터공학과) ;
  • 박현석 (이화여자대학교 컴퓨터공학과)
  • Published : 2009.01.08
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Abstract

Intracellular signal transduction is achieved by protein-protein interaction. In this paper, we suggest performance algorithm based on Yeast protein-protein interaction and protein location information. We compare if pathways predicted with high valued weights indicate similar tendency with pathways provided in KEGG.

단백질과 단백질의 상호작용은 최근 각광받고 있는 분야이다. 효모를 이용해 two-hybrid system의 실험으로 밝혀진 약 5,000여 개의 이스트 단백질의 위치정보를 이용하여 가중치를 부여고 단백질 신호 전달 경로 추출을 위한 LSPF 알고리즘을 최초로 제안 하였다. 세포 내 단백질 위치정보를 기반으로 제안한 LSPF 알고리즘에 의해 산출된 결과 중 의미적 상관도가 높은 것을 채택한 후 KEGG에서 제공하는 신호전달 경로와 같은 신호전달 경로를 추출하는지 비교분석 하였다. 최초로 제안된 단백질 위치정보를 이용한 신호전달 경로 찾기 연구가 발전되면 다양한 유전적 질병의 원인을 파악할 수 있고 치료제 개발에 단서를 얻을 수 있는 초석이 될 수 있다.

Keywords