• 대한수의학회지
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• 제32권3호
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• pp.399-402
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• 1992

국내에서 발생한 토끼 바이러스성 간염 소위 토끼 출혈병의 원인 바이러스를 감염토끼의 간조직으로 부터 분리정제한 후 바이러스의 핵산과 구성 단백질의 특징을 관찰하였던 바 다음과 같은 결과를 얻었다. 토끼간염바이러스는 분자량이 약 54 kilodalton인 한개의 구조단백을 가진 RNA 바이러스이며 바이러스 핵산의 크기는 약 7.5 kilobases로 나타났고 바이러스의 RNA는 배양세포에서는 감염을 일으키지 않았다. 바이러스 구성단백의 양상과 핵산의 크기 등을 종합해 볼 때 토끼의 간염 바이러스는 Caliciviridae에 속하는 것으로 간주된다.

• 미생물학회지
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• 제38권2호
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• pp.86-95
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• 2002

최근 인간을 비롯한 다양한 생명체의 genome project연구결과 밝혀진 유전자들의 염기서열을 토대로, 생명체 구성성분의 실질적 인 역할을 하는 단배질의 기능을 밝히는 proteomics에 관한 연구의 필요성 이 대두되고 있다. 따라서, 이 연구는 post-genomics시대에 다양한 종류의 단백질 기능과 상호작용의 기초연구에 필수적 인 새로운 포유동물세포 유전자 발현벡터를 RNA 바이러스인 소설사성 바이러스(Bovine Viral Diarrhea Virus)의 infectious CDNA molecular clone을 이용하여 개발하였다. 먼저 BVDV의 infectious CDNA molecular clone (pNADLclns-)을 이용하여 puromycin 항생제에 저항성을 나타내는 puromycin acetyltransferase (pac) 유전자를 삽입하여 recombinant full-length infectious CDNA clone을 합성하였다. 합성된 recombinant CDNA clone을 주형으로 T7 RNA polymerase를 사용하여 in vitro transcribed full-length viral RNA를 합성하였다. 합성된 viral RNA의 자가복제 여부는 MDBK세포에 transfection시킨 후, $^{32}P$ 로 metabolically label함으로써 확인하였다. 또한, transfection된 세포에서의 바이러스 단백질 발현여부는 바이러스에 특이적으로 반응하는 anti-NS3 단클론항체를 사용하여 분석하였다. 또한, infectious CDNA clone을 응용하여 새로운 포유동물세포유전자 발현벡터의 개발을 위해서, 먼저 바이러스의 구조단백질이 바이러스의 자가복제에 필수적인 지를 평가하였다. 실험결과, 각각의 구조단백질 유전자를 deletion한 recombinant cDNA clone으로부터 합성된 viral RMA의 자가복제여부는pac유전자의 발현여부로 recombinant cDNA clone으로부터 합성된 recombinant viral RMA를 MDBK 세포에 transfection시킨 후, puromycin으로 selection함으로써 할 수 있었다. Deletion실험결과, 각각의 구조단백질 capsid및 E0, El, E2는 바이러스의 자가복제에 영향을 기치지 않음을 알 수 있었다. 이와 더불어, 바이러스의 모든 구조단백질을 함께deletion하였을 경우에도 자가복제에는 영향을 기치지 않는 것을 합성된 viral replicon을 이용한 실험에서 알 수 있었다. 이렇게 합성된 BVDV의 replicon을 사용하여 포유동물의 발현벡터로써 사용할수 있는 지의 여부를 분석하기 위해서 pac유전자 이외에 luciferase유전자를 사용하여 MDBK및 HeLa, BHK세포에서의 단백질 발현정도를 시간 별로 분석한 결과, BVDV의 replicon을 다양한 종류의 유전자 발현벡터로사용할 수 있음을 알 수 있었다. 그러므로, RNA바이러스의 하나인 BVDV의 viral replicon을 이용하여 다양한 종류의 포유동물 세포에 유전자 발현벡터로써 사용할 수 있음으로 post-genomics시대에 다양한 종류의 단백질 기능연구에 맡은 도움이 되리라 기대한다.

• 한국식물병리학회지
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• 제10권3호
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• pp.228-234
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• 1994

Genomic RNA was extracted from Cy strain of odontoglossum ringspot tobamovirus (ORSV-Cy) isolated from infected leaves of tobacco cv. Samsun. Size of the genomic RNA was about 6.6 kb in length. The genomic RNA was fractionated using Sephadex G-50 column chromatography into 2 fractions. They were polyadenylated at their 3'-end using E. coli poly(A) polymerase. Polyadenylated viral RNA was recovered by oligo (dT) primer adapter containing NotI restriction site and Moloney murine leukemia virus SuperScript reverse transcriptase (RNase H-). Second-strand cDNA was synthesized by using E. coli DNA ligase, E. coli DNA polymerase I and E. coli RNase H. Recombinant plasmids containing cDNAs for ORSV-Cy RNA ranged from about 800 bp to 3,000 bp. Among the selected 238 recombinants, pORCY-124 clone was the largest one covering 3'-terminal half of the viral RNA. This clone contained two restriction sites for EcoRI and XbaI and one site for AccI, AvaI, BglII, BstXI, HindIII, PstI, and TthIII 1. respectively. The clone contained partial viral replicase, a full-length movement protein and a complete coat protein genes followed by a 3' untranslated region of 414 nucleotides based on restriction mapping and nucleotide sequencing analyses. Clones pORCY-028, -068, -072, -187 and -224 were overlapped with the pORCY-124. Clones pORCY-014 and -095 covered 5' half upstream from the middle region of the viral RNA, which was estimated based on restriction mapping and partial sequence analysis. Constructed cDNA library covered more than 90% of the viral genome.

• 미생물학회지
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• 제45권3호
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• pp.286-290
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• 2009

조류인플루엔자 바이러스 mRNA의 전사는 감염 동안에 시간적으로 조절되어진다. 감염 후 세포 내에서 증식된 바이러스가 방출되어 세포를 다시 감염하게 되면 전사 수준 분석에 오차가 발생할 수 있으므로 바이러스가 방출 되기 이전에 전사 수준의 측정이 이루어져야 한다. 본 연구에서는 조류인플루엔자 H9N2를 감염시킨 닭의 섬유아세포주 UMNSAH/DF-1에서 바이러스 감염 후 증식된 바이러스의 방출까지의 시간을 측정하기 위하여 배양액 중에 방출되는 바이러스 RNA 게놈 수준을 semi-quantitative RT-PCR에 의해 측정하였다. 배양액 중의 바이러스 RNA 게놈의 분리 과정에서 발생할 수 있는 RNA 회수율의 오차를 보정하기 위해 mouse의 전체 RNA를 배양액 시료에 넣어서 바이러스 RNA 분리에 carrier로 사용하고 그 속에 포함된 mouse의 GAPDH를 RNA를 역전사 반응 및 PCR의 내부 대조 RNA로 사용하였다. 그 결과 감염 후 방출까지 16~20시간이 소요됨을 알 수 있었다. 따라서 감염 후 12시간 후에 세포 내에서 합성된 8종의 전사체의 수준을 측정하였다. 8종의 mRNA 중 PA를 제외한 7종의 mRNA (HA, NA, PB1, PB2, NP, M, NS를 암호화하는 mRNA)는 뚜렷한 증폭 band를 보였으며, 이것은 이들이 전사활성 측정에 사용될 수 있는 것으로 나타났다. 이상과 같은 전사수준의 측정 방법은 조류인플루엔자 바이러스의 RNA polymerase를 표적으로 한 항바이러스제의 검색에 사용할 수 있을 것으로 보인다.

• 식물병연구
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• 제11권2호
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• pp.98-105
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• 2005

기주 식물체 내에서 식물바이러스의 증식과 이동 여부는 바이러스 게놈과 기주 간의 상호작용에 의해 결정된다. 바이러스는 기주 내에서 바이러스가 증식하고 이동하기 위해서는 기주의 요소들을 이용해야 하며, 이러한 기주 요소들은 바이러스의 기주내 침입(entry),바이러스 유전자의 발현, 그리고 바이러스 입자형성(virion assembly) 등 모든 과정에서 직접적으로 관여를 하거나, 또는 기주 단백질 발현과 저항성을 조절하여 바이러스 증식에 간접적으로 관여를 한다. 기주 요소들과 상호작용을 통해서 바이러스 증식에 관여함으로써, 기주 특이성 및 바이러스의 병 발생에 관여를 할 것으로 보고 있다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제16권3호
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• pp.1037-1040
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• 2015

Hepatitis C is a blood-borne infectious disease of liver, caused by a small enveloped, positive-single stranded RNA virus, called the hepatitis C virus (HCV). HCV belongs to the Flaviviridae family and has 6 genotypes and more than 100 subtypes. It is estimated that 185 million people are infected with HCV worldwide and 5% of these are in Pakistan. The study was designed to evaluate different genotypes of HCV circulating in District Mardan and to know about the behavior of these genotypes to different anti-viral regimes. In this study 3,800 patients were exposed to interferon alfa-2a plus Ribavirin treatment for 6-months and subjected to real-time PCR to check the viral response. Among these 3,677 (97%) patients showed no detectable HCV RNA while 123 (3%) patients (non-responders) remained positive for HCV RNA. Genotypes of their analyzed showed that most of them belonged to the 3a genotype. Non-responders (123) and relapsed (5) patients were subjected to PEG-interferon and Ribavirin therapy for next 6 months, which resulted into elimination of HCV RNA from 110 patients. The genotypes of the persisting resistant samples to anti-viral treatment were 3b, 2a, 1a and 1b. Furthermore, viral RNA from 6 patients remained un-typed while 4 patients showed mixed infections. HCV was found more resistant to antiviral therapy in females as compared to mals. The age group 36-45 in both females and males was found most affected by infection. In general 3a is the most prevalent genotype circulating in district Mardan and the best anti-viral therapy is PEG-interferon plus Ribavirin but it is common practice that due to the high cost patients receive interferon alfa-2a plus Ribavirin with consequent resistance in 3% patients given this treatment regime.

• 대한의생명과학회지
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• 제2권2호
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• pp.249-255
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• 1996

토끼 출혈증 바이러스에 감염된 조직을 10% 포르말린 고정, 파라핀 블록으로 보관했던 것으로 표본을 만들고 biotin 표지된 올리고뉴클레오티드 probe를 사용하는 in situ hybridization 기법으로 viral RNA를 조사하였다. in situ hybridization 기법은 핵산을 규명하는 다른 방법들에 비하여 신속하고 특이성인 높은 기법으로 모든 과정이 MicroProbe$^{TM}$ capillary action system에서 1-2시간 이내에 완료된다. Viral RNA는 간세포의 세포질과 신장의 피질에서 주로 관찰되었으나, 폐조직과 신장의 수질에서는 부분적으로 적색신호가 보였다. 비록 기술적인 한계를 가지고 있지만 다른 핵산 진단방법 보다 많은 장점을 가지고 있어 조직 병리학적으로 바이러스 진단하는데 하나의 독특한 기법으로 채용되리라 기대된다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제31권3호
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• pp.358-367
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• 2021

The World Health Organization (WHO) has declared the coronavirus disease 2019 (COVID-19) as an international health emergency. Current diagnostic tests are based on the reverse transcription-quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) method, which is the gold standard test that involves the amplification of viral RNA. However, the RT-qPCR assay has limitations in terms of sensitivity and quantification. In this study, we tested both qPCR and droplet digital PCR (ddPCR) to detect low amounts of viral RNA. The cycle threshold (CT) of the viral RNA by RT-PCR significantly varied according to the sequences of the primer and probe sets with in vitro transcript (IVT) RNA or viral RNA as templates, whereas the copy number of the viral RNA by ddPCR was effectively quantified with IVT RNA, cultured viral RNA, and RNA from clinical samples. Furthermore, the clinical samples were assayed via both methods, and the sensitivity of the ddPCR was determined to be equal to or more than that of the RT-qPCR. However, the ddPCR assay is more suitable for determining the copy number of reference materials. These findings suggest that the qPCR assay with the ddPCR defined reference materials could be used as a highly sensitive and compatible diagnostic method for viral RNA detection.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제29권1호
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• pp.127-140
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• 2019

Since 1990, many nucleic acid expression platforms consisting of DNA or RNA have been developed. However, although RNA expression platforms have been relatively neglected, several such platforms capped at the 5' end of RNA by an anti-reverse cap analog have now been developed. At the same time, the capping reaction is a bottleneck in the production of such platforms, with high cost and low efficiency. Here, we investigated several viral and eukaryotic internal ribosome entry sites (IRESs) to develop an optimal RNA expression platform, because IRES-dependent translation does not require a capping step. RNA expression platforms constructed with IRESs from the 5' untranslated regions of the encephalomyocarditis virus (EMCV) and the intergenic region of the cricket paralysis virus (CrPV) showed sufficient expression efficiency compared with cap-dependent RNA expression platforms. However, eukaryotic IRESs exhibited a lower viral IRES expression efficiency. Interestingly, the addition of a poly(A) sequence to the 5' end of the coxsackievirus B3 (CVB3) IRES (pMA-CVB3) increased the expression level compared with the CVB3 IRES without poly(A) (pCVB3). Therefore, we developed two multiexpression platforms (termed pMA-CVB3-EMCV and pCrPV-EMCV) by combining the IRESs of CVB3, CrPV, and EMCV in a single-RNA backbone. The pMA-CVB3-EMCV-derived RNA platform showed the highest expression level. Moreover, it clearly exhibited expression in mouse muscles in vivo. These RNA expression platforms prepared using viral IRESs will be useful in developing potential RNA-based prophylactic or therapeutic vaccines, because they have better expression efficiency and do not need a capping step.

• The Plant Pathology Journal
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• 제23권2호
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• pp.90-96
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• 2007

To overcome the problem of the yield reduction due to the viral satellite mediated protection, a culture mix of three nitrogen-fixing bacteria species of the genus Azospirillum (A. brasilienses N040, A. brasilienses SP7, and A. lipoferum MRB16), and one strain of cyanobacteria (Anabena oryzae Fritsch) were utilized as biofertilizer mixture in both greenhouse and field experiments. When protected plants were treated with biofertilizer mixtures, the fruit yield of biofertilized plants increased by 48% and 40% in a greenhouse and field experiment, respectively, compared to untreated plants inoculated with the protective viral strain alone. Polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) analysis of total nucleic acid (TNA) extracts revealed that biofertilization did not affect the accumulation of the viral satellite RNA (CARNA 5) that is required for plant protection against other destructive viral strains of CMV. The yield increment was a good compensation for the yield loss caused by the use of the protective viral strain associated with CARNA 5.