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Binding Mode Analysis of Bacillus subtilis Obg with Ribosomal Protein L13 through Computational Docking Study

  • Lee, Yu-No;Bang, Woo-Young;Kim, Song-Mi;Lazar, Prettina;Bahk, Jeong-Dong;Lee, Keun-Woo
    • Interdisciplinary Bio Central
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    • 제1권1호
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    • pp.3.1-3.6
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    • 2009
  • Introduction: GTPases known as translation factor play a vital role as ribosomal subunit assembly chaperone. The bacterial Obg proteins ($Spo{\underline{0B}}$-associated ${\underline{G}}TP$-binding protein) belong to the subfamily of P-loop GTPase proteins and now it is considered as one of the new target for antibacterial drug. The majority of bacterial Obgs have been commonly found to be associated with ribosome, implying that these proteins may play a fundamental role in ribosome assembly or maturation. In addition, one of the experimental evidences suggested that Bacillus subtilis Obg (BsObg) protein binds to the L13 ribosomal protein (BsL13) which is known to be one of the early assembly proteins of the 50S ribosomal subunit in Escherichia coli. In order to investigate binding mode between the BsObg and the BsL13, protein-protein docking simulation was carried out after generating 3D structure of the BsL13 structure using homology modeling method. Materials and Methods: Homology model structure of BsL13 was generated using the EcL13 crystal structure as a template. Protein-protein docking of BsObg protein with ribosomal protein BsL13 was performed by DOT, a macro-molecular docking software, in order to predict a reasonable binding mode. The solvated energy minimization calculation of the docked conformation was carried out to refine the structure. Results and Discussion: The possible binding conformation of BsL13 along with activated Obg fold in BsObg was predicted by computational docking study. The final structure is obtained from the solvated energy minimization. From the analysis, three important H-bond interactions between the Obg fold and the L13 were detected: Obg:Tyr27-L13:Glu32, Obg:Asn76-L13:Glu139, and Obg:Ala136-L13:Glu142. The interaction between the BsObg and BsL13 structures were also analyzed by electrostatic potential calculations to examine the interface surfaces. From the results, the key residues for hydrogen bonding and hydrophobic interaction between the two proteins were predicted. Conclusion and Prospects: In this study, we have focused on the binding mode of the BsObg protein with the ribosomal BsL13 protein. The interaction between the activated Obg and target protein was investigated with protein-protein docking calculations. The binding pattern can be further used as a base for structure-based drug design to find a novel antibacterial drug.

창업가의 인지편향이 지각된 위험과 조절된 창업효능감에 따라 창업기회평가에 미치는 영향 (The Effects of Cognitive Bias on Entrepreneurial Opportunity Evaluations through Perceived Risks in Entrepreneurial Self-Efficacy)

  • 김대엽;박재환
    • 벤처창업연구
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    • 제15권1호
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    • pp.95-112
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    • 2020
  • 본 연구는 개인이 지닌 인지편향이 지각된 위험 및 창업기회평가와 어떤 연관성이 있는지를 알아보고, 창업집단에 따라 인지편향과 창업효능감이 창업기회를 다르게 평가하는지를 분석하는 것이다. 본 연구를 통해 대학생을 위한 창업교육의 개선점을 찾고, 현직의 창업가가 행하는 의사결정과정에서 어떤 문제점이 있으며 개선 가능성이 있는지를 제시하고자 한다. 대학생과 창업가를 대상으로 설문을 실시하였으며, 총 363명의 설문 데이터를 기반으로 구조방정식모형을 통해 실증하였다. 연구분석 결과는 다음과 같다. 첫째, 인지편향과 지각된 위험은 유의적인 부의 관계를 가지며, 구체적으로 인지편향 중 과잉자신감과 통제착각은 지각된 위험과 부(-)의 유의적 관계를 가지는 것으로 분석되었다. 둘째로, 인지편향은 기회평가와 유의한 정(+)의 관계가 있으며 구체적으로 통제착각과 현상유지편향과 유의한 정(+)의 관계를 가지는 것으로 분석되었다. 셋째, 지각된 위험은 기회평가와 유의한 부(-)의 관계가 있는 것으로 나타났다. 넷째, 대학생과 창업가집단을 나누어 살펴본 창업집단간의 차이를 살펴보면 창업효능감이 지각된 위험과 기회평가 사이에서 조절효과를 하고 있다는 것을 대학생집단에서는 확인할 수 있으나, 창업가집단에서는 유의미한 결과를 발견하지 못했다. 또한 대학생집단과 창업가집단은 다른 인지편향을 가지고 있으며, 지각된 위험을 매개로 창업기회평가에 다르게 관계가 있음을 실증하였다. 불확실한 상황에서 판단을 해야 하는 예비 창업가인 대학생과 기존 창업가에게는 시간적인 압박, 또는 스트레스를 원인으로 발생하는 서로 다른 인지편향이 존재하며, 이런 편향의 존재를 인정하고 스스로 자신의 판단을 개선하는 노력을 해야 한다는 점을 확인하였다. 대학생은 높은 창업효능감을 기반으로 새로운 기회에 대한 긍정적인 시각을 지닐 수 있지만, 창업교육을 통해 창업이 가지고 있는 본질적인 위험에 대한 철저한 지각과 함께 직접적인 창업경험에 존재하는 인지편향을 충분히 이해한다면 과거보다 좋은 기회평가를 하게 될 수 있다는 점이다. 본 연구는 대학생과 창업가를 통합하여 실증하였다는 점과 제한된 방식의 임의추출법에 의해 설문응답자를 선정하였다는 점에서 한계를 가진다. 두 번째로 선행연구에서 사용한 측정도구를 번역하여 사용하였으며, 언어 문제로 측정도구의 명확한 의미가 전달되지 않을 수도 있다. 연구의 정확성을 위해 보다 정밀한 척도를 구성할 필요가 있을 것이다.

HD-270 MLC의 소개 및 유용성평가 (Introduction and feasibility study of the HD-270 MLC)

  • 김대영;김원택;이화중;이강혁
    • 대한방사선치료학회지
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    • 제15권1호
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    • pp.1-9
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    • 2003
  • I. 목적 MLC의 단점인 조사영역경계의 요동현상이나, 반음영의 크기를 감소시킬 수 있는 HD270 MLC에 관한 소개와 유용성에 대해 평가하였다. II 대상 및 방법 HD-270 MLC는 PRIMUS(Siemens)의 치료테이블(ZXT) 과 다엽콜리메이터(3D MLC)를 leafs면에 수직방향으로 이동시킴으로써 유효반음영과 조사영역 경계의 요동을 감소시킨다. HD-270 MLC의 효율성과 적당한 resolution을 결정하기 위해 field edge angle(Y축과 이루는 각)이 0도에서 75도까지 15도의 간격으로 된 다각형의 field를 만들고 resolution은 5mm, 3mm, 2mm로 각각의 HD-270 group을 만들어 Siemens사 선형가속기(PRIMUS)의 6MV 광자선을 사용하여 solid phantom에서 SAD 100cm, depth 1.5cm으로 X-Omat film(Kodak)에 60MU로 조사하였다. 조사된 film은 Lumiscan75(LUMISYS)로 스캔해서 RIT113(Radiological Imaging Technology Inc. USA)으로 분석하여 유효반음영과 조사영역 경계의 요동의 변화를 측정하였다. 그리고 치료테이블 움직임의 정확성을 테스트하기 위해 테이블 위에 50Kg의 인체모형팬텀을 놓고 0.001inch의 정밀도를 가진 dial gauge로 가로, 세로, 수직의 세 직각방향으로 ${\pm}5mm,\;{\pm}4mm,\;{\pm}3mm,\;{\pm}2mm$단계별로 측정하였다 III. 결과 Resolution과 field edge angle이 증가할수록 유효반음영과 조사영역 경계의 요동현상은 증가하였다. 그리고 지멘스 ZXT 치료테이블움직임의 오차범위는 ${\pm}1mm$ 이내로 양호하였다. IV. 결론 최근 많이 사용되어지고 있는 다엽콜리메이터의 문제점들을 보완 할 수 있는 HD-270 MLC를 사용함으로써 MLC의 임상적용범위를 보다 넓힐 수 있을 것이다.

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정조(正祖)의 화훼(花卉) 애호 태도와 의미 (Jeongjo's Attitude and Meaning of Flowering Plant Loving)

  • 홍형순
    • 한국전통조경학회지
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    • 제34권4호
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    • pp.14-25
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    • 2016
  • 본 연구의 목적은 정조가 애호한 화훼는 무엇이며 그 태도와 그 이유, 여기에 반영된 의미를 밝히는데 있다. 연구의 범위는 완호(玩好)의 대상물로서의 특정 '화훼'에 한정하였다. 연구의 방법은 사료에 담긴 내용과 의미를 고찰하고 해석하는 기술(description)적 연구로 진행하였다. 정조의 일생은 매우 절제된 생활태도로 일관했다. 그의 의식주는 소박했으며 음악, 잡기, 여색 등에도 관심을 보이지 않았다. 정조는 기화요초(琪花瑤草)에도 관심을 두지 않았다. 이러한 정조의 태도로 인해 특정 화훼에 대한 자신의 취향을 드러낸 일이 많지 않다. 정조는 여러 종류 꽃들을 잘 알고 있었으며 꽃을 소재로 문학 혹은 회화 등 예술적 표현에 있어서도 막힘이 없었다. 정조 스스로 자신이 애호하는 꽃으로 밝힌 것은 석류가 유일하다. 그러나 정조에게 있어서 석류는 단순한 완상(玩賞)의 대상물로서의 화훼가 아니었다. 석류는 벼농사의 절기를 알려주는 '지표식물(indicator plant)'로서의 의미를 갖는다. 따라서 이를 가까이 두고 수시로 접함으로서 농사의 절기를 일깨우는 매체가 되도록 했는데 그 수량도 단지 몇 그루에 그쳤다. 이 밖에 정조는 즉위 초반에 자신에 대한 암살기도 등 안위가 위협받는 상황 속에서 석류화분 5, 600개를 팔진도(八陣圖)의 돌무더기 형태로 배열하여 처소에 대한 방호물(barricade)로 활용하기도 했다. 정조의 이와 같은 석류화분 활용은 관상 등 시각적 활용과는 전혀 무관한 것으로 매우 독특한 사례라고 할 수 있다. 여러 기록을 볼 때 석류는 재위기간 전반에 걸쳐 정조와 함께한 꽃이라는 점을 확인할 수 있었다. 정조가 이렇듯 장기간에 걸쳐 석류를 가까이 한 이유도 미적 향유(享有) 등 통념적인 화훼에 대한 완상(玩賞) 행태와 차별성이 있다는 점이 주목된다. 본 연구의 한계는 국역된 자료에 의존하여 연구가 진행되었다는 점이다. 새로운 사료의 번역 성과에 따라 보다 심도 있는 후속 연구가 필요할 것이다.

신라(新羅) 백지묵서(白紙墨書) 화엄경(華嚴經)과 칙천무후자(則天武后字) 고찰(考察) (The Study on 'characters made by Empress Wu Zetian' through The Avatamsaka-Sutra in ink on the white paper of the Shilla Period)

  • 박상국
    • 헤리티지:역사와 과학
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    • 제37권
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    • pp.445-469
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    • 2004
  • 신라(新羅) 백지묵서(白紙墨書) 대방광불화엄경(大方廣佛華嚴經)은 국보 196호로 지정된 한국에서 가장 오랜 사경(寫經)이다. 이 사경(寫經)은 당의 실차난타(實叉難陀)가 699년에 한역(漢譯)한 주본(周本) "화엄경(華嚴經)" 80권(卷) 가운데 권 제1~10과 권 제 44~50이다. 권10과 권50의 말미에 발문(跋文)(528자(字))이 있는데, 이 발문에 의하면 화엄사 창건자인 황룡사의 연기(緣起)법사가 발원하여 754년에서 755년에 걸쳐 약 6개월이 걸려 완성된 사경임을 알 수 있다. 이 발문은 사경제작에 따른 의식절차(儀式節次)와 제작방법(製作方法)이 기록되어 있고, 사경 제작에 참여한 필사자(筆寫者)와 부처님과 보살(菩薩)을 그린 화사(畵師) 등 사경(寫經)에 관계한 19명에 대한 거주지(居住地), 인명(人名), 관명(官名) 등(等)의 순서로 기록되어 있는 우리나라 최고의 고문서이기도 하다. 이 사경은 발견되었을 당시 권1-10은 응고되어 펼쳐볼 수가 없는 상태였고 권44~50도 보존을 염려하여 사진 촬영이 금지되었다. 최근에 내용에 대한 실태조사가 이루어져 이 사경이 칙천무후자(則天武后字) 연구의 보고임을 알 수 있게 되었다. 칙천무후자(則天武后字)는 당(唐) 고종(高宗)의 황후(皇后)로 고종(高宗)의 사후(死後) 스스로 황제가 된 칙천무후(則天武后)(684~704재위(在位)) 가 만든 일종의 이체자(異體字)이다. 칙천무후자(則天武后字)는 무후(武后)의 치세(治世)에만 쓰이고 그의 사후에 폐지되었지만, 그 후에도 취미와 호기심에 따라 사용하기도 하였던 글자이다. 이 신라 사경에 나타난 칙천무후자(則天武后字)는 초(初), 년(年), 월(月), 일(日), 성(星), 정(正), 천(天), 지(地), 수(授), 증(證), 성(聖), 국(國), 인(人)의 자(字) 등 13종 512자로, 칙천무후(則天武后) 재위 당시에 제작된 돈황(敦煌) 사경(寫經)과 비교해 볼 때 사용된 칙천무후자(則天武后字)의 숫자나 사용 빈도에서 돈황(敦煌) 사경(寫經)보다 뛰어난 칙천무후자(則天武后字)의 보고(寶庫)임을 확인할 수 있었다. 그리고 그동안 현존 최고(最古)의 화엄경 사경(寫經)으로 알려진 일본(日本) 정창원(正倉院)의 화엄경(華嚴經) 사경(寫經)(768)에는 칙천무후자(則天武后字)가 나타나지 않는다는 사실에서 볼 때, 신라 사경(寫經)은 한역(漢譯) 당시의 모습을 그대로 간직하고 있는 화엄 사경임을 알 수 있다.