한국정보과학회:학술대회논문집 (Proceedings of the Korean Information Science Society Conference)

한국정보과학회 (Korean Institute of Information Scientists and Engineers)
권호 표지

열역학적 데이터에 기반한 DNA/DNA 연쇄 결합 반응 시뮬레이션

Simulation of DNA/DNA Hybridization Chain Reaction Using Thermodynamic Data

  • 장하영 (서울대학교 공과대학 컴퓨터공학부 바이오지능 연구실) ;
  • 신수용 (서울대학교 공과대학 컴퓨터공학부 바이오지능 연구실) ;
  • 장병탁 (서울대학교 공과대학 컴퓨터공학부 바이오지능 연구실)
  • 발행 : 2003.10.01
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초록

DNA/DNA의 연쇄 결합 반응에 대한 시뮬레이션을 열역학적 데이터를 이용하여 구현하였다. 1-Base의 non Watson-Crick 결합과, dangling end(결합이 이루어진 두개의 DNA strand 중 한쪽 끝이 다른 쪽 끝보다 길거나 짧은 경우)를 허용하는 nearest-neighbor model을 사용하여 구현된 이 모델에서는 한번의 hybridization만을 예측하는 것이 아니라 연속적인 결합 반응의 시뮬레이션이 가능하다. 이를 통해서 분자 알고리즘의 설계와 검증이 가능할 뿐만 아니라, cross-homology의 검사를 통한 시퀀스의 검증까지도 가능하다. 이러한 in silico 에서의 접근 방식은 효율적인 분자 알고리즘의 개발과 신뢰성 있는 시퀀스의 설계에 도움이 될 수 있다.

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