Podolsky, Maxim D;Barchuk, Anton A;Kuznetcov, Vladimir I;Gusarova, Natalia F;Gaidukov, Vadim S;Tarakanov, Segrey A
Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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제17권2호
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pp.835-838
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2016
Background: Lung cancer remains one of the most common cancers in the world, both in terms of new cases (about 13% of total per year) and deaths (nearly one cancer death in five), because of the high case fatality. Errors in lung cancer type or malignant growth determination lead to degraded treatment efficacy, because anticancer strategy depends on tumor morphology. Materials and Methods: We have made an attempt to evaluate effectiveness of machine learning algorithms in the task of lung cancer classification based on gene expression levels. We processed four publicly available data sets. The Dana-Farber Cancer Institute data set contains 203 samples and the task was to classify four cancer types and sound tissue samples. With the University of Michigan data set of 96 samples, the task was to execute a binary classification of adenocarcinoma and non-neoplastic tissues. The University of Toronto data set contains 39 samples and the task was to detect recurrence, while with the Brigham and Women's Hospital data set of 181 samples it was to make a binary classification of malignant pleural mesothelioma and adenocarcinoma. We used the k-nearest neighbor algorithm (k=1, k=5, k=10), naive Bayes classifier with assumption of both a normal distribution of attributes and a distribution through histograms, support vector machine and C4.5 decision tree. Effectiveness of machine learning algorithms was evaluated with the Matthews correlation coefficient. Results: The support vector machine method showed best results among data sets from the Dana-Farber Cancer Institute and Brigham and Women's Hospital. All algorithms with the exception of the C4.5 decision tree showed maximum potential effectiveness in the University of Michigan data set. However, the C4.5 decision tree showed best results for the University of Toronto data set. Conclusions: Machine learning algorithms can be used for lung cancer morphology classification and similar tasks based on gene expression level evaluation.
Necroptosis, also known as "programmed necrosis", has emerged as a critical factor in a variety of pathological and physiological processes and is considered a cell type-specific tightly regulated process with mechanisms that may vary rather greatly due to the change of cell line. Here we used HT-29, a human colon cancer cell line, to establish a necroptosis model and elucidate associated mechanisms. We discovered that cobalt chloride, a reagent that could induce hypoxia-inducible $factor-1{\alpha}(HIF1{\alpha})$ expression and therefore mimic the hypoxic microenvironment of tumor tissue in some aspects induces necroptosis in HT-29 cells when caspase activity is compromised. On the other hand, apoptosis appears to be the predominant death form when caspases are functioning normally. HT-29 cells demonstrated significantly increased RIPK1, RIPK3 and MLKL expression in response to cobalt chloride plus z-VAD treatment, which was accompanied by drastically increased $IL1{\alpha}$ and IL6 expression, substantiating the notion that necrosis can induce profound immune reactions. The RIPK1 kinase inhibitor necrostatin-1 and the ROS scavenger NAC each could prevent necrosis in HT-29 cells and the efficiency was enhanced by combined treatment. Thus by building up a necroptosis model in human colon cancer cells, we uncovered that mechanically RIP kinases collaborate with ROS during necrosis promoted by cobalt chloride plus z-VAD, which leads to inflammation. Necroptosis may present a new target for therapeutic intervention in cancer cells that are resistant to apoptotic cell death.
Background: Although previously studies have reported that most patients with malignancy prefer to die at home, this is not the real situation in clinical practice. Aim: In this study, we aimed to determine the characteristics of Turkish cancer patients admitted to the emergency department (ED) within one month before death. Materials and Method: This descriptive retrospective study focused on questions about how often and why patients with cancer visited the ED before death. A total of 107 individuals with cancer were divided into 2 groups: Group 1, patients with at least one visit in the final 4 weeks; and Group 2, patients with no visit to ED. Demographic and clinical features were compared between the two groups. Statistical analyses: Descriptive statistical methods, statistical analysis for correlation, Student's t-test, chi-square tests and logistic regression were used. Results: At least one visit to ED within one month before death was reported for 64 (60%) of the 107 cases. Of these 64 (Group 1), 38% (n=24) were discharged and 9% (n=6) died in the ED. The most common site of the primary tumor was the lung (n=24, 38%) and the most common symptom was dyspnea (92%). With the other 43 (40%) cancer patients not presenting to the ED within one month before death, they were more likely to be female with another type of cancer. Conclusions: Guidelines are needed for better management of cancer patients benefiting from visits to ED within the last month of life.
Teke, Fatma;Yoney, Adnan;Teke, Memik;Inal, Ali;Urakci, Zuhat;Eren, Bekir;Zincircioglu, Seyit Burhanedtin;Buyukpolat, Muhammed Yakup;Ozer, Ali;Isikdogan, Abdurrahman;Unsal, Mustafa
Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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제15권6호
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pp.2815-2819
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2014
Background: The aim of this study was to evaluate the prognosis of patients with stage IA-IIB cervical carcinoma and to investigate a possible correlation of histology with prognosis. Materials and Methods: Two hundred fifty one patients with adenocarcinoma and squamous cell carcinoma (SCC) histology for FIGO (International Federation of Gynecology and Obstetrics) stage IA-IIB uterine cervical carcinomas at the Radiation Oncology Clinic of GH Okmeydan Training and Research Hospital between January 1996 and December 2006 were selected, analyzed retrospectively and evaluated in terms of general characteristics and survival. Disease-free survival (DFS) and overall survival (OS) was calculated using the Kaplan-Meier method and differences were compared with the log-rank test. Multivariate analysis using a Cox-proportional hazards model was used to adjust for prognostic factors and to estimate hazard ratio (HR) with 95% confidence interval (CI). Results: There was no differences between the two tumour types in age, stage, pelvic nodal metastasis, parametrial invasion, surgical margin status, DSI, LVSI, maximal tumor diameter, grade, and treatment modalities. 5-year OS and DFS were 73% and 77%, versus 64% and 69%, for SCC and adenocarcinoma, respectively (p> 0.05). Multivariate analysis revealed independent prognostic factors including pelvic nodal metastasis and resection margin status for OS (p=0.008, p=0.002, respectively). Conclusions: Prognosis of FIGO stage IA-IIB cervical cancer patients was found to be the same for those with adenocarcinoma and SCC.
Human papillomavirus (HPV) is the primary etiologic agent of cervical cancer. Consideration of safety and non human leukocyte antigen restriction, protein vaccine has become the most likely form of HPV therapeutic vaccine, although none have so far been reported as effective. Since tumor cells consistently express the two proteins E6 and E7, most therapeutic vaccines target one or both of them. In this study, we fabricated DC vaccines by transducing replication-defective recombinant adenoviruses expressing E6/E7 fusion gene of HPV-16, to investigate the lethal effects of specific cytotoxic T lymphocytes (CTL) against CaSki cells in vitro. Mouse immature dendritic cells (DC) were generated from bone marrow, and transfected with pAd-E6/E7 to prepare a DC vaccine and to induce specific CTL. The surface expression of CD40, CD68, MHC II and CD11c was assessed by flow cytometry (FCM), and the lethal effects of CTL against CaSki cells were determined by DAPI, FCM and CCK-8 methods. Immature mouse DC was successfully transfected by pAd-E6/E7 in vitro, and the transfecting efficiency was 40%-50%. A DC vaccine was successfully prepared and was used to induce specific CTL. Experimental results showed that the percentage of apoptosis and killing rate of CaSki cells were significantly increased by coculturing with the specific CTL (p <0.05). These results illustrated that a DC vaccine modified by HPV-16 E6/E7 gene can induce apoptosis of CaSki cells by inducing CTL, which may be used as a new strategy for biological treatment of cervical cancer.
Background: The study aimed to evaluate changes in hematologic parameters, including white blood cell, platelet count, platelet indices, the platelet to lymphocyte and neutrophil to lymphocyte ratios in patients with early and advanced stages of epithelial ovarian cancers. Materials and Methods: The study included 100 patients with epithelial ovarian cancer who underwent primary staging exploratory laparotomy. Preoperative hematologic parameters, tumor histopathologic type, grade, stage and serum CA-125 levels were retrospectively analyzed. These parameters were compared between the patients with early (stage I-II) and advanced (stage III-IV) ovarian cancer. Results: White blood cell count and platelet indices, including mean platelet volume, platelet distribution width and platelet crit did not show a statistically significant difference between groups with early and advanced ovarian cancer. However, the neutrophil to lymphocyte ratio, platelet count, the platelet to lymphocyte ratio and CA-125 level showed a statistically significant difference between the two groups (p<0.05, p<0.01, p<0.001, p<0.01 respectively). Conclusions: It was found that the neutrophil to lymphocyte ratio, platelet count and the platelet to lymphocyte ratio increased with the increasing stage of ovarian cancer. Furthermore, it was seen that the platelet to lymphocyte ratio is an independent prognostic factor related to the stage of epithelial ovarian cancer.
Background: Male breast cancer accounts for less than 1% of all cancer in men and only around 1% of all diagnosed breast cancer. Despite a significant raise in the last 25 years, it still remains a rare disease. Materials and Methods: We conducted a retrospective study from 2004-2011 with 21 male breast cancer patients. We aimed to analyze the epidemiologic data (age, personal and family history), tumor characteristics (size, histological type, location, TNM stage, receptors), surgery, adjuvant chemotherapy and radiation therapy, hormonal therapy and survival (relapse, follow up, death) who reffered to our center with breast cancer. Results: The median age was $49.2{\pm}14.2$ years (range 30-83 years). A family history of breast cancer was noted in four cases. The main clinical complaint was a retroareolar mass in 85.7%of patients (n=18). Histologically, 85.7% (n=18)were invasive ductal carcinoma and 4.7% (n=1) had ductal carcinoma in situ and 9.4% (n=2) had mixed histology including invasive medullary and ductal carcinoma. Hormonal therapy was delivered to 16 cases (76.1%) due to ER or PR positivity. During median follow up of 30 months (3-84 month), distant metastases were evident in 4 cases (19%). During the follow-up period, only one patient died due to metastatic disease. The mean time to recurrence detection was 30 months. Conclusions: The percentage of cases of male breast cancer is very low compared to breast cancer in females, explaining why very few investigations have been conducted in Iran. Limited coverage in the literature make gender-specific findings difficult so future research of this entity involving multi-institutional cooperation and longer follow up is essential to provide new insights about the biological and clinical factors of this rare cancer.
In the present work, we studied the structure-activity relationship (SAR) of tautomycetin (TMC) and its derivatives. Further, we demonstrated the correlation between the immunosuppressive fuction, anticancer activity and protein phosphatase type 1 (PP1) inhibition of TMC and its derivatives. We have prepared some TMC derivatives via combinatorial biosynthesis, isolation from fermentation broth or chemical degradation of TMC. We found that the immunosuppressive activity was correlated with anticancer activity for TMC and its analog compounds, indicating that TMC may home at the same targets for its immunosuppressive and anticancer activities. Interestingly, TMC-F1, TMC-D1 and TMC-D2 all retained significant, albeit reduced PP1 inhibitory activity compared to TMC. However, only TMC-D2 showed immunosuppressive and anticancer activities in studies carried out in cell lines. Moreover, TMC-Chain did not show any significant inhibitory activity towards PP1 but showed strong growth inhibitory effect. This observation implicates that the maleic anhydride moiety of TMC is critical for its phosphatase inhibitory activity whereas the C1-C18 moiety of TMC is essential for the inhibition of tumor cell proliferation. Furthermore, we measured $in$$vivo$ phosphatase activities of PP1 in MCF-7 cell extracts treated with TMC and its related compounds, and the results indicate that the cytotoxicity of TMC doesn't correlate with its $in$$vivo$ PP1 inhibition activity. Taken together, our study suggests that the immunosuppressive and anticancer activities of TMC are not due to the inhibition of PP1. Our results provide a novel insight for the elucidation of the underlying molecular mechanisms of TMC's important biological functions.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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