• Biotechnology and Bioprocess Engineering:BBE
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• 제11권4호
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• pp.337-343
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• 2006

Trimethylamine dehydrogenase (TMADH, EC 1.5.99.7), an iron-sulfur flavoprotein that catalyzes the oxidative demethylation of trimethylamine to form dimethylamine and formaldehyde, was purified from Methylophaga sp. strain SK1. The active TMADH was purified 12.3-fold through three purification steps. The optimal pH and temperature for enzyme activity was determined to be 8.5 and $55^{\circ}C$, respectively. The $V_{max}\;and\;K_m$ values were 7.9 nmol/min/mg protein and 1.5 mM. A genomic DNA of 2,983 bp from Methylophaga sp. strain SK1 was cloned, and DNA sequencing revealed the open reading frame (ORF) of the gene coding for TMADH. The ORF contained 728 amino acids with extensive identity (82%) to that of Methylophilus methylotrophus $W_3A_1$.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제4권4호
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• pp.270-273
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• 1994

Pseudomonas putida 3SK, which was constructed by the conjugal transfet of the $CAM::TOL^{*}$ plasmid of Pseudomonas putida CSnA and the NAH plasmid of Pseudomonas putida KCTC 2403 into n-alkane assimilating Pseudomonas putida KCTC 2405, showed a broad degradation spectrum and floc-forming ability. This strain degraded m-toluic acid, naphthalene, camphor and decane simultaneously. $Hg^{2+}$ at the concentration of 1 ppm in the minimal medium could not inhibit the growth of this strain. The degradation of m-toluic acid by Pseudomonas putida 3SK was not repressed by the easily utilizable compounds, such as glucose and succinate. But, the addition of formalin inhibited the growth of Pseudomonas putida 3SK. After the cultivation of this strain on the artificial wastewater containing m-toluic acid, naphthalene, camphor and decane for 24 hr, the initial COD value (1500) of the artificial wastewater was declined to 300.

• 한국진공학회:학술대회논문집
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• 한국진공학회 2013년도 제44회 동계 정기학술대회 초록집
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• pp.187-187
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• 2013

양자점(Quuantum dot, QD)은 0차원 특성을 가지는 구조로 양자 구속 효과로 인하여 bulk와 는 다른 구조적, 광학적, 전기적 특성을 가지고 있다. InAs QD는 size와 barrier의 bandgap 조절을 이용하여 쉽게 bandgap을 바꿀 수 있는 장점이 있어 solar cell, semiconductor laser diode, infrared photodetector 등으로 많은 연구가 이루어지고 있다. 일반적으로 Stranski-Krastanov (SK) mode로 성장한 InAs QD는 보통 GaAs epilayer와의 lattice mismatch (7%)를 이용하여 성장을 하고 이로 인하여 strain을 가지고 있고 QD의 density와 stack이 높을수록 strain이 커진다. 하지만 sub-monolayer (SML) QD 같은 경우 wetting layer가 생기는 지점인 1.7 ML이하에서 성장되는 성장 방식으로 SK-QD보다는 작은 strain을 가지게 된다. 또 QD의 size가 작아 SK-QD보다 큰 bandgap을 가지고 있다. 본 연구에서는 분자선 에피택시(molecular beam epitaxy, MBE)를 이용하여 semi-insulating GaAs substrate 위에 InAs QD를 0.5/1/1.5/1.7/2/2.5 monolayer로 성장을 하였다. GaAs과 InAs의 성장온도와 성장속도는 각각 $590^{\circ}C$, 0.8 ML/s와 $480^{\circ}C$, 0.2 ML/s로 성장을 하였으며 적층사이의 interruption 시간은 10초로 고정하였고 10주기를 성장하였다. Photoluminescence (PL)측정 결과 SML-QD는 size에 따라서 energy가 1.328에서 1.314 eV로 약간 red shift를 하였고 SK-QD의 경우 1.2 eV의 energy정도로 0.1 eV이상 red shift 하였다. 이는 QD size에 의하여 energy shift가 있다고 사료된다. 또 wetting layer의 경우 1.41 eV의 energy를 가지는 것으로 확인 하였다. SML-QD는 SK-QD 보다 반치폭(full width at half maximum, FWHM)이 작은 것은 확인을 하였고 strain field의 감소로 해석된다. 하지만 SML-QD의 경우 SK-QD보다 상대적으로 작은 PL intensity를 가지고 있었다. 이를 개선하기 위해서는 보다 높은 QD density를 요구하게 되는데 growth temperature, V/III ratio, growth rate 등을 변화주어서 연구할 계획이다.

• Journal of Microbiology
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• 제43권6호
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• pp.499-502
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• 2005

Methylophaga sp. strain SK1 is a new restricted facultative methanol-oxidizing bacterium that was isolated from seawater. The aim of this study was to characterize the electron carriers involved in the methanol oxidation process in Methylophaga sp. strain SK1. The gene encoding cytochrome $c_L$ (mxaG) was cloned and the recombinant gene was expressed in Escherichia coli $DH5\alpha$ under strict anaerobic conditions. The recombinant cytochrome $c_L$ had the same molecular weight and absorption spectra as the wild-type cytochrome $c_L$ both in the reduced and oxidized forms. The electron flow rate from methanol dehydrogenase (MDH) to the recombinant cytochrome $c_L$ was similar to that from MDH to the wild-type cytochrome $c_L$. These results suggest that recombinant cytochrome $c_L$ acts as a physiological primary electron acceptor for MDH.

• 생명과학회지
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• 제32권12호
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• pp.971-978
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• 2022

본 실험은 축산분뇨의 악취제거 활성이 우수한 세균을 분리하기 위하여 돈분뇨와 토양으로부터 황산화균 분리용 배지, 암모늄산화균 분리용 배지 그리고 질소산화균 선택배지를 사용하여 12종의 세균들을 분리하였다. SK2654 균주는 Paenibacillus amylolyticus로, SK2656, SK2658, SK2659 균주들은 각각 Rhodococcus jostii, Rhodococcus qingshengii, Rhodococcus opacus로, SK2657과 SK2672 균주들은 Alcaligenes faecalis로, SK2660과 SK2662 균주들은 Kastia adipata로, SK2665 균주는 Microbacterium oxydans로, SK2673 균주는 Halomonas campisalis로, SK2675 균주는 Acinetobacter oleivorans로, SK2676 균주는 Micrococcus luteus로 동정되었다. 돈분뇨 액상원액에 상기 균주 배양액을 1% 접종하였을 때 발효액의 pH는 전반적으로 8.0을 유지하였다. 총균수는 실험 15일차까지 7.3~7.9 log CFU/ml 수준을 유지하다가 15일차 이후로 5.1~5.5 log CFU/ml 수준으로 급격히 감소하였다. 암모니아태질소 농도는 시험 후반부인 30일차에는 Rhodococcus opacus SK2659 균주를 접종한 처리구가 대조구의 39% 수준을 나타내면서 비교적 높은 암모니아태질소 제거능을 보였다. 실험 100일 후 Rhodococcus opacus SK2659 균주를 접종한 처리구는 대조구와 비교하였을 때에 황화수소 농도는 3.23% 수준으로 악취제거에 가장 효과적이었다. 가스발생량은 대부분의 처리구가 대조구에 비해서 낮았으며 실험기간 중 가스량의 측정 누계량은 대조구의 1/4 수준으로 나타났으며, 그 중 Acinetobacter oleivorans SK2675 균주를 접종한 처리구가 대조구에 비해서 12.39% 수준으로 가장 낮게 나타났다. 돈분뇨의 생물학적 처리시 본 연구에서 분리한 Rhodococcus opacus SK2659와 Acinetobacter oleivorans SK2675 균주들을 혼합하여 사용하면 악취저감 효과가 증대할 것으로 판단된다.

• Applied Biological Chemistry
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• 제41권1호
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• pp.18-22
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• 1998

Bacillus licheniformis를 화학적 돌연변이를 시켜 내열성 ${\alpha}-amylase$ 고생산성 변이주 SK-5를 얻었다. 변이주는 모균에 비하여 약 50배 정도의 ${\alpha}-amylase$를 생산하였으며, 그 모양이 가늘고 길이가 길어졌고, 성장속도가 감소되었다. 이 효소의 유전적 변화를 분석하기 위하여 변이주 SK-5로부터 ${\alpha}-amylase$ 유전자 염기배열을 결정한 결과 구조유전자의 염기배열은 동일하였으나 promoter 지역에서 일부 변이가 일어난 것이 확인되어 이것이 부분적으로 효소생산성 증가에 영향을 미칠 것으로 여겨진다. SK-5의 ${\alpha}-amylase$ 생산성이 높기 때문에 이의 배양상층액으로부터 열처리와 황산암모늄 침전 후 한 단계의 hydroxyapatite 컬럼을 사용하여 순수하게 정제된 ${\alpha}-amylase$를 얻을 수 있었다. 변이에 따른 세포외 단백질분해효소의 영향을 검증하기 위하여 SK-5 배양액을 시간별로 준비하여 Western blot으로 분석한 결과 변이주에서 분비되는 ${\alpha}-amylase$의 구조에 변화가 없음을 확인하였다.

• 한국식품저장유통학회지
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• 제23권7호
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• pp.1050-1057
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• 2016

본 연구에서는 수산물김치의 시원한 맛과 풍미를 오랫동안 유지시켜 줄 수 있는 수산물김치 전용 유산균 스타터를 찾고자 하였다. 문어 배추김치로부터 내산성 및 덱스트란 생성능이 우수한 균주 SK-1을 선발하고 동정한 결과 L. mesneteriodes와 99% 상동성을 나타내어 L. mesneteriodes SK-1으로 명명하였다. 수산물김치 스타터로서 L. mesneteriodes SK-1 균주의 활용가능성을 알아보기 위해, pH, 산도, 젖산 생성량 및 Lesuconostoc sp. 균주의 변화를 L. mesneteriodes KCTC 13302 및 L. mesneteriodes KCTC 3505 균주와 비교하였다. L. mesneteriodes SK-1 균주 배양액을 스타터로서 첨가하여 제조한 문어 배추김치의 pH는 숙성 21일 이후부터는 4.56에 도달한 이후 계속 유지되는 양상을 보인 반면 L. mesneteriodes KCTC 13302 및 KCTC 3505 배양액을 첨가한 문어 배추김치는 숙성 21일 이후부터 pH가 감소하는 경향을 나타내었다. 또한, L. mesneteriodes SK-1 균주를 첨가한 문어 배추김치의 산도는 $4^{\circ}C$에서 숙성 28일째 적정 산도 0.65%에 도달한 반면에 L. mesneteriodes KCTC 13302 및 KCTC 3505 균주를 첨가한 문어 배추김치는 각각 숙성 17일 및 21일 경에 적정 숙성 산도인 0.65%에 도달하였다. 또한, L. mesneteriodes SK-1 균주를 첨가한 문어 배추김치는 숙성 21일째 젖산 생성량이 0.72 mg/mL를 나타낸 이후 숙성 28일 및 35일째에도 젖산 생성량은 0.76 mg/mL 및 0.79 mg/mL로 일정한 값을 나타내었으나, L. mesneteriodes KCTC 13302 및 KCTC 3505 균주를 첨가한 문어 배추김치는 숙성 28일째에 젖산생성량이 급속히 증가하여 각각 1.12 mg/mL 및 1.15 mg/mL을 나타내었다. 한편, L. mesneteriodes SK-1 균주를 첨가한 문어 배추김치는 숙성 14일째 이후부터 Leuconostoc sp. 균수가 $10^8CFU/mL$ 이상의 수준을 일정하게 유지되는 결과를 나타내었고 관능평가 결과에서도 SK-1 균주를 첨가한 김치가 KCTC 13302 및 KCTC 3505 균주를 첨가한 김치보다도 신맛은 적고 시원한 맛, 탄산미 등의 종합적인 맛 평가에서 유의적으로 높은 점수를 받았다. 이상의 결과로부터 L. mesneteriodes SK-1 균주를 첨가하여 제조한 수산물김치는 산도 및 젖산생성량이 낮아 적정 숙성도가 오래 유지됨으로서 관능적으로도 우수할 뿐만 아니라 장기간 저장 및 유통이 가능한 수산물 김치 전용 스타터로서의 활용가능성이 기대되었다.

• Molecules and Cells
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• 제23권3호
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• pp.370-378
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• 2007

A superoxide dismutase was purified 62-fold in seven steps to homogeneity from Methylobacillus sp. strain SK1, an obligate methanol-oxidizing bacterium, with a yield of 9.6%. The final specific activity was 4,831 units per milligram protein as determined by an assay based on a 50% decrease in the rate of cytochrome c reduction. The molecular weight of the native enzyme was estimated to be 44,000. Sodium dodecyl sulfate gel electrophoresis revealed two identical subunits of molecular weight 23,100. The isoelectric point of the purified enzyme was found to be 4.4. Maximum activity of the enzyme was measured at pH 8. The enzyme was stable at pH range from 6 to 8 and at high temperature. The enzyme showed an absorption peak at 280 nm with a shoulder at 292 nm. Hydrogen peroxide and sodium azide, but not sodium cyanide, was found to inhibit the purified enzyme. The enzyme activity in cell-free extracts prepared from cells grown in manganese-rich medium, however, was not inhibited by hydrogen peroxide but inhibited by sodium azide. The activity in cell extracts from cells grown in iron-rich medium was found to be highly sensitive to hydrogen peroxide and sodium azide. One mol of native enzyme was found to contain 1.1 g-atom of iron and 0.7 g-atom of manganese. The N-terminal amino acid sequence of the purified enzyme was Ala-Tyr-Thr-Leu-Pro-Pro-Leu-Asn-Tyr-Ala-Tyr. The superoxide dismutase of Methylobacillus sp. strain SK1 was found to have antigenic sites identical to those of Methylobacillus glycogenes enzyme. The enzyme, however, shared no antigenic sites with Mycobacterium sp. strain JC1, Methylovorus sp. strain SS1, Methylobacterium sp. strain SY1, and Methylosinus trichosproium enzymes.

• 미생물학회지
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• 제29권6호
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• pp.380-386
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• 1991

Three types of soluble cytochrome c were purified to homogeneity from Methylobacillus sp. strain SK1 which grows only on methanol. Cytochrome c-I was purified 58.5-fold in seven steps. Cytochrome c-II and c-III were purified 57.3- and 122.1-fold in eight steps, respectively. The molecular weights of the cytochrome c-I was determined to be 12,500, while those of the cytochrome c-II and c-III were 16,000. The isoelectric points of the c-I, c-II and c-III were found to be 8.8, 6.6, and 6.6 respectively. The spectrum of reduced cytochrome c-I showed .alpha.-, .betha.-, .gamma.-peaks at 551.4, 522.2, and 416.6nm. The peaks for c-II were found at 551.0, 521.6, and 416.5nm, while those for c-III were shown at 551.2, 521.8, and 416.0 nm. The spectra of oxidized cytochrome c-I, c-II, and c-III showed .gamma.-peak at 411.8, 409.0, and 410.2 nm, respectively. The absorption coefficients of .alpha.- and .gamma.-peak for c-I in the reduced state were determined as 47 and 197 $mM^{-1}$ $cm^{-1}$ , respectively. The coefficients of .alpha.- and .gamma.-peak for c-II were determined to be 43 and 137 $mM^{-1}$ $cm^{-1}$ , while those for c-III were 41 and 172 $mM^{-1}$ $cm^{-1}$ , respectively. The c-I and c-III were found to bind carbon monoxide.

• 한국결정성장학회:학술대회논문집
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• 한국결정성장학회 1999년도 PROCEEDINGS OF 99 INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE KACG AND 6TH KOREA·JAPAN EMG SYMPOSIUM (ELECTRONIC MATERIALS GROWTH SYMPOSIUM), HANYANG UNIVERSITY, SEOUL, 06월 09일 JUNE 1999
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• pp.81-114
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• 1999

The strain, surface and inerfacial energies of III-V ternary systems were calculated for three kinds of structure modes: the Frank-van der Merwe (FM) mode, the Stranski-Krastanov (SK) mode an the Volmer-Wever (VW) mode. The free energy for each mode was estimated as functions of the thickness and composition or lattice misfit. Through comparison of the free energy of each mode, it was found that the thickness-composition phase diagrams of III-V ternary systems can be determined only by considering the balance of the free energy and three kinds of structure modes appear in the phase diagrams. The SK mode appears only when the lattice misfit is large and/or the lattice layer is thick. The most stable structure of the SK mode is a cluster with four lattice layers or minimum thickness on a wetting layer of increasing lattice layers. The VW mode appears when the lattice misfit is large and the lattice layer is thin and only in the InPSb/InP and GaPSb/GaP systems which have the largest lattice misfit of III-V ternary systems. The stable region of the SK mode in the GaPSb/GaP and InPSb/InP phase diagrams is largest of all because the composition dependence of the strain energy of these systems is stronger than that of the other systems. The critical number of lattice layers below which tow-dimensional (2D) layers precede the three-dimensional (3D) nucleation in the SK mode at x=1.0 depnds on the lattice misfit.