• 제목/요약/키워드: specific probe

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FISH 기법을 이용한 소 수정란의 성감별과 산자 생산 (The Production of Sex Determined Cattle by Embryonic Sexing Using Fluorescence In Situ Hybridization Technique)

  • 손시환;박희성
    • 한국수정란이식학회:학술대회논문집
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    • 한국수정란이식학회 2007년도 춘계학술세미나 및 워크숍
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    • pp.39-50
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    • 2007
  • 본 연구에서는 소의 체외 수정란에 대해 Y 염색체 특이 DNA 표지를 이용하여 FISH 기법으로서 수정란의 성감별을 수행하고 이를 이식하여 산전 성감별 개체 생산을 시도하였다. 본 연구에 이용된 Y-염색체 특이 DNA probe는 bovine male specific DNA로 알려진 btDYZ-1의 385bp 단편으로 제작하였고, Dig-PCR 방법으로 labeling하였다. 수정란의 성감별은 IVF로서 생산된 $8\;cell{\sim}blastocyst$ 단계의 수정란을 공시하고 이들로부터 단일할구를 생검하여 분석하였다. 생검 방법은 투명대를 laser로 drilling하고 $1{\sim}2$개의 할구를 squeezing하여 분리하였으며 demi-embryo는 1일간 재 배양하여 배반포기 단계에서 이식하였다. 우선, 본 probe의 신뢰성을 검정하기 위하여 생검된 할구는 FISH 기법으로 Y 염색체 존재 여부를 판단하고, 이의 demi-embryo는 재 배양하여 중기상을 유도하여 핵형분석한 후 비교 검토한 바 97.6%의 일치율을 나타내었다. 한편, 수정란에서 성감별을 위한 FISH의 적용 여부를 검토하고자 총 3937개의 공시란 중 3657개(93%)가 분석이 가능하였고, 이들 중 45.8%가 Y 염색체 특이적 접합 발현 양상이 나타났다. 본 결과를 토대로 경남 진주 인근 지역 농장의 15두의 소를 대상으로 성 감별 수정란을 이식한 결과, 7두가 임신한 것으로 확인되었고 이들 중 5마리가 출산하였다. 뿐만 아니라 출산된 송아지들은 모두 예견된 성과 100% 일치하는 것으로 나타났다. 따라서 본 연구에서 적용한 FISH 기법은 수정란의 성감별에 효율성이 높고 매우 높은 정확성을 나타냄에 따라 실질적으로 성감별 수정란의 대량생산이 가능할 것으로 사료되며, 농가차원에서 산업적 실용화가 될 수 있을 것으로 기대한다.twork descrition)를 통해 교통분석후의 제반 교통특성(교통량, 교통량/용량 비(比), 속도 등)을 교통망상에 표시할 수 있음으로서 의사결정에 보다 많은 도움을 줄 수 있을 것이다. 비트율의 증가와 화질 열화는 각각 최대 1.32%와 최대 0.11dB로 무시할 수 있을 정도로 작음을 확인 하였다.을 알 수 있었다. 현지관측에 비해 막대한 비용과 시간을 절약할 수 있는 위성영상해석방법을 이용한 방법은 해양수질파악이 가능할 것으로 판단되며, GIS를 이용하여 다양하고 복잡한 자료를 데이터베이스화함으로써 가시화하고, 이를 기초로 공간분석을 실시함으로써 환경요소별 공간분포에 대한 파악을 통해 수치모형실험을 이용한 각종 환경영향의 평가 및 예측을 위한 기초자료로 이용이 가능할 것으로 사료된다.염총량관리 기본계획 시 구축된 모형 매개변수를 바탕으로 분석을 수행하였다. 일차오차분석을 이용하여 수리매개변수와 수질매개변수의 수질항목별 상대적 기여도를 파악해 본 결과, 수리매개변수는 DO, BOD, 유기질소, 유기인 모든 항목에 일정 정도의 상대적 기여도를 가지고 있는 것을 알 수 있었다. 이로부터 수질 모형의 적용 시 수리 매개변수 또한 수질 매개변수의 추정 시와 같이 보다 세심한 주의를 기울여 추정할 필요가 있을 것으로 판단된다.변화와 기흉 발생과의 인과관계를 확인하고 좀 더 구체화하기 위한 연구가 필요할 것이다.게 이루어질 수 있을 것으로 기대된다.는 초과수익률이 상승하지만, 이후로는 감소하므로, 반전거래전략을 활용하는 경우 주식투자기간은 24개월이하의 중단기가 적합함을 발견하였다. 이상의 행태적 측면과 투자성과측면의 실증결과를 통하여 한국주식시장에 있어서 시장수익률을 평균적으로 초과할 수 있는 거래전략은 존재하므로 이러한 전략을 개발 및 활용할 수 있으며, 특히, 한국주식시장에 적합한 거래전략은 반전거래전략이고, 이 전략의 유용성은 투자자가 설정한 투자기간보다 더욱

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Transmissible gastroenteritis virus(TGEV)와 porcine epidemic diarrhea virus(PEDV)의 nucleocapsid(N) 단백질 유전자에 대한 염기서열 분석과 cDNA probe hybridization (Sequence analysis and cDNA probe hybridization of the nucleocapsid(N) protein gene of transmissible gastroenteritis virus(TGEV) and porcine epidemic diarrhea virus(PEDV))

  • 박지용;김철중;신광순;김원용;강신영;박용호;한혜정;박용하
    • 대한수의학회지
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    • 제35권3호
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    • pp.515-530
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    • 1995
  • Coronaviridae에 속하는 transmissible gastroenteritis virus(TGEV)와 porcine epidemic diarrhea virus(PEDV)를 specific하게 detection할 수 있는 방법을 개발하고자 본 연구를 수행하였다. 두 바이러스 모두 RNA 바이러스이기 때문에 reverse transcription-polymerase chain reaction(RT-PCR)으로 nucleocapsid(N) protein gene의 cDNA를 증폭시켰다. SmaI으로 처리한 pTZ19R에 ligation시킨 후 염기서열을 밝히고자 sequencing하였다. 각각의 prototype virus와 비교하여 상동성을 밝혔다. 두 바이러스에 대한 cDNA probe를 제작하여 Southern blot hybridization을 실시하였다. TGEV의 경우 백신주인 P45와 병독주인 Miller strain을 사용하였다. cDNA를 증폭시키기 위해 N1/N1R과 N2/N2R 두 가지 primer를 이용한 결과, N1/N1R primer의 경우 586bp 크기의 PCR product를 얻을 수 있었고, N2/N2R primers로 582bp의 cDNA를 증폭시킬 수 있었다. PEDV 실험을 위하여 PED 임상 증상을 나타내는 분변을 이용하여 RT-PCR을 실시하였다. P2/P2R primer로 753bp의 PCR product를 얻을 수 있었다. TGEV의 두 가지 strain의 N protein gene을 sequencing하여 prototype인 Purdue strain과 염기서열 상동성을 조사한 결과, 97%이상의 높은 homology를 나타내었다. PED-V 역시 N protein gene을 sequencing하여 CV777과 염기서열 상동성을 조사한 결과 97%이상의 homology로 PEDV임을 알 수 있었다. TGEV와 PEDV의 염기서열을 비교한 결과 29%의 낮은 homology를 관찰할 수 있었다. 두 가지 바이러스의 N protein gene에 대한 cDNA probe를 제작하여 Southern blot hybridization을 한 결과, 각 바이러스에 매우 특이적 반응을 나타내었다.

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실시간 교통정보 정확도 향상을 위한 이질적 교통정보 융합 연구 (Fusion Strategy on Heterogeneous Information Sources for Improving the Accuracy of Real-Time Traffic Information)

  • 김종진;정연식
    • 대한토목학회논문집
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    • 제42권1호
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    • pp.67-74
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    • 2022
  • 최근 높은 스마트폰 보급율과 ITS (intelligent transportation systems) 인프라 확충 등 정보통신기술(information and communications technology, ICT) 이용 활성화로 실시간 교통정보의 수집원이 증가하였다. 이렇게 다양하게 수집되는 실시간 교통정보의 정확도는 VDS(vehicle detection system), DSRC (dedicated short-range communications), GPS (global positioning system) probe와 같은 다양한 교통정보 수집원별 시공간 혹은 교통상황 등 다양한 환경에 따라 다르게 나타날 수 있다. 본 연구의 목적은 이질적 교통정보가 동시에 수집될 경우, 실시간 교통정보의 정확도를 향상시키기 위한 융합 전략의 제시에 있다. 이를 위해 고속국도(892.2 km, 227개 링크), 일반국도(937.0 km, 2,074개 링크)를 대상으로 주행 조사를 실시하였으며, 해당 링크 및 시간대에 probe 차량 5대의 평균 통행속도는 실시간 교통정보 수집원별(VDS or DSRC, GPS-based A, B) 정확도 평가의 기준 혹은 참값으로 활용되었다. 결과적으로 제시된 융합 전략에 대한 정확도 개선 효과는 일반국도에서 1개 수집원을 제외하고 모두 통계적으로 유의한 것으로 나타났으며, 향후 다양한 기관으로부터 서비스되는 실시간 교통정보가 동시에 연계되는 환경에서 보다 정확한 교통정보 서비스의 가능성을 확인하였다.

PCR Method Based on the ogdH Gene for the Detection of Salmonella spp. from Chicken Meat Samples

  • Jin, Un-Ho;Cho, Sung-Hak;Kim, Min-Gon;Ha, Sang-Do;Kim, Keun-Sung;Lee, Kyu-Ho;Kim, Kwang-Yup;Chung, Duck Hwa;Lee, Young-Choon;Kim, Cheorl-Ho
    • Journal of Microbiology
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    • 제42권3호
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    • pp.216-222
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    • 2004
  • In a previous paper, the ogdH gene that encodes 2-oxoglutarat dehydrogenase was isolated from Salmonella typhimurium. The catalytic N-terminal region in the enzyme was found to be very specific for the Salmonella species. Therefore, the aim of the present study was to detect S. typhimurium in food sources using primers designed for OGDH-l and OGDH-2 which were based on the salmonella-specific region of the ogdH gene. A simple polymerase chain reaction (PCR) detection method was developed to detect low numbers of S. typhimurium in a chicken meat microbial consortium. Using the ogdH-specific primers under stringent amplification conditions and for gene probe analysis, fewer than 100 colony-forming units (CFUs) were detectable when pure cultures were employed. When the PCR assay was run on S. typhimurium-contaminated meat contents, only the positive meat samples containing as few as 200 CFUs reacted to the assay. The method employed for sample processing is simple and it was determined to provide a sensitive means of detecting trace amounts of S. typhimurium-specific sequences in the presence of mixed meat microbial populations. When compared with six representative intestinal gram-negative bacterial strains in foods, including Vibrio parahaemolyticus, V. vulnificus, Enterobacter cloacae, E. coli O157:H7, Pseudomonas aeruginosa, and Proteus sp., S. typhimurium had a unique and distinct PCR product (796 bp). In conclusion, the two OGDH primers were found to be rapid and sensitive detectors of Salmonella spp for the PCR method.

수평관 내 물-공기 이상류 거동에 관한 실험적 연구 (An Experimental Investigation on the Behavior of Water-Air Two-phase Flows in a Horizontal Pipe)

  • 조한일;이경수;류시완
    • 한국안전학회지
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    • 제32권1호
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    • pp.75-81
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    • 2017
  • A series of laboratory experiments has been performed in order to investigate the behavior of water-air two-phase flow in a horizontal pipe. A conductivity meter has been applied to detect the irregular alternation of air at the specific points in flows. The experimental condition has been established according to the water and air flowrates. Passing time, which is the time length for a measuring probe to pass through the entire length of a specific bubble, has been defined to evaluate the size of bubbles in the flow. Passing length, which can be considered as the equivalent value to bubble size and determined from the product of passing time and cross-sectional averaged velocity, and its corresponding occurrence frequency have been analyzed to classify the air flow patterns according to the condition of air and water fluxes. From the result, the dependancy of flow patterns on the variation of air-water flux ratio has been investigated and the existence of thresholds also checked for classifying the behavior of air in the flow.

Detection of beta-lactam antibiotic resistant genes in Escherichia coli from porcine fecal samples using DNA chip

  • Park, Nam-Yong;Na, Sung-Ho;Cho, Ho-Seong
    • 한국동물위생학회지
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    • 제30권4호
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    • pp.505-510
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    • 2007
  • This study was conducted to detect ${\beta}$-lactam antibiotic-resistant genes in the 400 E coli isolates from porcine fecal samples in Korea by a DNA chip. The DNA chip contains the specific probe DNAs of the ${\beta}$-lactam antibiotic-resistant genes that had been labeled with a mixture of primer set designed to amplify specific genes (PSE, OXA, FOX, MEN, CMY, TEM, SHV, OXY and AmpC) using a multiplex polymerase chain reaction (PCR). Of 400 isolates 339 contained at least one ${\beta}$-lactamases gene. Resistance to ${\beta}$-lactamases was mediated mainly by AmpC (n = 339, 100%), and followed by TEM (n = 200, 59.0%), CMY (n = 101, 29.8%), PSE (n = 30, 8.9%) and both OXA and SHV genes (n = 20, 5.9%), while the FOX, MEN and OXY genes were not detected. The other sixty-one did not contain any ${\beta}$-lactamase genes even though they were resistant to antimicrobial drugs. In conclusion, the DNA chip system can be used as a rapid and reliable method for detecting of ${\beta}$-lactamases genes, which will help veterinarians select the antibiotics for monitoring and treating of animal diseases.

PCR-based Assay for the Specific Detection of Pseudomonas syringae pv. tagetis using an AFLP-derived Marker

  • Song, Eun-Sung;Kim, Song-Yi;Chae, Soo-Cheon;Kim, Jeong-Gu;Cho, Heejung;Kim, Seunghwan;Lee, Byoung-Moo
    • 식물병연구
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    • 제21권1호
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    • pp.1-5
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    • 2015
  • A PCR method has been developed for the pathovar-specific detection of Pseudomonas syringae pv. tagetis, which is the causal agent of bacterial leaf spots and apical chlorosis of several species within the Compositae family. One primer set, PSTF and PSTR, was designed using a genomic locus derived from an amplified fragment length polymorphism (AFLP) fragment produced a 554-bp amplicon from 4 isolates of P. syringae pv. tagetis. In DNA dot-blot analysis with the PCR product as probe, a positive signal was identified in only 4 isolates of P. syringae pv. tagetis. These results suggest that this PCR-based assay will be a useful method for the detection and identification of P. syringae pv. tagetis.

Person Re-identification using Sparse Representation with a Saliency-weighted Dictionary

  • Kim, Miri;Jang, Jinbeum;Paik, Joonki
    • IEIE Transactions on Smart Processing and Computing
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    • 제6권4호
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    • pp.262-268
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    • 2017
  • Intelligent video surveillance systems have been developed to monitor global areas and find specific target objects using a large-scale database. However, person re-identification presents some challenges, such as pose change and occlusions. To solve the problems, this paper presents an improved person re-identification method using sparse representation and saliency-based dictionary construction. The proposed method consists of three parts: i) feature description based on salient colors and textures for dictionary elements, ii) orthogonal atom selection using cosine similarity to deal with pose and viewpoint change, and iii) measurement of reconstruction error to rank the gallery corresponding a probe object. The proposed method provides good performance, since robust descriptors used as a dictionary atom are generated by weighting some salient features, and dictionary atoms are selected by reducing excessive redundancy causing low accuracy. Therefore, the proposed method can be applied in a large scale-database surveillance system to search for a specific object.

Detection of $\beta$-lactam Antibiotic-resistant Genes in Eschericia coli using DNA Chip from Porcine Fecal Samples

  • Na, Sung-ho;Cho, Ho-seong;Kim, Yong-hwan;A.W.E. Effendy;Park, Nam-yong
    • 한국수의병리학회:학술대회논문집
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    • 한국수의병리학회 2003년도 추계학술대회초록집
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    • pp.33-33
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    • 2003
  • There prevalence of $\beta$-lactamases bacteria in animals has been increased since 1990s [1]. The resistance in E coli which is mediated by $\beta$-lactamases hydrolyze the $\beta$-lactam ring eventually inactivate the antibiotics [2]. Generally, $\beta$-lactamases can be classified into four main groups and eight subgroups according to their functional and structural characteristics [3]. The detection of $\beta$-lactam antibiotic-resistant bacteria by DNA chip has been described [4]. The chip has a specific probe DNAs that contained the $\beta$-lactam antibiotic-resistant genes which was labeled by multiplex PCR reaction with a mixture of primer sets that were designed to amplify specific gene. Here we report the susceptibility of enteropathogenic E. coli isolated from pigs in Korea using the DNA chip in detecting $\beta$-lactam antibiotic-resistant genes. (omitted)

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Microarrays for the Detection of HBV and HDV

  • Sun, Zhaohui;Zheng, Wenling;Zhang, Bao;Shi, Rong;Ma, Wenli
    • BMB Reports
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    • 제37권5호
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    • pp.546-551
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    • 2004
  • The increasing pace of development in molecular biology during the last decade has had a direct effect on mass testing and diagnostic applications, including blood screening. We report the model Microarray that has been developed for Hepatitis B virus (HBV) and Hepatitis D virus (HDV) detection. The specific primer pairs of PCR were designed using the Primer Premier 5.00 program according to the conserved regions of HBV and HDV. PCR fragments were purified and cloned into pMD18-T vectors. The recombinant plasmids were extracted from positive clones and the target gene fragments were sequenced. The DNA microarray was prepared by robotically spotting PCR products onto the surface of glass slides. Sequences were aligned, and the results obtained showed that the products of PCR amplification were the required specific gene fragments of HBV, and HDV. Samples were labeled by Restriction Display PCR (RD-PCR). Gene chip hybridizing signals showed that the specificity and sensitivity required for HBV and HDV detection were satisfied. Using PCR amplified products to construct gene chips for the simultaneous clinical diagnosis of HBV and HDV resulted in a quick, simple, and effective method. We conclude that the DNA microarray assay system might be useful as a diagnostic technique in the clinical laboratory. Further applications of RD-PCR for the sample labeling could speed up microarray multi-virus detection.