• 제목/요약/키워드: topological data analysis

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Studies of Molecular Breeding Technique Using Genome Information on Edible Mushrooms

  • Kong, Won-Sik;Woo, Sung-I;Jang, Kab-Yeul;Shin, Pyung-Gyun;Oh, Youn-Lee;Kim, Eun-sun;Oh, Min-Jee;Park, Young-Jin;Lee, Chang-Soo;Kim, Jong-Guk
    • 한국균학회소식:학술대회논문집
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    • 한국균학회 2015년도 춘계학술대회 및 임시총회
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    • pp.53-53
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    • 2015
  • Agrobacterium tumefaciens-mediated transformation(ATMT) of Flammulina velutipes was used to produce a diverse number of transformants to discover the functions of gene that is vital for its variation color, spore pattern and cellulolytic activity. Futhermore, the transformant pool will be used as a good genetic resource for studying gene functions. Agrobacterium-mediated transformation was conducted in order to generate intentional mutants of F. velutipes strain KACC42777. Then Agrobacterium tumefaciens AGL-1 harboring pBGgHg was transformed into F. velutipes. This method is use to determine the functional gene of F. velutipes. Inverse PCR was used to insert T-DNA into the tagged chromosomal DNA segments and conducting sequence analysis of the F. velutipes. But this experiment had trouble in diverse morphological mutants because of dikaryotic nature of mushroom. It needed to make monokaryotic fruiting varients which introduced genes of compatible mating types. In this study, next generation sequencing data was generated from 28 strains of Flammulina velutipes with different phenotypes using Illumina Hiseq platform. Filtered short reads were initially aligned to the reference genome (KACC42780) to construct a SNP matrix. And then we built a phylogenetic tree based on the validated SNPs. The inferred tree represented that white- and brown- fruitbody forming strains were generally separated although three brown strains, 4103, 4028, and 4195, were grouped with white ones. This topological relationship was consistently reappeared even when we used randomly selected SNPs. Group I containing 4062, 4148, and 4195 strains and group II containing 4188, 4190, and 4194 strains formed early-divergent lineages with robust nodal supports, suggesting that they are independent groups from the members in main clades. To elucidate the distinction between white-fruitbody forming strains isolated from Korea and Japan, phylogenetic analysis was performed using their SNP data with group I members as outgroup. However, no significant genetic variation was noticed in this study. A total of 28 strains of Flammulina velutipes were analyzed to identify the genomic regions responsible for producing white-fruiting body. NGS data was yielded by using Illumina Hiseq platform. Short reads were filtered by quality score and read length were mapped on the reference genome (KACC42780). Between the white- and brown fruitbody forming strains. There is a high possibility that SNPs can be detected among the white strains as homozygous because white phenotype is recessive in F. velutipes. Thus, we constructed SNP matrix within 8 white strains. SNPs discovered between mono3 and mono19, the parental monokaryotic strains of 4210 strain (white), were excluded from the candidate. If the genotypes of SNPs detected between white and brown strains were identical with those in mono3 and mono19 strains, they were included in candidate as a priority. As a result, if more than 5 candidates SNPs were localized in single gene, we regarded as they are possibly related to the white color. In F. velutipes genome, chr01, chr04, chr07,chr11 regions were identified to be associated with white fruitbody forming. White and Brown Fruitbody strains can be used as an identification marker for F. veluipes. We can develop some molecular markers to identify colored strains and discriminate national white varieties against Japanese ones.

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부산 상해거리 상점 전면부 경관요소의 유형적 분석과 중국 전통 경관이미지의 재현 수법에 관한 연구 (A Analysis on the Characteristics of Landscape Elements and the Reappearance Technique of Landscape Image in the Chinatown of Shanghai Street in Busan)

  • 박향화;강영조
    • 한국전통조경학회지
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    • 제30권2호
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    • pp.130-141
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    • 2012
  • 본 연구는 부산 상해거리의 상점 전면부 경관 요소의 유형과 중국 전통 경관이미지의 재현 수법을 고찰한 것이다. 연구범위는 상해거리의 화교소유 건물을 대상으로 한 건물전면부의 경관적 특징과 상호명, 그리고 가로환경 조형물을 대상으로 하였다. 그 결과는 다음과 같다. 첫째, 건물 전면부의 경관적 특징을 유형적으로 고찰한 결과를 보면, 건물의 파사드 디자인 형태는 한자간판 강조형, 걸게간판 부가형, 전통문양 부착형, 전통건축이미지 차용형, 현대건축 양식형 등의 5가지 유형으로 분류되었다. 간판 디자인에 있어서는 색의 경우 글자색은 황색계열, 백색계열배경색은 적색계열이 가장 많이 나타났다. 그리고 글자체는 모두 번체로 나타났다. 둘째, 상호명은 크게 작명 방법과 상호명의 의미로 살펴보았다. 작명 방법은 의미와 장소의 결합, 계절과 분위기의 결합, 명소 명물 세 가지로 구분되었다. 의미와 장소의 결합 명명법은 차이나타운 형성 초기부터 사용한 수법이고, 계절과 분위기의 결합 명명법은 1970년대부터 사용하였으며, 명소 명물 명명법은 상해거리 조성 이후부터 사용한 수법으로 나타났다. 상호명 의미로 살펴 볼 때 가게 번영 염원형, 풍류형, 현지 지명 지물 차용형으로 구분되었다. 셋째, 상해거리에 도입된 가로환경조형물의 이미지는 중국의 남방문화 양식에 한정하지 않고 중국의 북방문화양식과 한국적 양식이 혼재되어 나타나는 것으로 파악되었다. 넷째, 상해 거리에 나타난 중국 전통 경관 이미지 재현 수법은 부가, 치환, 병치로 분류하였다. 부가라는 경관이미지 재현 수법은 기존의 형태에 다른 형태가 평면적으로 확장되어서 더해지거나 포함되어 전과는 다른 형태를 만드는 것을 가리키며, 면 대 면의 확장과 면 대 면의 중첩이 관찰되었다. 어떤 유형의 형상을 다른 형상으로 바꾸는 것을 치환이라고 하였고, 치환에는 국부적인 것과 일차적인 것, 일련의 순차에 따라 행하는 순차적 치환이 있다. 병치는 공간적으로나 형태적으로 이전과는 다른 형식으로 배치되는 것을 가리킨다. 병치에는 동종병치, 이종병치, 이위병치가 관찰되었다. 본 연구는 차이나타운의 경관디자인 수법을 분석하기 위한 기초 연구이다. 그러나 본 연구는 부산의 상해거리에 한정하여 분석한 한계를 지닌다. 향후 다른 인천, 전주 등 다른 도시에 형성되어 있는 차이나타운을 대상으로 한 추가 연구가 필요할 것으로 사료된다. 이러한 연구는 최근 지자체에서 활발히 진행되고 있는 차이나타운 특구 개발 사업에 있어서 경관계획 부문의 기초자료로써 활용 가능할 것으로 기대한다.