한국정보과학회:학술대회논문집 (Proceedings of the Korean Information Science Society Conference)

한국정보과학회 (Korean Institute of Information Scientists and Engineers)
권호 표지

PromSearch: 신경망을 이용한 코어 프로모터 예측 프로그램

PromSearch: a core-promoter prediction program using neural networks

  • 김병희 (서울대학교 컴퓨터공학부 바이오지능연구실) ;
  • 김윤희 (서울대학교 컴퓨터공학부 바이오지능연구실) ;
  • 남진우 (서울대학교 컴퓨터공학부 바이오지능연구실) ;
  • 임명은 (한국전자통신연구원) ;
  • 심정섭 (한국전자통신연구원) ;
  • 박선희 (한국전자통신연구원) ;
  • 장병탁 (서울대학교 컴퓨터공학부 바이오지능연구실)
  • 발행 : 2003.10.01
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초록

PromSearch는 DNA 염기서열 상에서 프로모터의 위치를 예측하는 프로그램이다. 다루는 대상은 인간 DNA의 프로모터이며, 프로모터의 TSS(transcription start site, 전사시작지점)를 예측하는 것을 목표로 한다. 프로모터 영역을 세분하여 각 영역에 대한 프로파일을 PWM(position weight matrix)을 이용해 작성하며, 임의의 염기서열이 입력으로 주어지면 세분한 영역의 점수를 신경망을 이용해 통합하여 프로모터 여부와 TSS의 위치를 결정한다. 프로모터 영역의 분할은 코어 프로모터의 구성 요소인 TATA-box와 Inr, DPE(downstream promoter element), 그리고 코어 프로모터의 위쪽으로 150bp 크기의 영역 등으로 4분할하였다. Fickett의 데이터를 이용한 평가 결과 sensitivity 43%, specificity 88fp(1/376bp)의 성능을 보였다.

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