Genome analysis process requires several steps of various software analysis tools. We propose WGAT(Web-based Genome Analysis Tool), which combines several tools for gene analysis and provides a graphic user interface for users. Software tools related to gene analysis are based on Linux or Unix oriented program, which is difficult to install and use for biologists. Furthermore, files generated from gene analysis frequently require manual transformation for next step input file. Web-based tools which are recently developed process orily one sequence at a time. So it needs many repetitive processes to analyze large size data file. WGAT is developed to support Web-based genome analysis for easy use as well as fast service for users. Whole genome data analysis can be done by running WGAT on Linux server and giving sequence data files with various options. Therefore many steps of the analysis can be done automatically by the system. Simulation shows that WGAT method gives 20 times faster analysis when sequence segment is one thousand.
Kim, Jun-Sub;Yeom, Hye-Jung;Kim, Seung-Jun;Kim, Ji-Hoon;Park, Hye-Won;Oh, Moon-Ju;Hwang, Seung-Yong
Molecular & Cellular Toxicology
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v.3
no.3
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pp.208-213
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2007
With the help of a development and popularization of microarray technology that enable to us to simultaneously investigate the expression pattern of thousands of genes, the toxicogenomics experimenters can interpret the genome-scale interaction between genes exposed in toxicant or toxicant-related environment. The ultimate and primary goal of toxicogenomics identifies functional context among the group of genes that are differentially or similarly coexpressed under the specific toxic substance. On the other side, public reference databases with transcriptom, proteom, and biological pathway information are needed for the analysis of these complex omics data. However, due to the heterogeneous and independent nature of these databases, it is hard to individually analyze a large omics annotations and their pathway information. Fortunately, several web sites of the public database provide information linked to other. Nevertheless it involves not only approriate information but also unnecessary information to users. Therefore, the systematically integrated database that is suitable to a demand of experimenters is needed. For these reasons, we propose SOP (Search of Omics Pathway) database system which is constructed as the integrated biological database converting heterogeneous feature of public databases into combined feature. In addition, SOP offers user-friendly web interfaces which enable users to submit gene queries for biological interpretation of gene lists derived from omics experiments. Outputs of SOP web interface are supported as the omics annotation table and the visualized pathway maps of KEGG PATHWAY database. We believe that SOP will appear as a helpful tool to perform biological interpretation of genes or proteins traced to omics experiments, lead to new discoveries from their pathway analysis, and design new hypothesis for a next toxicogenomics experiments.
In the IoT environment, various things could be connected. Those connected things learn and operate themselves, by acquiring data. As human being, they have self-learning and self-operating systems. In the field of IoT study, therefore, the key issue is to design communication system connecting both of the two different types of subjects, human being(user) and the things. With the advent of the IoT environment, much research has been done in the field of UI design. It can be seen that research has been conducted to take complex factors into account through keywords such as multi-modality and interusability. However, the existing UI design method has limitations in structuring or testing interaction between things and users of IoT environment. Therefore, this paper suggests a new UI prototyping method. In this paper, the major analysis and studies are as follows: (1) defined what is the behavior process of the things (2) analyzed the existing IoT product (3) built a new framework driving personality types (4) extracted three representative personality models (5) applied the three models to the smart home service and tested UI prototyping. It is meaningful with that this study can confirm user experience (UX) about IoT service in a more comprehensive way. Moreover, the concept of the personality of things will be utilized as a tool for establishing the identity of artificial intelligence (AI) services in the future.
The EGI system is a new communication method in limelight for helping disabled users to input and handle information on the computer more easily. However, due to the EGI system's "JEM(Jittery Eye Movements)" generation, it actually increases heavy psychological and physiological stresses for the user to input or perceive the target information on a machine. This study illustrates how to resolve this "JEM" issue and suggests a method that is easy and simple to be controled by anyone. A demo tool was built and tested to find and prove the reasons for "JEM" This test shows that that the case with snap up is less stressful than without to input text as a final result of the test evaluation in both psychological snap up and physiological brain wave test. Postnatal or naturally acquired, it is found that the disabled can have opportunities for smoother communication, and a possible efficient system development for better communication.
Massive Multiplayer Online Role Playing Games(MMORPGs) headed by some Korean game companies such as NC Soft, NHN, and Nexon have exploded in recent years. However, it becomes one of the major challenges for the MMORPG developers to design their games to appeal to gamers since only a few MMORPGs succeed whereas they require a huge amount of initial investment. Under this background, our study derives the major elements for designing MMORPG from the literature, and identifies the ones critical to the users' satisfaction and their willingness to pay among the derived elements. Though most previous studies on the design elements of MMORPG have used analytic hierarchy process(AHP), our study adopts artificial neural network(ANN) as the tool for identifying key success factors in designing MMORPG. The results of our study show that the elements of the game contents quality have a bigger effect on the user's satisfaction, whereas the ones of the value-added systems have a bigger effect on the user's willingness to pay. They also show that user interface affects both the user's satisfaction and willingness to pay most. These results imply that the strategies for the development of MMORPG should be aligned with its goal and market penetration strategy. They also imply that the satisfaction and revenue generation from MMORPG cannot be achieved without convenient and easy control environment. It is expected that the new findings of our study would be useful forthe developers or publishers of MMORPGs to build their own business strategies.
An investigation by KRNIC (Korea Network Information Center) on the real state of usage of internet has shown that 96.9% of children investigated had experiences of using internet. Especially the firstly ranked item that had been answered by children as a necessity of internet was 'Studying to solve tasks' rated by 83.9%. As seen from the research result, the need as a homework sonics is actually so dominant that it cannot be ignored when considering the profitability at the area of education contents, but any profound research has not been accomplished yet. Internet has been positioned as a more effective and fruitful learning tool, and also all activities done by users for exploring informations and choosing learning items under the on-line circumstances are based on the successive mutual reactions between users and computers. Up to now much of the web based learning circumstances has been introducing the User Interface using metaphor, and the same is found dominantly from the sites for children. But in spite of the availability of metaphor mentioned above the current status is much lack of profound researches about metaphor interface; and what is more, in the case of the site for elementary school students the gap of the ability recognizing metaphor is very large between lower classes and higher classes according to the degree of mental growth but that is used to be simply ignored, then a common concept is adapted to interface for all grades of classes and moreover for infant and kindergarten without any objections. Based on foregoing problems this research has put the main focus on the groping and presenting desirable directions on the prospect design of interface for children-oriented sites by analyzing the status of practical usage of metaphor interface in the field of the sites for children-oriented learning sites with concentration upon homework supporting domains.
Journal of Institute of Control, Robotics and Systems
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v.17
no.11
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pp.1074-1081
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2011
As robotics systems are becoming more complex there is the need to promote component based robot development, where systems can be constructed as the composition and integration of reusable building block. One of the most important challenges facing component based robot development is safeguarding against software component failures and malfunctions. The health monitoring of the robot software is most fundamental factors not only to manage system at runtime but also to analysis information of software component in design phase of the robot application. And also as a lot of monitoring events are occurred during the execution of the robot software components, a simple data treatment and efficient memory management method is required. In this paper, we propose an efficient events monitoring and data management method by modeling robot software component and monitoring factors based on robot software framework. The monitoring factors, such as component execution runtime exception, Input/Output data, execution time, checkpoint-rollback are deduced and the detail monitoring events are defined. Furthermore, we define event record and monitor record pool suitable for robot software components and propose a efficient data management method. To verify the effectiveness and usefulness of the proposed approach, a monitoring module and user interface has been implemented using OPRoS robot software framework. The proposed monitoring module can be used as monitoring tool to analysis the software components in robot design phase and plugged into self-healing system to monitor the system health status at runtime in robot systems.
State-space method for the analysis of the dynamic characteristics of a body motion is set up as mathematical tool for the solution of differential equation by computer. Representation of a system is described as a simple form of matrix calculation and unique form of model is available for the linear or nonlinear, time variant or time invariant, mono variable or multi variable system etc. For the analysis of state-space method a complicated vector calculation is required, but this analysis can be simplified with the specific functions of a software package. Recently as the Graphical User Interface softwares are well-developed, then it is very simplified to execute the simulation of the dynamic characteristics for the state-space model with the interactive graphics treatment. The purpose of this study is to developed the simulator for the educational analysis of the dynamic characteristics of body motion, and for the analysis of the longitudinal dynamic characteristics of an aircraft that is primarily to design the simulator for the analysis of the transient response of an aircraft longitudinal stability.
Proceedings of the Korean Institute of Information and Commucation Sciences Conference
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2000.10a
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pp.284-287
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2000
Recently, developing medical devices have a tendency becoming the module for satisfying user's mutual complex needs. Because the most effective method for the observation of patients condition a diagnosis and a treatment is collecting data from various devices and controling operation following it. Module tendency is more popular due to manage easily totally many individual systems. This study implemented communication protocol to control by one control system connecting modular medical devices. Implemented system consist of one master module controlling all module and managing communication and many Slave modules. Communication between each modules introduced SPI(Serial Peripheral Interface) among many synchronous serial communication methods for the exact transmission and receipt of data. All communication executes by packet format. This can detect error. And, this protocol introduced PNP(Plug And Play) function that auto-detect connecting or removing module during running. This protocol exactly transmitted and received in faster speed more than 1Mbps. And in practical application to the ventilator this confirmed to give and take real-time data. And various functions by th central control system is implemented in this protocol.
Real-time support of embedded OS is not optional, but essential in contemporary embedded systems. In order to achieve these system#s real-time property, it is crucial that schedulability analysis for tasks having its property have been accomplished before system execution. Acquiring Worst-Case Execution Time(WCET) of task is a core part of schedulability analysis. Because traditional WCET tools analyze only its estimation of application task(i.e. program), it is not considered that application tasks are affected by scheduling primitives(e.g. scheduler, interrupt service routine, etc.) of OS when it schedules them. In this paper, we design and implement WCET analysis tool which deliberates on scheduling primitives of system using embedded Linux widely used in embedded OSes. This tool can estimate either WCET of normal application programs or corresponding primitives which have an influence on schduling property in embedded Linux kernel. Therefore, precision of estimation about schedulability analysis is improved. We develop this tool as Eclipse#s plug-in to work properly in any platform and support convenient interface or functionality for user.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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