• 제목/요약/키워드: yeast two hybrid

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Kinesin-I과 직접 결합하는 STAR RNA 결합 단백질인 SAM68, SLM-1과 SLM-2의 규명 (The STAR RNA Binding Proteins SAM68, SLM-1 and SLM-2 Interact with Kinesin-I)

  • 석대현
    • 생명과학회지
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    • 제21권9호
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    • pp.1226-1233
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    • 2011
  • 키네신은 신경세포에서 미세소관 위를 따라 소포들을 운반하는 분자 motor 단백질로 4개의 단백질로 구성되어있다. 신경세포내에서 발현하는 KIF5C가 세포 내에서 어떤 특정소포를 이동시키는가는 신경세포성장에서 중요문제이다. 이에 본연구는 KIF5C와 결합하는 단백질을 동정하기 위하여 효모 two-hybrid 방법을 사용하여 KIF5C와 특이적으로 결합하는 $\underline{S}$am68-$\underline{l}$ike $\underline{m}$ammalian protein 2 (SLM-2)을 확인하였다. $\underline{S}$ignal $\underline{T}$ransducers and $\underline{A}$ctivators of $\underline{R}$NA (STAR) family의 한 종류이며 RNA processing에 관여하는 RNA 결합단백질인 SLM-2는 KIF5s의 C-말단과 결합하며, 또한 SLM-2의 C-말단은 KIF5s와 결합하는데 필수영역이였다. 이러한 단백질간의 결합은 Glutathione S-transferase (GST) pull-down assay를 통하여 SAM68, SLM-1, SLM-2은 특이적으로 Kinesin-I과 결합함을 확인하였으며, SAM68의 항체로 면역침강한 결과 KIF5s와 mRNA는 같이 침강하였다. 신경 세포의 말단에는 돌기형성에 필요한 단백질들의 주형인 mRNA가 다수 존재하며, 이러한 mRNA는 세포의 중앙에서 세포의 말단쪽으로 이동하여야 하는데, 이번 연구 결과는 Kinesin-I이 특이적으로 mRNA을 운반할 것으로 예상된다.

Betaine-γ-aminobutyric acid transporter 1 (BGT-1/mGAT2)과 Munc-18-interacting (Mint) 단백질의 PDZ 결합 (Betaine-γ-aminobutyric Acid Transporter 1 (BGT-1/mGAT2) Interacts with the PDZ Domain of Munc-18 Interacting Proteins (Mints))

  • 김상진;정영주;최선희;최춘연;전희재;문일수;석대현;장원희
    • 생명과학회지
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    • 제22권9호
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    • pp.1159-1165
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    • 2012
  • ${\gamma}$-Aminobutyric acid (GABA)는 신경세포 밖으로 분비된 후 GABA 수송체들(GATs)에 의하여 다시 신경세포 안으로 재흡수 된다. 그러나, GABA 수송체들이 어떻게 연접전막의 위치에 안정적으로 존재하는지 또한 어떤 단백질과 결합하여 조절을 받는지는 알려져 있지 않다. 본 연구에서 효모 two-hybrid system을 이용하여 betaine-${\gamma}$-aminobutyric acid transporter 1 (BGT-1/mGAT2)의 C-말단과 특이적으로 결합하는 Munc-18-interacting (Mint) 단백질을 분리하였다. BGT-1/mGAT2의 C-말단에 존재하는 "T-H-L" 아미노산배열은 Mint2와의 결합에 필수적으로 관여하였다. Mint2은 BGT-1/mGAT2와는 결합하지만, 다른 종류의 GAT와는 결합하지 않았다. 또한 HEK-293T 세포에 Mint2와 BGT-1/mGAT2을 동시에 발현시켜 면역침강한 결과 두 단백질은 같이 면역침강하였으며, 두 단백질은 세포 내에서 세포막 부위에 같이 존재함도 확인하였다. 이러한 결과들은 Mint2가 BGT-1/mGAT2와 결합하여 BGT-1/mGAT2을 조절하는 역할을 함을 시사한다.

GAT1과 ubiquitin-specific protease Usp14의 결합 (Interaction of GAT1 with Ubiquitin-Specific Protease Usp14 in Synaptic Terminal)

  • 석대현;김상진;정영주;예성수;박영홍;김무성;문일수;장원희
    • 생명과학회지
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    • 제20권7호
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    • pp.1005-1011
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    • 2010
  • $\gamma$-aminobutyric acid (GABA)는 중추신경계에서 억제성으로 작용하는 주요한 신경전달물질이다. GABA 수송체(GAT)는 연접간격에 존재하는 GABA를 세포 내로 재 흡수하여 GABA의 농도를 조절한다. 그런데 GABA 수송체가 어떻게 조절되는지는 아직 밝혀지지 않았다. 본 연구에서는 효모 two-hybrid system을 사용하여 뇌의 주요 GABA 수송체인 GAT1의 C-말단과 특이적으로 결합하는 ubiquitin-specific protease 14 (Usp14)를 분리하였다. Usp14는 GABA 수송체 GAT1및 GAT2와는 결합하지만, 다른 GAT isoform과는 결합하지 않았다. GAT1과의 결합에는 Usp14의 C-말단부위가 필수적으로 관여함을 확인하였다. 또한 이 단백질간의 결합을 GST pull-down assay로 확인하였으며, 생쥐 뇌 균질액의 co-immunoprecipitation을 통하여 in vivo에서도 GAT1과 Usp14가 결합함을 확인하였다. 이러한 결과들은 Usp14가 GAT1과 결합하여 세포막에 존재하는 GAT1의 수를 조절하는 역할을 할 가능성을 시사한다.

OsHSF7 gene in rice, Oryza sativa L., encodes a transcription factor that functions as a high temperature receptive and responsive factor

  • Liu, Jin-Ge;Qin, Qiu-lin;Zhang, Zhen;Peng, Ri-He;Xiong, Ai-Sheng;Chen, Jian-Min;Yao, Quan-Hong
    • BMB Reports
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    • 제42권1호
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    • pp.16-21
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    • 2009
  • Three novel Class A genes that encode heat shock transcription factor (HSF) were cloned from Oryza Sativa L using a yeast hybrid method. The OsHSF7 gene was found to be rapidly expressed in high levels in response to temperature, which indicates that it may be involved in heat stress reception and response. Over-expression of OsHSF7 in transgenic Arabidopsis could not induced over the expression of most target heat stress-inducible genes of HSFs; however, the transcription of some HSF target genes was more abundant in transgenic plants following two hours of heat stress treatment. In addition, those transgenic plants also had a higher basal thermotolerance, but not acquired thermotolerance. Collectively, the results of this study indicate that OsHSF7 might play an important role in the response to high temperature. Specifically, these findings indicate that OsHSF7 may be useful in the production of transgenic monocots that can over-express protective genes such as HSPs in response to heat stress, which will enable such plants to tolerate high temperatures.

Direct and functional interaction between dopamine D2 receptor and ALY

  • Yang, Ji-Hye;Cheong, Da-Woon;Seo, Hyung-Ju;Kim, Moon-Soo;Kim, Kyeong-Man
    • 대한약학회:학술대회논문집
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    • 대한약학회 2002년도 Proceedings of the Convention of the Pharmaceutical Society of Korea Vol.2
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    • pp.270.1-270.1
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    • 2002
  • The signaling pathway of D2 dopamine receptor was studied using yeaslt two-hybrid system.. The 3rd cytoplasmic loop of rat D2 dopamine receptor was used to screen the cDNA library of mouse brain. and ALY was found to interact with it. The interaction in the yeast was observed only with the 3rd cytoplasmic loop of D2 dopamine receptor but not with that of D3 or D4 dopamine receptor. The interaction between two proteins was also confirmed by GST pull-down assay. (omitted)

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RTP1, a Rat Homologue of Adenovirus ElA-associated Protein BS69, Interacts with DNA Topoisomerase II

  • Oh, Misook;Rha, Geun-Bae;Yoon, Jeong-Ho;Sunwoo, Yang-Il;Hong, Seung-Hwan;Park, Sang-Dai
    • Animal cells and systems
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    • 제6권3호
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    • pp.277-282
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    • 2002
  • Topoisomearse II is an essential enzyme in all organisms with several independent roles in DNA metabolism. Recently, it has been demonstrated that the C-terminal region of topoisomerases II is associated with hetero-logous protein-protein interactions in human and yeast. In this study, we identified that RTP1, a rat homologue of EIA binding protein BS69, is another topoisomerae II interacting protein by yeast two-hybrid screening. RTP1 has an E1A-binding domain and a MYND motif, which are known to be required for transcriptional regulation by binding to other proteins and interaction with the leucine zipper motif of topoisomerase II. The physical interaction between RTP1 and topoisomerase ll$\alpha$ was examined by GST pull-down assay in vitro. The expression level of RTP1 peaks in S phase as that of topoisomerase ll$\alpha$. These results suggest that the interaction between topoisomerase ll$\alpha$ and RTP1 might play an important role in regulating the transcription of genes involved in DNA metabolism in higher eukaryotes.

Identification and characterization of a rice MCM2 homologue required for DNA replycation

  • Cho, Jae-Han;Kim, Ho-Bang;Kim, Hyung-Sae;Choi, Sang-Bong
    • BMB Reports
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    • 제41권8호
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    • pp.581-586
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    • 2008
  • The pre-replication complex (pre-RC), including the core hexameric MCM2-7 complex, ensures that the eukaryotic genome is replicated only once per cell division cycle. In this study, we identified a rice $\underline{m}ini\underline{c}hromosome$ $\underline{m}aintenance$ (MCM) homologue (OsMCM2) that functionally complemented fission yeast MCM2 (CDC19) mutants. We found OsMCM2 transcript expression in roots, leaves, and seeds, although expression levels differed slightly among the organs. Likewise, the OsMCM2 protein was ubiquitously expressed, but it was downregulated when nutritients were limiting, indicating that MCM2 expression (and therefore cell cycle progression) requires adequate nutrition. Yeast two-hybrid and GST pull-down assays demonstrated that OsMCM2 interacted with the COP9 signalosome 5 (CSN5). Taken as a whole, our results indicated that OsMCM2 functions as a subunit of the rice MCM complex and interacts with CSN5 during developmental regulation.

Kinesin Light Chain 1 (KLC1)의 Tetratricopeptide Repeat (TPR) 도메인과 Rab effector, EHBP1L1의 결합 (Rab Effector EHBP1L1 Associates with the Tetratricopeptide Repeat Domain of Kinesin Light Chain 1)

  • 정영주;박성우;김상진;김무성;엄상화;이정구;석대현
    • 생명과학회지
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    • 제30권1호
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    • pp.10-17
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    • 2020
  • Kinesin 1은 미세소관을 따라 plus말단으로 이동하는 모터단백질로 세포내 물질 수송에 관여한다. Kinesin 1은 경쇄단위체(light chain subunit)를 통하여 운반체들인, 세포내 소기관, 다양한 소포체, 신경전달물질 수용체 단백질, 세포신호전달 단백질과 여러 단백질 복합체들과 결합하여 운반하는 kinesin superfamily protein (KIFs)의 한 종류이다. Kinesin light chains 1 (KLC1)은 모터 기능이 없는 단위체로서 kinesin heavy chain (KHC)과 결합한다. KLC1은 다양한 매개단백질들과 결합하지만 아직 결합하는 매개단백질이 충분히 밝혀지지 않았다. 본 연구에서는 KLC1의 tetratricopeptide repeat (TPR) 영역과 결합하는 단백질을 분리하기 위하여 효모 two-hybrid 탐색한 결과 EH domain-binding protein 1-like 1 (EHBP1L1) 을 분리하였다. EHBP1L1은 KLC1의 TPR 영역을 포함한 부위와 결합하지만 KIF5B (kinesin 1의 모터 단백질)과 KIF3A (kinesin 2의 모터 단백질)와는 결합하지 않았다. 또한 KLC1은 EHBP1L1의 C-말단에 존재하는 coiled-coil 도메인과 결합하였으며, 다른 EHBP1L1의 isoform인 EHBP1과는 결합하지 않았다. KLC1은 GST와는 결합하지 않지만 GST-EHBP1L1과 GST-EHBP1L1-coiled-coil domain과는 결합하였다. HEK-293T세포에 EHBP1L1과 KLC1을 동시에 발현시켰을 때 두 단백질은 세포 내에서 같은 부위에 존재하며, EHBP1L1을 면역침강한 결과 KLC1뿐만 아니라 KIF5B와도 같이 침강함을 확인하였다. 이러한 결과들은 kinesin 1은 EHBP1L1이 결합한 운반체를 수송함을 시사한다.

Heterotrimeric kinesin-2의 KIF3A와 creatine kinase B의 결합 (The Heterotrimeric Kinesin-2 Family Member KIF3A Directly Binds to Creatine Kinase B)

  • 정영주;박성우;서미경;김상진;이원희;김무성;엄상화;이정구;석대현
    • 생명과학회지
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    • 제31권3호
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    • pp.257-265
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    • 2021
  • Kinesin은 세포의 중심부에서 세포막쪽으로 미세소관을 따라 이동하며, heterotrimeric kinesin-2는 kinesin superfamily (KIF)의 한 종류로 미세소관의 plus방향으로 이동하는 분자 모터 단백질이다. Heterotrimeric kinesin-2는 모터 활성을 가지는 3종류(KIF3A, KIF3B와 KIF3C)와 kinesin-associated protein 3 (KAP3)이 결합한 형태로 KIF3s의 운반체 결합 영역을 통하여 다양한 결합 단백질과 결합한다. 그러나, 다양한 운반체를 수송하는 heterotrimeric kinesin-2를 조절하는 조절단백질에 대하여서는 아직 밝혀지지 않았다. 본 연구에서는 heterotrimeric kinesin-2를 조절하는 조절단백질을 단백질을 분리하기 위하여 KIF3A의 운반체 결합 영역과 결합하는 단백질을 효모 two-hybrid system을 사용하여 탐색한 결과, 뇌에 특이적으로 발현하는 세포질 크레아틴 키나아제(CKB)를 분리하였다. CKB의 C-말단은 KIF3A의 운반체 결합 영역과 결합하지만, KIF3B, KIF5B와 KAP3과는 결합하지 않았다. 다른 단백질 키나아제인 CaMKIIa는 KIF3A와 결합하지만 GSK3a는 KIF3A와 결합하지 않았다. 또한 KIF3A은 GST-CKB-C와는 결합하지만 GST-CKB-C와 GST와는 결합하지 않았다. HEK-293T세포에 CKB와 KIF3A을 동시에 발현시켰을 때 두 단백질은 세포 내에서 같은 부위에 존재하며, CKB 혹은 KIF3A을 면역침강한 결과 KIF3A뿐만 아니라 KIF3B와도 같이 침강함을 확인하였다. 이러한 결과들은 CKB-KIF3A 결합은 세포내에서 에너지가 부족되는 조건에서 heterotrimeric kinesin-2의 운반체 수송을 조절할 가능성을 시사한다.

Systematic Identification of Hepatocellular Proteins Interacting with NS5A of the Hepatitis C Virus

  • Ahn, Ji-Won;Chung, Kyung-Sook;Kim, Dong-Uk;Won, Mi-Sun;Kim, Li-La;Kim, Kyung-Shin;Nam, Mi-Young;Choi, Shin-Jung;Kim, Hyoung-Chin;Yoon, Mi-Chung;Chae, Suhn-Kee;Hoe, Kwang-Lae
    • BMB Reports
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    • 제37권6호
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    • pp.741-748
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    • 2004
  • The hepatitis C virus is associated with the development of liver cirrhosis and hepatocellular carcinomas. Among the 10 polyproteins produced by the virus, no function has been clearly assigned to the non-structural 5A (NS5A) protein. This study was designed to identify the hepatocellular proteins that interact with NS5A of the HCV. Yeast two-hybrid experiments were performed with a human liver cDNA prey-library, using five different NS5A derivatives as baits, the full-length NS5A (NS5A-F, amino acid (aa) 1~447) and its four different derivatives, denoted as NS5A-A (aa 1~150), -B (aa 1~300), -C (aa 300~447) and D (aa 150~447). NS5A-F, NS5A-B and NS5A-C gave two, two and 10 candidate clones, respectively, including an AHNAK-related protein, the secreted frizzled-related protein 4 (SFRP4), the N-myc downstream regulated gene 1 (NDRG1), the cellular retinoic acid binding protein 1 (CRABP-1), ferritin heavy chain (FTH1), translokin, tumor-associated calcium signal transducer 2 (TACSTD2), phosphatidylinositol 4-kinase (PI4K) and $centaurin{\delta}$ 2 ($CENT{\delta}2$). However, NS5A-A produced no candidates and NS5A-D was not suitable as bait due to transcriptional activity. Based on an in vitro binding assay, CRABP-1, PI4K, $CENT{\delta}2$ and two unknown fusion proteins with maltose binding protein (MBP), were confirmed to interact with the glutathione S-transferase (GST)/NS5A fusion protein. Furthermore, the interactions of CRABP-1, PI4K and $CENT{\delta}2$ were not related to the PXXP motif (class II), as judged by a domain analysis. While their biological relevance is under investigation, the results contribute to a better understanding of the possible role of NS5A in hepatocellular signaling pathways.