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rps16-trnK DNA 서열에 의한 딜(Anethum graveolens L.)의 유전적 다양성과 유전 관계 (Genetic Diversity and Phenetic Relationship of Dill (Anethum graveolens L.) by rps16-trnK DNA Sequences)

  • 성정숙;정종욱;이기안;강만정;이석영;허만규
    • 생명과학회지
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    • 제23권11호
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    • pp.1305-1310
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    • 2013
  • 딜(Anethum graveolens L.)은 세계적으로 중요한 초본으로 양념과 약용뿐만 아니라 소화제, 진정제, 마취제, 활력제로 오래 전부터 사용되어왔다. 딜은 지중해, 서아시아, 중국과 한국 등에서 분포한다. 20개국 100계통 간 rps16-trnK3 서열을 이용하여 유전적 다양성과 유연관계를 조사하였다. 배당된 서열은 747에서 779 염기쌍으로 삽입과 결실이 있었다. 비록 일부 삽입과 결실이 발견되었지만 서열 변이는 염기 치환에 기인하였다. 동아시아 계통이 중앙아시아와 유럽보다 북미에 근연하였다. 딜의 일부 계통은 지리적 분포와 계통도에서 위치가 일치하지 않았지만 rps16-trnK로 잘 분리되었다.

엽록체 rps16-trnK 서열에 의한 한국 내 원추리속 식물종의 계통 관계 (Phylogenetic Relationships of the Genus Hemerocallis in Korea using rps16-trnK Sequences in Chloroplast DNA)

  • 허만규;권오성;이병룡
    • 생명과학회지
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    • 제23권7호
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    • pp.847-853
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    • 2013
  • 원추리속 식물은 초본류이며 이 속의 일부 종은 약용으로 중요하다. 이 속의 8개 분류군에 대해 엽록체의 rps16-trnK 부위로 계통관계를 평가하였다. 배당된 서열은 원추리(H. aurantiaca)에서 729 핵산 수로 가장 적었으며 왕원추리(H. fulva var. kwanso)에서 742 핵산 수로 가장 많았다. 그 차이는 염기 삽입에 기인하였다. 비록 일부 인델(indel)과 20개 염기의 삽입이 발견되었지만 서열 내 변이는 염기 치환이 많았다. rps16 - trnK에 의한 한국내 원추리속 분류군들은 높은 지지도로 잘 분리되었다. 애기원추리(H. minor)와 홍도원추리(H. littorea)는 높은 지지도로 같은 분지군을 형성하였으며 이 분지군은 노랑원원추리와 자매군을 형성하였다. 염색체의 수는 기존 보고된 RAPD의 결과와는 일치하지 않으나 본 연구와는 일치하였다.

Phylogenetic Analysis of Pines Based on Chloroplast trnT-trnL Intergenic Spacer DNA Sequences

  • Um, Yurry;Park, Won-Kyu;Jo, Nam-Su;Han, Sim-Hee;Lee, Yi
    • Journal of Forest and Environmental Science
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    • 제30권3호
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    • pp.307-313
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    • 2014
  • This study was conducted to distinguish the pines that are too similar to differentiate using conventional methods. Pinus densiflora and Pinus sylvestris have similar anatomical structure. They both have window-like pits and dentate ray tracheids, so it is not easy to distinguish the plants. We tried to find molecular markers by comparing chloroplast DNA sequences to differentiate the pines growing in Korea. We used P. densiflora, P. densiflora for. multicaulis, P. sylvestris, P. rigida, P. rigitaeda, P. koraiensis, and P. bungeana for this study. We found that the non-coding intergenic region of trnT(UGU) and trnL(UAA) genes have differences among the species. We designed a primer set to amplify the region efficiently and compared the PCR product sequences using CLC Workbench programs to find the polymorphism. We could distinguish the species using the sequences of the amplified region and the sequences were reproducible from the pines collected in Korea.

Exploring natural hybridizations among Asplenium ruprechtii and related taxa in Korea

  • LEE, Chang Shook;YEAU, Sung Hee;CHUNG, Kyong-Sook
    • 식물분류학회지
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    • 제49권2호
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    • pp.127-139
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    • 2019
  • The purported four hybrid origins of Asplenium in Korea were tested based on morphological, cytological and DNA sequence data. Asplenium castaneo-viride, A. ${\times}$ uiryeongse, A. ${\times}$ montanus, and A. ${\times}$ kitazawae share several morphological characteristics with the Asian walking fern A. ruprechtii and related taxa as parents and show a sympatric distribution with the putative parents, raising the possibility of hybrid origins: A. castaneo-viride (A. ruprechtii and A. incisum), A. ${\times}$ uiryeongse (A. ruprechtii and A. pekinense), A. ${\times}$ montanus (A. ruprechtii, A. trichomanes, and A. incisum), and A. ${\times}$ kitazawae (A. ruprechtii and A. sarelii). We investigated flow cytometry and chloroplast DNA sequence data (rbcL, rps4-trnS, and rps4-trnS intergenic spacer) to clarify the hybridization and origin of each hybrid. In the flow cytometry analyses, A. ruprechtii shows diploid (2x) only, whereas A. castaneo-viride (3x, 4x), A. ${\times}$ uiryeongse (3x), A. ${\times}$ montanus (3x, 4x), and A. ${\times}$ kitazawae (2x, 4x) exhibit polyploidy, suggesting hybrid events along speciation. The rbcL and rps4-trnS and rps4-trnS intergenic spacer data suggest that A. ruprechtii is one the maternal ancestors of all four hybrids. In addition, the rps4-trnS and rps4-trnS intergenic spacer data indicate that A. incisum is also the maternal ancestor of A. ${\times}$ kitazawae and A. ${\times}$ montanus, proposing multiple hybridization events for these two hybrids. In A. ${\times}$ montanus, morphological features such as the leaf forms and sympatric distributions of the species also support the multimaternal hypothesis, but the morphological features of A. ${\times}$ kitazawae must be examined with consideration of hybrid events. To clarify the complex hybrid evolutionary lineages of the four Asplenium hybrids, further research with taxon sampling and molecular markers should be conducted.

태백바람꽃(Anemone pendulisepala, Ranunculaceae)의 분자계통학적 검토 (Molecular Phylogenetic Study of Anemone pendulisepala (Ranunculaceae))

  • 이창숙;이남숙;여성희
    • 식물분류학회지
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    • 제36권4호
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    • pp.263-277
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    • 2006
  • 태백바람꽃(Anemone pendulisepala)은 태백산에서 처음 보고된 후, 백두산에서도 발견된 적이 있으며, 회리바람꽃(A. reflexa), 들바람꽃(A. amurensis) 및 꿩의바람꽃(A. raddeana)과 혼생하여 분포하고 있다. 태백바람꽃은 총포엽의 중앙열편의 모양, 총포엽병의 길이, 꽃받침의 정단부, 줄기 내 중심주의 모양에 있어서 이들 세 분류군과 구별된다. 본 연구는 과거 제기되었던 태백바람꽃의 잡종 여부를 확인하고 분류학적 실체를 판단하기 위하여 형태적으로 유사한 회리바람꽃, 들바람꽃과 꿩의바람꽃과 함께 DNA 염기서열(ITS, psba-trnH, rps16, trnLF)을 분석하였다. 분석결과 태백바람꽃은 핵 DNA인 ITS구간에서 회리바람꽃과 동일한 염기서열을 가지며, 들바람꽃, 꿩의바람꽃 순으로 유집되었다. 태백바람꽃은 엽록체 DNA의 rps16구간에서 4개의 염기의 삽입, trnLF구간에서 2개 염기의 차이 및 6개 염기의 삽입에 의해 근연종들로부터 구분되었다. 또한 태백바람꽃은 형태적 특징에 의해 양친종으로 추정되었던 분류군들과 공유하는 염기서열이 없었고, 유전자다형성도 나타내지 않았다. 따라서 태백바람꽃은 독립된 종으로 처리되는 것이 타당하며, 유사종간의 교배종은 아닌 것으로 추정되었다.

ITS와 psbA-trnH 염기서열에 의한 한국산 메꽃속(Calystegia R.Br.)의 분류학적 연구 (Molecular Phylogenetic Studies of Korean Calystegia R.Br. Based on ITS and psbA-trnH Sequences)

  • 김상준;박선주
    • 식물분류학회지
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    • 제41권4호
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    • pp.338-344
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    • 2011
  • 한국산 메꽃속 4종 1변종과 1종의 외군을 대상으로 종의 실체를 확인하고, 유연관계 및 진화경향성을 파악하기 위하여 분자계통학적 연구를 수행하였다. 메꽃속의 주요 형질로는 잎의 모양과 화관의 길이, 털의 유무 등이 있다. 하지만 잎의 형질에서 많은 변이 현상이 나타나고 있어 종 분류에 어려움이 있다. 분자계통학적 연구결과 갯메꽃이 하나의 분계조를 형성하여 가장 기부에 위치하였고, 애기메꽃과 큰메꽃의 ITS 지역과 psbA-trnH 지역에서는 독립적인 분계조를 형성하지 못하여 두 종의 관계가 명확하지 않았다. 따라서 두 종의 관계는 본 연구에 사용된 마커들로는 부족하며 앞으로 더 많은 개체와 다양한 마커들을 통한 연구가 수반되어야 한다. 메꽃은 선메꽃과 유집되어 유연관계가 가까운 것으로 나타났다.

정보이론기반 지형 험준도 및 정보이득을 이용한 지형대조항법 성능 향상 기법 (Performance Enhancing Technique for Terrain Referenced Navigation Systems using Terrain Roughness and Information Gain Based on Information Theory)

  • 남성호
    • 한국군사과학기술학회지
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    • 제20권3호
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    • pp.307-314
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    • 2017
  • Terrain referenced navigation(TRN) system is an attractive method for obtaining position based on terrain measurements and a terrain map. We focus on TRN systems based on the point mass filter(PMF) which is one of the recursive Bayesian method. In this paper, we propose two kinds of performance index for Bayesian filter. The proposed indices are based on entropy and mutual information from information theory. The first index measures roughness of terrain based on entropy of likelihood. The second index named by information gain, which is the mutual information between priori and posteriori distribution, is a quantity of information gained by updating measurement at each step. The proposed two indices are used to determine whether the solution from TRN is adequate for TRN/INS integration or not, and this scheme gives the performance improvement. Simulation result shows that the proposed indices are meaningful and the proposed algorithm performs better than normal TRN algorithm.

Preliminary search of intraspecific chloroplast DNA variation of nine evergreen broad leaved plants in East Asia

  • Lee, Jung-Hyun;Lee, Byoung-Yoon;Choi, Byoung-Hee
    • 식물분류학회지
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    • 제41권3호
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    • pp.194-201
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    • 2011
  • In order to acquire information on chloroplast DNA markers to evaluate the genetic diversity of evergreen broad leaved plants, we investigated the intraspecific variation of cpDNA in eight non-coding regions of nine species commonly distributed in East Asia. Although no variations were detected in psbA-trnH, rpoB-trnC, rpl16 and atpB-rbcL regions, a relatively large amount of intraspecific variations was detected in the psbC-trnS, rps16 and trnL-F regions. These results suggested that these three cpDNA markers are suitable to assess genetic diversity of the species investigated in this study. In contrast, intraspecific variations were detected in seven taxa except Hedera rhombea and Neolitsea aciculata. Neolitsea sericea and the taxa of Quercus had many polymorphic sites.

로젯사철란(Goodyera rosulacea: Orchidaceae)의 분류학적 위치: ITS와 trnL 염기서열에 의한 분자적 증거 (Taxonomic status of Goodyera rosulacea (Orchidaceae): molecular evidence based on ITS and trnL sequences)

  • 이창숙;엄상미;이남숙
    • 식물분류학회지
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    • 제36권3호
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    • pp.189-207
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    • 2006
  • 로젯사철란(G. rosulacea Y. Lee)은 애기사철란과 유사하나 로젯트형의 잎, 짧은 땅속줄기와 서식지 등의 특징에 의해 한국산 사철란속(Goodyera R. Br.) 내의 신종으로 기재된 바 있다. 로젯사철란의 분류군의 실체와 근연종간의 유연관계를 파악하기 위하여 군외군을 포함한 24개의 사철난속 식물을 대상으로 핵 리보좀(ribosomal)의 DNA internal transcribed spacer와 엽록체 DNA의 trnL 구간의 염기서열을 분석하였다. 분류군의 실체와 근연종간의 유연관계는 정렬된 염기서열을 바탕으로 최대절약분석(Maximum parsimony analysis)와 근연결합법(Neibour Joining method)에 의한 계통수 및 고유 표지유전자 여부로 추정하였다. 분석 결과 로젯사철란은 다수의 고유한 표지유전자를 가지며, ITS와 trnL 계통수에서 모두 단계통군을 형성하였다. 로젯사철란과 한국산 사철란속 내 각 분류군간의 유전적 거리(pairwise distance)는 ITS에서 3.49-6.68, trnL에서 5.05-9.53으로서 독립된 종으로 간주하기에 무리가 없었다. 따라서 분자적 결과는 로젯사철란을 사철란속내 독립된 종으로 처리하는 것을 지지하였다. 계통수에서 로젯사철란은 형태적으로 유사한 애기사철란(G. repens)과 동일한 분계조를 형성하였고, 유전적 거리도 조사한 분류군들 중 가장 낮은 값을 나타냈으므로 가장 가까운 근연분류군임을 나타내었다.

개념적 시간관계 기반의 멀티미디어 프레젠테이션 저작 시스템 (A Multimedia Presentation Authoring System based on Conceptual Temporal Relations)

  • 노승진;장진희;성미영
    • 한국정보과학회논문지:컴퓨팅의 실제 및 레터
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    • 제9권3호
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    • pp.266-277
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    • 2003
  • 모든 개념적 시간관계는 7가지의 관계(‘before’,‘meets’,‘starts’,‘finishes’,‘overlaps’, ‘during’,‘equals') 중 하나로 표현될 수 있다. 개념적 표현은 멀티미디어’저작 시스템의 자동 생성에 필요한 세부적 시간에 대해 효과적인 수단을 제공한다. 본 연구에서는 서로 다른 미디어들 간의 시간관계를 개념적으로 표현하는 사용하기 쉽고 효과적인 멀티미디어 프레젠테이션 저작 시스템을 개발하였다. 본 시스템을 구성하는 시간관계 편집기는 사용자에게 다른 편집기들로부터의 시간 정보를 간단하고 직접적인 그래픽 조작을 이용하여 프레젠테이션의 개념적 흐름을 직관적으로 표현할 수 있는 메커니즘을 제공한다. 본 시스템은 SMIL(Synchronized Multimedia Integration Language)에 기반한다. 본 시스템의 편집기들은 SMIL 객체 관리자를 통해 실시간으로 정보를 서로 교환하여 SMIL 코드를 자동 생성한다. 그리고, 본 시스템에서는 멀티미디어 프레젠테이션의 내부표현 구조로 TRN(Temporal Relation Network) 을 제안한다. TRN은 프레젠테이션의 흐름을 방향 그래프 구조로 표현한 것이다. TRN의 모든 병렬관계는 하나의 동기화된 블록으로 간소화될 수 있다. 이것은 컴포넌트들 간의 재생시간을 결정하는데 유용하며, 이미 구성되어 있는 프레젠테이션 문서를 재사용 할 때 그 기본단위로 이용될 수 있다. 또한, 멀티미디어 프레젠테이션 플레이어의 스케줄러로의 응용에도 적합하다.