This research aims to develop the multiple channel electrochemical DNA chip using microfabrication technology. At first, we fabricated a high integration type DNA chip array by lithography technology. Several probe DNAs consisting of thiol group at their 5-end were immobilized on the gold electrodes. Then target DNAs were hybridized and reacted. Cyclic voltammetry showed a difference between target DNA and control DNA in the anodic peak current values. Therefore, it is able to detect a plural genes electrochemically after immobilization of a plural probe DNA and hybridization of non-labeling target DNA on the electrodes simultaneously. It suggested that this DNA chip could recognize the sequence specific genes.
The anti-dansyl antibodies were specifically labeled with stable isotope by growing hybridoma cells in serum-free medium. Assignments of the observed carbonyl carbon resonances have been determined by using $^{13}C-{15}N$ double labeling method in order to assign the Leu resonances. However, when the identical dipeptide appears more than twice in the polypeptide sequences, we applied the proteolytic fragments in the fragment-specific method. Carboxypep-tidase B-treated antibody has also been used to assign the Lys-447 in C terminal amino acid. These unambiguously assigned carbonyl carbon resonances in antibodies are thought to be useful in elucidating not only the structure of antibodies but also the structure-function relationship in the antibody by $^{13}C$ neuclear magnetic resonance spectroscopy.
This article provides an efficient 18F-labeling protocol based on a rapid condensation reaction between 2-cyanobenzothiazole (CBT) and N-terminal cysteine-containing biomolecules. The 18F-labeled CBT (18F-1) was prepared by radiofluorination of the tosylated precursor 4 with 18-crown-6/K+/[18F]F- complex. Using the purified 18F-1, 18F-labeled peptide (18F-7) and protein (18F-8) could be synthesized efficiently under mild conditions. This strategy would provide a convenient approach for rapid and site-specific 18F-labeling of various peptides and proteins for in vivo imaging and biomedical applications.
Probabilistic atlases for the human brain structure are more suitable than single brain atlases for representing population anatomy. In this study, we hypothesized the group-specific probabilistic atlas for accurate characteristic feature coding. Our proposed method for a new group comparison study, using a subpopulation specific probabilistic atlas, was based on this hypothesis. A knowledge-based automatic labeling technique using nonlinear registration was applied to encode group-specific regional probabilistic information. Direct atlas-based comparison using volume counting above the probability threshold, distance measurement and correlation analysis were performed based on the probabilistic atlas. Here, we applied this method for comparison between Korean and occidental groups. The results showed that this method could provide simple but intuitive regions of interest-based group analysis for the entire cortex area.
Mouse mammary epithelial cells(NMuMG) were maintained onto 6-well plates (3$\times$105 cells/well) or chambered slide (1$\times$104 cells/well), in DMEM supplemented with 10% fetal calf serum. After serum starvation for 24 hours, DMNB (1$\mu$M) was added and exposed to UV light (300nm, 3 second pulse) after 2 hours from DMNB addition in order to activate DMNB which induces a rapid transient increase in intracellular cAMP upon UV irradiation. EGF (100ng/ml) and/or IGF-I (10ng/ml) were treated at the time of UV irradiation. Nuclear labeling index was estimated as percent of nuclear labeled cells(percent of S phase of cells) by incorporation of 3H-thymidine into DNA(1 hour pulse with 1$\mu$Ci/ml). DMNB(1$\mu$M), EGF (100ng/ml) and/or IGF-I (10ng/ml) signifciantly increased nuclear labeling index than those of control (P<0.05). Addition of DMNB+EGF or DMNB+EGF+IGF-I showed the interaction effect in nuclear labeling index (P<0.05). Protein kinase A activities by addition of EGF, IGF-I or EGF+IGF-I were 10.5, 9.8 or 9.4 unit/mg protein, respectively, and no statistical difference was found in comparison with control (P>0.05). Additon of DMNB+EGF showed the moderate interaction effect on tyrosyl kinase activity (P<0.1). In the fluorography analysis, there were no specific protein phosphorylation patterns were found at 1 or 15 minute by addition of DMNB. EGF and/or IGF-I. These results suggest that the interaction effect in nuclear labeling index by addition DMNB and EGF could be mediated through the modulation of tyrosyl kinase activity by cAMP.
본 논문에서는 고가의 디지털 설진 장비와 특별한 장치 없이 누구나 손쉽게 사용할 수 있는 디지털 설진 시스템의 첫 단계로 미각 영역별 균열 유무를 판별하는 시스템을 제안한다. 훈련 DB는 한방 병원에서 수집한 사진 261장을 바탕으로 Haar-like feature, Adaboost 학습을 하였다. 학습된 결과를 통하여 입력영상으로부터 혀 후보영역을 검출하고, 검출된 혀 후보영역으로부터 혀 영역만을 분리하기 위하여 261장의 훈련 DB의 HSV 컬러모델의 Hue 성분 평균 값을 산출하였다. 검출된 혀 윤곽으로부터 Connected Component Labeling을 통하여 혀 영역을 분리 하였다. 분리된 혀 영역의 상대적 너비와 높이를 이용하여 미각 영역별 로 분할하였다. 분할된 미각 영역별 영상은 Gray영상으로 변환하고, 각각의 영역별 평균 밝기를 산출하여 이진화하였다. 이진화 영상에 Connected Component Labeling을 통하여 균열 유무를 판별하였다.
지도에서 특별한 지형지물에 이름이나 설명문에 해당하는 레이블을 붙이는 것을 지도 레이블링(map labeling)이라고 한다. 본 논문에서는 직선상에 n개의 점들이 주어지고 점들에 대한 직사각형의 레이블을 위치시키는 문제를 다룬다. 특별히 레이블들의 높이는 모두 같고, 점들이 위치한 직선의 위쪽에 아래 변들이 모두 동일 선 위에 위치하도록 놓는다. 그리고 점과 레이블을 꺾은선으로 연결하고 이것을 지시선이라 부른다. 지시선은 수직선만으로 구성된 직선 지시선과 수직선, 수평선, 수직선으로 구성된 꺾인 지시선으로 나뉜다. 문제는 꺾인 지시선의 수를 최소화하도록 레이블을 위치시키는 것이고, 우리는 O(nlogn) 시간 알고리즘을 제안함으로서 [13]에서 제안한 O(n2) 시간 알고리즘을 개선한다.
의미역 결정 작업은 서술어와 문장 내 행위자, 피행위자, 장소, 시간 등 서술어와 관련 있는 논항들을 추출하는 작업이다. 기존 의미역 결정 방법은 문장의 언어학적 특징 추출을 위한 파이프라인을 구축하는데, 파이프라인 내 각 추출 작업들의 오류가 의미역 결정 작업의 성능에 영향을 미치기 때문에 현재는 End-to-End 방법의 신경망 모델을 이용한 방법들이 제안되고 있다. 본 논문에서는 의미역 결정 작업을 위해 Biaffine Average Attention 구조를 이용한 신경망 모델을 제안한다. 제안하는 모델은 기존 연구에서 제안된 특정 시점에 대한 레이블 예측을 위해 주변 시점 정보를 이용하는 LSTM 모델 대신 문장 내 서술어와 논항의 거리에 상관없이 문장 전체 정보에 집중할 수 있는 Biaffine Average Attention 구조로 이루어져 있다. 제안하는 모델의 성능 평가를 위해 F1 점수를 이용하여 기존 연구에서 제안한 BERT 기반의 모델들과 비교하였으며, 76.21%의 성능으로 비교 모델보다 높은 성능을 보였음을 확인하였다.
유제품에 들어 있는 우유와 산양유를 동정하기 위해 미토콘드리아의 12S rRNA 유전자를 목표로 하는 primer을 이용하는 duplex PCR 분석을 적용하였다. 소와 산양의 특이성 primer을 이용한 duplex PCR 분석은 우유와 산양유 DNA에 대해 각각 233 bp와 326 bp의 특이성 단편을 나타냈다. Duplex PCR 분석이 라벨에 표시된 성분을 확인하기위하여 시중마트에서 구입한 15개 유제품에 적용하였다. Duplex PCR 분석 결과 4개 시유, 3개 요구르트, 1개 전지분유는 표시된 성분과 완전히 일치하였다. 그러나 7개의 조제분유 중 5개만 표시성분과 일치하고 2개 조제분유제품은 산양유와 우유가 각각 오염되어 있는 것으로 나타났다. 제안된 duplex PCR 분석은 산양유에 들어있는 우유를 0.1%까지 측정할 수 있는 민감하고 신속한 방법이다. Duplex PCR 분석은 유제품 속에 들어있는 우유와 산양유를 one-step 방법으로 동시에 탐지할 수 있다.
Detection of deep-seated abscesses is sometimes difficult with ultrasonogrpahy or computed tome graphy alone. Indium-111-labeled leukocyte has widely used in the localization of abscesses after introduction by Segal and Thakur in 1976. But there are some difficulties in using indium-111-oxine in our country because of hardness to get the radiopharmaceutical timely and long time for labeling leukocytes. So we peformed the indium-111-labeled leukocyte scan for establishment of the labeling procedure and clinical application. We labeled the mixed leukocytes from 36 ml of patient's blood using 4 ml of ACD solution, 7 ml of 6% hydroxyethyl starch solution $(HESPAN^{(R)})$, 1 mCi of indium-111 oxine, 5 ml of normal saline and centrifuge. It took about 2 hours for the preparation of radiolabeled leukocytes and attention for contamination was needed. The average injected dose of labeled mixed leukocytes was 465 uCi. The average number of injected leukocytes was $2.5\times10^8$ and the labeling ratio was $57{\pm}13%$ (Table 2, Fig. 5). These number and ratio were sufficient for the localization of abscess. About twenty per cent of indium was labeled to red blood cells and platelets (Fig. 6) and the half-life of injected radiolabeled leukocytes was 8.3 hours. Scan was performed in 9 patients who were suspected to have abscesses clinically or radiologically. Three patients were positive, in one patient who had abscess close to lower lumbar vertebrae was surgically drained and another 2 positive cases did not show abscess clearly on computed tomography, so only antibiotics were administrated and treated successfully. The negative 6 patients were improved without specific treatment. In conclusion, the use of indium-111 oxine labeled leukocytes for localization of abscesses were very specific and helpful in the decision of treatment considering its relatively simple labeling method, and could be easily performed providing timely supply of the radiopharmaceutical.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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